결정 내용은 붙임과 같습니다.

2. 항소비용은 원고들이 부담한다.

2. 피고 AA세무서장이 원고 한☆☆에 대하여 한 2007. 3. 10.자 원고 주식회사 ○○ 주택의 2001년 귀속 법인세 370,652,556원의 납부통지처분을 취소한다.

3. 피고 DD세무서장이 원고 한☆☆에 대하여 한, 2007. 4. 4.자 2001년 귀속 종합소득세 1,256,453,120원의 부과처분, 2001년 귀속 주민세(소득세활) 125,645,310원 중 1억 원을 초과하는 부분의 부과처분 및 2007. 5. 1.자 2001년 귀속 종합소득세 356,527,920원의 부과처분, 2001년 귀속 주민세(소득세할) 35,652,790원 중 3,000만 원을 초과하는 부분의 부과처분을 각 취 소한다.

항소취지

제1심 판결 중 ① 피고 AA세무서장이 원고 주식회사 ○○주택에 대하여 한, 2007. 2. 22.자 소득금액변동통지(원고 한☆☆에 대한 28억 원의 상여처분 및 781,859,484원의 상여처분) 및 2007. 3. 10.자 2001년 귀속 법인세 370,652,550원의 부과처분, ② 피고 DD세무서장이 원고 한☆☆에 대하여 한 2007. 4. 4.자 2001년 귀속 종합소득세 1,256,453,120원의 부과처분 및 2007. 5. 1.자 2001년 귀속 종합소득세 356,527,920원 의 부과처분을 각 취소하고, 그 부분에 해당하는 피고들의 각 소득금액변동통지 및 부과처분을 모두 취소한다(원고 한☆☆은 2007. 3. 10.자 법인세 납부통지처분 및 각 종합소득세에 관련된 주민세 부과처분에 관련된 부분에 대하여는 따로 항소하지 아니 하였다).

가. 원고 주식회사 ○○주택(이하 '원고회사'라 한다)은 서울 노원구 ●●동 25-1 외 3필지의 ●●동아파트신축사업(이하 '이 사건 신축사업'이라 한다)을 추진하던 중, 2000. 5. 19. KK건설 주식회사(이하 'KK건설'이라 한다)에게 이 사건 신축사업을 양도대금 83억 7,000만 원(이하 '이 사건 양도대금'이라 한다)에 양도하였다.

나. 원고 회사의 소재지를 관할하는 피고 AA세무서장은 이 사건 양도대금의 잔금 중 28억 원(이하 '이 사건 잔금'이라 한다)이 김◎◎ 및 권◇◇에게 양도되었다고 회계 처리된 부분이 부적절하다고 보고 2007. 2. 15. 귀속이 불분명한 이 사건 잔금 상당액 을 대표이사인 한☆☆에 대한 상여로 결정하여 원고 한☆☆에게 통지함과 동시에, 원고 한☆☆의 주소지를 관할하는 DD세무서장에게 인정상여 소득자료를 통보하였다.

다. 피고 DD세무서장은 2007. 4. 4. 위 인정상여 소득자료에 근거하여 원고 한☆☆에게 2001년 귀속 종합소득세 1,256,453,120원을 부과하였다.

라. 원고 한☆☆은 2007. 6. 14. 위 종합소득세 부과처분에 관하여 국세심판원에 심판청구를 하였던바, 국세심판원은 2007. 12. 31. 위 심판청구를 기각하는 취지의 결정 을 하였다.

마. 한편 피고 AA세무서장은 KK건설이 이 사건 양도대금과 별도로 원고 회사가 하도급업체에게 지급하지 아니한 공사대금 781,859,484원(이하 '이 사건 공사대금'이라 한다)을 대신 지급하였다는 이유로, 이 사건 공사대금을 이 사건 신축사업의 양도대금의 일부로 보아, 위 공사대금을 원고 회사의 2001 사업연도 익금에 산입한 뒤, 이를 근거로 2007. 3. 10. 원고 회사에게 2001년 귀속 법인세 370.652.550원을 부과하고, 귀속이 불분명한 이 사건 공사대금 상당액을 대표이사인 원고 한☆☆에 대한 상여를 결정하여 원고 한☆☆에게 통지함과 동시에 원고 한☆☆의 주소지를 관할하는 DD세무서장에게 인정상여 소득자료를 통보하였다.

