조심 2013서3604(2014.07.16)

피합병법인의 장부가액은 세법상 장부가액이며, 적격합병의 합병평가차익 산정시 청산소득을 차감하지 않고 미승계유보금액을 포함한 것은 적법함

연결재무제표상의 장부가액으로 피합병법의의 자산을 승계하는 것은 자산을 평가하여 승계한 경우에 해당하며, 적격합병의 경우 합병평가차익 산정시 청산소득을 차감하지 않고, 미승계유보금액을 포함하여 합병평가차익을 산정하도록 하는 것임

구 법인세법 제17조자본거래로 인한 수익의 익금불산입

2014구합70099 경정거부처분취소

○○○증권 주식회사

○○○세무서장

2016. 10. 11.

2016. 11. 11.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 5. 7. 원고에게 한 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세

1,379,420,218원의 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1962. 6. 4. 설립되어 투자매매업, 투자중개업, 집합투자업, 투자자문업, 신탁업 등을 영위하였고, 2010. 3. 13. 자회사인 ○○○○ 주식회사(이하 '○○○○'이라 한다)를 흡수합병하였다(이하 '이 사건 합병'이라 한다).

나. 원고는 2010. 6. 30.에 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도(이하 '이 사건 사업연도'라 한다) 법인세 신고시 〇〇〇〇의 △유보금액 중 6,270,092,000원(이하 '쟁점유보금액'이라 한다)은 합병평가차익에 포함되지 않는 것으로 보아 이를 익금에 산입하지 아니한 채 법인세 신고를 하였다가, 2011. 6. 30. 이를 합병평가차익에 포함시키는 것으로 익금산입하여 위 사업연도 법인세 1,379,420,218원(이하 '이 사건 법인세'라 한다)을 수정신고・납부하였다.

다. 원고는 2013. 2. 28. 피고에 대하여 쟁점유보금액을 익금불산입하여 이 사건 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2013. 5. 7. 경정거부처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법'이라 한다) 제17조 제1항 제3호는 합병차익을 익금에 산입하지 아니한다고 정하되, 단서로 '대통령령이 정하는 합병평가차익을 제외한다고 하여 익금에 산입하는 것으로 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법 시행령'이라 한다) 제12조 제1항 제1호(이하 '이 사건 조항'이라 한다)는 피합병법인으로부터 구 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것) 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(합병차익)에 달할 때까지 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 금액을 합병평가차익으로 규정하고 있다(합병평가차익 = 승계한 자산의 평가가액(시가) - 승계한 자산의 장부가액).

또한, 구 법인세법 제80조 제1항은 '내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.'라고 규정하고, 구 법인세법 시행령 제122조 제3항은 '법인의 합병・분할에 의한 청산소득금액을 계산함에 있어 자기자본의 총액에 포함되는 잉여금은 합병・분할시 합병법인 등에게 승계되는 세무조정사항 중 손금불산입금액을 차감하고 동 세무조정사항 중 익 금불산입액을 가산하여 계산한다.'라고 정하고 있다.

나. 이 사건 합병이 자산을 평가하여 승계한 경우에 해당하는지에 대하여

1) 원고의 주장

원고는 합병회계준칙에 따라 연결재무제표상의 장부가액으로 피합병법인의 자산, 부채를 승계하였을 뿐, 자산을 평가하여 승계하지 않았으므로, 이 사건 조항이 정하는 '자산을 평가하여 승계한 경우'에 해당하지 않는다.

2) 판단

합병평가차익을 정한 이 사건 조항상 '피합병법인의 장부가액'은 세무조정 등을 반영한 세법상 장부가액을 의미한다. 피합병법인의 세법상 장부가액과 다른 가액으로 자산을 승계하였다면, 이는 자산을 평가하여 승계한 경우에 해당한다고 볼 수 있고, 이러한 경우에는 합병평가차익이 발생할 수 있는 것이다.

