2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 2007년 제2기 부가가치세 000원， 2008년 제1기 부가가치세 000원 중 000원을 초과하는 부분， 2008년 제2기 부가가치세 000원， 2009 년 제1기 부가가치세 000원， 2009년 제2기 부가가치세 000원，

나. 2007 사업연도 법인세 000원， 2008 사업연도 법인세 000원 중 000원을 초과하는 부분， 2009 사업연도 법인세 000원의 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 1959. 4. 20. 설립된 법인으로서 서울 은평구 OO동 000을 본점 소재지로 하여 여객자동차 운송사업을 영위하고 있다.

나. 서울지방국세청은 2010. 12. 22.부터 2011. 2. 18.까지 원고에 대한 법인세 통합 조사를 실시하여， 원고가 2006. 1.부터 2007. 6.까지 기간에 대하여는 관할구청의 택시 운송수입금액 전액관리제 점검 대비용으로 만든 임금대장상 입금액과 부가가치세 신고 금액과의 차액 000원， 2007 .. 7.부터 2009. 12.까지의 기간에 대하여는 신고 된 부가가치세 과세표준과 타코 PC 백업자료(택시에 부착된 무선장치로부터 수신한 자료，이하 '타코미터자료'라 한다)를 기초로 산정한 택시미터기 금액과의 차액 000원에 대한 신고를 누락한 것으로 판단하고 피고에게 이에 관한 과세자료를 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는， 원고가 i ) 부가가치세 과세표준 신고금액과 임금대장상 입금액 및 타코미터자료상 택시미터기 금액과의 차액， ii) 2008년 제1기 과세기간 중 택시 운송사업면허 양도금액 000원에 대한 신고를 누락한 것으로 보아 2011. 4. 1. 원고에게 2006년 제1기 부가가치세 0000원， 2006년 제2기 부가가치세 000원， 2007년 제1기 000원， 2007년 제2기 부가가치세 000원， 2008년 제1기 부가가치세 000원， 2008년 제2기 부가가치세 000원， 2009 년 제1기 부가가치세 000원， 2009년 제2기 부가가치세 000원을 경정 ・ 고 지하고， 또한 위 부가가치세 신고금액과 타코미터자료상 금액의 차액， 2008년 1기 중 택시운송사업면허 양도금액 000원을 각 익금 및 손금에 산입한 후 그 차액 상 당액을 운전기사에게 급여로 지급한 것으로 보아 이에 대한 지급조서 미제출가산세를 합쳐서 2006 사업연도 귀속 법인세 000원， 2007 사업연도 귀속 법인세 000원， 2008 사업연도 귀속 법인세 0000원， 2009 사업연도 귀속 법인세 000원을 각 부과하였다(이하 위와 같이 경정 • 고지 및 부과된 부가가치세 및 법인세 통틀어 '당초 처분'이라 한다).

라. 원고는 당초 처분에 불복하여 2011. 6. 28. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데， 조세심판원은 2011. 11. 4. '2006년 제1기 부가가치세 000원， 2006년 제2기 부가가치세 000원， 2007년 제1기 부가가치세 000원， 2006년 사업연도 법인세 000원， 2007 사업연도 법인세 000원은 2006년 제1기부터 2007년 제2기까지의 부가가치세 과세기간에 대한 실지 운송수입액을 원고가 제출한 장부 등을 근거로 재조사한 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정하고， 나머지 심판청구는 기각한다'는 취지의 결정을 하였다.

마. 피고는 조세심판원의 결정에 따라 재조사를 실시한 후 2006년 제1기 ~ 2007년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 부과처분， 2006 사업연도 법인세를 모두 취소하고， 2007 사업연도 법인세 중 2007년 제1기 부가가치세 과세기간 중 수입금액 누락과 관련된 법인세 부분을 직권으로 취소하였는바(이하 '제1차 감액 경정'이라 한다)， 위와 같이 제1차 감액 경정 이후의 원고에 대한 나머지 부가가치세 및 법인세 내역은 아래와 같다.

(법인세내역 생략)

바. 원고는 위 마.항 기재 부가가치세 및 법인세 부과처분에 불복하여 2012. 2. 1. 이 사건 소를 제기하였다.

