2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 1) 원고는 2005. 4. 18. 정AA으로부터 정AA이 보유하는 주식회사 XX엔에이(이하 '소외 회사'라 한다)의 비상장주식 160,000주(이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 1주당 가격 23,400원으로 결가하여 총 대금 3,744,000,000원에 매수한 후 이에 따른 명의개서 절차를 마쳤다(이하 '이 사건 주식 양수'라 한다).

2) 이 사건 주식 양수시 원고와 정AA이 합의하여 결가한 주식양수대금 1주당 가격 23,400원은 구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 상속세및증여세법'이라 한다) 제63조 제1항 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따른 평가금액과 같다.

나. 이 사건 주식 양수 당시 정AA은 원고와의 관계에서 원고의 발행주식총수 중 40,876주(2.724%)를 보유하여 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법'이라 한다) 제52조 제1항에 따른 특수관계자에 해당할 뿐 아니라 소외 회사와의 관계에서 구 상속세및증여세법 제63조 제3항, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2005. 8. 5. 대통령령 제18989호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 상속세및증여세법 시행령' 이라 한다) 제53조 제3항, 제19조 제2항 소정의 최대주주 등에 해당하였고, 소외 회사는 구 상속세및증여세법 제63조 제3항, 구 상속세및증여세법 시행령 제53조 제6항, 구 소득세법 시행령 (2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법 시행령'이라 한다) 제167조의4, 중소기업기본법(2007. 4. 11. 법률 제8360호로 개정되기 전의 것) 제2조 규정의 중소기업에 해당하였다.

다. 이에 피고는, 이 사건 주식의 시가를 구 법인세법 제52조 제4항, 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법 시행령'이라 한다) 제89조 제2항 제2호, 구 상속세및증여세법 제63조에서 규정한 보충적 평가방법에 따라 1주당 26,910원(원고와 정AA이 합의 결가한 금액이자 구 상속세및증여세법 제63조 제1항 다목 및 구 상속세및증여세법 시행령 제54조에 따른 평가금액인 23,400원에 구 상속세및증여세법 제63 조 제3항에 따라 100분의 15를 가산한 가액)으로 평가한 다음 이 사건 주식을 원고가 정AA으로부터 1주당 가격 23,400원으로 결가하여 매입한 것은 구 법인세법 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자인 개인으로부터 유가증권을 시가에 미달하는 가액으로 매입한 경우에 해당한다고 보아, 구 법인세법 제15조 제2항 제1호에 따라 위 1주당 26,910원으로 산정한 이 사건 주식의 가액과 1주당 23,400원으로 산정한 이 사건 주식의 매입가액과의 차액에 상당한 561,600,000원{=(26,910원-23,400원)X160,000주)}을 익금에 산입하여, 2010. 1. 8. 원고에 대하여 2005년 귀속 법인세 211,976,450원을 부과 ・ 고지하였다{이하 '이 사건 부과처분'이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 2. 17. 조세심판원에 행정심판을 청구하였으나, 2010. 11. 3. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 6, 7, 8, 11호증, 을 제l 내지 3호증(각 가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 주식은 주권이 발행되지 않았으므로, 구 법인세법 제15조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 유가증권이 아닌 단순한 사원권에 불과하다. 따라서 이 사건 주식 양수에 대하여 구 법인세법 제15조 제2항 제l호를 적용할 수는 없다.

2) 구 법인세법 시행령 제89조 제2항, 구 상속세및증여세법 제63조 제3항, 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한 다) 제100조의2의 규정에 의할 때, 상속 ・ 증여는 양도 ・ 양수 ・ 매수 등 거래도 포함하는 것으로 해석하여야 하므로, 이 사건 주식 양수에 있어 이 사건 주식의 시가 산정시 구 상속세및증여세법 제63조 제3항에 의한 할증평가를 하여서는 안 된다.

3) 만약 이 사건 주식 양수에 있어 그 주식의 시가 산정시 구 상속세및증여세법 제63조 제3 항에 의한 할증평가를 한다면 양수인인 원고에 대하여는 이 사건 주식의 시가를 그 할 증평가액으로 보는 것이 되고 양도인인 정AA에 대하여는 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제101조, 구 소득세법 시행령 제167조 제6항, 구 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제89조에 의하여 이 사건 주식의 시가를 구 상속세및증여세법 제63조 제3항에 의한 할증평가 전의 평가액으로 보게 되는바 이는 상호 모순되는 결과여서 부당하며, 또 원고는 양도차익을 얻을 목적으로 이 사건 주식 양수를 한 것(손익거래)이 아니라 소외 회사의 지분을 취득하여 원고 제품의 판매량을 증대시키기 위해 이 사건 주식 양수를 한 것이어서 사실상 소외 회사에 대한 출자로서 자본거래에 해당하므로 구 법인세법 제15조 제2항에 따른 익금 산업을 하여서는 아니 된다.