이 사건의 경우 원고의 주장에 의하더라도 원고는 〇〇〇〇의 자산을 승계하면서 세법상 장부가액으로 승계한 것이 아니라 쟁점유보금액을 승계하지 않는 등으로 피합병법인의 연결재무제표상의 자산가액, 즉 세법상 장부가액이 아닌 다른 가액으로 승계하였으므로, 이는 이 사건 조항이 정한 '자산을 평가하여 승계한 경우'에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

다. 이 사건 조항이 이중과세로서 무효인지에 대하여

1) 원고의 주장 요지

쟁점유보금액은 승계되지 않는 세무조정사항(이하 '미승계유보금액'이라 한다)으로서 〇〇〇〇의 법인세 과세소득인 청산소득에 이미 포함되었다. 구 법인세법 시행령 제14조 제1항 제1호 가목에 해당하는 과세이연요건 충족 합병(취득한 주식의 이하 '적격합병'이라 한다)의 경우, 같은 호 다목에 해당하는 과세이연요건 불충족 합병(이하 '비적격합병'이라 한다)과 달리 합병평가차익 산정시 청산소득을 차감하지 않고, 쟁점유보금액, 즉 미승계유보금액을 포함하여 합병평가차익을 산정하도록 한 이 사건 조항은 이중과세로서 무효이다(원고가 이 사건 처분이 이 사건 조항에 따라 산정된 결과인 점은 다투지 않고 있다).

2) 판단

앞서 본 사실과 이 사건 조항의 내용 및 취지, 관련 법령의 규정 등을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 조항이 적격합병의 경우 합병평가차익 산정시 청산소득을 공제하는 규정을 두고 있지 않다고 하더라도 조세공평, 실질과세원칙에 위배되는 이중과세로서 헌법상 조세법률주의에 반하는 위헌・위법의 규정이라고 볼 수는 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

"① 합병평가차익에 대한 법인세(이하 ①항 내에서전자'라 한다)와 청산소득에 대한 법인세(이하 ①항 내에서 '후자'라 한다)는 아래와 같이 납세의무의 성립요건과 시기 및 납세의무자를 서로 달리하고 있고, 양자의 중복적용을 배제하는 특별한 규정이 없다.",A. 납세의무의 성립요건은 전자의 경우 '합병법인이 자산을 평가하여 승계한 경우'이고, 후자의 경우는 '해산, 합병 등으로 청산한 경우'이다.

B. 납세의무의 성립시기는 전자의 경우 '합병법인이 자산을 평가하여 승계한 사업연도'이고, 후자의 경우 '청산일'이다.

C. 납세의무자는 전자의 경우 '합병법인'이고, 후자의 경우 '피합병법인'이다.

② 구 법인세법 제17조 제1항 제5호는 합병차익은 자본거래로 인한 수익으로 보아 익금에 산입하지 않으면서도, 단서 규정에 의하여 합병평가차익을 익금에 산입하고 있는데, 이는 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가증하여 승계한 후 감가상각비 또는 자산처분손실 처리를 하는 경우 소득금액이 감소하게 되므로, 합병시점에서 과세하도록 하기 위한 것인 반면, 청산소득을 과세하는 목적은 미실현 자본이득에 대하여 과세하기 위한 것으로서 그 규율 목적이 다르다.

③ 이 사건 조항이 적격합병의 경우 비적격합병의 경우와 달리 합병평가차익을 산정할 때 청산소득을 공제하는 규정을 두고 있지 않다. 비적격합병의 경우 합병신주를 시가로 평가하여 취득하므로, 시가에 상당하는 합병대가에서 장부가액, 즉 액면가액을 기준으로 산정하는 자기자본총액을 뺀 부분에 대한 과세가 청산소득에 대한 과세에서 이루어지는 데 반하여, 적격합병의 경우에는 주식을 액면가액으로 평가하여 취득하므로 실제 청산소득이 발생하여 법인세가 과세되는 예가 거의 없다. 이러한 점에 대한 고려로 적격합병의 경우에는 청산소득을 차감하는 규정을 두지 않고 있다. 이 사건의 경우에도 실제로 청산소득이 발생하지 않아 〇〇〇〇이 관련 법인세를 납부하지 않았다. 다시 말해, 비적격합병과 같이 청산소득을 공제하는 규정이 있다고 하더라도 공제될 금액이 전혀 없다는 것이다. 또한 적격합병과 비적격합병 사이에 위와 같은 과세상 차이점이 존재하고, 합병시에 적격합병을 할 것인지, 비적격합병을 할 것인지를 대상 법인들이 스스로 선택할 수 있으므로, 이 둘을 달리 취급하는 것을 두고 조세평등주의에 반한다고 보기도 어렵다.