사. 피고가 과세의 근거로 삼은 을 8호증(원시타코미터자료， 02 AA_sg2002_tacoa) 은 타코미터자료를 과세관청이 Paradox Viewer를 사용하여 서버에 수록된 데이터를 엑셀파일로 변환한 것(이하 '엑셀자료'라 한다)인데， 원고는 이 사건 소송 계속 중 2007. 7. 3. 오전에 출고된 26대의 차량에 관한 실제 타코미터 자료와 원시타코미터자 료(을 8호증) 상의 2007. 7. 3. 오전 출고된 차량의 운행내역에 관한 엑셀자료를 비교 하면 전체 26대 중 3대만 일치할 뿐 나머지는 일치하지 아니하고， 위 원시타코미터자료(을 8호증) 중 2008. 8. 5.의 경우 25대 차량의 차량번호， 출고일자， 출고시간， 입고 일자， 입고시간， 측정된 미터기 요금 등 모든 항목에 관한 기재사항이 동일한 것으로 나타났는데 이는 현실적으로 발생할 수 없는 일이며， 그 밖에도 아래와 같이 차량의 수입금액이 중복 산정되었음을 지적하였다.

아. 피고는 원고의 지적에 따라 서울지방국세청에 타코미터자료와 엑셀자료를 다시 비교하여 중복 여부를 확인하고， 중복된 수입금액이 있다면 그 금액 및 중복된 수입금 액을 제외한 실제 수입금액， 중복된 이유， 전체 수입금액 중 중복된 수입금액이 차지하는 비중 등에 대한 보완조사를 요청하였다.

자. 서울지방국세청은 2012. 9. 타코미터자료를 데이터베이스 운영프로그램인 Paradox Viewer를 사용하여 엑셀자료로 변환한 후， InDate(입고일자)， Outdate(출고일 자)， CarNo(차량번호)， JobGu(오전， 오후)， Intime(입고시간)， OutTime(출고시간)이 통일 한 건을 중복자료로 추출하였는데， 타코미터자료상 전체 매출 67，991건， 000 원 중 합계 2，402건， 000원의 매출이 중복 집계된 것으로 확인되었는바 구체적인 중복 내역은 아래와 같다. 한편， 원고가 위 사.항 기재와 같이 지적한 중복 내지 오류 역시 서울지방국세청이 추출한 중복자료 내역에 포함되어 있다.

