국심2000부2373 (2001.07.23)

법인

경정

수입금액으로 계상하여야 할 금액은 부가가치세를 제외한 금액으로서 과소계상된 상가공사수입금액에 대한 1996사업연도 법인세와 1996.2기분 부가가치세 결정고지는 정당함

법인세법 제9조【각 사업연도의 소득】 / 법인세법시행령 제12조【수익과 손비의 정의】

처분청이 2000.7.10 청구법인에게 결정고지한 1996사업연도 법인세 224,925,160원과 1996.2기분 부가가치세 68,375,810원, 1998사업연도 법인세 57,172,230원과 법인세(특별부가세) 45,835,930원, 1999사업연도 법인세 134,681,833원 및 1999.2기분 부가가치세 55,340,000원은,

1. 1999사업연도 법인세 134,681,833원 및 1999.2기분 부가가치세 55,340,000원은 그 귀속시기를 2000사업연도 및 2000.1기분으로 하여 경정하고,

2. 나머지 청구는 기각합니다.

1. 원처분개요

(1) 청구법인은 청구외 OOO등 9인이 소유하고 있는 경OO도 창원시 OO동 OOOO 대지 2,839.2㎡ 지상에 청구법인 부담으로 상가건물을 신축하여 이중 1층 건물 전부(건평 1,612.5㎡)와 지하 1층 일부분(9/10)을 OOO등 9인이 소유한 토지지분 2,245.6㎡와 대물변제에 의해 교환키로 하고 1996사업연도에 토지지분취득등기를 하였는 바, 청구법인이 토지지분 2,245.6㎡에 상당하는 상가공사수입금액을 285,038,684원으로 계상한데 대하여 처분청은 토지가액은 『토지계정』과 『토지명세서』등에 기장된 892,100,529원(부가가치세 포함)으로 하는 것이 정당하다 하여 상가공사수입금액을 811,100,048원으로 계상한 후 청구법인이 기히 상가공사수입금액으로 계상한 285,038,684원과의 차액 525,967,797원을 익금산입하여 1996사업연도 법인세 224,925,160원과 1996.1기분 부가가치세 68,375,810원을 결정고지하였으며,

(2) 청구법인이 보유하고 있던 경OO도 거제시 연초면 OO리 OOOOOO외 4필지 대지 8,884㎡ 및 지상건물 2,247.88㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 법인세법상 특수관계자인 청구외 OO정밀토건(주)에 9억원(부가가치세 포함)에 양도하여 시가인 1,007,191,380원보다 저가로 양도하였다 하여 부당행위계산부인하고 그 차액 178,100,471원을 익금에 산입하여 1998사업연도 법인세 57,172,230원과 법인세(특별부가세) 45,835,930원을 결정고지하였으며,

(3) 부산광역시 연제구 OO동 OOOOO외 OOO 소재 OO중앙교회 신축공사(도급금액 : 4억원)를 하면서 동 건물은 1999.12.23 연제구청장의 사용승인을 받아 공사발주자인 대한예수교장로회 OOOO유지재단에서 소유권보존등기를 하였으므로 그 귀속사업연도를 2000사업연도로 할 것이 아니라 1999사업연도 공사수입금액으로 계상하여야 한다하여 2000.7.10 청구법인에게 1999사업연도 법인세 134,681,833원 및 1999.2기분 부가가치세 55,340,000원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2000.9.7 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 상가신축공사는 청구법인과 지주들간에 부동산 지분 배분방법과 공사비지급등의 내용을 규정한 “협정합의서와 건설공사 표준도급계약서”에 의해 모든 사항이 진행·추진되어 왔으며, 처분청이 수입금액으로 해야한다고 하는 892,100,529원은 법무사가 개별공시지가와 과세시가표준액등을 감안하여 토지소유권이전등기 및 토지거래허가, 취득세·등록세등을 납부하기 위해 통상 계산하는 방식대로 계산해 낸 금액이며 이를 근거로 토지거래계약허가 신고서에 첨부하기 위하여 『대물변제에 의한 교환계약서』를 작성한 것이므로 892,100,529원을 상가공사수입대가로 보는 것은 부당하며, 총공사비를 건물면적으로 안분계산한 259,126,077원에 이윤 10%를 가산한 289,038,089원(285,038,684원을 불복과정에서 수정한 금액임)을 상가공사수입금액으로 하여 법인세와 부가가치세를 경정해야 한다.

(2) 청구법인은 1994.12 쟁점부동산(토지)을 임야상태로 취득하여 형질변경공사로 지목을 대지로 변경하고, 1995.11월 주유소 및 휴게소 등 쟁점부동산(건물)을 신축하였으나 IMF사태이후 부동산 가격폭락으로 원매자가 없는 상태에서 쟁점부동산에 압류, 임의경매가 개시되어 부득이 낮은 가격으로 처분할 수밖에 없었다.

