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서울행정법원 2016.07.07 2016구합1745
부가가치세부과처분취소
주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 마포구 마포대로 173 소재 마포현대하이엘오피스텔(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 관리운영을 위하여 설립된 법인격 없는 사단이고 2006. 8. 5. 피고로부터 수익사업을 하지 않는 비영리법인의 고유번호증을 교부받았으며, 2015. 8. 20. 사업의 종류를 업태 운수업, 종목 주차장 운영업으로 하여 부가가치세법상 사업자등록을 하였다.

나. 원고는 2010년 제1기부터 2014년 제2기까지 사이에 주차료 수입, 창고사용 관리비 등 수익사업의 수입이 발생하였으나 이에 관한 부가가치세 등의 신고를 누락하였고, 피고는 원고에 대한 세무조사를 거쳐서 2015. 7. 8. 별지 1 목록 기재와 같이 2010년 제1기부터 2014년 제2기까지의 부가가치세(각 가산세 포함)를 결정고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 다.

원고는 2015. 8. 10. 국세청에 심사청구를 하였으나, 국세청은 2015. 11. 24. 위 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 8, 9호증, 을 제1호증의 1 내지 10, 을 제2호증의 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 법인세법 제111조 제4항, 법인세법 시행령 제154조 제3항에 비추어 볼 때 피고가 원고에게 부여한 고유번호는 사업자등록과 동일한 효력이 있으므로 관련 매입세액을 사업자등록 전 매입세액이라고 보아 공제하지 않는 것은 위법하다.

또한, 피고는 이 사건 처분시 수익사업과 직접 관련된 도급관리비에 대한 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 전혀 공제하지 않았으나, 원고는 고유목적사업과 수익사업을 겸하고 있기 때문에 구분이 불분명한 공통매입세액 중 수익사업(주차관리 및 창고임대)와 관련된 매입세액은 안분계산하여 26,232,401원을...

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