1. 원심판결의 요지

원심판결 이유에 의하면, 원심은 소외 주식회사 두우(이하 '소외 회사'라고 한다)가 1994. 10. 31. 농지인 그 판시의 이 사건 토지를 공장시설부지로 하여 중소기업창업지원법 제21조 에 의한 중소기업창업사업계획승인을 받음으로써 농지전용허가를 받은 것으로 간주되어 농지전용부담금을 부담하게 되었으나 구 농어촌발전특별조치법(1994. 12. 12. 법률 제4818호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 , 그 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14486호로 개정되기 전의 것) 제52조의2 제1항 제16호 에 의하여 그 전용부담금의 50%를 면제받은 사실, 그 후 이 사건 토지는 1995. 2. 16. 공장용지로 지목이 변경되었으나 중소기업인 원고 회사가 1997. 3. 15. 이 사건 토지와 그 지상 공장시설을 낙찰받고 기업활동규제완화에관한특별조치법 제9조 에 따라 공장설립사업계획승인을 받아 이 사건 토지를 당초와 같은 업종의 공장시설부지로 사용하고 있는 사실, 농어촌진흥공사(1999. 2. 5. 법률 제5759호로 제정된 농업기반공사및농지관리기금법이 2000. 1. 1. 시행됨에 따라 피고가 그 권리의무를 포괄 승계하였다)가 1998. 12. 23. 원고 회사의 이 사건 토지의 사용은 농지전용허가를 받아 농지전용목적사업에 사용되고 있는 토지를 농지전용 목적이 완료된 날부터 8년 이내에 다른 목적으로 사용하고, 당초 전용부담금의 50%가 면제되는 시설의 부지로 전용된 토지를 전용부담금의 감면대상이 아닌 일반공장시설의 부지로 사용한 것에 해당한다는 이유로 농지법 제42조 , 구 농어촌발전특별조치법(1999. 2. 5. 법률 제5758호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라고 한다) 제45조의2 , 법시행령(1999. 12. 28. 대통령령 제16646호로 개정되기 전의 것) 제52조의2 제1항 , 제52조의10 제1항 의 각 규정에 의하여 공장설립사업계획승인일인 1997. 5. 29.을 부과기준일로 하고, 부과기준일 당시의 이 사건 토지의 공장부지로서의 이용현황에 기초한 개별공시지가에 따라 산정한 전용부담금 37,272,400원에서 소외 회사가 당초 납부한 1,896,910원을 뺀 35,375,490원을 부과·고지한 이 사건 처분을 한 사실을 인정한 다음, 원고 회사는 중소기업창업지원법 제21조 에 의한 창업절차를 밟아 사업계획승인을 받아 창업하면서 이 사건 토지를 농지에서 공장시설부지로 전용한 것이 아니고, 이미 그와 같은 창업절차에 따라 사업계획승인을 받아 이 사건 토지를 농지에서 공장시설부지로 전용하고 그에 따른 전용부담금의 50%를 면제받은 소외 회사를 사실상 인수받아 이 사건 토지를 사용한 자에 불과하여 법 제45조의2 제4항 , 농지법 제42조 제1항 에 의하여 관할 행정청으로부터 용도변경승인을 받아야 하며, 원고 회사의 이 사건 토지의 사용은 전용부담금 감면대상이 아닌 용도로 변경한 것이므로 소외 회사가 면제받은 전용부담금을 납부하여야 하고, 기업활동규제완화에관한특별조치법 제9조 제1항 에 의하여 중소기업창업지원법 제21조 의 규정이 준용된다고 하여 달리 볼 것은 아니지만, 법 및 법시행령의 규정 취지와 목적 및 농업·농촌기본법시행령 제29조 의 규정 내용에 비추어 농지전용허가를 받아 전용된 토지의 경우 전용부담금의 부과기준을 정한 법시행령 제52조의10 제1항 에서 말하는 '용도변경승인 당시의 해당 부과기준'을 적용하여 산출한 금액이라 함은 용도변경승인 당시를 기준으로 하되 당해 토지의 지목이 농지임을 전제로 한 개별공시지가를 기준으로 산출한 금액을 의미하는 것이지 이미 농지전용이 완료되어 지목이 공장용지로 변경된 이용현황을 토대로 한 개별공시지가를 기준으로 산정한 전용부담금을 의미하는 것은 아니라는 이유로 그와 달리 용도변경승인 당시의 이미 농지전용이 완료되어 지목이 공장용지로 변경된 이용현황을 토대로 한 개별공시지가를 기준으로 산정한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.

