법인세 경정청구 거부 처분 취소

원고가 증자분 세액감면 계산법을 사용하여 2011 및 2012 사업연도 법인세 경정청구를 하고 피고가 이를 인용함으로써 이 사건 6차 증설 투자로 인한 소득에는 외국인투자 세액감면을 받지 않은 이상 이 사건 6차 증설 투자로 인한 소득에대해 법인세를 과세하면서 이 사건 6차 증설 투자액 중 일정 금액을 공제받는 것을 중복지원이라고 볼 수 없음

조세특례제한법제26조

광주지방법원2014구합11267

AA주식회사

여수세무서장

1. 피고가 2013. 12. 23. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 206,203,199원 및 2012 사업연도 법인세 435,069,027원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

1. 기초사실

가. 원고의 지위

원고는 1988년 독일국에 있는 모법인(이하 '독일AA'라 한다)가 100% 지분을 출자하여 화학제품, 의약품 및 기타 제품의 제조업 등을 사업목적으로 하는 외국인투자기업이다.

나. 원고의 ***시설 투자

원고는 1992년 ◈◈◈에 생산능력 40,000톤 규모의 *** 생산공장을 설립하여운영하면서, 1995년부터 2012년까지 아래와 같이 6차례에 걸쳐 *** 생산설비를 증설투자하여 *** 생산능력을 증가시켜 왔다(이하 각 증설 투자를 '이 사건 1차 증설 투자'와 같이 표시한다).

다. 원고의 각 사업연도 법인세 신고

1) 2008 사업연도까지의 법인세 신고

원고는 피고에게 2008 사업연도까지 법인세를 신고하면서 다음과 같이 기존감면율과 증가감면율을 가중평균한 단일감면비율을 적용하는 방법(이하 '일반적 감면세액 계산방법'이라 한다)으로 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 10406호로 개정되어 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 후 구 조세제한특례법'이라 한다) 제121조의4 제1항, 제121조의2 제1항에 따라 이 사건 4, 5차 증설 투자에 관하여 외국인투자로 감면될 세액을 계산하였다.

2) 원고의 2008 사업연도 법인세 경정청구

외국인투자로 감면될 법인세액을 신고할 경우 작성하여 제출하여야 하는 법인세법 시행규칙 별지 제8호의 공제감면세액계산서 서식이 개정(2008. 3. 31. 획재정부령 제10호)되면서 각 증설 투자별로 감면받을 세액을 계산할 수 있는 법적근거가 마련되자, 원고는 피고에게 ① *** 총 생산능력에서 위 각 증설 투자별로 늘어난 ***생산능력이 차지하는 비율을 안분하는 방법으로 각 증설 투자별 과세표준을 산출하고,

"② 위 각 증설 투자별 과세표준을 기준으로 다음과 같이 증설 투자분 별로 감면비율을적용하는 방법(이하증자분 감면세액 계산방법'이라 한다)으로 외국인투자로 감면될세액을 계산하여 2008 사업연도 법인세에 대한 경정청구를 하였다.",이에 대하여 피고는 원고의 위 경정청구를 인용하고 원고에게 해당 법인세를 환급하였다.

3) 원고의 2009 사업연도 법인세 신고 및 피고의 법인세 부과처분 등

원고는 피고에게 2009 사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 4, 5차 증설투자에 관하여 위 2)항과 같이 증자분 감면세액 계산방법에 따라 외국인투자로 감면될세액을 계산하였다.

이에 대하여 피고는 2010. 10. 1. '증자분 감면세액 계산방법으로 감면세액을계산하기 위해서는 구분경리가 가능하여 증자분 별 과세표준을 산출할 수 있어야 하는데, 이 사건 4, 5차 증설 투자는 별도의 설비가 아닌 기존 사업에 대한 증설투자이고,생산능력을 기준으로 과세표준을 안분한 것은 구분경리에 해당하지 않는다'는 이유로일반적인 감면세액 계산방법을 적용하여 원고에게 2008 및 2009 사업연도 법인세에관한 부과처분을 하였다.

원고는 위 부과처분에 불복하여 2010. 12. 28. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2013. 5. 28. 생산능력에 따라 안분하는 방법으로 구분경리를 하는것도 가능하므로, 증자분 감면세액 계산방법에 따라 외국인투자로 감면될 세액을 계산한 것은 정당하다는 이유로 원고의 위 청구를 받아들여 피고의 위 부과처분을 모두 취소하였다.