④ 구 법인세법 시행령 제122조 제3항이 '법인의 합병・분할에 의한 청산소득금액을 계산함에 있어 자기자본의 총액에 포함되는 잉여금은 합병・분할시 합병법인 등에게 승계되는 세무조정사항 중 손금불산입금액을 차감하고 동 세무조정사항 중 익금불산입액을 가산하여 계산한다.'라고 규정함으로써 청산소득을 산정함에 있어 승계되는 세무조정사항 금액(이하 '승계유보금액'이라 한다)을 소득에 포함시키지 않는 것으로 정하고 있다. 그런데 이는 승계유보금액이 추후 합병법인의 관련 자산 처분시 다시 익금으로 산입되는 것을 막기 위하여 제외되도록 한 것이지, 합병평가차익과의 이중과세를 막기 위한 것이라고 보이지 아니한다. 미승계유보금액에 대하여 이와 같은 조치가 없다고 하여 합병평가치익과의 이중과세라고 볼 수는 없다.

⑤ 구 법인세법이 2009. 12. 31. 개정되면서 개정 전 합병시 청산소득과 합병평가차익을 나누어 과세하던 것을 양도손익으로 통합하여 비적격합병의 경우에는 피합병법인의 단계에서 과세하고, 적격합병의 경우에는 피합병법인의 양도손익을 0으로 하되 합병법인이 추후 자산을 처분할 때 과세할 수 있도록 변경되었다. 합병과 관련하여 발생한 소득에 대하여 과세하는 방식을 변경하였을 뿐 개정 전 청산소득과 합병평가차익으로 나누어 과세하는 방식 자체가 부당하다는 반성적 고려로 개정에 이른 것으로 보기는 어렵다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

관계법령

■ 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것)

제16조(배당금 또는 분배금의 의제)

① 다음 각호의 1에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

2. 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본 또는 출자에 전입함으로써 취득하는 주식등의 가액. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 금액을 자본에 전입하는 경우를 제외한다.

가. 「상법」 제459조 제1항 제1호・제1호의2・제1호의3・제2호・제3호 및 제3호의2의 규정에 의한 자본준비금(제17조 제1항 제1호 단서의 규정에 따른 초과금액과 대통령령이 정하는 합병평가차익등 및 분할평가차익등을 제외하며, 자기주식 또는 자기출자지분의 소각익의 경우에는 소각당시 제52조 제2항의 규정에 의한 시가가 취득가액을 초과하지 아니하는 경우로서 소각일부터 2년이 경과한 후 자본에 전입 하는 것에 한한다)

5. 합병으로 인하여 소멸하는 법인(이하 피합병법인 이라 한다)의 주주등이 합병으로 인하여 설립되거나 합병후 존속하는 법인(이하 합병법인 이라 한다)으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 주식등의 가액과 금전 기타 재산가액의 합계액(이하 합병대가 라 한다)이 그 피합병법인의 주식등을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액

제17조(자본거래로 인한 수익의 익금불산입)

① 다음 각호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한

다.

3. 합병차익. 다만, 대통령령이 정하는 합병평가차익(이하 합병평가차익 이라 한다)을 제외한다.

제44조(합병평가차익상당액의 손금산입)

① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총합계액중 주식 등의 가액이 100분의 95이상일 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

② 제1항의 규정에 의하여 합병평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 손금에 산입한 금액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 합병법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병평가차익에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 승계받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제80조(합병에 의한 청산소득금액의 계산)

① 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 합병에 의한 청산소득 이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.