4) 원고는 이 사건 주식 양수의 경우 그 주식의 시가를 할증평가하지 않는다는 2005. 3. 30.자 소득세법 예규(서면4팀-467)의 내용을 확인하고 이 사건 주식 양수를 하였는데도 국세청은 2005. 7. 27. 위 소득세법 예규와 반대로 중소기업 최대주주 등의 주식을 양수한 것에 대하여 할증한 가액을 익금에 산입한다는 내용으로 예규{소득세법 예규(서면4팀-1326)}를 바꾸고 원고의 이 사건 주식 양수에 대하여 할증평가하였다. 뿐 만 아니라 원고는 위 소득세법 예규(서면4팀-467)를 확인하고 피고 소속 세무공무원에게 문의하여 위 국세청예규와 이 사건 주식 양수에 대하여 할증평가하지 않는다는 세무공무원의 답변을 신뢰하여 이 사건 주식 양수를 한 것이다. 그러므로 신의성실의 원칙에 따라 피고는 원고에 대하여 이 사건 주식 양수에 있어 그 주식의 시가 산정시 할증평가를 할 수 없다.

5) 또한 원고는 위와 같은 할증평가 되지 않는다는 과세관청의 공적 견해표명을 신뢰하고 이 사건 주식의 시가를 평가하였으므로, 이 사건 부과처분 중 가산세 부분은 원고의 납부의무를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.

6) 따라서 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 1) 주장에 관하여

주식은 자본과 경영이 분리된 대표적인 물적 회사인 주식회사의 자본을 구성하는 단 위이자 주주가 회사에 대하여 가지는 권리의무의 기초인 사원의 지위 또는 자격을 의미 하고, 이러한 주식은 특별한 정관이나 기타 법률에 다른 규정이 없는 한 언제든지 자유롭게 처분할 수 있는데, 이는 위와 같은 주식을 증권의 형식으로 구체화한 주권(이는 유가증권 중 지분증권의 하나로 분류된다)에 의하여 구현된다. 이에 따라 상법은 특별 한 경우가 아닌 한(상법은 제358조의2 제1항에서 주권을 소지하지 아니하겠다는 주주의 신고가 있는 때에는 회사는 주권을 발행할 수 없다고 규정하고 있다) '회사는 성립 후 또는 신주의 납입기일 후 지체 없이 주권을 발행하여야 한다'고 규정(상법 제355조 제1항)하고 "그 규정에 위반하여 주권을 발행한 때에는 500만 원 이하의 과태료에 처하도록" 규정(상법 제635조 제1항 제19호)하고 있다(이에 따라 주주는 회사에 대하여 언제든지 주권의 발행을 요구할 수 있다).

나아가 자본의 규모와 주주의 수가 적으며 주주들의 관계도 친인척, 동업자 등으로 인적인 결합력이 강한 비상장회사의 경우에는 주권을 발행할 필요성을 느끼지 않는 법현실과 그런 경우에도 주식의 자유로운 처분을 확보할 법적 당위성을 적절히 조정하여 상법 제335조 제3항에서 "주권발행 전에 한 주식의 양도는 회사에 대하여 효력이 없다. 그러나 회사성립 후 또는 신주의 납입기일 후 6월이 경과한 때에는 그러하지 아니 하다"라고 규정하고 있고, 구 증권거래세법 제2조 제4항에서 '주권의 발행전의 주식은 증권거래세법의 적용에 있어서 주권으로 본다'고 규정하고 있는 것 또한 위와 같은 법리에 바탕을 두고 중소기업에서 주권을 발행하지 않는 경우가 많은 현실과 그 법의 입법취지에 비추어 그 법 소정의 세금부과에 있어서는 주권발행 전의 주식거래와 주권발행 후의 주식거래를 달리 취급할 이유가 없다는 것을 명백히 한 것으로 볼 것이다. 게 다가 이 사건에서 문제되는 구 상속세및증여세법 제63조 제1항은 유가증권 등의 평가방법을 규정하면서 주식 및 출자지분의 평가에서 주권발행 전의 주식과 주권발행 후의 주식을 구별하지 아니하고 있다. 나아가 이 사건에서 문제되는 구 법인세법 제15조의 입법취지에 비추어 보더라도 그 규정을 적용함에 있어 주권발행 전의 주식과 주권발행 후의 주식을 구별할 이유를 찾을 수 없다. 이상의 점을 종합하면 적어도 회사 성립 후 또는 선주발행 후 6개월이 경과한 경우에는 주권발행 전의 주식도 주권으로 보아 구 법인세법 제15조 제2항 제1호 소정의 유가증권에 해당한다고 볼 것이다.