상속세및증여세법에 의한 보충적평가액 1,007,191,380원이 반드시 『시가』를 반영하는 금액이 아닌데도 178,100,471원의 차이가 있다하여 실제로 거래된 9억원을 무시하는 것은 잘못이며, IMF사태로 부동산가격이 40%~50%이상 급락한 실정을 감안하지 않고 실제거래가액과 보충적평가액과의 차이가 17.7%정도에 불과한 것을 부당행위계산부인하는 것은 타당치 아니하다.

인근 유사부동산에 대한 시가(실제 거래사례가액)조사도 없이 『시가불분명』이라고 하는 것은 부당하며 구 법인세법 제20조의 적용에 있어서 “시가”의 정의와 범위등에 관한 명백한 규정이 법률에 없어 세무조사시에는 과세편의주의적인 입장에서 거의 대부분의 거래가 “시가불분명”으로 상속세및증여세법에 의한 보충적평가방법으로 과세하게 되며, 결과적으로 많은 세부담을 지게 되는 것이 현실이다.

(3) 교회신축공사는 실질적으로 2000.4.30 부대공사와 잔여공사를 마무리하였으므로 처분청이 1999사업연도 공사수입금액으로 귀속시킨 것은 부당하며 2000사업연도의 수입금액으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 대물변제에 의한 교환계약서상의 대물변제금액 892,099,999원을 근거로 하여 1996귀속 토지장부에 토지의 취득원가를 892,100,529원으로 기장하여 회계처리하였으며 당사자간에 합의한 건축비 평당 150만원으로 계산하면 상가공사수입금액은 891,900,075원(595평×150만원)인바, 그렇다면 청구법인이 상가공사수입금액으로 계상하여야 할 금액은 부가가치세를 제외한 811,100,048원으로서 과소계상된 상가공사수입금액 525,967,797원에 대한 법인세 및 부가가치세 결정고지는 정당하다.

(2) 청구법인은 보유하고 있던 쟁점부동산을 1998.7.23 법인세법상 특수관계자인 청구외 OO정밀토건(주)에 9억원(부가가치세 포함)에 양도하였는바, 양도당시 시가가 불분명하고 감정평가법인의 감정가액이 없으므로 구 법인세법 제20조, 같은법 제46조 2항 4호 및 상속세및증여세법 제61조등의 규정을 준용하여 평가한 금액 1,007,191,380원과의 차액 178,100,471원을 부당행위계산부인규정을 적용하여 법인세를 결정고지한 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 부산광역시 연제구 OO동 OOOOO외 1필지상에 OO동중앙교회 신축공사를 대한예수교장로회 OOOO유지재단으로부터 발주받아 1999.3.14 공사계약서를 작성한 사실이 있고, 1999.10.20 에는 당초공사계약을 체결한 당시에 포함된 공사범위를 변경하여 공사비와 공사내용을 조정한 사실이 있으며, 1999.12.23에는 연제구청장으로부터 사용승인을 받아 같은날에 발주자인 대한예수교장로회 OOOO유지재단 앞으로 소유권보존등기를 하였음이 확인되는바

이는 건설공사기간이 1년미만인 단기공사로서 단기도급공사에 대한 법인세법상 익금의 귀속시기는 그 목적물의 인도일로 규정하고 있으므로 처분청이 신축완성된 교회를 1999.12.23에 인도한 것으로 보아 1999년의 익금으로 하여 법인세를 결정고지한 처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

이 건은 (1) 상가신축공사수입 누락금액을 811,100,048원으로 보아 법인세와 부가가치세를 추징한 처분의 당부와

(2) 특수관계자에게 시가(보충적평가금액) 1,007,191,380원 보다 낮은 9억원에 양도한 것으로 보아 178,100,471원을 부당행위계산부인한 처분의 당부,

(3) 교회신축공사 수입금액 귀속년도가 1999사업연도인지 아니면 2000사업연도인지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

구법인세법(1998.12.31 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제9조 【각 사업연도의 소득】에서 『① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.』라고 하고 있고,

같은법 시행령 제12조 【수익과 손비의 정의】에서 『① 법 제9조 제2항에서 수익 이라 함은 법 및 이 령에 규정하는 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.』라고 하고 있다.

같은법 시행규칙 제16조의 2 【시 가】에서 『영 제40조 제1항 영 제41조 제1항·영 제46조 및 영 제116조 제2항·제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식은 상속세법시행령 제5조 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다.』라고 하고 있다.

같은법 제17조 【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】에서 『① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 내국법인이 매입·제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.

