2. 피고가 2006. 7. 30. 원고에 대하여 한 양도소득세 47,367,723원에 관한 경정청구거부처분 중 236,839원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

4. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2004. 9. 16. 이후 비상장 법인인 알앤엘생명과학 주식회사(대표이사 소외 1, 이하 ‘알앤엘생명과학’이라고 한다)의 주식 53,541주(이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다)를 소유하고 있었다.

나. 코스닥 상장법인인 대원이엔티 주식회사(대표이사 소외 2, 이하 ‘대원이엔티’라고 한다)는 2005. 5. 31. 알엔엘생명과학과 사이에, 2005. 8. 31.자로 주식을 포괄적으로 교환하여 대원이엔티를 완전모회사, 알앤엘생명과학을 완전자회사로 하기로 하는 내용의 주식의 포괄적 교환계약을 체결하였는데, 위 교환계약에는 ‘1주 미만의 단주에 대하여는 주식교환 신주가 거래소 시장에 상장되는 초일의 종가를 기준으로 계산한 금액을 알엔엘생명과학의 주주에게 현금으로 지급한다.’라는 내용이 포함되어 있다.

다. 위 교환계약을 체결함에 있어 대원이엔티와 알앤엘생명과학은 우선 삼화회계법인에 의뢰하여 알앤엘생명과학 발행 주식을 1주당 17,107원으로 평가하는 한편, 대원이엔티의 주식은 그 발행 주식 3.76주를 1주로 병합하는 감자를 실시하는 전제에서 위 교환계약 당일인 2005. 5. 31.에서 소급한 1개월 가중평균종가, 1주일 가중평균종가 및 최근일 종가의 산술평균종가와 최근일 종가 중 낮은 금액( 증권거래법 시행규칙 제36조의12 제1항 에서 규정한 방법)인 421원으로 평가하여 알앤엘생명과학 주식 1주당 대원이엔티 주식 10.8주[17,107÷1,582.96원(421 × 3.76)]를 교환하는 것으로 약정하였다.

라. 그런데 대원이엔티의 감자절차가 있은 이후 알앤엘생명과학의 전환사채가 주식으로 전환되자 삼화회계법인은 알앤엘생명과학 주식 1주당 가치를 15,973원으로 재평가하였고, 이에 따라 위 교환비율도 알앤엘생명과학 주식 1주당 약 10.09주(15,973원÷1.582.96)를 교환하는 것으로 변경되었다.

마. 위 주식교환계약에 따라 2005. 8. 31. 대원이엔티(주식교환 후 상호가 ‘주식회사 알앤엘바이오’로 변경되었다)는 알엔엘생명과학의 완전모회사가 되었고, 알앤엘생명과학은 대원이엔티의 완전자회사가 되었으며, 그 과정에서 원고 소유의 이 사건 주식은 대원이엔티에게 이전되고 원고는 대신 대원이엔티의 주식을 취득하였다.

바. 이후 원고는 2005. 11. 30. 이 사건 주식의 양도가액을 위 평가액인 1주당 15,973원으로 산정하여 양도소득세 예정신고를 한 후 양도소득세 71,988,691원을 납부하였다.

사. 원고는 2006. 5. 30. 피고에게 이 사건 주식의 양도가액은 위 평가액인 1주당 15,973원이 아니라 위 주식교환 무렵의 알엔엘생명과학 주식의 매매사례가액을 산술평균하여 산정한 1주당 6,143원이고, 이를 기준으로 한 정당한 양도소득세는 24,620,968원이므로, 위와 같이 정당한 세액을 초과하여 신고·납부한 47,367,723원(71,988,691원 - 24,620,968원)은 환급되어야 한다고 주장하면서 감액경정청구를 하였다.

