2. 원고의 주위적 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 4분의 1은 원고가 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다.

피고가 2018. 2. 1. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 347,273,580원의 경정・고지처분을 취소한다.

2. 예비적 청구취지

가. 원고는 1983. 8. 13. ○○시 ○○○구 ○○○동 ○○번지 대 648㎡ 및 위 지상 시멘트연와조 슬래브지붕 2층 주택(1층 104.13㎡, 2층 57.85㎡, 이하 '이 사건 건물'이라 한다), 철근콘크리트조 슬래브지붕 단층 점포 132.17㎡(이하 위 토지 및 건물들을 모두 합하여 '이 사건 부동산'이라 한다)를 상속을 원인으로 취득하였다. 원고는 2015. 9. 3. 주식회사 AAA(이하 'AAA'라 한다)에 이 사건 부동산을 매매대금 25억 원에 양도하였다.

나. 원고는 2015. 11. 20. 피고에게 이 사건 부동산 중 주택 면적(이 사건 건물 1, 2층 합계 161.98㎡)이 주택외의 부분 면적(점포 132.17㎡)보다 큰 것으로 보고 1세대 1주택 고가주택으로 구분하여 계산한 양도소득세 45,018,639원을 신고・납부하였다.

다. ○○지방국세청장은 2017. 9. 4.부터 같은 달 21.까지 피고에 대한 감사를 실시하여 이 사건 건물 1층은 음식점으로 운영되고 있어 주택 면적에서 배제하고 이 사건 부동산은 주택 면적(이 사건 건물 2층 57.85㎡)보다 주택외의 부분 면적(이 사건 건물 1층 104.13㎡와 점포 132.17㎡, 무허가 건축물 포함 합계 270.48㎡)이 더 크다는 사실을 확인하였다.

라. 피고는 2018. 2. 1. 원고에게 주택외의 부분 면적에 관하여는 1세대 1주택 비과세 감면을 부인하고 양도소득세 347,273,586원을 경정・고지하는 이 사건 처분을 하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2018. 4. 17. 국세청에 심사청구를 하였으나, 2018. 7. 26. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 7호증, 을 제1~3호증의 각 기재, 변론 전체의취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 건물 1층은 음식점 영업을 폐업하고 철거되어 주택으로 원상회복되었으므로 이 사건 부동산은 주택 면적이 주택외의 부분 면적보다 커 그 전부를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 감면 대상이 된다. 이 사건 부동산을 비과세 대상에서 제외하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다. 따라서 주위적으로 이 사건 처분의 취소를 구한다.

2) 설령 이 사건 부동산 주택 면적이 주택 외의 부분 면적보다 적어 이 사건 부동산 중 주택외의 부분이 양도소득세 부과대상이 된다고 하더라도, 상속개시일 현재를 기준으로 평가한 감정가격을 실지거래가액으로 보아 이를 취득가액으로 인정하여 계산한 이 사건 부동산의 양도소득세는 282,637,080원이다. 따라서 예비적으로 이 사건 처분 중 위 금액을 초과하는 부분의 취소를 구한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 건물 1층이 주택에 해당하여 이 사건 부동산 전부를 주택으로 볼 수 있는지 여부

가) 관련 법리 등

구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 '소득세 법'이라 한다) 제89조 제1항 제3호 가목에서는 비과세 양도소득 중의 하나로서 "1세대 1주택을 보유하고 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득"을 열거하고 있고, 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라 한다) 제154조 제3항은 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 보지만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

한편 소득세법상 주택에 해당하는지 여부는 실질과세의 원칙상 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1992. 7. 24. 선고 92누7023 판결, 대법원 2005. 4. 28. 선고 2004두14960 판결 등 참조).

나) 인정사실

(1) 원고는 사업장 소재지를 이 사건 부동산으로 하여 비거주용 건물 임대업 (자기땅)을 영위하던 사업자로서 1984. 1. 25. 개업하여 2015. 8. 31. 폐업하였다.

(2) 이 사건 부동산에서 영업하고 있던 음식점 현황은 다음 표와 같고, 이들 음식점의 면적 합계는 270.62㎡이다.

(3) 최△△은 이 사건 건물 1층을 임차하여 '□□집'이라는 상호의 음식점을 2001. 12. 24. 개업하여 2015. 8. 26. 폐업하였는데, 2015. 8. 31. 원고에게 위 건물을 인도하였다.

(4) 원고는 AAA와 이 사건 부동산에 관한 매매계약을 체결한 후 □□집 임차인이 건물을 명도하도록 압박하기 위해 일부 무허가 건축물을 철거하였고, 이에 이 사건 건물 1층 부엌 외벽이 없어지게 되어 음식점 영업에 지장을 초래하도록 하였다.

(5) 원고는 이 사건 부동산에 관하여 2007년도부터 2009년도까지는 주택 면적 57.85㎡, 건물 면적 236.23㎡로 산정하다가, 2010년도부터 2014년도까지는 주택 면적 57.85㎡, 건물 면적 322.25㎡로 산정하고, 2015년도에는 주택 면적 57.85㎡, 건물 면적270.48㎡로 산정하여 각 재산세를 납부하였다.