■ 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것)

제12조(합병평가차익 등의 계산)

① 법 제16조제1항제2호 가목에서 대통령령이 정하는 합병평가차익 등 이라 함은 「상법」 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 합병차익 이라 한다)에 달할 때까지 다음 각호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호・제3호(법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금에 한한다) 및 제4호의 금액(주식회사외의 법인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 제1호의 금액으로 한다.

1. 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액(제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조제1항제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 가액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액

2. 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액(주식의 경우에는 액면가액에 의하여 평가한 금액으로 한다)이 피합병법인의 자본금에 미달하는 경우 그 미달하는 금액

3. 피합병법인의 자본잉여금중 법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금외의 잉여금부터 순차로 계산한 금액

4. 피합병법인의 이익잉여금에 상당하는 금액

제14조(재산가액의 평가 등)

① 법 제16조제1항 각 호의 규정에 의하여 취득한 재산중 금전외의 재산의 가액은 다음 각 호에 의한다.

1. 취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 주식등 이라 한다)인 경우에는 다음 각 목의 금액

가. 법 제16조 제1항 제2호・제3호・제5호 및 제6호에 따른 주식 등(같은 항 제5호 및 제6호에 따른 주식등은 각각 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호와 법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우로서 다목에 따른 주식등의 시가가 액면가액 또는 출자금액보다 큰 경우에 한한다)의 경우에는 액면가액 또는 출자금액[법 제51조의2 제1항 제2호의 법인(이하 이 조, 제70조, 제75조 및 제86조의2에서 투자회사등 이라 한다)이 취득하는 주식등의 경우에는 영으로 한다]

나. 「상법」 제462조의2에 따른 주식배당의 경우에는 발행금액(투자회사등이 받는 주식배당의 경우에는 영으로 한다)

다. 기타의 경우에는 취득당시 법 제52조의 규정에 의한 시가(이하 시가 라 한다). 다만, 제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여받은 이익이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 금액으로 한다.

제122조(합병에 의한 청산소득금액의 계산)

① 법 제80조 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액은 다음 각호의 금액을 합한 금액으로 한다.

1. 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액

2. 법 제80조 제2항의 규정에 의하여 가산하는 금액. 다만, 다음 각목의 요건을 충족하는 경우에는 나목의 규정에 의하여 피합병법인의 주주등이 취득한 합병법인 주식가액(주식의 취득가액이 액면가액보다 큰 경우에는 액면가액을 기준으로 계산한 가액을 말한다)에 포합주식 양도금액중 합병법인 주식 취득에 사용되지 아니한 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 합병법인이 법 제80조 제2항의 규정에 의한 포합주식 등(이하 이 조에서 포합주식등 이라 한다)을 피합병법인의 주주등으로부터 취득할 당시 합병법인과 피합병법인이 특수관계자가 아닐 것

나. 피합병법인의 주주등이 포합주식등을 합병법인에게 양도한 후 7일 이내에 포합주식등의 양도금액의 100분의 95 이상에 상당하는 합병법인주식(합병법인이 새로이 발행한 주식을 말한다)을 취득할 것

다. 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건

3. 합병법인이 납부하는 다음 각목의 1에 해당하는 금액의 합계액

가. 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세

나. 「지방세법」에 의하여 가목의 법인세에 부과되는 주민세

② 법 제80조 제2항 후단의 규정을 적용함에 있어서 교부한 주식 등의 가액은 제14조 제1항 각호의 규정에 의하여 계산한 가액으로 한다.

③ 법 제80조 및 법 제81조의 규정에 의하여 법인의 합병・분할에 의한 청산소득금액을 계산함에 있어 자기자본의 총액에 포함되는 잉여금은 합병・분할시 합병법인 등에게 승계되는 세무조정사항 중 손금불산입금액을 차감하고 동 세무조정사항 중 익금불산입액을 가산하여 계산한다.

■ 구 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것)

제459조(자본준비금)

① 회사는 다음의 금액을 자본준비금으로 적립하여야 한다.

3. 회사합병의 경우에 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하여 설립된 회사의 자본액을 초과한 때에는 그 초과금액. 끝.