아. 원고는 피고가 위 경정청구를 받은 날부터 국세기본법 제45조의2 제3항 에서 정한 2월의 기간이 지나도록 아무런 통지를 하지 아니하자 위 부작위를 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)으로 보고 2006. 12. 15. 국세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 제기하였고, 이에 대하여 국세심판원은 2007. 6. 8. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

【인정근거】 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7, 8호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 주식은 비상장주식이어서 실지거래가액에 의하여 그 양도가액을 산정하여야 하나, 원고는 대원이엔티와 사이에 이 사건 주식의 교환 대가를 정한 사실이 없고, 대원이엔티의 주식과의 교환비율에 따른 정산절차를 거쳐 그 차액을 받은 사실도 없으므로, 이 사건 주식의 양도는 실지거래가액이 없는 경우에 해당한다.

(2) 따라서 이 사건 주식의 양도에 따른 양도가액은 소득세법의 규정에 따라 매매사례가액인 1주당 6,143원이나 5,500원 또는 6,500원으로 산정되어야 하고, 그것이 부당하다면 상속세 및 증여세법에 따른 감정평가액 또는 소득세법에 따른 기준시가액인 1주당 662원으로 산정되어야 하므로, 원고의 감액경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제3호 (다)목 , 제96조 제2항 은 거래소에 상장되지 아니한 주식의 양도로 인하여 발생하는 양도소득세를 산정함에 있어 그 양도가액을 양도 당시의 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있고, 다만 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제114조 제5항 , 소득세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제176조의2 제1항 제1호 , 제3항 은 양도 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되어 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가의 순서로 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있다.

(2) 먼저, 이 사건 주식의 양도에 있어서 실지거래가액이 존재하거나 이를 확인할 수 있는지에 관하여 본다.

무릇 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지양도가액이라 함은 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액, 즉, 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것이다( 대법원 1993. 2. 12. 선고 92누14472 판결 , 대법원 1999. 11. 26. 선고 98두19841 판결 등 참조).

돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 대원이엔티와 알앤엘생명과학 사이의 주식의 포괄적 교환계약에 따라 이 사건 주식이 대원이엔티에 이전되고 그 대신 원고가 대원이엔티의 신주를 인수한 사실은 앞에서 인정한 바와 같으나, 위 포괄적 교환계약의 당사자는 어디까지나 대원이엔티와 알앤엘생명과학이고 원고는 알앤엘생명과학의 주주로서 상법의 규정에 따라 당연히 이 사건 주식을 이전하고 새로운 주식을 취득한 것에 불과하여 원고와 대원이엔티 사이에 이 사건 주식에 관한 교환계약이나 그 대가에 관한 합의가 있었다고 보기는 어렵다고 할 것이므로(원고가 위 포괄적 교환계약에 반대하여 상법 제360조의5 의 규정에 의한 주식매수청구권을 행사하지 아니하였다고 하여 이와 달리 볼 수는 없다), 위 포괄적 교환계약에서 정한 이 사건 주식의 가액을 당사자 사이의 약정 가액, 즉, 실지거래가액으로 보기는 어렵다고 할 것이다.