③ 내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도와 제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산·부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』라고 하고 있고,

같은법 시행령 제37조 【자산의 취득가액등】에서 『① 법 제17조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액(제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금은 이를 포함하지 아니한다)에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임 하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다) 설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 정상가액』라고 하고 있다.

법인세법(1998.12.31 법률 제5581호로 개정된 것) 제40조 【손익의 귀속사업연도】에서 『① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』라고 하고 있고,

같은법 시행령 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】에서 『① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 건설 등 이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 작업진행률 이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

③ 제2항의 규정은 건설 등의 계약기간이 1년 미만인 경우로서 법인이 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 하여 수익과 비용을 계상한 경우의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 이를 준용한다.』라고 하고 있다.

같은법 제52조 【부당행위계산의 부인】에서 『① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 부당행위계산 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』라고 하고 있다.

같은법 제88조 【부당행위계산의 유형 등】에서 『① 법 제52조 제1항에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우

4. 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우

5. 출연금을 대신 부담한 경우

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우』라고 하고 있다.

같은법 시행규칙 제89조 【시가의 범위 등】에서 『① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

2. 상속세및증여세법 제38조· 동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 당해 사업연도중 특수관계자외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 매출액으로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.』라고 하고 있다.

부가가치세법 제9조 【거래시기】에서 『② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』라고 하고 있고,

같은법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】에서 『 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의 2 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일』라고 하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

처분청은 청구법인이 OOO등 9인의 지주에게 상가건물 1,612.5㎡를 신축해 주는 대가로 1996.5.20 경OO도 창원시 OO동 OOOO 소재 토지 2,839.2㎡중 2,245.6㎡를 대물변제로 취득등기한 것과 관련된 상가공사수입금액을 청구법인이 1996사업연도에 결산에 반영한 수입금액 285,038,684원이 아니라 대물변제에 의해 취득한 토지 2,245.6㎡ 등기신청시의 토지거래 계약서상 금액인 892,100,529원으로 하여야 한다하여 그 차액 525,967,797원을 상가공사수입금액 누락으로 보아 익금산입하였음이 이 건 과세관련기록에 의거 확인된다.

위 경OO도 창원시 OO동 OOOO소재 토지 2,839.2㎡는 토지구획정리사업지구내 토지로 OOO등 9인이 공동으로 한국토지개발공사로부터 5년 이내 건물신축(환매특약)조건으로 1990.4.10에 취득하였으며, 청구법인은 토지소유자인 OOO등 9인과 동 대지위에 철근콘크리트조 슬라브 지상 5층의 건물을 청구법인 부담으로 신축하여 지상 1개층(1층 전체) 및 지하층(9/10)은 OOO등 9인의 소유로 하고, 나머지 2, 3, 4, 5층은 청구법인의 소유로 하기로 1995.9.6 상호협정합의하고, 이 협정합의서에 의하여 청구법인은 1996.3.26 대물변제에 의한 교환계약서를 지주인 OOO등 9인과 작성한 사실이 확인된다.

위 계약내용에 의하면 『청구법인의 재원으로 지하1층, 지상5층 연건평 9,442.09㎡의 철근콘크리트 건물을 신축하여 공사비 수금방안으로 OOO등 9인의 대지권 일부와 건물 일부를 대물변제에 의해 교환한다.』고 명시되어 있고, 구체적인 대물변제방법을 보면 『청구법인은 창원시 OO동 OOOO번지 지상 1층 건평 1,612.5평방미터를 OOO외 8명에게 신축하여 주고 그 대가로 OOO등 9인 소유의 대지 2,839.2㎡중 2,245.6㎡를 청구법인에게 이전하기로 하며, 공사금액 산정에 있어 건축비는 평당 150만원 수준으로 시공해야하고 대물교환될 각각의 금액은 892,100,529원으로 한다』고 되어 있다.

청구법인은 대물변제에 의한 교환계약서상의 대물변제금액 892,099,999원을 근거로 하여 1996사업연도 토지장부에 토지의 취득원가를 892,100,529원으로 기장하여 회계처리하였음이 『토지계정장부』 및 결산서 부속서류인 『토지명세서』등에 의하여 확인되는 바, 이는 대물변제에 의한 교환계약서상의 대물변제되는 토지와 건물가액인 892,099,999원을 근거로 회계처리한 것으로 보아야 할 것이며, 또한 당사자간에 합의한 평당 건축비 150만원으로 계산하면 상가공사수입금액은 891,900,075원(595평×150만원)이 되는바, 그렇다면 청구법인이 수입금액으로 계상하여야 할 금액은 부가가치세를 제외한 811,100,048원으로서 과소계상된 상가공사수입금액 525,967,797원에 대한 1996사업연도 법인세와 1996.2기분 부가가치세 결정고지는 정당하다 할 것이다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장이 그 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 수 있도록 하는 것이 부당행위계산의 부인이며, 법인의 부당행위계산의 부인규정을 둔 본래의 취지는 법인이 세법에서 규정하는 특수관계있는 자와의 진실한 거래행위가 있으나, 그 거래가 세법에서 열거한 제반거래형태를 빙자하여 조세법을 남용함으로써 비정상적이고 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되거나 또는 그 거래가 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보여질 때, 과세권자는 객관적으로 타당하다고 보여지는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 데 있으며, 이는 실질과세원칙에 그 근거를 두고 있는 것이라 할 것이다.