차. 피고는 위와 같은 서울지방국세청의 사실관계 보완조사 결과에 따라 이 사건 소 송 계속 중 세액 일부를 직권으로 취소하였는바(이하 '제2차 감액 경정'이라 한다)， 그 결과 최종적으로 남게 된 세액은 아래와 같다(이하 아래와 같이 제1， 2차 감액 경정을 통해 직권으로 취소되고 남은 피고의 2011. 4. 1.자 부가가치세 및 법인세 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정 근거] 다툼이 없는 사실， 갑 1， 2， 3호증， 을 10， 11， 12， 13호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 운송수입금 전액관리제를 시행하여 택시운전기사로부터 입금받은 운송수입금 에 따라 부가가치세를 신고 ・ 납부하여 왔고， 피고는 택시미터기를 기초로 산정한 운송 수입금이 원고가 신고한 부가가치세 과세표준과 차이가 난다는 이유로 부가가치세를 경정 ・ 고지하고 그 차액 상당액을 운전기사에게 급여로 지급한 것으로 보고 이에 대한 지급조서 미제출가산세를 법인세로 부과하였다. 그런데 원고가 이 사건 처분의 근거로 삼은 을 8호증(원시타코미터자료， 02 AA_sg2002_tacoa)은 세무조사 당시 세무공무원 이 원고로부터 수거해간 타코 택시미터기에 장착된 무선장치로부터 수신한 자료가 백업되어 있음) 백업자료， 즉 타코미터자료를 엑셀자료로 변환한 것인데， 위 엑셀자료가 실제 차량 운행 내역과 일치하지 않거나 동일한 운행내역이 중복 집계됨으로써 수입금액이 과다하게 산정되었음이 밝혀졌다. 그렇다면 타코미터자료와 엑셀자료가 정확 하게 일치한다고 볼 수는 없는 것이고， 엑셀자료가 실제 원고 소유 차량의 운행 내역 을 반영하고 있다고 볼 수도 없으므로， 엑셀자료에 근거한 이 사건 처분은 국세기본법 제16조에서 정한 근거과세의 원칙에 위배되는 것으로서 위법하다. 따라서 이 사건 처분 중 택시운송사업 면허 양도와 관련된 수입누락 금액 000원과 관련된 부가 가치세 및 법인세 부분을 제외한 나머지는 모두 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 우선 피고가 타코미터자료를 기초로 원고의 실제 택시운송 수입금액을 산출한 조치가 적법한 것인지에 관하여 보건대， 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 요류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있는 것이고， 이 경우 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한은 없다 할 것이다(대법원 2003. 12. 12. 선고 2002두12786 판결 참조). 살피건대， 타코미터는 엔진의 회전수를 기초로 차량의 운행기록에 관한 데이터를 수집하는 기기로서 그로부터 파생된 자료가 임의적으로 조작될 위험이 매우 낮고，원고 의 총 수입금액을 산정함에 있어서 택시미터기 운행내역이 기록된 자료에 의하는 것보다 더 객관적인 방법을 상정하기도 어려운 점， 이 사건 과세기간 중에 시행된 구 여객 자동차운수사업법(2008. 3. 21. 법률 채8980호로 전부개정되기 전의 것) 제22조 제1항 은 '대통령령이 정하는 운송사업자는 운수종사자가 이용자로부터 수령한 운임 또는 요 금의 전액을 당해 운수종사자로부터 납부받아야 한다'고 규정하여 이른바 택시운송수입금액 전액관리제를 시행하고 있고， 이에 위반할 경우 1천만 원 이하의 과태료를 부과함으로써(제85조 제1항) 원칙적으로 운수종사자가 승객으로부터 받은 운송수입금 전액을 납부하도록 법률상 의무를 부과하고 있는 점(현행 법령도 동일하다) 등을 감안하면， 피고가 실지조사를 거쳐 택시미터기 운행내역이 기록된 타코미터자료를 조사하는 방법으로 납세의무자인 원고의 총 수입금액을 결정한 것은 객관적이고도 효과적인 방법으로서 적법한 실지조사방법에 속한다고 할 것이다.

2) 다음으로 당초 처분의 근거가 된 엑셀자료에서 발견된 일부 운행내역의 중복 등의 오류가 이 사건 처분에 미치는 영향에 관하여 본다. 일반적으로 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나 구체적인 소송 과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못하는 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 등 참조). 이 사건에 관하여 보건대， 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정， 즉 이 사건 소송과정에서 비록 당초 처분의 근거가 된 엑셀자료상 일부 운행내역의 중복 등의 오류가 발견되었으나 피고는 서울지방국세청의 사실관계 보완조사결과에 기초하여 엑셀자료의 중복 자료 등을 추출함으로써 오류를 시정하였고， 중복된 부분의 수입금액을 공제하여 제2차 감액 경정을 하였으며， 서울지방국세청 이 추출한 중복 자료는 원고가 이 사건 소송과정에서 지적한 엑셀파일의 오류를 모두 포함하는 것으로서 당초의 운송수입 중 건수 대비 3.53%， 금액 대비 3.55%에 이르는 점， 원고는 제2차 감액 경정 이후에는 이 사건 처분의 근거가 된 액셀자료상 오류가 존재한다는 점에 대해서는 아무런 증땅을 하지 못하고 있는 점 등을 감안하면， 피고가 서울지방국세청의 사실관계 보완조사결과에 따라 당초 처분의 과세표준에서 중복 집계 된 매출액을 감액하여 이 사건 처분을 한 이상， 이로써 이 사건 처분의 과세요건 사실 을 일응 입증하였다고 할 것이고， 피고가 '당초 처분'의 근거로 삼은 엑셀자료에 일부 중복 등 오류가 있었다는 사정만으로 '이 사건 처분'의 과세요건 사실과 양립할 수 없는 별개의 간접사실이 증명되었다고 보기는 어렵다. 따라서 원고의 위 주장은 이유없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유없으므로 기각한다.