나아가 설령 원고와 대원이엔티 사이에 위 포괄적 교환계약에서 정한 가액의 비율에 따라 이 사건 주식을 교환하기로 하는 합의가 있었다고 가정하더라도, 거래가 교환인 경우에는 그것이 특히 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등의 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 있다고 하겠지만, 그렇지 아니한 단순한 교환인 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 없다고 보아야 할 것인데( 대법원 1999. 11. 26. 선고 98두19841 판결 등 참조), 대원이엔티와 알앤엘생명과학 사이의 주식의 포괄적 교환계약은 기본적으로 두 회사 주식의 등가적 교환에 중점을 둔 것으로서 교환비율이 문제되었을 뿐 각 회사의 주식에 대한 객관적인 가치평가는 별다른 문제가 되지 아니하였을 것으로 보이는 점, 대원이엔티 주식의 시가평가가 비록 증권거래법 시행규칙에 따라 행하여지기는 하였으나 대원이엔티의 주가는 위 포괄적 교환계약을 앞두고 폭등하던 상황이었으므로(갑 제8호증, 갑 제13호증의 1, 2), 그것이 대원이엔티의 주식 가치를 정확하게 반영하고 있다고 보기는 어렵고, 다른 한편으로 위와 같은 사정은 알앤엘생명과학의 주식 가치를 평가함에 있어서도 어느 정도 반영되었을 것으로 보이는 점[위 포괄적 교환계약 직후 알앤엘생명과학의 의뢰를 받아 청안회계법인이 2005. 7. 11.자로 작성한 주식평가보고서(갑 제5호증)에 따르면 알앤엘생명과학의 2004. 12. 31. 현재 주식가치는 4,512원에 불과하다는 것이어서 삼화회계법인의 그것과 무려 3배 이상의 차이를 보이고 있다], 위 포괄적 교환계약에서 1주 미만의 단주에 관하여 현금으로 정산한다는 조항을 두고는 있으나 이는 상법 제360조의11 제1항 , 제443조 의 규정에 따른 것에 불과할 뿐만 아니라 그 평가시점 또한 위 포괄적 교환계약에서 정한 주가가 아니라 신주가 거래소 시장에 상장되는 초일의 종가를 기준으로 계산한 금액으로 정산한다는 것이어서 시가감정을 거친 객관적인 평가금액의 차액을 정산하는 것과 같이 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 위 포괄적 교환계약을 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 교환대상 목적물에 대한 시가감정 및 그 차액에 대한 정산절차가 이루어진 경우에 해당한다고 보기는 어렵다고 할 것이므로, 이 경우에도 마찬가지로 실지거래가액은 확인할 수 없다고 보아야 할 것이다.

(3) 그러므로 이제 나아가 실지거래가액이 확인되지 않는 경우의 보충적 양도가액인 매매사례가액에 관하여 본다.

갑 제4호증의 1 내지 11, 을 제4호증의 1, 2, 3, 을 제5호증의 1, 2, 을 제6호증의 1, 2, 3, 을 제8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 위 주식의 포괄적 교환계약에 따른 교환일인 2005. 8. 31. 이전 3개월 사이에 알앤엘생명과학의 주식에 관하여 아래 표와 같은 매매거래가 있었던 사실( 소외 3이 순번 10의 소외 4에게 매도한 주식은 순번 2의 소외 5로부터 매수한 주식의 일부이고, 소외 1이 순번 4, 5의 소외 6, 7에게 매도한 주식은 순번 3의 소외 8 은행으로부터 매수한 주식임), 그 매도인 중 소외 9은 순번 1의 양도금액에 관하여, 소외 3은 순번 10의 양도금액에 관하여, 소외 4는 순번 10과 같이 매수한 주식을 2005. 8. 31. 양도한 후 그 양도금액을 기준으로 양도소득세를 신고·납부한 사실을 인정할 수 있다.

한편, 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 은 매매사례가액이 제98조 제1항 의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다고 규정하고 있으나, 위 각 거래의 당사자 사이에 위 규정에 의한 특수관계가 있다고 볼 아무런 증거가 없고, 나아가 순번 2, 10, 11의 매도단가가 다른 거래에 비해 현저히 높거나 낮다는 사정만으로 그것이 객관적으로 부당하다고 볼 수는 없으므로, 이 사건 주식의 1주당 매매사례가액은 위 각 매매가액의 1주당 산술평균액인 6,143원(3,641,569,104원/592,797주, 원 미만 버림)이 된다고 봄이 상당하다.

따라서 이 사건 주식의 양도가액은 328,902,363원(53,541주 × 6,143원)이 되고, 이를 기준으로 정당한 양도세액을 산정하면 별지 정당 세액 계산표 기재와 같이 24,857,807원이 된다.

(4) 결국 원고가 신고·납부한 양도소득세액 71,988,691원 중 위 정당 세액 24,857,807원을 초과하는 47,130,884원(71,988,691원 - 24,857,807원)에 관한 원고의 감액경정청구는 정당하다고 할 것이므로, 이 사건 처분 중 236,839원(47,367,723원 - 47,130,884원)을 초과하는 부분은 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 일부 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결 중 236,839원을 초과하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 이 사건 처분을 취소하며, 원고의 나머지 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]