1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고(변경 전 상호 : 영진씨엔아이 주식회사)는 1971. 3. 11. 설립되어 주택건설업 등을 영위하는 법인인데, 2016. 1. 6. 삼창실업 주식회사(이하 ‘삼창실업’이라 한다)를 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)하였고 삼창실업은 같은 날 해산하였으며, 삼창실업에 대한 이 사건 합병으로 인한 법인세법 제44조 제1항, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제80조 제1항 제2호 소정의 합병양도차익은 4,331,828,691원{(합병으로 인하여 피합병법인의 주주 등이 지급받는 합병법인의 주식 등의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액 0원 합병법인이 납부하는 피합병법인의 법인세 및 그 법인세에 부과되는 국세와 법인세분 지방소득세의 합계액 665,776,504원) - (피합병법인의 순자산 장부가액 -3,666,052,187원)}이었다.

나. 원고는 피합병법인인 삼창실업의 2016. 1. 1.부터 같은 달 6.까지의 사업연도(이하 ‘이 사건 사업연도’라 한다) 법인세에 관하여, 위 합병양도차익 4,331,828,691원을 합병등기일이 속하는 이 사건 사업연도의 익금에 산입하고, 이월결손금 755,778,693원을 공제하여 과세표준을 3,576,009,998원으로 산정한 후, 법인세법 제55조 제2항에 따라 위 과세표준을 사업연도의 월수(1월 미만의 일수는 1월이다)로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액 42,912,119,976원을 위 사업연도의 과세표준으로 본 후 이를 12로 나눈 금액인 751,722,199원을 산출세액으로 하여, 2016. 4. 30. 피고에게 이 사건 사업연도의 법인세 751,772,199원을 신고납부하였다.

다. 원고는 2016. 7. 1. 피고에게 '피합병법인의 양도차익에 대한 법인세 과세표준 신고는 법인 영업활동에서 발생한 익금이 아니고 법인의 피합병단계에서...