서울행정법원 2013. 07. 19. 선고 2012구합32543 판결

1. 피고가 원고에게 한, ① 2011. 12. 9.자 2007년 사업연도 법인세 OOOO원, 2009 사업연도 법인세 OOOO원의 각 부과처분, ② 2012. 12. 5.자 2007 사업연도 법인세 가산세 OOOO원, 2009 사업연도 법인세 가산세 OOOO원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이유

1. 처분의 경위

가. 보험업 및 금융투자업 등을 영위하는 원고는 2007 사업연도 및 2009 사업연도에 AA씨앤아이 주식회사 등와 아래 <표1> 기재와 같이 용역위탁계약을 체결하였는데, 위탁용역 내용은 별지 표 기재와 같다. 원고는 용역위탁계약에 따라 지출한 용역비에 관한 2007 사업연도 OOOO원, 2009 사업연도 OOOO원의 세액을 공제하여 2007 사업연도 및 2009 사업연도 법인세를 신고・납부하였다.

<표1> 위탁계약 및 용역비 내역

수탁업체

(주식회사)

용역명

연구개발비(원)

재위탁액(원)

2007 사업연도

2009 사업연도

2007 사업연도

2009 사업연도

AA씨앤아이

현장지원시스템구축

신보험시스템구축

OOOO

BB에스디에스

통합위험관리시스템구축

OOOO

CCC

종합재무설계시스템구축

OOOO

DD데이타시스템

신 인사정보시스템개발

OOOO

합계

OOOO

나. 피고는 2011. 12. 9. 원고에게 용역비 중 2007 사업연도 OOOO원, 2009 사업연도 OOOO원은 수탁업체들이 제3자에게 재위탁하여 지출된 비용이므로 세액공제대상에 해당하지 않는다 는 이유로, 2007 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 포함), 2009 사업연도 OOOO원(가산세 포함)을 경정 ・ 고지하였다.

다. 원고는 2012. 1. 10. 심판청구를 제기하였는데, 2012. 6. 28. 조세심판원으로부터 세액공제대상에서 제외된 용역비 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 재수탁업체에 지금된 용역비를 세액공제대상으로 하여 해당 사업연도 세액을 경정하고, 나머지 심판청구를 기각한다. 는 결정을 받았다. 재수탁업체에 지급된 용역비 내역은 아래 <표2> 기재와 같다.

<표2> 재위탁 용역비 내역

사연연도

전담부서 보유(원)

전담부서 미보유(원)

합계(원)

2007 (2007. 4. 1. ~\u30002008. 3. 31.)

OOOO

2009 (2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31.)

OOOO

" 라. 피고는 2012. 7. 30. 원고에게 2007 사업연도 법인세를 OOOO원(가산세 포함), 2009 사업연도 법인세를 OOOO원(가산세 포함)으로 감액경정하였다(당초 2007 사업연도 재위탁 용역비는 OOOO원으로 산정되었으나, 재조사결과 계산상 오류가 발견되어 OOOO원으로 재산정되었다). 그 후 피고는 이 사건 소 계속 중 2012. 12. 5. 당초 법인세 가산세 부과처분을 취소하고, 2007 사업연도 법인세 가산세 OOOO원, 2009 사업연도 법인세 가산세 OOOO원을 재부과・고지하였다(법인세 부과처분과 법인세 가산세 재부과처분을 통틀어 이하이 사건 처분'이라 한다).", [인정근거] 갑 제1, 2, 3호증, 제5 내지 9호증, 을 제1 내지 11호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

(가) 연구개발 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁하였다면, 재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고, 위탁에 따른 비용은 세액공제대상이다.

(나) (세액공제대상이 아니라 하더라도) 기존의 국세청 예규 및 조세심판원 선결례를 믿고 전담부서 없는 재수탁업체에 지급된 용역비에 관한 세액공제신청을 한 것이므로, 의무해태를 탓할 없는 정당한 사유가 있다 할 것이니, 가산세 부과처분은 위법하다.

(2) 피고

(가 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용이 연구개발활동에 사용된 것인지 밝혀지지 않았다.

(나) (연구개발활동에 사용되었다고 하더라도) 재위탁한 연구개발용역에 관한 비용은 세액공제대상이 아니다.

(다) (재위탁한 연구개발용역에 관한 비용이 세액공제대상이라 하더라도) 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체에 지급된 비용은 세액공제대상이 아니다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 쟁점 및 증명책임에 관하여

조세특례제한법(2007 사업연도 법인세는 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 2009 사업연도 법인세는 2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 제2호 나목, 동 시행령 제9조 제2항(2007 사업연도 법인세, 2008. 2. 22. 대통령령 20620호로 개정되기 전의 것) 또는 제3항(2009 사업연도 법인세, 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) [별표 6] 제1호 나목 ①, ㉲에 의하면, 중소기업이 아닌 내국법인이 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용은 법인세 공제대상에 해당한다. 이와 관련하여 원 ・ 피고가 다투는 ① 원고가 위탁한 용역이 연구개발용역에 해당하는지, ② (연구개발용역에 해당한다면) 수탁업체가 직접 연구개발용역을 수행하여야 하는지, ③ (재위탁에 따른 용역비가 공제대상에 해당한다면) 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유해야 하는지 가 문제로 된다. 나아가 과세처분 취소소송에서 공제요건에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 참조).

