주식회사 모나코 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 이종혁 외 2인)

종로세무서장 (소송대리인 변호사 진행섭 외 1인)

2009. 10. 6.

서울행정법원 2005. 10. 20. 선고 2003구합11704 판결

서울고등법원 2007. 8. 31. 선고 2005누26337 판결

대법원 2008. 12. 24. 선고 2007두20379 판결

1. 제1심 판결을 아래와 같이 변경한다.

피고가 2001. 12. 1. 원고에 대하여 한 2000년 제2기 부가가치세 4,804,141,700원의 부과처분 중 139,847,325원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송총비용은 이를 7분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

1. 청구취지 : 주문 제1항과 같다(원고는 당초 위 부과처분 전부의 취소를 구하다가 환송후 당심에 이르러 청구취지를 감축하였고, 한편 위 청구 외에도 2000년 제1기 부가가치세 부과처분의 취소를 구하였는데, 이에 대하여는 대법원에서 환송전 당심 판결이 확정되었다).

2. 항소취지

가. 원고 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2001. 12. 1. 원고에 대하여 한 2000년 제2기 부가가치세 4,804,141,700원의 부과처분 중 4,538,559,350원 부분을 취소한다.

나. 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 귀금속 및 금지금의 도·소매 및 수출입을 목적으로 1999. 7. 5. 설립된 법인이다.

나. 원고의 2000년 제2기 부가가치세 신고 내용

(1) 원고는 2000년 제2기 부가가치세 과세기간 내인 2000. 10. 27.부터 2000. 11. 7.까지 소외 2 주식회사에게 합계 961,150,000원 상당의 금지금 95㎏을 판매(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)함에 있어 소외 2 주식회사가 외국환은행장으로부터 발급받은 구매승인서를 제시하였음을 이유로 이 사건 거래를 부가가치세법상의 영세율이 적용되는 거래로 보아 소외 2 주식회사로부터 해당 부가가치세를 징수하지 아니하였다고 신고하였다.

(2) 원고는 2000. 7. 18.부터 2000. 10. 19.까지 홍콩에 있는 소외 8 회사에게 합계 2,385,870,133원 상당의 금 가공품 193㎏을 직접 수출하였다고 하면서 해당 매출액에 대하여 영세율을 적용하여 신고하였다.

(3) 원고는 2000. 10. 23.부터 2000. 12. 28.까지 소외 1 주식회사로부터 합계 29,263,195,000원 상당의 금지금을 매입하고 총 34장의 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하였다고 하면서 2000년 제2기 부가가치세 매입세액 2,926,319,500원을 공제받는 내용의 신고를 하였다.

다. 피고의 경정처분

이에 대하여 피고는 ① 소외 2 주식회사가 금지금을 매입하면서 원고에게 제시하였던 구매승인서들이 모두 발급절차에 하자가 있고, 이 사건 거래는 부가가치세를 포탈하는 과정에서 이루어진 것이라는 이유를 들어 이 사건 거래의 공급가액인 2000년 제2기 961,150,000원에 대하여 부가가치세법상의 영세율의 적용을 부인하고(이하 ‘구매승인서 관련 부분’이라 한다), ② 원고의 금 가공품 직접 수출과 관련하여 원고가 실제로 금 가공품을 수출하지 아니하고 신고한 수출품 상당을 국내에 판매하였다고 판단하여, 원고가 2000년 전체 재고수량 차이[(기초재고+매입)수량-(매출+기말재고)수량]인 381.465㎏(3,836,561,732원 상당)을 국내에 판매한 것으로 보고, 이에 대하여 부가가치세 추계경정 규정에 의한 부가가치율(2.36%)을 적용하여 환산한 금액(3,929,293,048원)을 기별 수출수량을 기준으로 안분계산한 금액인 1,929,652,820원(=3,929,293,048원×193/393, 2000년 제2기)을 국내 매출액으로 보아(기록 89, 104면) 이에 대하여 영세율의 적용을 부인하는(이하 ‘직접수출 부분’이라 한다) 한편, ③ 이 사건 세금계산서는 모두 실제 거래 없이 발행된 가공의 세금계산서라는 이유로 그 매입세액 2,926,319,500원을 불공제하여(이하 ‘가공 세금계산서 부분’이라 한다), 2001. 12. 1. 원고에 대하여 별지1 ‘부가가치세 산출내역’ 기재와 같이 2000년 제2기 부가가치세 4,804,141,700원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제8호증의 1 내지 13, 을 제1, 2호증, 을 제4호증의 2, 을 제5호증, 을 제6호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 구매승인서 관련 부분