바. 피고 DD세무서장은 2007. 5. 1. 위 인정상여 소득자료에 근거하여 원고 한☆☆에 대하여 2001년 귀속 종합소득세 356,527,920원을 부과하였다.

사. 원고 회사는 2007. 6. 8. 위 법인세 부과처분 및 이 사건 공사대금을 원고 한☆☆에 대한 상여로 소득처분한 것에 관하여 조세심판원에 심판청구를 하였던바, 조세심판원은 2008. 3. 20. 원고 회사의 심판청구를 기각하는 취지의 결정을 하였다.

[인정근거] 갑 제2호증의 1, 갑 제5호증, 갑 제8호증, 을 제12호증, 을 제20호증, 을 제21호증, 을 제27호증의 각 기재 변론 전체의 취지

2. 이사건소의적법여부

가. 직권판단

직권으로 살피건대, 피고 AA세무서장이 2007. 2. 22. 원고 회사에게 청구취지 기재 소득금액변동통지를 하였다고 볼 아무런 증거가 없으므로, 이 부분 소는 존재하지 않는 처분을 대상으로 하는 취소소송으로 부적법하다.

나. 피고 DD세무서장의 본안전 항변에 관한 판단

피고 DD세무서장은 원고 한☆☆에 대한 2007. 5. 1.자 2001년 귀속 종합소득세 356,527,920원의 부과처분에 관하여, 원고 한☆☆이 행정심판을 거지지 아니하고 이 사건 소를 제기하였으므로, 이 부분 소는 부적법하다고 주장하므로 살피건대, 원고 한 상열이 피고 DD세무서장의 2007. 5. 1.자 종합소득세 부과처분에 관하여 국세기본법 에서 정한 심사청구 또는 심판청구 등을 거쳤다고 인정할 만한 아무런 증거가 없으므로, 이 부분 소는 적법한 전심절차를 거치지 아니하고 제기된 소로서 국세기본법 제56조 제2항에 의하여 부적법하다{이에 대하여 원고 한☆☆은, 원고 회사가 위 종합소득 세 부과처분의 전제가 되는 법인세 부과처분 및 소득금액 변동통지에 관하여 전심절차를 이미 거쳤으므로, 위 종합소득세 부과처분에 대하여는 다시 전심절차를 거칠 필요 가 없다고 주장하나, 법인세와 종합소득세는 세목뿐만 아니라 과세관청 및 납세의무자 가 전혀 상이하고 손금불산입으로 법인소득이 발생하였다 하더라도 그와 같은 소득의 귀속은 법인에 유보되거나 사외 유출되더라도 실제 귀속자에 따라 달라지게 되어 반드시 그 소득이 대표자에게만 귀속된다고는 볼 수 없는 등 각기 독립한 별개의 처분이므로, 법인이 법인세 부과처분 및 인정상여처분을 대상으로 전심절차를 거쳤다 하더라도, 당연히 그 인정상여의 귀속자에 대한 종합소득세 부과처분 취소소송의 전심절차를 거친 것으로 볼 수는 없고 또한 중복하여 전심절차를 거칠 필요가 없는 경우에도 해당 하지 아니하므로(대법원 2006. 12. 7. 선고 2005두4106 판결 참조), 위 주장은 이유 없다}.

3. 본안에관한판단

가. 원고 한☆☆에 대한 2007. 4. 4.자 종합소득세 부과처분(이하 이 항에서는 '이 사건 처분'이라 한다)에 관하여

1) 원고 한☆☆의 주장 요지

가) 이사건처분의전제인소득금액변동통지가원고회사에적법하게송달되지아니하였으므로이사건처분또한위법한것으로보아야한다.

나) 이 사건 처분은 이 사건 잔금이 원고 한☆☆에게 귀속되었음을 전제로 하였으나, 이 사건 잔금은 실제로 위 원고에게 귀속되지 아니하였다.

다) 이 사건 잔금이 2001 사업연도가 아닌 2000 사업연도에 원고 회사에 귀속되었음에도 불구하고, 이 사건 처분은 이 사건 잔금 상당액이 2001년에 원고 회사에 귀속된 것을 전제로 처분을 하였다.

2) 인정사실

가) 원고 회사는 KK건설에 대한 이 사건 잔금채권 중, 2000. 5. 26.에는 10억 원 부분을 권◇◇에게 양도하고, 같은 해 6. 2.에는 8억 원 부분을 권◇◇에게, 10억 원 부분을 김◎◎에게 각 양도한다는 취지의 채권양도증서들(을 제17호증의 2 내지 4)을 작성하였다.

