당사자 사이에 다툼이 없는 사실 및 갑 제 1, 2, 4호증, 갑 제 3호증의 1, 2, 갑제 6호증의 1 내지 9, 갑 제 7, 9호증, 을 제 1호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 보면, 청구취지 기재 양도소득세 부과처분(이하 이 사건 부과처분이라고 한다.)의 경위에 관하여 다음과 같은 사실이 인정된다.

가. 원고는 1988. 2. 12. ○○지방법원 ○○지원으로부터 분할전의 ○○ ○○군 팔봉면 어송리 산 145임야 15,868평방미터, 같은 리 146의 1 임야 66,149평방미터, 같은 리 산 147 임야 793평방미터, 같은 리 148 임야 595평방미터의 각 14분의 6 지분을 그 대금은 금40,500,000원에 경락받아 같은 해 4. 30. 위 각 부동산에 관하여 원고의 명의의 지분소유권이전등기가 경료하였는바, 위 각 부동산은 1990. 11. 9. 별지목록 기재의 각 토지(이하 이 사건 부동산이라 한다)로 분할되었다.

나. 그 후 원고가 위 각 부동산의 공유자들을 상대로 공유물분할청구의 소를 제기하여 ○○지방법원 ○○지원 1991. 2. 8. 선고 88가단 4043호 판결에 기하여 이 사건 각 부동산중 별지 목록 3, 6기재의 각 부동산에 관하여는 원고 단독명의의 소유권이전등기가, 나머지 각 부동산에 관하여는 그 14분의 6지분에 관하여 원고명의의 소유권이전등기가 각 경료되었고, 이 사건 부동산중 별지 목록 3, 6기재의 각 부동산에 관하여는 1991. 7. 25. 소외 이○익, 이○건 명의로 같은 달 10. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기가, 나머지 각 부동산에 관하여는 1991. 7. 23. 소외 이○익 명의로 같은 달 10. 매매를 원인으로 한 지분소유권이전등기가 각 경료되었다.

다. 이에 원고는 그가 1988. 2. 12. ○○지방법원 ○○지원으로부터 이 사건 부동산을 금40,500,000원에 경락받았다가 같은 해 6. 20. 소외 이○익, 이○건에게 금43,100,000원에 양도하였다고 하여 1991. 7. 31.그 양도차익을 금1,251,712원으로 한 양도차익예정신고를 하였다.

라. 그런데 피고는 1992. 10. 16.에 이르러 이 사건 부동산의 양도는 그 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일이 확인되지 아니하고, 그 대금을 청산한 날도 분명하지 아니할 뿐만 아니라 원고가 주장하는 바와 같은 양도가액을 인정할 자료가 없다는 사유를 들어, 이 사건 부동산에 관한 양도시기를 소득세법(이하 법이라고만 한다) 제27조, 동법 시행령 제 53조 제 1항 제 1호 단서에 따라 이 사건 부동산에 관한 등기부에 기재된 등기접수일은 1991. 7. 23.과 같은 해 7. 25.로 보고, 법 제 23조 제 4항, 제 45조 제 1항 제 1호(각 1993. 12. 31. 법률 제4680호로 개정되기 전의 것, 이하 이와같다.), 시행령 제 115조 제 1항 제 1호에 따라 개별공시지가에 의한 기준시가에 의하여 양도차익 금77,918,975원을 산정한 후 이를 기초로 이 사건 부과처분을 하였다.

2. 당사자의 주장 및 이에 대한 판단.

피고가 위와 같은 이 사건 부과처분의 경위와 법령에 터잡아 이 사건 부과처분은 적법한 것이라고 주장함에 대하여 원고는, 다음과 같은 사유를 내세워 피고의 이 사건 부과처분은 위법한 것이라고 주장한다.

가. 원고는 첫째, 원고는 잡석채취허가를 받아 잡석을 채취할 목적으로 1988. 2. 12. 당시 박○구외 5인의 공유이던 분할전의 토지를 위 인정과 같이 금40,500,000원에 경락받았으나 공유자들과의 사이에 잡석채취에 관한 합의가 이루어지지 아니하여 잡석채취허가를 받는 것이 불가능하게 되자 같은 해 4. 2. 소외 이○수, 이○익과의 사이에 이 사건 부동산에 관하여 그 대금은 금54,065,000원으로 하고, 원고의 책임하에 이 사건 부동산을 분할하여 소유권이전등기를 경료하여 주기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였다가, 같은 해 6. 20. 에 이르러 위 매매계약을 일부 변경하여 매수인을 소외 이○익, 이○건으로 하고, 그 대금지급기일은 1988. 8. 28.로 약정한바 있는데, 이 사건 부동산의 분할을 위한 절차가 지연됨으로 인하여 1991. 7. 23.에 이르러서야 이 사건 부동산에 관하여 위 매수인들 명의의 소유권이전등기가 경료된 것이고, 원고는 1991. 7. 19.에 소외 이○익으로부터 이 사건 부동산의 매매대금중 매수인들이 원고를 대신하여 지출한 분할비용 금10,965,000원을 공제한 나머지 잔금을 지급받음으로서 매매대금의 청산을 완료하였다.