(1) 당사자의 주장

(가) 원고

소외 2 주식회사가 원고에게 제시한 구매승인서는 공신력 있는 기관인 외국환은행장이 발급한 것으로서 원고로서는 이를 믿고 금지금을 공급하였을 뿐, 구매승인서 부정발급에 관하여 소외 2 주식회사와 공모를 한 사실이 없을 뿐만 아니라, 이 사건 거래가 부가가치세 포탈과 관련되어 있다는 사실도 알지 못하였으므로, 원고가 구매승인서에 기초하여 소외 2 주식회사에게 공급한 금지금은 영세율의 적용대상이 된다.

(나) 피고

원고는 구매승인서가 부정발급 되었다는 사실을 알면서 소외 2 주식회사와 세금을 포탈하기로 공모하여 이 사건 거래를 하였거나, 소외 2 주식회사가 원고로부터 구입한 금지금을 수출하지 않으리라는 사정을 알면서 이 사건 거래를 한 것이므로, 이 사건 거래는 영세율의 적용대상이 아니다.

(2) 인정사실

(가) 원고 대표이사의 경력 및 원고의 거래 행태

이 사건 거래 당시 원고의 대표이사였던 소외 3은 1993년 부산에서 귀금속 도매업을 시작한 이후, 서울 종로에서 소외 4 주식회사, 원고회사(1999. 7. 5. 설립), 소외 5 주식회사(2000. 7. 8. 설립된 소외 6 주식회사를 2002. 1. 22. 인수하여 그 상호를 변경한 회사이다. 이하 ‘ 소외 5 주식회사’라 한다)를 운영하면서 금지금 도소매 및 수출입업을 해왔다. 소외 3은 이처럼 장기간 금지금 거래업을 해오면서 종로 일대의 금지금 거래업자들이 부정발급 받은 구매승인서를 이용하여 영세율로 금지금을 매입하고 속칭 폭탄업체를 통해 과세거래를 한 후 폭탄업체가 부가가치세를 납부하지 않은 채 폐업하는 방식으로 부가가치세를 포탈하는 행태에 대하여 알고 있었다. 소외 3은 이 사건 과세기간 전후인 1999년, 2001년, 2002년도에도 소외 4 주식회사 및 소외 5 주식회사 명의로 소외 7 주식회사 등으로부터 금지금을 영세율로 구입하여 다시 영세율로 매출하는 등 이 사건 거래와 유사한 거래를 해왔다.

(나) 소외 2 주식회사와의 거래 및 이후의 유통과정

1) 원고는 아래 표와 같이 소외 2 주식회사에게, 소외 2 주식회사는 2차 도매업자에게 금지금을 영세율로 매출하였다.

(단위 : kg, 천원)

소외 2 주식회사는 허위의 수출계약서 등을 이용하여 부정발급 받은 구매승인서를 근거로 위 금지금을 영세율로 매입하였고, 매입상태 그대로 2차 도매업자에게 즉시 영세율로 매출하였으며, 2차 도매업자는 위 금지금 전량을 국내에 과세매출하였다.

2) 원고가 이 사건 거래로 영세율 매출한 금지금은 소외 2 주식회사를 거치지 않은 채 소외 1 주식회사로부터 과세매입한 업체로 직접 운송되었고, 그 거래도 모두 같은 날 이루어졌으며, 거래대금은 매입업체가 먼저 대금을 송금하면 매출업체가 이를 다시 전 매출업체에 송금하는 대금 선지급 방식으로 이루어졌다.

3) 소외 1 주식회사는 위 과세매출에 대한 부가가치세를 포탈하였다는 이유로 고발되었다.

(다) 관세환급을 위한 분할증명서의 교부 누락

1) 수출용 금지금을 수입하는 수입업자는 수입시 관세 3%를 납부하여야 하고, 그 금지금이 최종적으로 수출될 때 그 수출자가 관세를 환급받게 되므로, 금지금 수입업자는 금지금을 직접 수출하지 않고 판매하는 경우 물품가액 외에 별도로 관세 3% 상당액을 지급받으면서 매입자가 관세를 환급받을 수 있도록 세관으로부터 분할증명서를 발급받아 매입자에게 교부하는 것이 통례였다.