나) KK건설은 그 후 권◇◇에게 양도된 이 사건 잔금채권(합계 18억 원) 중 11억 7,600만 원 부분에 대한 대물변제조로 권◇◇에게 아파트 7세대를 양도한 것으로 처리하는 등, 2000. 6. 21.부터 2001. 5. 11.까지 사이에 이 사건 잔금채무를 권◇◇ 및 김◎◎(또는 그들로부터 다시 이 사건 잔금채권을 양도받은 조□□, 이■■ 등 제3자) 에게 모두 변제한 것으로 처리하였고 한편 그 무렵 위 아파트 7세대 중 6세대는 김복 남에게, 나머지 1세대는 이△△에게 각 양도된 것으로 처리되었다.

다) 원고 회사는 이 사건 잔금채권의 변제 또는 대물변제에 관하여, 그 회계처리를 아예 생략하거나 별다른 근거 없이 현금입금 뒤의 가수금 반제 로 회계처리하였다(원고 한☆☆은 위 가수금 반제 회계처리가 정당한 것이었고 주장하나, 위 회계처리의 정당성을 뒷받침할만한 증빙자료를 전혀 제출하지 못하고 있다).

라) 한편, 원고 한☆☆은 2000년경까지 김▲▲으로부터는 총 9억 8,000만 원을 차용하였고, 이△△으로부터는 2억 원을 차용하였다.

마) 권◇◇ 및 김◎◎는 이 사건 처분의 계기가 된 국세청의 세무조사에서 자신들이 이 사건 잔금채권을 양수하였거나, 제3자에게 이를 양도하였거나, 이에 관하여 변제 또는 대물변제를 받거나, 제3자에게 이 사건 잔금채무의 대물변제로 취득한 아파트를 양도한 사실 을 전혀 알지 못하고 원고 한☆☆이 무단으로 자신들의 명의를 이용하여 위와 같은 거래의 외관을 만들었다는 취지로 진술하였다.

바) 김▲▲ 또한 위 세무조사에서 자신이 원고 한☆☆로부터 변제받을 채권에 대한 대물변제로서 위와 같이 아파트 6세대를 양도받았다는 취지로 진술하였다.

[인정근거] 갑 제8호증, 을 제9호증, 을 제17호증의 2 내지 4, 을 제18호증, 을 제19호증, 을 제23호증의 4, 5, 7 내지 9, 11 내지 13, 을 제24 내지 26호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3) 판단

가) 과세관청이 소득처분을 한 경우 당해 소득금액의 지급자로서 원천징수의무자인 법인에 대하여는 소득금액변동통지서가 당해 법인에게 송달된 날에 그 원천징수의무가 성립하는 것과는 달리, 그 소득의 귀속자에 대하여는 법인에 대한 소득금액변동통지가 송달되었는지 여부와 상관없이 소득처분이 있게 되면 소득세법 제20조 제1항 제1호 (다)목 소정의 '법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액'에 해당하여 근로소득세의 과세대상이 되는바(대법원 2006. 7. 27. 선고 2004두9944 판결 참조), 가사 원고 회사에 대하여 소득금액변동통지가 이루어지지 않았다고 하여 원고 한☆☆에 대한 종합소득세 과세처분이 위법하게 되는 것은 아니므로, 이와 다른 전제에 선 원고 한☆☆의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 위 인정사실에 의하면 이 사건 잔금은 사실상 원고 회사의 대표이사인 원고 한☆☆에 의하여 김▲▲, 이△△에 대한 차용금채무 변제 등의 용도로 사용된 것으로 보이므로, 이 사건 잔금은 모두 사외에 유출되어 원고 한☆☆에게 귀속되었다고 할 것 이고, 설령 이와 달리 보더라도, 위 인정사실에 의하면 이 사건 잔금은 모두 사외에 유출되었고 적어도 그 귀속이 불분명한 경우에는 해당하여, 과세관청은 결국 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에 따라 이를 대표자인 원고 한☆☆에 대한 상여로 소득처분하여야 할 것이므로, 원고 한☆☆의 이 부분 주장은 어느 모로 보나 이유 없다{이에 대하여 원고 한☆☆은 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서가 상위법령인 법인세법 제67조의 위임범위를 초과한 것으로서 무효라고 주장하나, 법인세법 제67조에서의 소득처분은 법인세의 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 법인의 내부에 유보된 것인지 또는 사외로 유출된 것인지를 확정 하고, 만일 당해 금액이 사외로 유출된 것이라면 누구에게 어떤 소득의 형태로 귀속된 것인지를 특정하여 그 귀속자와 소득의 종류를 확정하는 세법상의 절차로서, 이미 특정과세연도에 귀속된 소득을 사후적으로 확인하는 절차인바 익금에 산입한 금액이 사외로 유출된 것이 분명한 경우에는 반드시 누군가에게 귀속되었을 것이나, 과세자료 등을 통하여 그 귀속자를 객관적으로 확정할 수 없는 '귀속불분명'의 경우를 충분히 예상할 수 있으므로, 위 법 제67조가 ... 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라ㆍ처분한다 고 규정하여 '그 귀속자에 따라'라는 문언을 사용하였다고 하더라도, 위 법조가 대통령령에 위임하고 있는 소득처분의 종류와 내용에는 사외유출된 익금산입액이 누군가에게 귀속되었을 것임은 분명하나 그 구체적 귀속자를 밝힐 수 없는 경우를 포함하고 있다고 봄이 상당하므로 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 모법인 위 법 제67조의 위임 범위를 벗어난 무효의 규정이라고 할 수 없다(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결 등 참조)}.