따라서 비록 원고가 양도차익예정신고 당시 이 사건 부동산의 양도시기를 잘못 기재한 흠이 있기는 하나 이 사건 부동산의 취득가액은 금40,500,000원, 양도가액은 금43,100,000원이고, 이와 같은 취득 및 양도가액은 원고가 양도차익예정신고시 제출한 증빙서류의 기재에 의하여 확인되는 경우에 해당한다 할 것임에도 불구하고, 이와 같이 확인된 실지의 취득 및 양도가액에 의하여 이 사건 부과처분의 기초가 되는 양도소득금액을 산정하지 아니한채 1990. 9. 1.이후 시행된 개별공시지가에 따른 개별필지의 기준시가를 적용하여 양도소득금액을 산정하여 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법한 것이라고 주장한다.

그러므로 살피건대, 소득세법 제 23조 제 4항, 제 45조 제 1항 제 1호에 의하면, 토지의 양도 및 취득가액은 양도 및 취득 당시의 기준시가에 의한 금액으로 하되 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 실지거래가액에 의한다.고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제 170조 제 4항 제 3호(1993. 12. 31. 대통령령 제 14083호로 개정되기 전의 것)에 의하면「양도자가 법 제 95조 또는 법 제 100조의 규정에 의한 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우」에는 실지거래가액에 의하여 양도 및 취득가액을 정한다고 규정하고 있다.

위 법령의 규정에 의하면, 양도자가 자산의 양도차익예정신고나 과세표준확정신고를 함에 있어 제출한 증빙서류에 의하여 실지거래가액을 확인할 수 있는 때는 물론 적어도 위 확정신고기간까지 제출된 증빙서류에 의하여 실지의 양도 및 취득가액을 확인할 수 있는 때에는 확인된 실지의 양도 및 취득가액에 의하여 양도소득금액을 산정할 것이나, 그렇지 아니한 경우에는 법 제 23조 제 4항, 제 45조 제 1항 제 1호, 시행령 제 170조 제 1항 본문에 따라 취득 및 양도당시의 기준시가에 위하여 양도차익을 결정하여야 한다고 할 것이다.

그러므로 과연 원고의 양도차익예정신고시에 제출된 증빙서류에 의하여 이 사건 부동산의 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있었는지의 점(원고는 그가 이 사건 부동산의 양도에 따른 과세표준확정신고를 하였다는 점에 관하여 아무런 주장,입증을 하지 아니하고 있다.)에 관하여 보건대, 갑 제 9호증, 갑 제 10호증의 1, 2, 을 제 2, 3호증의 각 기재 및 증인 이○익의 증언일부(뒤에서 믿지 아니하는 부분은 제외)에 변론의 전취지를 종합하여 인정되는 사실은 다음과 같다.

(1) 원고는 1991. 7. 31. 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도차익예정신고를 함에 있어서 그 양도가액에 관한 증빙서류로서, 그가 1988. 6. 20. 소외 이○익, 이○건에게 이 사건 부동산중 별지목록 3, 6기재의 각 부동산을 금42,000,000원에 매도하였다는 취지의 매매계약서(갑 제 10호증의 1)와 같은 날 소외 이○익에게 나머지 부동산의 14분의 6지분을 금1,100,000원에 매도하였다는 취지의 매매계약서(갑 제 10호증의 2)를 제출하였다.

(2) 그런데 위 각 매매계약서는 부동산 거래에 관한 통상의 매매계약서와는 달리 중도금 지급에 관한 약정이 없고 계약금은 계약당일에, 잔금은 1988. 6. 20.(매매계약서상의 계약체결일과 같은 날짜이다.)에 지급하는 것으로 기재되어 있을 뿐만 아니라, 이 사건 부동산은 1990. 11. 9.에 이르러서야 비로소 분할된 것임에도 불구하고 위 각 매매계약서의 부동산 표시 란에는 분할후의 이 사건 부동산이 매매목적물로 기재되어 있다.