4) 원고의 2011 및 2012 사업연도 법인세 신고

원고는 위 3)항 조세심판 결정이 있기 전에 피고에게 2011 및 2012 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서, ① 이 사건 4, 5차 증설 투자에 관하여는 일반적 감면세액 계산방법에 따라 외국인투자로 감면될 세액을 계산하고, ② 이 사건

6차 증설 투자 중 2011년 투자액에 대하여는 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정된 것) 부칙 제14조 제1항, 제2항, 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 전 구 조세특례제한법'이라 한다) 제26조에 따라 공제되어야 할 임시투자세액공제금을 계산하고, 2012년 투자액에 대하여는 개정 후 구 조세특례제한법 제26조에 따라 각 공제되어야 할 고용창출투자세액공제을 계산하였으며, 위와 같이 계산된 2011 및 2012 사업연도 각 금액에 조세특례제한법 제127조 제3항의 중복지원 배제규정에 따라 내국인투자비율을 곱한 금액을 최종적인 세액공제금액으로 계산하였다.

라. 원고의 경정청구 및 피고의 거부처분

원고는 위 다. 3)항 조세심판 결정 후인 2013. 10. 25. 피고에게 ① 이 사건 4, 5

차 증설 투자에 관하여는 증자분 감면세액 계산방법에 따라 계산한 금액이 외국인투자로 감면될 세액이라는 이유로, ② 이 사건 6차 증설 투자에 관하여는 개정 전 구 조세특례제한법 제26조와 개정 후 구 조세특례제한법 제26조에 따라 계산한 세액에 조세특례제한법 제127조 제3항의 중복지원의 배제규정에 따른 내국인투자비율을 곱한 금액(2011사업연도 : 455,864,193원, 2012 사업연도 : 1,334,248,778원)이 아니라 위와 같이 계산한 세액 전체(2011 사업연도 : 662,067,392원, 2012 사업연도 : 1,769,317,805원)가 공제될 금액이므로, 위 각 금액의 차액[2011 사업연도 : 206,203,199원(=662,067,392원 - 455,864,193원), 2012 사업연도 : 435,069,027원(= 1,769,317,805원 -1,334,248,778원)]만큼 더 공제되어야 한다는 이유로, 2011 및 2012 사업연도 법인세감액경정 청구를 하였다.

이에 대하여 피고는 2013. 12. 23. 원고의 위 경정청구 중 외국인투자로 감면될 세액에 대하여는 인용하고, 임시투자 및 고용창출투자로 공제될 세액에 대하여는 원고가 동일한 과세연도에 외국인투자 감면을 적용받았으므로 조세특례제한법 제127조 제3항의 중복지원 배제규정에 의하여 내국인 비율만큼만 세액공제 가능하다는 이유로 기각하는 내용의 처분(이하 기각하는 부분을 '이 사건 거부처분'이라 한다)을 하였다.

마. 전심절차

원고는 2014. 3. 24. 조세심판원에 이 사건 거부처분에 불복하여 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2014. 5. 20. 원고의 위 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장 및 관계법령

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 거부처분이 위법하다고 주장한다.

가) 구분경리가 가능함

이 사건 6차 증설 투자로 추가된 설비(이하 '이 사건 설비'라 한다)로인한 사업과 그 증설 투자 전의 설비(이하 '종전 설비'라 한다)로 인한 사업의 매출액비율은 총 생산능력에서 각 설비가 차지하는 비율과 같으므로, 위 각 설비로 인한 사업은 매출액에 비례하여 공통손금과 공통익금을 안분하는 방법으로 구분경리 하는 것이 가능하다.

따라서 이 사건 설비로 인한 과세표준과 종전 설비로 인한 과세표준 및 그에 따른 감면 내지 공제 세액을 구분하여 산정할 수 있다.

나) 조세특례제한법이 정한 중복지원에 해당하지 않음

위 가)항과 같이 구분경리가 가능하다면 종전 설비에 관하여는 외국인투자 세액감면을, 이 사건 설비에 관하여는 임시투자세액공제 및 고용창출투자세액공제를 각각 받을 수 있고, 그렇게 하더라도 하나의 투자에 중복하여 세제혜택을 주는것이 아니므로, 조세특례제한법 제127조 제3항이 규정하는 중복지원 배제규정에 어긋나지 않는다.

2) 피고의 주장

피고는 다음과 같은 이유로 이 사건 거부처분이 적법하다고 주장한다.