2) 그런데 원고는 소외 7 주식회사로부터 금지금을 매입하면서 매입금액 8,285,784,801원의 약 3%인 247,917,445원의 관세 상당액을 지급하고 분할증명서를 교부받았음에도, 소외 2 주식회사로부터는 관세 상당액을 지급받지 않고, 분할증명서를 교부하지도 아니하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제5, 17, 19, 20, 23 내지 25, 31, 38, 39, 41호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

(3) 판단

부가가치세법 제11조 제1항 제1호 , 구 부가가치세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17827호로 개정되기 전의 것) 제24조 제2항 제1호 에 의하면 수출하는 재화의 공급에 대하여는 영세율을 적용하고, 사업자가 재정경제부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화인 경우에도 위 수출하는 재화에 포함시켜 영세율을 적용한다고 규정하고 있으며, 한편, 부가가치세제하에서 영세율의 적용은 이중과세를 방지하기 위하여 수출의 경우에만 원칙적으로 인정되고, 국내의 공급소비에 대하여는 위 수출에 준하는 경우로서 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수질서를 해하지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합되는 경우에만 예외적·제한적으로 인정되는 것인바( 대법원 1983. 12. 27. 선고 83누409 판결 등 참조), 이와 같은 영세율 적용에 관한 취지와 관계 법령에 비추어 볼 때, 재화의 공급자가 구매자와 공모하여 허위의 구매확인서를 발급받았거나 구매확인서의 발급에 하자가 있음을 알면서도 영세율을 적용하여 판매한 경우 또는 구매자가 수출을 목적으로 하지 아니하고 국내에 판매함으로써 조세를 포탈할 의도하에 하자 있는 구매확인서를 이용하는 사정을 알면서도 이를 묵인하는 경우 등 부가가치세의 징수질서를 해하는 특별한 사정이 있는 경우에는 영세율의 적용을 받지 못한다고 할 것이다( 대법원 2004. 6. 11. 선고 2003두3642 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 살피건대, 위 인정사실에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 소외 2 주식회사는 허위의 수출계약서 등에 기초한 하자 있는 구매승인서를 이용하여 원고로부터 단기간에 걸쳐 수출용 금지금을 영세율로 매입한 후, 이를 수출하지 않고 국내에 불법으로 유통시키면서 그 과정에서 거액의 부가가치세를 포탈하고 폐업하는 속칭 폭탄업체이거나 그 거래과정에 있는 업체인 점, ② 원고의 이 사건 거래는 금지금의 출고업체에서 금지금의 과세매출업체까지의 거래가 당일 모두 이루어지고, 거래대금도 선지급 방식으로 같은 날 모두 송금되며, 금지금은 출고업체에서 직접 과세매입업체로 운송되는 등 정상적인 거래에서는 보기 드문 형태로 이루어졌는바, 이러한 방식의 거래는 사전 공모 내지 인식이 없이는 행해지기 어려울 것으로 보이는 점, ③ 원고의 대표이사였던 소외 3은 금지금을 이용한 부가가치세 포탈 행태에 대해서 잘 알고 있는 자로서 소외 2 주식회사 및 유사 업체와 계속 거래해 왔으므로, 소외 2 주식회사의 거래 행태를 통하여 소외 2 주식회사가 부가가치세를 포탈하기 위한 일련의 거래를 하고 있다는 사실을 충분히 인식할 수 있었다고 보이는 점, ④ 원고 스스로는 소외 7 주식회사로부터 금지금을 매입하면서 관세 상당액을 지급하고 분할증명서를 교부받았음에도, 소외 2 주식회사로부터는 관세 상당액을 지급받지 않고, 분할증명서를 교부하지도 아니한 것은 앞서 본 상관행에 반하는 것으로서 이례적이라고 보이는 점 등을 종합하면, 원고는 소외 2 주식회사에게 금지금을 매출함에 있어 위 회사가 원고로부터 매입한 금지금을 수출하려는 것이 아니라 국내에 판매함으로써 조세를 포탈할 의도 아래 구매승인서를 이용한다는 사정을 알고도 이를 묵인하였다고 봄이 상당하므로, 이 사건 부과처분 중 구매승인서 관련 부분에 대하여 영세율의 적용을 배제한 것은 적법하다고 할 것이다.

