상고를 모두 기각한다.

상고비용은 원고들이 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 상고이유 제1점에 대하여

가. 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고 한다) 제69조 제2항 본문은 건설제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함한다. 이하 ‘건설 등’이라고 한다)의 계약기간이 1년 이상인 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 ‘작업진행률’이라고 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입하도록 규정하고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행규칙’이라고 한다) 제34조는 제1항에서 작업진행률은 ‘당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액 ÷ 총공사예정비’의 산식(이하 ‘이 사건 산식’이라고 한다)에 의하여 계산하되, 건설 외의 경우에는 이를 준용하여 계산하도록 규정하며, 제2항에서 각 사업연도의 익금에 산입하는 금액은 계약금액에 작업진행률을 곱한 금액에서 직전 사업연도 말까지 익금에 산입한 금액을 뺀 금액으로 하고, 손금에 산입하는 금액은 당해 사업연도에 발생된 총비용으로 하도록 규정하고 있다.

이들 규정의 문언 내용과 공사 등의 진행 정도에 맞추어 손익을 배분함으로써 기간손익의 왜곡을 방지하려는 입법 취지 등을 종합하여 보면, 이 사건 산식의 분자인 ‘당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액’은 당해 사업연도 말까지 목적물의 건설 등을 위하여 실제 투입된 총공사비의 누적액을 말하고, 이는...