가) 구분경리가 불가능함

구분경리라 함은 이 사건 설비와 종전 설비로 인한 각 과세표준을 산출할 수 있음을 의미하는데, 이를 위해서는 각 설비별 매출액에서 매출원가를 차감하고 각 설비의 비용을 차감하여 계산하여야 한다. 그런데 이 사건 설비와 종전 설비는 구분되지 않는 하나의 연속공정설비로 위와 같은 매출액, 비용을 산출하는 것이 불가능하므로, 이 사건 설비와 종전 설비로 인한 사업을 구분경리하는 것은 불가능하다.

나) 조세특례제한법이 정한 중복지원에 해당함

조세특례제한법은 '내국인 또는 거주자'를 기준으로 중복지원을 배제하는 취지이고, 내국인인 원고를 기준으로 하면 원고는 2011 및 2012 사업연도에 ***사업에 관하여 외국인투자 세액감면을 받았으므로, 또 다시 세액공제를 하는 것은 중복지원에 해당한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 거부처분의 적법여부

가. 구분경리가 가능한지

1) 인정사실

앞에서 거시한 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, ① ***는 배관을통하여 원료를 연속적으로 투입하면 투입된 원료가 설비 내부에서 합성되는 연속공정의 형태로 생산되는 사실, ② 원고는 각 증설 투자를 하면서 별도의 생산 시설을 설치

하는 것이 아니라 기존의 설비 중 일부를 용량이 큰 최신설비로 교체하는 방식으로 생산능력을 증가시켜 온 사실, ③ 원고는 이 사건 설비와 종전 설비를 생산능력에 따라매출액, 공통손금, 공통익금을 안분하는 방식으로 소득구분계산서를 첨부하여 2011 및2012 사업연도 법인세를 신고한 사실을 인정할 수 있다.

2) 관련규정

조세특례제한법 제143조 제1항, 조세특례제한법 시행령 제136조 제1항은 세액감면을 받는 사업과 그 밖의 사업을 경영하는 경우에는 법인세법 제113조를 준용하여 구분하여 경리하여야 한다고 규정하고 있다.

법인세법 제113조 제1항, 법인세법 시행령 제156조 제1항, 법인세법 시행규칙 제75조 제2항은 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 법인세법 시행규칙 제76조 제6항을 준용하여 구분경리 하도록 규정하고 있고, 법인세법 제76조 제6항은 "수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하고, 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다"고 규정하고 있다.

3) 판단

위 인정사실을 위와 같은 관련규정에 비추어 보면, ***가 연속공정에 의하여 생산되는 이상 이 사건 설비로 인하여 증가되는 생산능력과 종전 설비로 인한 생산능력의 비율만큼 각 설비의 *** 생산량이 안분될 수 있고, 그 결과 ***의 매출액 또

한 생산능력의 비율에 따라 안분될 수 있다고 보는 것이 타당하므로, 생산능력의 비율에 따라 이 사건 설비와 종전 설비의 공통익금과 공통손금을 안분계산하는 방법으로 구분경리 한 것은 매출액에 비례하여 안분계산하는 방법으로 구분하여 경리한 것으로보아야 한다.

따라서 원고가 이 사건 설비로 인한 사업과 종전 설비로 인한 사업을 생산능력의 비율에 따라 안분하는 방법으로 구분경리한 것은 조세특례제한법 제143조 제1항에 따른 구분경리에 해당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

나. 조세특례제한법이 정한 중복지원에 해당하는지

위 인정사실 및 관계법령의 문언, 입법취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 이 사건 설비로 인한 사업에 관하여는 임시투자 내지 고용창출투자로 세액공제를 받고, 종전 설비로 인한 사업에 관하여는 외국인투자로 세액감면을 받는 것은 조세특례제한법이 정한 중복지원이 아니다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 있으므로, 중복지원임을 전제로 한 이 사건 거부처분은 위법하다.

1) 조세특례제한법 제127조는 '중복지원의 배제'에 관하여 규정하고 있는데, 제2

항에서 동일한 과세연도 투자자산에 대한 세액공제가 동시에 적용되는 경우 그 중 하나만을 선택하도록 하고 있고, 제3항에서 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 세액공제를 적용할 때 외국인투자에 대한 세액감면을 받는 경우 공제세액에 해당 기업의 총 주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다고 제한하고 있으며, 제5항에서 내국인이 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 세액감면 규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우 그 중 하나만 선택하도록 하고 있고, 제6항에서 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 취득세 및 재산세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에 그 중 하나만 선택하도록 하고 있으며, 제7항에서 거주자가 토지 등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용하는 경우에는 그 거주자가 하나의 감면규정만을 선택하도록 하되,토지 등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다고 하고 있다.