2. 전용부담금의 부과 근거법령의 적용에 관한 법리오해 여부

원심판결 이유를 보면, 원심이 이 사건 처분의 위법성 여부를 판단함에 있어서 그 근거 법령은 법시행령 제52조의10 제1항 임을 분명히 하고, 다만 그 규정을 해석함에 있어 농업·농촌기본법시행령 제29조 의 규정 내용도 참작사유의 하나로 삼고 있는데 불과하므로, 이 사건 처분이 그 처분 후에 제정·시행된 농업·농촌기본법시행령 제29조 의 규정에 어긋나 위법하다고 판단한 것은 아니다.

따라서 원심이 이 사건 처분이 처분 후에 제정·시행된 농업·농촌기본법시행령 제29조 의 규정에 어긋나 위법하다고 판단한 것임을 전제로 한 상고이유의 주장은 받아들일 수 없다.

또한, 상고이유에서 들고 있는 판결은 적법한 상고이유의 제출이 없어 실체에 대한 판단 없이 상고가 기각된 것이어서 이 사건에서 원용하기에 적절하지 아니하다.

3. 법 제45조의2 제4항 은 " 농지법 제42조 제1항 의 규정에 의하여 승인을 얻어야 하는 자 중 전용부담금의 부과가 면제되는 시설의 부지로 전용된 토지를 전용부담금의 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 자는 그에 상당하는 전용부담금을 납부하여야 한다."라고 규정하고, 법시행령 제52조의10 제1항 은 " 법 제45조의2 제4항 의 규정에 의하여 전용부담금의 부과가 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 전용부담금의 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 자가 납입하여야 하는 전용부담금은 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 면적에 대하여 농지법 제42조 제1항 의 규정에 의한 용도변경승인 당시의 해당 부과기준을 적용하여 산출한 금액에서 이미 납입한 해당 전용부담금을 뺀 금액으로 한다."라고 규정하고 있는바, 법 제45조의2 제4항 이 전용부담금의 부과가 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 자에 대하여 감면된 전용부담금을 납부하도록 한 입법 취지는, 당초 전용부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용ㆍ사용되는 것을 전제로 감면하였으나 단기간 내에 부득이하게 전용부담금이 감면되지 아니하거나 감면비율이 보다 낮은 다른 시설의 부지로 사용함에 따라 전용부담금을 감면할 필요성이 없어져 당초 감면한 전용부담금을 추가로 납부하게 함으로써 처음부터 그 변경된 용도로 전용허가를 받은 것과의 실질적 형평을 이루고자 함에 있는 점에 비추어 보면, 법시행령 제52조의10 제1항 소정의 전용부담금의 부과가 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 전용부담금이 감면되지 아니하거나 감면비율이 보다 낮은 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 자가 납입하여야 하는 전용부담금 역시 당해 농지에 대한 전용부담금의 부과기준일 당시의 개별공시지가를 기초로 용도변경 승인 당시의 감면비율을 적용하여 산출하여야 할 것이므로, 납부하여야 할 전용부담금은 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 면적에 대하여 전용된 당해 농지에 대한 전용부담금의 부과기준일 당시의 전용부담금의 단위당 금액과 용도변경 승인 당시의 해당 감면비율을 적용하여 산출한 금액에서 이미 납입한 해당 전용부담금을 뺀 금액이 된다고 풀이되는데, 원심이 법시행령 제52조의10 제1항 소정의 '용도변경승인 당시의 해당부과기준을 적용하여 산출한 금액'이라 함은 '용도변경승인 당시를 기준으로 하되 당해 토지의 지목이 농지임을 전제로 한 개별공시지가를 기준으로 산출한 금액'을 의미하는 것이라고 판단한 것은 법 제45조의2 제4항 , 법시행령 제52조의10 제1항 의 납부하여야 할 전용부담금의 산정기준에 관한 위 법리에 어긋난 것으로 잘못이라고 할 것이다.

그러나 원심이 그 이유는 다르지만 이 사건 처분이 위법하다고 하여 취소한 이상 위와 같은 법리오해는 결론에 아무런 영향이 없다.

4. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자인 피고의 부담으로 하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.