2. 항소비용은 원고가 부담한다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유 중 "1. 처분의 경위"기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 및 나. 관계 법령

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 제3면 제12행의 "제3호"와 "및" 사이에 "제4항"을 추가하는 것 이외에는 제1심 판결 이유 중 각 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

다. 판단

이 사건의 쟁점은 원고와 CCCCC를 관계기업으로 보아 관계 법령에 따라 계산한 원고의 매출액이 구 조세특례제한법상 특별세액감면의 대상인 중소기업의 요건을 충족하는지 여부이므로 이에 관하여 살펴본다.

1) 관계기업 해당 여부

가) 구 조세특례제한법은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 규정하고 있고, 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항은 그 중 독립성 요건에 관하여 제3호에서 "실질적인 독립성이 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것"을 요구하면서, "구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목을 적용할 때 '별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는'은 '구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는'으로 본다."라고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서는 "다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천 억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다."라고 규정하고 있다. 한편 구 조세특례제한법 시행령에서는 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목의 "관계기업"의 의미를 별도로 규정하고 있지 않다.

나) 그런데 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 처분 시 원고와 CCCCC가 관계기업에 해당하는 지 여부에 관하여 이 사건 처분의 해당 과세연도인 2012사업연도 종료일을 기준으로 판단함이 타당하다.

① 아래 2)항에서 보는 바와 같이 구 조세특례제한법은 기업에 대한 해당 과세연도의 과세표준 및 세액 계산 시 중소기업 여부를 판단하여 세액감면 등을 적용하는 것으로서 상시 사용하는 종업원수・자기자본・매출액 등 다른 일반적인 규모 기준은 해당 사업연도를 기준으로 판단하고 있다.

② 따라서 구 조세특례제한법 시행령상 관계기업, 즉 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업이 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단에 해당하는 지 여부에 대한 판단시점 역시 해당 사업연도로 하는 것을 전제로 한다고 봄이 타당하다.

③ 결국 조세특례제한법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정 된 것) 제2조 제8항의 개정취지는 중소기업 판단 시 관계기업 판단시점을 과세연도 종료일로 명확히 한 것일 뿐이다[기획재정부 조세특례제도과 2014. 1. 23.자 해석(을3호증의 3)].

다) 위 법리에 비추어 이 사건의 경우를 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 "이 사건 처분의 해당 과세연도 종료일인 2012. 12. 31. 현재" 특수관계자인 김DD와 합산하여 CCCCC 주식의 30% 이상을 소유하면서 최다출자자에 해당하므로, 원고와 CCCCC는 2012사업연도에 상호 지배 또는 종속 관계가 성립하여 관계기업에 속하게 되었다.

2) 중소기업 해당 여부

가) 관계기업에 속하는 원고의 경우에는 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 매출액이 1,000억 원 미만이어야 구 조세특례제한법상 특별세액감면의 대상이 되는 중소기업에 해당하게 되는바, 아래에서는 위와 같은 매출액 산정의 기준을 이 사건 처분의 해당 과세연도인 2012사업연도 종료일로 할 것인지 아니면 그 직전 사업연도인 2011사업연도 종료일로 할 것인지에 관하여 살펴본다.

나) 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 및 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항에 따르면, 구 중소기업기본법 시행령의 경우 관계기업이 중소기업에 해당하기 위해서는 별표 1에 따른 업종별 규모기준(제조업의 경우 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 80억 원 이하)과 상한기준(상시 근로자 수 1,000명 미만, 자산총액 5,000억 원 미만, 자기자본 1,000억 원 미만, 매출액 1,000억 원 미만)을 모두 충족하여야 하지만, 구 조세특례제한법 시행령의 경우에는 상한기준만 충족하면 중소기업에 해당 하게 된다. 그러나 구 중소기업기본법 시행령이 중소기업을 육성하기 위한 시책의 대상이 되는 중소기업의 업종별 기준을 규정하고 있을 뿐 업종 자체에는 제한을 두지 아니한 반면, 구 조세특례제한법과 그 시행령은 중소기업기본법령의 일부 규정에 의하여 중소기업의 요건을 정하면서도 조세정책적 고려에서 조세특례의 적용대상을 특정한 업종의 중소기업으로 제한(구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문)하고 있는 점, 또한 구 조세특례제한법과 그 시행령은 중소기업의 규모 확대나 법령의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 일정기간 중소기업으로 유예하는 규정을 별도로 두고 있고(구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항, 제5항), 그 유예사유, 유예기간과 기산일 등도 중소기업기본법령의 그것과 다르게 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 유예 여부는 구 조세특례제한법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업 기본법령에 의하여 판단할 수 없다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458 판결 등 참조).

다) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 구 조세특례제한법 시행령은 조세정책적 고려 아래 조세특례의 적용대상인 중소기업 해당 여부를 중소기업기본법령과 달리 정하였다고 봄이 상당하므로, 원고가 구 조세특례제한법상 특별세액감면의 대상인 중소기업에 해당하는지 여부는 구 조세특례제한법 시행령에 따라 판단하여야 하는 것이지, 원고 주장과 같이 구 중소기업기본법 시행령에 따라 판단할 것은 아니다.

그런데 구 조세특례제한법 시행령은 제2조 제4항에서 "제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수・자기자본・자본금・매출액・자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다."라고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행규칙(2013. 2. 23. 기획재정부령 제322호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조는 "구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 상시 사용하는 종업원수・자기자본・매출액・자산총액"에 관하여 각 "해당 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원"(종업원 수), "과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 대차대조표"(자기자본 및 자산총액), "기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서 "(매출액)를 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단하도록 규정하고 있는바, 매출액의 경우 해당 과세연도 종료일을 기준으로 한다는 명시적인 규정이 없기는 하다.

그렇지만, 다음과 같은 사정을 고려하여 보면, "매출액"의 경우에도 해당 과세연도 종료일을 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단해야 하는 것으로 해석함이 상당하다[원고가 그 주장의 근거로 들고 있는 서울행정법원 2015. 5. 1. 선고 2014구합22038 판결은, 중소기업의 범위에 관하여 명확하게 중소기업기본법에 따르도록 규정하고 있는 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제11호 및 소득세법 시행령 제167조의8이 적용되는 사안에 관한 것이므로, 구 조세특례제한법이 적용되는 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다].

① 구 조세특례제한법 시행령 제2조는 중소기업 해당 여부의 판단기준으로 "상시 사용하는 종업원 수", "자기자본", "매출액", "자산총액"을 대등적・병렬적으로 규정하고 있다.

② 중소기업기본법은 해당 기업이 중소기업으로 판단된 경우 그 기업을 지원・육성하는 데 목적이 있는 반면, 조세특례제한법은 기업에 대한 해당 과세연도의 과세표준 및 세액을 계산함에 있어 중소기업 여부를 판단하여 세액감면 등을 적용하기 위한 것에 목적이 있으므로, 두 법령의 입법취지가 달라 중소기업기본법령의 적용을 위한 중소기업의 범위 확정과 조세감면을 위한 중소기업 범위의 확정에는 차이가 발생하게 되고, 조세감면을 위한 경우에는 해당 사업연도 종료일을 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단하는 것이 그 입법취지에 비추어 더욱 합리적이다.

③ 국세청 법규과는 EE지방국세청장의 과세기준자문 신청에 대하여 "구조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 '상시 사용하는 종업원수・자기자본・매출액 및 자산총액'은 해당 사업연도 종료일을 기준으로 판단하는 것이다."라는 취지로 회신한 바 있다.

④ 구 조세특례제한법에 따라 중소기업 해당 여부를 판단할 때 일반적인 상한기준(상시 사용하는 종업원수 1,000명 미만, 자산총액 5,000억 원 미만, 자기자본 1,000억 원 미만, 매출액 1,000억 원 미만)을 판단하는 경우에는 "해당 과세연도 매월 말일 또는 해당 과세연도 종료일"을 기준으로 하면서, 오히려 관계기업의 경우에는 위와 같은 상한기준의 판단에서 "직전 사업연도 말일"을 기준으로 한다는 것은 관계기업의 경우 일반적인 기준에 더하여 판단요건을 강화하고자 하는 법의 취지에 반한다.

라) 따라서 관계기업에 속하는 원고가 이 사건 처분의 해당 과세연도인 2012사업연도 종료일을 기준으로 구 조세특례제한법상 특별세액감면의 대상인 중소기업에 해당하는 지 여부에 관하여 살펴본다.

구 중소기업기본법 시행령 제7조의4 [별표 2]에 따르면, 원고는 종속기업인 CCCCC를 직접 지배하되 형식적 지배를 하는 경우에 해당하는바, 위 [별표 2]가 규정한 방법에 따라 계산한 원고의 전체 매출액은 "이 사건 처분의 해당 과세연도인 2012사업연도 종료일 기준 원고의 매출액(94,473,527,937원)"에 "원고의 CCCCC에 대한 주식 소유비율(25%)과 CCCCC의 2012사업연도 종료일 기준 매출액(158,348,604,876원)을 곱하여 산출한 매출액"을 합산한 약 1,340억 원이 되어 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항이 정한 기준을 충족하지 못하므로, 2012사업연도 당시 원고는 구 조세특례제한법상 특별세액감면의 대상인 중소기업에 해당하지 않는다고 봄이 타당하고, 같은 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.