다) 앞에서 살펴 본 바와 같은 사정 즉 이 이 사건 잔금채무의 청산이 최종적으로 2001 사업연도 중에 완료된 점 원고 회사가 2001년 귀속 법인세를 신고함에 있어서 이 사건 잔금을 포함하는 이 사건 양도대금을 2001 사업연도의 익금에 포함시킨 점 등을 모아 보면, 이 사건 잔금은 2001 사업연도에 원고 한☆☆에게 귀속되었거나 또는 그 귀속이 불분명하게 되었다고 판단되고, KK건설이 2000 사업연도에 이 사건 공사대금 중 일부를 지급하였다는 사정만 가지고는 위와 같은 판단을 뒤집기에 부족하므로, 원고 한☆☆의 이 부분 주장도 이유 없다.

4) 소결론

따라서 이 사건 처분의 위법사유와 관련된 원고 한☆☆의 주장들은 모두 이유 없고, 달리 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 볼 아무런 사정이 없다.

나. 원고회사에대한2007. 3. 10.자법인세부과처분(이하이항에서 '이사건처분' 이라한다)에관하여

1) 원고회사의주장

원고회사는이사건처분이다음과같은이유로위법하다고주장한다.

가) 이 사건 신축사업의 양도 후 양도대금에 관한 부분이 변경되지 아니하였던 사정 등에 비추어 볼 때, 이 사건 공사대금은 이 사건 양도대금에 포함된 것으로 보아야 한다.

나) 이 사건 양도대금은 모두 2000 사업연도에 지급되었으므로 이 사건 신축사업의 양도와 관련한 대가도 모두 원고 회사의 2000 사업연도 익금에 산입되어야 하고, 가사 그렇지 않다고 하더라도, KK건설은 2000. 5. 23.부터 2000. 7. 20.까지 이 사건 공사대금 중 700,107,484원을 지급하였고, 2001. 1. 20.에는 그 나머지 81,752,000원만 을 지급하였으므로, 적어도 이 사건 공사대금 전부를 원고 회사의 2001 사업연도 익금 에 산입하여서는 아니 된다.

다) 이 사건 공사대금을 원고 회사의 익금으로 본다면 같은 금액 상당액이 손금에도 산입되어야 하므로, 결과적으로 법인세 과세표준에는 변동이 없다고 보아야 한다.

2) 판단

가) 을 제12 내지 14호증, 을 제15호증의 1 내지 4의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 여러 사정에 비추어 보면, 이 사건 공사대금이 사실상 이 사건 양도대금에 포함되었다고 볼 수는 없다.

① 원고 회사는 2000. 5. 19. KK건설에게 이 사건 신축사업을 양도함에 있어 서 그 계약서(을 제12호증)에 총양도대금을 이 사건 양도대금인 '83억 7.000만 원'으로 기재하는 한편(제2조 제1항), 그 중 하도급업체에 대한 공사대금 인수금인 28억 7,000만 원에 대하여는 실사 후 정산하기로 약정하였다(제5조).