(3) 피고는 위 계약서의 기재 자체에 의하여도 그 대금의 지급내용이 불분명할 뿐만 아니라 그 내용이 이 사건 부동산에 관한 이전등기신청시에 첨부한 검인계약서(을 제 2, 3호증)의 기재내용과 다르므로 위 각 매매계약서에 의하여는 실지거래가액을 확인할 수 없고, 달리 이 사건 부동산의 실지거래가액을 확인할 자료가 없다고 하여 이 사건 부동산의 양도가액이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 이 사건 부과처분을 하였다.

위 인정사실에 의하면, 원고가 양도차익예정신고시에 제출한 증빙서류에 의하여 이 사건 부동산의 취득 및 양도가액을 확인할 수 있는 경우라고 보기 어려우므로 설사 원고가 이 사건 부동산을 원고 주장과 같은 금액으로 소외 이○건, 이○익이게 양도하였다고 할지라도 피고가 이사건 부동산의 취득 및 양도당시의 기준시가에 의하여 양도소득금액을 산정하고 이를 기초로 하여 한 이 사건 조치는 정당하다 할 것이므로 원고의 위 주장은 이를 받아들이지 아니한다.

나. 원고는 또한, 그가 1988. 4. 2. 소외 이○익등과의 사이에 이 사건 부동산에 관한 매매계약을 체결하였으나 앞에서 주장한 바와 같은 사유로 인하여 공유물분할절차가 지연됨으로 인하여 그 대금청산이 1991. 7. 19. 완료된 것에 불과한 것이므로 이 사건 부동산의 양도의 원인행위는 1988. 4. 2.에 이루어진 것으로 보아야 할 것이고, 한편, 1990. 5. 1. 대통령령 제 12994호로 개정된 소득세법 시행령 제 115조 제 1항 제 1호는 국세청장이 지정하는 특정지역 이외의 토지의 양도시 기준시가에 의하여 양도소득을 산정하는 경우 종전의 지방세법상의 과세시가표준액에 의한 가액 대신 개별공시지가를 적용하도록 규정하면서 그 경과규정으로서 부칙 제 2항에「이영은 이영 시행후 최초로 양도하는 것부터 적용한다.」고 규정하고 있는바, 위 부칙 제 2항에서 말하는 양도 란 소득세법 제 27조, 동법 시행령 제 53조 제 1항 본문의 양도시기 등의 글귀에 관계없이 양도소득세의 과세대상으로서의 양도의 원인행위를 가리키는 것으로 보아야 할 것이므로 이 사건 부동산의 양도소득금액을 산정함에 있어서는 위 매매계약 당시에 시행되고 있던 개정전의 대통령령의 규정에 따라 지방세법상의 과세표준액을 적용하여 결정하여야 할 것임에도 불구하고 피고는 개정된 위 대통령령의 규정에 따라 개별공시지가에 의하여 양도소득금액을 산정하였으므로 이는 위법한 것이라고 주장한다.

그러므로 살피건대, 자산의 양도시기 및 취득시기에 관하여 법 제 27조는「자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다」고 규정하고, 시행령 제 53조 제 1항 제 1호는, 「법 제 27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다」고 규정하고, 그 제 1호에서「대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일 까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부, 등록부 또는 명부등에 기재된 등기 접수일로 한다」고 규정하고 있다.

나아가 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 부동산 매매계약의 대금청산일이 1991. 7. 19.이라는 점에 관하여 이에 부합하는 증인 이○익의 일부증언은 앞에서 인정한 사실에 비추어 이를 믿지 아니하고, 갑 제 8호증의 1, 2, 갑 제 11호증의 1 내지 3의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하며 그밖에 이를 인정할 아무런 증거가 없고, 또한 이 사건 부동산에 관한 매매계약서(갑 제 10호증의 1, 2)에 기재된 잔금지급약정일이 불분명한 것임은 앞에서 본바와 같으므로 이 사건 부동산의 양도일은 위 법령의 규정에 의하여 등기부에 기재된 등기접수일로 보아야 할 것인바, 피고가 이 사건 부동산의 양도시기를 이 사건 부동산에 관한 등기접수일인 1991. 7. 23.과 같은 달 25.로 본 조치는 적법하다 할 것이다.