나. 직접수출 부분

(1) 당사자의 주장

(가) 원고

이 사건 직접 수출분은 원고가 관할 세관장에게 수출신고를 한 후 소외 8 회사에게 수출하고 그 수출대금까지 받은 정상적인 수출이므로 영세율의 적용 대상이다.

(나) 피고

이 사건 직접 수출분의 수출 상대방인 소외 8 회사가 실제로 존재하는지 여부와 원고가 수출한 물품이 금 가공품인지 여부가 모두 불분명하므로, 이 사건 직접 수출분은 수출되지 않은 것으로 보아 영세율 적용 대상에서 배제되어야 한다.

(2) 인정사실

(가) 원고는 2000. 7. 18.부터 2000. 10. 19.까지 소외 8 회사에게 2,385,870,133원 상당의 금 가공품 193㎏을 수출한다는 내용의 수출신고를 하고, 금 가공품으로 표시된 물품을 운송전문업체인 페덱스나 브링스코리아를 통하여 항공편으로 수출하여 위 물품이 홍콩에서 통관되었으며, 원고는 위 물품 수출신고가격과 유사한 금액을 외화로 송금받았다.

(나) 서울세관장은 2001. 7.~2002. 8. 사이에 원고의 이 사건 직접 수출분에 대하여 세무조사를 하였으나, 당시 원고가 수출한 물품이 금 가공품이 아니라는 증거를 확보하지 못하였고, 어떠한 물품이 홍콩으로 수출되어 통관된 이상 소외 8 회사가 유령회사라 할지라도 수출 사실 자체가 부정되는 것은 아니라는 이유로 원고에 대한 위장수출 혐의에 대하여 무혐의 처분을 하였다.

(다) 한편 검찰은 2004. 9. 이 사건 직접 수출분과 관련하여 소외 3을 ‘외화획득을 위한 수출용 원자재로 수입한 금괴의 가공 금제품을 소외 8 회사 등에 수출한 것처럼 허위신고하고 사실은 내수판매하여 부가가치세를 포탈하고 관세를 부정환급 받았다’는 등의 혐의로 기소하였으나, 서울서부지방법원은 2005. 12. 15. 범죄의 증명이 없다는 이유로 무죄를 선고하였고, 위 판결에 대한 항소 및 상고가 모두 기각되어 위 무죄판결이 확정되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제8, 9, 12, 13, 15, 17, 19, 23, 29, 30, 34, 42, 43, 45, 48호증, 을 제10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

(3) 판단

살피건대, 원고가 이 사건 직접 수출분을 수출하지 아니하고 국내에 유통시켰다는 점에 대해서는 피고에게 그 입증책임이 있다고 할 것인바, 이 사건 직접 수출분의 실제 수입자가 수출계약서상의 명의자인 소외 8 회사가 아닌 제3자일 가능성이 있고, 실제로 수출된 물품이 확인되지 않았다고 하더라도, 그러한 사정만으로 곧바로 이 사건 직접 수출분이 수출되지 아니한 채 국내에서 유통되었다고 단정할 수는 없고, 오히려 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 직접 수출분에 해당하는 분량의 금 가공품에 대한 수출신고를 한 후 물품을 수출하였고, 그 물품이 홍콩에서 통관되었으며, 물품대금 상당액이 원고에게 입금된 사정 등을 종합하면, 원고가 이 사건 직접 수출분을 실제로 수출하였을 가능성이 더 크다고 할 것이다. 따라서 이 사건 부과처분 중 직접수출 부분에 관한 부분은 위법하다.

다. 가공 세금계산서 부분

부가가치세법 제1조 제1항 제1호 는 부가가치세 과세대상으로서 ‘재화의 공급’을 규정하고 있고, 제6조 제1항 은 ‘재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다’고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항 소정의 인도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함한다고 할 것이고( 대법원 1985. 9. 24. 선고 85누286 판결 , 대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참조), 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호 가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다( 대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결 , 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조).