청구법인이 보유하고 있던 쟁점부동산을 1998.7.23 법인세법상 특수관계자인 부산광역시 수영구 OO동 OOOOO소재 OO정밀토건(주)에 9억원(부가가치세 포함)에 양도하였는바 양도당시 시가가 불분명하고 감정평가법인의 감정가액이 없으므로 구 법인세법 제20조, 같은법 제46조 2항 4호, 같은법 시행규칙 제16조의 2 및 상속세및증여세법 제61조의 규정을 준용하여 평가한 금액 1,007,191,380원의 수준으로 양도하였어야 할 것인데 이에 미달하게 양도하였으므로 양도가액 9억원과의 차액 178,100,471원을 부당행위계산부인규정을 적용하여 이 건 과세한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 살펴본다.

청구법인과 대한예수교장로회 OOOO유지재단(OOOOOOOOOOOOO, 이사장 OOO)은 1999.3.14 부산광역시 연제구 OO동 OOOOOOO외 1필지에 OOO교회(대지 1,186.2㎡, 건물3층 지하1층 연면적 1,391.72㎡)를 신축하기로 계약하였으며, 교회측은 1999.2.13에 건축허가를 신청하고, 1999.3.27에 건축물 착공신고서를 제출하였으나 교회신축공사 부지에는 지하 184.15㎡, 1층 234.97㎡의 철근콘크리트(슬래브지붕 단층) 창고건물과 무허가 구조물(천막형)등을 철거해야 하는 관계로 사실상의 착공은 1999.5.3로 확인되며, 동 건물은 1999.12.23 연제구청장의 사용승인을 받아 공사발주자인 대한예수교장로회 OOOO유지재단으로 소유권보존등기되었음이 이 건 과세관련기록에 의하여 확인된다.

건설용역제공에 대한 손익의 귀속시기와 관련하여 법인세법 시행령 제69조 제1항에서 『건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날)이 속하는 사업연도로 한다.』고 규정하고 있고, 제2항에서 장기도급공사는 작업진행율(예외 : 인도기준)에 의해 익금과 손금을 계상하도록 규정하고 있으며, 제3항에서는 계약기간이 1년미만인 단기공사로서 당해법인이 작업진행율에 의해 수익과 비용을 계상한 경우에는 익금과 손금의 귀속사업연도는 제2항의 규정을 준용한다고 하고 있는바, 이 건의 경우 청구법인은 『용역제공완료일』이 2000.4.30이므로 익금과 손금의 귀속사업연도는 2000사업연도가 되어야 한다고 주장하고 있다.

건물사용승인의 개념은 건물이 본래의 의도된 용도에 사용될 수 있을 정도로 완성된 상태를 의미하는 것으로 조경시설, 상하수시설, 진입로 개설공사등을 포함하며, 사용승인일 이후의 추가공사는 담장, 대문, 옹벽, 옥외 배수로 보완, 계단, 마당, 페인트 공사, 실내벽의 도배공사, 화단장치공사 등이 있는바, 청구법인은 사용승인을 받은 1999.12.23 이후에도 48,400,000원의 공사비를 투입하여 진입로, 배수로, 담장, 대문 등 옹벽 및 담장공사를 계속한 사실이 관련증거자료에 의하여 확인되고, 2000.4.30에 비로소 건설용역 제공이 완료되어 재단측에 교회건물이 인도되었으며, 공사착공일과 공사용역제공완료일등에 대하여는 OOO교회측의 주보 및 사실확인서에 의해 그 사실이 입증되고 있다.

위 사실관계 및 관계법령의 규정에 의할 때, 이 건 건설용역제공완료일은 2000.4.30로 인정되므로 그 귀속사업연도는 2000사업연도라 할 것이고, 따라서 처분청이 사용검사승인일인 1999.12.23을 용역제공완료일(단기도급공사)로 보아 1999사업연도 수입금액으로 하여 1999사업연도 법인 수입금액 누락액 400,000,000원을 법인세 과세표준계산상 익금 산입하여 법인세를 과세하고, 1999.2기분 부가가치세 55,340,000원을 과세한 당초 처분은 잘못이라고 할 것이다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.