(6) 원고는 2015. 4. 22. AAA에 이 사건 부동산을 매도하면서 명도의무를 책임지고 이행하며 건축허가에 동의한다고 약정하였다.

(7) AAA는 2015. 9. 3. 이 사건 부동산을 명도받고 소유권이전등기를 마친 후, 2015. 9. 8. 건물들을 철거하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 6, 7, 8호증, 을 제2~11호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

다) 구체적 판단

위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 이 사건 건물 1층은 적어도 14년 이상 주택이 아닌 상가로 이용되어 온 점, ② 원고도 이 사건 건물 1 층이 업무용 시설에 해당함을 전제로 재산세를 납부한 점, ③ 이 사건 부동산 양도 당시 이 사건 건물 1층 부엌 외벽이 없어지는 등 그 구조・기능이나 시설 등이 주거용으로서 적합한 상태였다고 보기 어려운 점, ④ AAA는 건물을 신축하기 위해 이 사건 부동산을 매수하였으므로 이 사건 건물은 철거가 예정되어 있었고 원고 역시 이를 알고 있었던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 건물 1층은 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물이라 할 수 없어 주택으로 볼 수 없다.

원고는 이 사건 건물 1층을 2015. 8. 26. 영업을 폐업하고 주택으로 원상회복하여 2015. 9. 3. 명도하였으므로 양도 당시 주택으로 보아야 한다고 주장하고 증인 최AA의 진술에 의하면 원고가 AAA와 매매계약시 이 사건 건물 현황을 주택으로 복구하여 명도하기로 정하였다는 것으로 원고의 위 주장에 부합하나, 매매계약서(갑 제2호증)에는 원고가 명도의무를 책임지고 이행하고 건축허가에 동의한다는 기재만이 있을뿐 주택으로 원상회복한다는 기재는 없는 점, 이 사건 건물은 철거가 예정되어 있었던 점 등에 비추어 이 사건 건물 1층이 양도 당시 주택으로 원상회복되었다고 보기 어렵고, 갑 제4, 5, 13호증의 각 기재만으로는 달리 인정하기 어렵다.

결국 이 사건 부동산은 주택 면적이 주택외의 부분 면적보다 적어 주택외의 부분은비과세 대상이 된다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 감정가액을 취득가액으로 인정할 수 있는지 여부

가) 상속재산은 실지거래가액으로서 당사자 사이에 약정된 금액이 있을 수 없으므로 소득세법은 특별히 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법(이하 '상속세및증여세법'이라 한다)제60조부터 제66조까지 규정에 따라 평가한 가액을 실지거래가액으로 보도록 규정하고 있다(소득세법 제97조 제1항, 시행령 제163조 제9항). 한편 상속세및증여세법 제60조 제1, 2항은 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일 현재의 '시가'에 따르도록 하면서, '시가'는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함하도록 규정하고 있으며, 감정가액은 평가기준일 전후 6개월(증여재산은 3개월) 이내의 기간중 2 이상의 감정평가기관이 평가한 가액의 평균액(상속세및증여세법 시행령 제49조 제1항)으로 정하고 있다.

"나) 한편 상속받은 재산의 양도에 따른 양도소득세를 부과함에 있어, 과세관청이 비록 당해 자산의 상속 당시 시가를 평가하기 어렵다는 이유로 당해 자산의 취득가액을 개별공시지가로 평가하여 과세처분을 하였다고 하더라도, 그 과세처분 취소소송의 사실심 변론종결 시까지 당해 자산의 상속 당시 시가가 입증된 때에는 그 시가를 기준으로 정당한 양도차익과 세액을 산출한 다음 과세처분의 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부를 판단하여야 한다. 여기서 '시가'라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 '시가'로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는다(대법원 2005. 9. 30. 선고 2004두2356 판결, 대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8751 판결 등 참조).",또한 상속세및증여세법과 그 시행령이 정한 '시가'는 예시적 개념으로 보고 있으므로 반드시 평가기준일 전후 6개월 이내에 2 이상의 감정평가기관의 감정평가액 평균액이 아니라 사후에 비록 1개의 감정평가기관에 의해 이루어진 감정가액도 인정된다(대법원 2001.8. 21. 선고 2000두5098 판결, 대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두23200 판결 등 참조).

다) 이 법원의 감정인 이○○에 대한 감정촉탁결과에 의하면 상속 개시일인 1983. 8. 13. 당시 이 사건 부동산의 가액은 1,197,707,400원인 사실을 알 수 있고, 이 와 같은 감정평가액은 적정한 비교표준지를 선정하고 지가변동률・당해 부동산의 위치・형상・환경・이용 상황 등을 참작하여 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 것으로서 이사건 부동산의 객관적 교환가격을 적정하게 반영한 시가로 볼 수 있는 점 등을 종합하면, 양도소득세 산정 시 이 사건 부동산의 상속 당시 시가인 1,197,707,400원을 그 취득가액으로 보아야 하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

따라서 원고의 예비적 청구는 이유 있고 이 사건 처분 중 위 감정가액을 취득 당시시가로 인정하여 계산한 세액인 282,637,080원(피고는 위 계산금액에 대하여 다투지 아니하였다)을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

원고의 주위적 청구는 이유 없어 기각하고, 예비적 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.