이 사건 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2000. 10. 23.부터 같은 해 12. 28.까지 소외 1 주식회사로부터 합계 29,263,195,000원 상당의 금지금을 매입하고 그 대금을 모두 지급한 다음 소외 1 주식회사로부터 이 사건 세금계산서 34장을 교부받은 사실, 원고는 위 금지금을 소외 9 주식회사 등에 매도하고 그 과정에서 일정한 이득을 남긴 사실을 알 수 있는바, 이러한 사실 및 기록에 나타나는 여러 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 소외 1 주식회사가 명목상 대표이사를 두고 설립된 회사로서 단기간(3개월)에 고액의 금지금 거래를 한 후 폐업하였다거나, 운송서류상으로는 이 사건 세금계산서의 공급대상인 금지금의 운송경로가 소외 7 주식회사에서 소외 2 주식회사와 소외 1 주식회사를 거쳐 원고로 기재되어 있으나 실제로는 소외 2 주식회사의 요청으로 소외 7 주식회사에서 출고된 금지금이 소외 2 주식회사나 소외 1 주식회사를 거치지 않고 직접 원고에게 운송되었고, 거래대금도 당일 송금되었다는 등의 사정만으로는 원고와 소외 1 주식회사 사이의 위 금지금 매입거래가 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 보기는 어렵다고 할 것이다.

이에 대하여 피고는, 소외 1 주식회사가 2000. 11. 30.자로 직권폐업되어 그 이후로는 더 이상의 거래가 없었으므로, 위 폐업 이후의 거래에 관한 세금계산서는 사실과 다른 것이라고 주장하므로 살피건대, 부가가치세법상 사업의 개시, 폐지 등은 법상의 등록, 신고 여부와는 관계없이 그 해당사실의 실질에 의하여 결정되고( 대법원 1998. 9. 18. 선고 97누20625 판결 참조), 소관세무서장은 사업자의 적법한 등록신청에 대하여 이를 수리할 뿐 그 사업자등록증의 교부나 검열 등은 그 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위 내지 사업자의 신고사실을 증명하는 사실행위에 지나지 않고 그 말소 또는 휴, 폐업사실의 기재일 뿐 그에 의하여 사업자로서의 지위에 변동을 가져오는 것이 아니라고 할 것인바( 대법원 1993. 12. 10. 선고 93누17355 판결 참조), 갑 제61, 62호증, 을 제14호증의 4 내지 7, 을 제48호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 소외 1 주식회사의 명목상 대표이사였던 소외 10이 2000. 12.까지 급여를 받으면서 2001. 1.경까지 위 회사에 출근한 것으로 보이고(기록 169, 500면), 위 회사의 경리직원이었던 소외 11도 2000. 12. 중순경까지 위 회사에 근무한 것으로 보이는 점(기록 175, 500면), ② 소외 10에 대한 형사확정판결( 서울중앙지방법원 2003고합1062호 )에서 소외 1 주식회사가 2000. 9.경부터 2000. 12. 28.까지 원고회사 등과 금지금 거래를 한 사실이 인정된 점, ③ 소외 1 주식회사는 2000년 제2기 부가가치세 확정신고를 2번에 걸쳐서 하였는데, 그 중 하나는 당시 위 회사의 기장대리를 담당하고 있던 소외 12 세무사가 2001. 1. 25.까지 위 회사로부터 아무런 연락이 없고 연락이 닿지도 않자, 그동안 받아둔 세금계산서에 의하여 전산매체로 신고한 것으로서 그 신고서에는 매출은 전혀 없이 매입만 2,640,000원이 기재되어 있었을 뿐인 반면(을 제8호증), 다른 하나는 2001. 1. 22.경 세무서 민원실 신고서함에 투입되어 신고된 것으로서 그 신고서에는 매출액이 598억여 원, 매입액이 700억여 원으로 기재되어 있었던 점(기록 154-155면), ④ 소외 1 주식회사에 대한 직권폐업일자가 2000. 11. 30.자로 되어 있기는 하나, 이는 위 2000년 제2기 부가가치세 신고가 있은 이후 폐업일자를 소급하여 이루어진 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 소외 1 주식회사는 위 직권폐업일자 이후에도 2000. 12. 28.까지 원고 등과 금지금 거래를 하였다고 봄이 상당하므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

따라서 이 사건 세금계산서가 실제 거래 없이 가공으로 작성된 것이라는 전제 아래 이루어진 이 사건 부과처분 중 이와 관련한 부분은 위법하다고 할 것이다.

라. 정당세액의 계산

따라서 직접 수출분에 관하여 영세율을 적용하고, 이 사건 세금계산서에 관한 매입세액을 공제하여 정당세액을 계산하면, 2000년 제2기 부가가치세는 별지2 ‘부가가치세 정당세액 산출내역’ 중 ‘정당한 세액’란 기재와 139,847,325원이 된다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 부과처분 중 위 정당세액 139,847,325원을 초과하는 부분은 위법하다고 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]