이와 같이 조세특례제한법 제127조 각 항은 조세혜택의 중복지원인지 여부에 관하여, 내국인이나 거주자 단위로 중복지원 여부를 판단하는 것이 아니라, 투자자산, 외국인투자지분, 사업장, 사업장 내 부동산, 감면대상 부동산 등을 기준으로 조세혜택의 중복 여부를 판단하고 있다. 즉 하나의 투자행위 또는 부동산 취득행위가 수 개의 조세혜택의 요건을 동시에 충족하는 경우 하나의 혜택만 지원받을 수 있다는 취지의 규정이지 수 개의 투자행위 또는 부동산취득행위가 각각 별도로 세액감면과 세액공제 요건을 충족하는 경우에도 동일한 내국인이나 거주자라는 이유로 하나의 혜택만 지원하겠다는 취지의 규정은 아니다(대법원 2015. 5. 14. 선고 2014두47662 판결 참조).

특히 조세특례제한법 제127조 제3항은 조항이 신설된 이래 내국인에 대한투자세액공제와 외국인투자 세액감면이 중복되는 경우 공제될 세액에 내국인투자자 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제하도록 규정하고 있다. 그런데 이는 앞에서 살펴본 바와 같이 2008 사업연도 이전의 일반적 감면세액 계산방식으로 외국인투자 감

면세액을 계산하는 경우 감면사업의 과세표준이 아닌 총 과세표준에 일정한 방법으로계산한 외국인투자 감면비율을 적용하여 내국인투자로 인한 과세표준에도 외국인투자세액감면이 적용될 수밖에 없으므로, 내국인투자로 세액을 공제하는 경우 외국인투자비율에 대해서는 세액공제를 배제하여 동일한 투자에 대하여 세액감면과 세액공제를동시에 적용하게 되는 결과를 최대한 배제하기 위한 입법적 장치로 보인다.

따라서 위와 같은 점에서도 위 규정은 하나의 투자에 대하여 세액감면과 세액공제의 혜택을 중복하여 지원하지 않겠다는 취지이지 동일한 내국인이나 거주자라는 이유로 하나의 혜택만 지원하겠다는 취지는 아니다.

2) 이 사건 6차 증설 투자로 세액공제를 받을 수 있는 금액은 해당 투자액의 일

정비율로 산정된 금액이고, 외국인투자로 인한 세액감면은 증자분 세액감면 계산방법으로 계산하는 경우 납세의무자의 전체 소득을 기준으로 하는 것이 아니라 '외국인투자기업의 증자 인하여 발생하는 소득(즉 이 사건 4, 5차 증설 투자로 발생하는 소득)'에 한하여 세액감면을 받는다. 이 경우 세액감면과 공제의 중복지원 여부도 내국인의 전체 소득이 아니라 위 각 규정에서 정한 이 사건 4, 5차 증설 투자 및 이 사건 6차 증설 투자로발생한 각 소득을 기준으로 판단하여야 한다.

그런데 원고가 증자분 세액감면 계산법을 사용하여 2011 및 2012 사업연도 법인세 경정청구를 하고 피고가 이를 인용함으로써 이 사건 6차 증설 투자로 인한 소득에는 외국인투자 세액감면을 받지 않은 이상 이 사건 6차 증설 투자로 인한 소득에대해 법인세를 과세하면서 이 사건 6차 증설 투자액 중 일정 금액을 공제받는 것을 중 복지원이라고 볼 수 없다.

3) 2013. 1. 1. 신설된 조세특례제한법 제127조 제10항도 사업별 구분경리 시 중

복지원에 해당하지 않음을 명확하게 하기 위하여 신설되었는바 이러한 입법취지와 구분경리에 관한 조세특례제한법 제143조는 세액감면과 관련하여 계속 존재하였던 점 등을 고려하면, 위 규정을 창설적 규정이라고 할 수 없고, 기존에 있던 해석 내용을 그대로 확인한 것에 불과하다.

4) 피고는 이 사건 6차 증설 투자로 인한 세액공제액이 이월되는 경우 결과적으

로 이 사건 4, 5차 증설 투자로 인한 소득에 공제되는 경우가 생길 수 있으므로, 결국 중복지원이 된다고 주장한다. 그러나 2013. 1. 1. 조세특례제한법 제127조 제10항의 신설 이후에도 이월공제는 동일하게 발생할 수 있고, 단지 그러한 사유만으로 서로 다른 투자에 대한 세액공제와 세액감면을 중복지원이라고 할 수 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과같이 판결한다.