(2) 연구개발용역 해당성에 관하여

① 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제9조 제5항에 의하면, 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동인바, 원고가 위탁한 용역은 대형 보험업의 실현, 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축함으로써 기술적 진전을 이루기 위한 활동인 점, ② 국세청은 금융보험업을 영위하는 내국법인이 전담부서를 보유한 업체에 위탁한 전산시스템 개발용역은 연구개발용역에 해당한다. 고 해석한 점(2010. 7. 14. 법인세과-675), ③ 조세심판원은 연구개발용역임을 전제로 전담부서를 보유한 재수탁업체에 지급된 용역비를 세액공제대상으로 인정한 점, ④ 피고는 연구개발용역임을 전제로 재수탁업체에 지급된 용역비를 세액공제대상에서 배제하여 당초 법인세 부과처분을 한 점 등을 고려할 때, 원고가 위탁한 용역은 연구개발용역에 해당한다.

(3) 재위탁의 공제대상 해당성에 관하여

2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표 6] 제1호 나목은 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 연구개발용역 등을 재위탁함에 따른 비용을 세액공제대상에 포함한다. 고 규정하고 있고, 동 규정은 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용되므로, 동 규정이 적용되기 전 연구개발용역 등을 재위탁함에 따른 비용은 세액공제대상이 아니라고 볼 여지가 있기는 하다.

그러나 ① 조세특례제한법(2007 사업연도 법인세는 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 2009 사업연도 법인세는 2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항의 입법취지는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 셍ㄱ공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데있는 점(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 참조), ② 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해서하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6781 판결 참조), 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항(2007 사업연도 법인세, 2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 또는 제3항(2009 사업연도 법인세, 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) [별표 6] 제1호 나목에 재위탁에 따른 비용은 세액공제대상에서 제외한다. 는 규정이 없는 점, ③ 수탁자가 자신의 책임하에 한 재위탁에 대하여 세액공제를 배제하는 것은 위탁자로 하여금 자신이 하지 않은 경제적 결정에 대하여 책임을 지게 함으로써 자기 책임의 워닉에 반하는 점, ④ 재위탁에 따른 비용을 세액공제대상에서 배제하는 것은 위탁자에게 일일이 그 비용지출을 확인하여 세액공제대상에서 차감할 의무를 부과하는 것으로, 납세자로 하여금 법령에도 없는 의무를 부담하게 하는 점, ⑤ 대규모 전산개발용역은 융합기술개발로서 단일 기업의 인력 및 기술에 의존하여 수행하는 것이 불가능하므로 다른 기업에 전산개발용역 일부를 위탁하는 것이 불가피한 점, ⑥ 조세심판원은 전담부서를 보유한 재수탁업체에 지급된 용역비를 세액공제대상으로 인정한 점, ⑦ 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표 6] 제1호 나목은 확인적으로 규정한 것으로 해석할 수 있는 점(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표 6] 제1호 나목에서는 재위탁업체도 연구기관 또는 전담부서의 보유요건을 충족해야 세액공제대상임을 규정하였다는 점에서도 그 이전에는 재위탁을 위탁과 동일하게 취급하였음을 알 수 있다) 등을 고려할 때, 연구개발용역을 재위탁함에 따른 비용도 세액공제대상에 해당한다고 봄이 타당하다.

(4) 연구기관 또는 전담부서 보유의 세액공제요건 해당성에 관하여

① 국세청은 은행업을 영위하는 법인으로부터 전산시스템개발용역을 위탁받은 업체의 비전담부서 소속직원이 수행한 개발용역에 관한 비용은 세액공제대상이다. 고 해석한 점(2008. 4. 17. 서면인터넷방문상담2팀-724), ② 수탁업체가 비전담부서에서 위탁용역을 수행한 경우와 연구개발용역의 효율성을 제고하기 위하여 전담부서 없는 재수탁업체로 하여금 위탁용역을 수행한 경우를 달리 취급할 합리적 이유가 없는 점, ③ 재수탁업체의 전담부서 보유 여부에 따라 세액공제를 달리한다면, 위탁자에게 재수탁업체의 전담부서 보유를 일일이 확인하여 세액공제대상에서 차감할 의무를 부과함으로써 납세자로 하여금 법령에도 없는 의무를 부담하게 하는점, ④ 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표 6] 제1호 나목은 2013. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 재수탁업체의 비전담부서에서 수행한 연구개발용역에 관한 비용을 세액공제대상에서 배제한 점 등을 고려할 때, 이 사건 처분 당시 시행되던 조세특례제한법령상 재수탁업체의 연구기관 또는 전담부서 보유는 세액공제요건이 아니다.

(5) 소결

따라서 원고가 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용은 재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 세액공제대상이므로, 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

참조조문

-조세특례제한법

-조세특례제한법 제9조 제5항

-조세특례제한법 제10조 제1항

-조세특례제한법 제10조 제1항 제2호 나목

-조세특례제한법 시행령

-조세특례제한법 시행령 제9조 제2항

참조판례