② KK건설은 그 후 원고 회사에게 이 사건 양도대금을 모두 지급하였고, 이와는 별도로 이 사건 신축사업의 하도급업체들에게 이 사건 공사대금 상당액을 공사관련 미지급금 명목으로 지급하였으며, 그 중 원고 회사가 하도급업체들로부터 세금계산서를 수령한 가액은 566,389,100원이고 KK건설이 하도급업체들로부터 세금계산서를 직접 수취한 가액은 215,470,384원이다.

③ KK건설은 2001. 6.경부터 같은 해 10.경까지 원고 회사에게 이 사건 공사 대금에 관한 매입세금계산서의 교부를 요청하였고, 이에 따라 원고 회사는 KK건설에 게 이 사건 공사대금 중 일부에 관한 매입세금계산서를 교부하였다.

④ 피고 AA세무서장은 이 사건 처분을 앞두고 원고 회사에게 이 사건 공사대금이 이 사건 양도대금에 포함되는지 여부에 관하여 소명을 요구하였으나 원고 회사는 당시 이에 대하여 아무런 소명을 하지 아니하였다.

⑤ 원고 회사는 행정심판 신청서 및 제1심 소장 등에서 KK건설이 하도급업체들에게 이 사건 공사대금 상당액을 지급하였다는 점에 대하여는 별다른 이의를 제기하지 아니하고, 오히려 KK건설이 주장하는 하도급업체들에 대한 위 공사대금 상당액의 지급시기 및 금액 등을 전제로 하여 이 사건 처분의 부과제척기간 경과 및 귀속시기 결정의 위법성에 관한 주장을 하고 있다.

⑥ 원고 회사는 이 사건 공사대금이 이 사건 양도대금의 미수금으로 상계처리 되었다 는 취지로도 주장하나 이를 인정할 아무런 증거가 없다.

나) KK건설이 2000 사업연도에서 2001 사업연도에 걸쳐 이 사건 공사대금을 지급하였고, 이 사건 양도대금의 잔금채무의 청산이 2001 사업연도 중에 최종적으로 완료된 점, 원고 회사가 2001년 귀속 법인세를 신고함에 있어서 이 사건 양도대금을 2001 사업연도의 익금에 포함시켰던 점 등을 모아 보면, 과세관청이 이 사건 공사대금을 원고 회사가 이 사건 양도대금의 회계처리를 한 시점과 같은 시점인 2001 사업연도에 전부 산입한 것에 어떠한 잘못이 있다고 볼 수 없다.

다) 과세관청이 당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금액을 발견한 경우에 이에 대응하는 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 누락수입에 대응하는 비용에 관한 신고를 누락하였다고 하여 그 공제를 받고자 한다면 그 비용의 손금 산입을 구하는 납세의무자가 스스로 그 누락 사실을 주장ㆍ입증하여야 한다(대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결 등 참조).

그런데 을 제15호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 회사는 KK건설이 대신 지급한 이 사건 공사대금에 관하여도 하도급업체로부터 세금계산서 등을 수취하였던 사실을 인정할 수 있으므로 다른 특별한 사정이 없는 한 원고 회사는 이 사건 공사대금에 상응하는 비용까지 당해년도 법인세 신고시에 손금산입하여 신고하였던 것으로 보이고 달리 원고 회사가 누락수입에 대응하는 일부 비용에 관한 신고를 누락하였다는 점에 관하여 아무런 주장ㆍ입증을 하지 못하고 있으므로, 손금산입누락과 관련된 원고 회사의 주장은 이유 없다.

3) 소결론

따라서 이 사건 처분의 위법사유와 관련된 원고 회사의 주장들은 모두 이유 없고, 달리 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 볼 아무런 사정이 없다.

4. 결론

그렇다면 피고 AA세무서장이 원고 주식회사 ○○주택에 대하여 한 2007. 2. 22.자 소득금액변동통지{원고 한☆☆에 대한 28억 원의 상여처분 및 781.859.484원의 상여처분) 및 피고 DD세무서장이 원고 한☆☆에 대하여 한 2007. 5. 1.자 2001년 귀속 종합소득세 356,527,920원의 부과처분의 취소청구는 부적법하므로 이를 모두 각하하고, 원고 한☆☆의 피고 DD세무서장에 대한 2007. 4. 4.자 종합소득세 부과처분 취소청구 및 원고 회사의 피고 AA세무서장에 대한 법인세 부과처분 취소청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고, 원고들의 항소는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.