상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제95조 제1항 및 제2항은, 같은 법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 하여 이를 양도차익에서 공제하도록 하면서, 원칙적으로 보유기간별로 최대 100분의 30의 공제율을 적용하되, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그보다 높은 최대 100분의 80의 공제율을 적용하도록 규정하고 있다.

2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고가 1985. 1. 1. 전에 이 사건 토지 위에 건축된 이 사건 종전주택을 취득한 후 1996. 3. 27. 이를 철거하고 1996. 9. 30. 이 사건 신축주택을 재건축하여 2008. 7. 9. 이를 양도한 사실, 이 사건 종전주택과 신축주택은 모두 고율의 장기보유특별공제율이 적용되는 1세대 1주택에 해당하는 사실 등을 인정한 다음, ① 장기보유특별공제제도는 자산의 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양도소득금액 산정 시 일정액의 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것이고, 1세대 1주택을 장기간 보유하는 경우 최대 100분의 80에 이르는 고율의 공제율을 적용하는 취지는 1세대 1주택이 국민의 주거생활 안정에 필수적인 요건임을 감안하여 1세대 1주택의 장기보유자에 대한 양도소득세의 부담을 해소하는 데에 있는 점, ② 한편 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제154조...