서울행정법원2016구합56905(2017.07.13)

조세특례제한법 제9조 제5항의 연구개발은 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활동 등으로 제한되어야 함

(1심 판결과 같음) 조세특례제한법 제9조 제5항의 연구개발은 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활동 등으로 제한되어야 하고, 제품의 일부 개선이나 변용, 제조방법의 단순한 능률화 등의 활동과는 본질적으로 구별되는 연구활동이어야 함

조세특례제한법 제9조

2017누62718 법인세부과처분등취소

주식회사 ○○

○○세무서장

2017. 12. 12.

2018. 01. 09.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2014. 12. 00. 원고에게 한 2009 사업연도 법인세

2,000,000,000원, 2010 사업연도 법인세 1,000,000,000원, 2011 사업연도 법인세

1,000,000,000원, 2012 사업연도 법인세 2,000,000,000원, 2013 사업연도 법인세

1,000,000,000원의 부과처분을 모두 취소한다.

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결문에 아래와 같은 내용을 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

○ 제1심 판결문 제12면 제5행 아래에 다음의 내용을 추가함

③-1 원고는 "원고의 석유화학제품이 대부분 범용성이 없고 고객별,용도별로 요구되는 물성이 다양하여 고객과의 협업이 필수적인바, AAA는 중간재산업인 석유화학산업의 이러한 특성 때문에 신소재의 고객별,용도별,공정시설별 응용기술 개발 및 적용을 위하여 분리 설립된 것일 뿐 그 업무내용은 원고의 석유화학연구소와 마찬가지로'연구개발'의 범위에 포함되는 것"이라고 주장한다.

그러나 앞서 본 바와 같이 구 조세특례제한법 제9조 제5항의 연구개발은 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활동 등으로 제한되어야 하고, 제품의 일부 개선이나 변용, 제조방법의 단순한 능률화 등의 활동과는 본질적으로 구별되는 연구활동이어야 한다. 더욱이 범용성이 없어 대부분의 경우에 소재의 고객별,용도별 변용이 불가피한 석유화학제품에 있어서는 체계적이고 창의적인 활동으로서의 연구개발에 해당하는 활동과 이에 해당하지 않는 소재의 단순 변용, 개선이나 개별 고객의 주관적인 요구를 만족시키기 위한 활동 등을 엄격히 구분할 필요성이 더욱 크다고 할 수 있다. 그런데 AAA 연구원들이 고객의 요구사항에 따른 맞춤서비스를 제공하기 위하여 영업부서 직원들과 함께 출장상담을 다니는 등으로 수행한 ZZZ 업무라든가 고객의 불만이나 불편사항 등을 처리하기 위하여 수행한 CCC 업무 등은 대부분 연구활동으로 보기 어렵고, SSS 업무의 경우에도 그 상당 부분이 고객사의 공정개선, 교육활동, 기술지도 등으로 보일 뿐 체계적이고 창의적인 활동으로서의 연구활동에 해당한다고 보기 어렵다.

○ 제1심 판결문 제17면 제7행 '원고의 자유이다' 다음에 아래의 내용을 추가함

(실제로 원고는 중간재산업인 석유화학산업의 위와 같은 특성으로 인한 고객과의 협업 필요성, 고객의 요구에 따른 제품개발과 기술 및 교육서비스 등의 제공, 이를 통한 고객 유지와 새로운 고객의 확보라는 영업전략 등을 종합적으로 고려하여 AAA를 별도로 설립하였다고 할 수 있다)

○ 제1심 판결문 제18면 제13행 아래에 다음의 내용을 추가함

4) 신의성실의 원칙 위반 주장에 대하여

원고는 과세관청이 그 동안 원고의 AAA와 비슷한 사안에 대하여 연구개발비 세액공제를 인정하여 왔고, '거래처의 납품의뢰에 따라 납품조건을 충족하기 위하여 상품화 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련 비용도 세액공제 대상에서 배제되지 않는다'는 취지의 예규(참고자료 1, 국세청 법인세과-1117, 2009. 10. 12.) 등을 시행해왔음에도 불구하고, 이에 반하여 원고의 AAA에 대하여 세액공제를 부정하는 이 사건 처분을 하였으므로 이는 신의성실의 원칙에 위반하여 위법하다고 주장한다.

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고 둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족할 때에 한하여 과세관청의 처분을 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 되는 것이다(대법원 2002. 3. 29. 선고 99두1861 판결 등 참조).

원고가 들고 있는 사례는 처분청이 해당 회사의 자료를 검토하여 영업활동을 전담하는 영업팀과 별도로 연구활동만을 전담하는 연구원들의 인건비 등에 대해서는 세액공제를 인정하면서 연구활동 외 다른 업무를 일부 겸임한 직원의 인건비 등에 대해서는 세액공제를 부인한 사안(참고자료 6, 조심2009서4154, 2010. 5. 26.), 처분청이 해당 회사의 수익활동인 설계 과정에 일부 참여하여 연구결과의 타당성을 점검한 연구원의 인건비에 대해서는 세액공제를 인정하되 행정업무에 종사한 연구원의 인건비에 대해서는 세액공제를 부인한 사안(참고자료 7, 국심2007서1150, 2008. 7. 15.) 등으로서, 연구활동의 해당 여부와 연구활동 외 다른 활동의 겸임 및 그 정도 등이 다투어지는 원고의 이 사건 AAA와 반드시 유사한 경우라고 보기 어렵다. 또한 원고가 제시하는 위 예규는 해당 활동이 체계적이고 창의적인 연구활동의 범주에서 벗어나지 않는 것을 전제로 납품조건을 충족하기 위한 상품화 개발 수행 과정의 활동도 연구활동에 포함될 수 있다는 점을 밝힌 것이지, 그러한 연구활동의 범주에 포함되지 않더라도 상품화 개발에 도움이 되는 활동이면 세액공제 대상으로서의 연구활동에 포함시킬 수 있도록 허용한 것은 아니다.

따라서 피고 등 과세관청이 원고의 AAA와 관련하여 원고의 정당한 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여 왔다거나 이에 따라 원고가 AAA에 관한 세액공제가 가능하다고 신뢰하게 되었다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유없다.

2. 결론

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.