위와 같은 해석에다 이 사건 주식 양수가 소외 회사 성립 후 또는 선주발행 후 6개월이 경과한 때에 이루어진 것에 다툼이 없는 점을 더하여 보면, 이 사건 주식 양수는 구 법인세법 제15조 제2항 제1호 소정의 유가증권을 매입한 경우에 해당한다고 봄이 상당하다.

2) 원고의 2) 주장에 관하여

구 법인세법 제15조 제2항 제1호는 구 법인세법 제52조 제1항의 규정에 의한 특수 관계자 개인으로부터 유가증권을 구 법인세법 제52조 제2항의 규정에 의한 시가에 마 달하는 가액으로 매입하는 경우 시가와 당해 매입가액과 차액에 상당하는 금액은 이를 익금으로 본다고 규정하고 있고, 주식의 시가 산정과 관련하여 법인세법 제52조 제4 항, 구 법인세법 시행령 제89조 제2항은 이 사건 주식과 같이 증권거래소에 상장되지 아니한 비상장주식으로서 시가가 불분명한 경우 구 상속세및증여세법 제63조에서 규정한 보충 적 평가방법에 의하여 평가한 금액을 시가로 본다고 규정하고 있는데, 구 상속세및증여세법 제 63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세및증여세법 시행령 제54조는 비상장주식 등에 대한 일반적 평가방법에 대하여 규정하면서, 구 상속세및증여세법 제63조 제3항은 일반적으로 최대주주 등 의 주식의 가격은 경영권이 포함된다고 보아 보통의 주식의 거래가격보다 더 높게 형성되고 그 지분율이 높을수록 이러한 현상이 심화되는 것이 일반적이라는 점에 착안하여 최대주주 등의 주식 등에 대해서는 주식 보유비율 등에 따라 일정률의 할증을 하여 그 주식가액을 평가하도록 규정하고 있다. 그런데 기술력과 경쟁력이 있는 중소기업의 원활한 가업승계를 지원하여 기업의 영속성을 유지시켜 경제에 활력을 불어넣기 위한 목적으로 2004. 12. 30. 법률 제7322호로 조세특례제한법을 개정하면서 이 사건 특례 규정을 신설함으로써 2005. 1. 1.부터 2006. 12. 31.까지 한시적으로 중소기업의 최대 주주 등의 주식 등을 상속받거나 증여받는 경우에는 구 상속세및증여세법 제63조 제3항에 따른 할증평가 규정을 적용하지 않도록 하고 있다(조세특례제한법이 2006. 12. 30. 법률 제 8146호로 개정되면서 제100조의2를 제101조로 이동하고 적용특례 적용기간을 2009. 12. 31.까지로 연장하였다).

살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누4173 판결 등 참조), 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이므로 (대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 참조), 최대주주 등의 주식 등을 상속받거나 증여받는 경우 적용된다고 규정된 조세특례제한법상의 이 사건 특례규정은 이 사건에서와 같이 법인이 최대주주 등의 주식을 매수하는 경우에 대하여도 적용되는 것으로 확장 내지 유추해석할 수 없다 할 것이다.

또한, 2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 소득세법 시행령이 개정되면서 제167조 제 5항이 구 조세특례제한법 제100조의2의 규정을 준용하면서 동조항의 "상속받거나 증여 받는 경우"는 "양도하는 경우"로 보고 있으나, 소득세법 시행령 제167조 제5항은 구 소득세법 제101조 양도소득의 부당행위계산과 관련한 주식 시가 산정에 있어서 적용되는 것일 뿐이어서 이 사건과 같이 법인의 주식 양수와 관련한 부당행위계산에 있어서 고려의 대상이 될 수도 없다.