또한 앞에서 본 소득세법 제 23조 제 4항, 제 45조 제 1항 제 1호의 규정과 관련하여 소득세법 제 60조는「제 23조 제 4항과 제 45조 제 1항 제 1호에 규정하는 기준시가의 결정은 대통령령이 정하는 바에 의한다」고 규정하며, 같은 법 시행령(1990. 5. 1. 대통령령 제 12994호로 개정되기 전의 것) 제 115조 제 1항은「법 제 60조에 규정하는 기준지가의 결정은 다음 각호에 정하는 바에 의한다.」고 규정하면서 그 제 1호는 (나)목에서「토지, 건물의 경우 국세청장이 정하는 특정지역 이외의 지역에 있어서는 지방세법상의 과세시가표준액에 의한 가액」을 법 제 60조에 규정하는 기준시가로 결정하도록 하였다가, 위 시행령 제 115조 제 1항 제 1호가 1990. 5. 1. 대통령령 제 12994호로 개정되어 가목에서「국세청장이 지정하는 지역 이외의 경우에는 시장, 군수, 구청장이 지가공시및토지등의평가에관한법률 제 10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가(이하, 개별공시지가라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지에 있어서는 인근유사 토지의 개별공시지가를 참작하여 재무부령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액으로 한다」고 기준시가의 결정 방법을 변경하면서, 그 부칙 제 1항에서「이영은 1990. 9. 1.부터 시행한다.」. 제 2항에서「이 영은 시행후 최초로 양도하는 것부터 적용한다.」고 경과규정을 두고 있는바, 위 부칙 제 2항의 취지는 양도소득세의 납세의무의 성립시기가 다른 일반적인 소득과 다르다는 점을 감안하여 이미 성립한 양도소득세 납세의무에 대하여는 개정전의 시행령을 적용하고, 개정된 시행령의 시행후에 납세의무의 성립시기가 도래하는 양도에 대하여는 개정된 시행령을 적용한다는 취지로 해석함이 상당하다 할 것이다(1987. 5. 8. 대통령령 제12154호로 개정된 소득세법 시행령 부칙 제 1항은「이 영은 공포한 날로부터 시행한다.」, 제 2항 본문은 일반적 적용례라는 제목하에「이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용한다」, 제 3항은 양도소득세에 관한 적용례라는 제목하에「--- 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.」라고 규정하고 있음에 반하여 1990. 5. 1. 대통령령 제12994호로 개정된 시행령은 위와 같이 부칙 제 1항 및 제2항의 규정만을 두고 있는바, 이는 위 1990. 5. 1. 대통령령 제12994호가 기준시가의 결정에 관한 제 115조의 규정만을 개정하였기 때문인 것으로 보인다.)

나아가 이 사건에 관하여 보건대, 납세의무의 성립시기를 규정한 국세기본법 제 21조 제 1항 제 1호 본문, 제 2항 제 2호의 규정에 비추어 보면, 원고의 이 사건 양도소득세 납세의무는 이 사건 부동산의 양도시인 위 1991. 7. 23.과 같은 달 25.에 발생하였다고 할 것이므로, 이 사건 양도소득세에 관하여는 위 납세의무의 성립일 당시에 시행되던 개정된 소득세법 시행령 제 115조 제 1항과 제 1호를 적용하여야 하고, 위 개정전의 시행령을 적용할 것이 아니라고 할 것(대법원 1990. 10. 16. 선고 90누2406 판결 참조)이므로 원고의 위 주장 역시 이유없다 할 것이다.

다. 원고는 다시, 기준시가에 의하여 양도차익을 결정함에 있어서도 양도가액에서 취득가액등 필요경비를 공제하여 산정한 양도차익이 실지양도가액을 넘는 경우에는 실질과세의 원칙상 실지양도가액을 그 한도로 하여야 할 것인데, 이 사건 부동산의 실지 양도가액은 금54,065,000원에 불과한데도 피고가 양도차익을 금77,918,975원으로 산정하여 과세한 것은 위법한 것이라고 주장하므로 살피건대, 피고가 이 사건 부동산의 양도차익을 금77,918,975원으로 산정하여 이 사건 처분을 하였음은 앞에서 인정한 바와 같고, 한편 양도소득세를 부과하기 위하여 취득가액 및 양도가액을 산출함에 있어서 그중 어느 하나가 불분명하다 하여 모두를 기준시가에 의하여 산출하는 경우에도 국세기본법 제 14조 제 2항이나 소득세법 제 7조 소정의 실질과세원칙에 비추어 볼 때 기준시가에 의한 양도가액에서 취득가액을 공제한 양도차익이 실제로 양도한 가액의 범위를 넘을 수 없음은 원고가 주장하는 바와 같으나, 이 사건에 있어서 이 사건 부동산의 실지양도가액이 피고가 기준시가에 의하여 산정한 양도차익에 미치지 못하는 것이라는 점에 관하여 앞에서 믿지 아니한 증거들 이외에는 이를 인정할 아무런 증거가 없으므로 원고의 위 주장은 그 나머지의 점에 관하여 더 나아가 살펴 볼 필요없이 이유없다 할 것이다.

3. 그렇다면, 피고의 이 사건 과세처분이 위법함은 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이사건 청구는 이유없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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