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서울행정법원 2012.05.04 2011구단22481
양도소득세경정청구거부처분취소
주문

1. 피고가 2010. 8. 10. 원고에 대하여 한 2010년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구 거부처분을 340...

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2010. 3. 8. 서울 용산구 B건물 102-3701(전용면적 243.85㎡, 이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 5,650,000,000원에 양도하였는데, 이 사건 주택은 원고가 1985. 1. 1. 전에 취득하여 보유하고 있던 서울 용산구 C 소재 겸용주택(상가 365.89㎡, 주택 85.79㎡, 공용면적 51.74㎡, 이상 합계 503.42㎡, 이하 ‘종전겸용주택’이라 한다)이 「도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라 한다

」에 따른 재개발사업으로 전환된 것이다. 나. 원고가 보유하던 종전겸용주택은 2005. 3. 24. 재개발사업의 관리처분계획이 인가됨에 따라 3,042,289,100원으로 평가되었고, 원고는 517,789,100원의 청산금을 수령하였는데, 이후 이 사건 주택이 신축되어 2009. 5. 15. 사용승인을 받았으며, 원고가 양도할 당시 이 사건 주택은 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 고가주택에 해당하였다. 다. 원고는 이 사건 주택에 관한 양도소득세를 신고하면서 장기보유특별공제액을 산정함에 있어 관리처분계획인가 전의 양도차익 중 주택 부분에 대하여 1세대 1주택에 적용되는 소득세법 제95조 제2항 표2(이하 ‘쟁점표 2’라 한다

)에 따라 80%(10년 이상 보유)를, 상가 부분에 대하여는 같은 항 표1(이하 ‘쟁점표 1’이라 한다

)에 따라 30%(10년 이상 보유)를 적용하여 계산하였으며, 관리처분계획인가 후의 양도차익에 대하여는 쟁점표 2에 따라 종전 상가 및 주택 부분 모두에 32%(4년 이상 5년 미만 보유 를 적용ㆍ계산하여 2010. 5.경 양도소득세 928,670,489원을 신고하고 분납신청을 하여 2010. 5. 3. 및 2010. 7. 29. 2회에 걸쳐 완납하였다. 라.

이후 원고는 당초 신고한 장기보유특별공제액에 오류가 있다고 보아 관리처분계획인가일 전후의 전체 양도차익에 대하여 1세대 1주택에...

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