따라서 원고가 원고의 발행주식총수 중 40,876주(2.724%)를 보유하고 있는 주주이어서 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 규정의 특수관계자에 해당하는 정AA으로부터 매입한 이 사건 주식의 시가를 평가함에 있어 구 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세및증여세법 시행령 제54조에 따라 평가한 1주당 평가액에서 구 상속세및증여세법 제63조 제3 항을 적용하여 100분의 15를 가산하였음은 적법하고, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3) 원고의 3) 주장에 관하여

이 사건 주식 양수의 경우 그 주식의 시가 산정시 구 상속세및증여세법 제63조 제3항에 따른 할증평가를 한다고 하여 이 부분 원고 주장과 같은 모순된 상황이 초래된다고 할 수 없을 뿐 아니라 가사 일견 모순된 상황이 초래되는 것으로 보인다 하더라도 이는 이 사건에서 문제되는 구 법인세법 제15조 제2항과 관련된 것은 아니라 할 것이다. 또 이 사건 주식 양수가 이 부분 원고 주장과 같은 자본거래에 해당한다고 볼 증거가 없다. 결국 원고의 이 부분 주장들도 이유 없다.

4) 원고의 4) 주장에 관하여

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하 여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이며, 한편, 조세법령의 규정내용 및 행정규칙 자체는 과세관청의 공적 견해 표명에 해당하지 아니한다(대법원 2003. 9.5. 선고 2001두403 판결 참조).

이 사건에서 보건대, 갑 제9, 10호증의 각 기재에 의하면, 소득세법 시행령 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 비상장주식을 시가를 초과하여 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산하고, 시가가 불분명할 경우에는 상속세및증여세법 제63조의 규정에 의한 보충적 평가방법에 따라 주식의 시가를 산정한 다고 하면서, 2005. 3. 30.자 소득세법 예규(서면4팀-467)에서는 '이 경우 상속세및증여세법 제 63조 제1항 제1호 다목의 규정을 적용하여 비상장주식을 평가하는 경우에는 조세특례 제한법 제100조의2 규정에 의거 중소기업 최대주주 등에 대한 할증평가가 면제되는 것임'이라는 내용인 반면, 2005. 7. 27.자 소득세법 예규(서면4팀-1326)에서는 '이러한 경우 당해 비상장주식이 상속세및증여세법 제63조 제3항에 규정된 최대주주 등의 주식에 해당 하는 경우에는 할증평가하는 것이며, 조세특례제한법 제100조의2 규정에 의한 '중소기업 최대주주 등의 주식 할증평가 적용특례규정'은 적용되지 아니하는 것임'이라는 내용으로 위 예규와 내용이 상반되는 사실이 인정되기는 한다. 하지만 원고가 피고에 위 소득세법 예규(서면4팀-467)의 내용을 확인하는데서 나아가 피고 소속 세무공무원에게 문의하여 이 사건 주식 양수에 대하여 구 조세특례제한법 제100조의2에 따라 할증평가 규정의 적용이 면제된다는 구체적인 답변을 받았다는 점에 관하여는 갑 제9호증의 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

사정이 이러하다면 원고가 내세우는 위 소득세법 예규(서면4팀-467)는 국세청예규로서 어디까지나 과세관청 내부에 있어서 세법해석의 기준 및 집행기준을 시달한 행정 규칙에 불과하여 행정청예규는 그 자체만으로는 과세관청의 공적 견해표명에 해당하지 아니한다 할 것이다.

뿐만 아니라, 원고가 공적 견해표명에 해당한다고 주장하는 국세청예규는 구 소득세법 제101조 양도소득의 부당행위계산과 관련하여 주식 양도의 경우 납세자가 그와 구 소득세법 시행령 제98조 제1항 소정의 특수관계 있는 자와의 거래에 있어 양도소득을 산정함에 있어 주식 평가시 이 사건 특례규정이 적용된다는 취지의 것으로서, 이 사건 과 같이 구 법인세법 제15조 제2항 제1호 규정의 시가 산정과는 무관하다 할 것이다.

따라서 신뢰의 대상인 행정청의 공적인 견해 표명이 없는 이 사건의 경우 원고에게 신뢰 보호의 원칙을 적용할 수는 없다 할 것이므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

5) 원고의 5) 주장에 관하여

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 ・ 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 부과될 수 없는 것인데, 앞서 인정된 바와 같이 원고가 국세청예규를 믿고 할증평가 없이 이 사건 주식의 시가를 평가하여 그에 따라 산정한 매입가액으로 이 사건 주식을 양수하였다 할지라도(앞서 보았듯이 원고가 피고 소속의 세무공무원에게 문의하여 이 사건 주식 양수에 대하여 구 조세특례제한법 제100조의2에 따라 할증평가 규정의 적용이 면제된다는 답변을 받았다는 점에 관하여는 증거가 없다), 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 주식 양수와 관련하여 신고, 납부하여야 할 법인세를 과소신고하게 된 것은 원고에게 적용될 수 없는 국세청예규를 스스로 적용되는 것이라고 잘못 해석함에 따른 것이어서 원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵고 달리 그렇게 볼 사정이 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.