비업무용 부동산에서 제외되는 특별부가세 면제대상 토지 여부

대물변제 완료일부터 양도일까지 2년이 경과하지 아니하여 비업무용부동산에서 제외되는 특별부가세 면제대상 토지에 해당한다고 본 사례

결정 내용은 붙임과 같습니다.

피고가 1990. 9. 1. 원고에 대하여 한 법인세 275,768,928원의 부과처분중 금62,820,746원을 초과하는 부분을 취소한다. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 소송비용 중 1/5은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

갑제 1호증, 갑제 9호증의 1내지 6, 갑제 10호증의 4,8, 을제 1호증의 1내지 5, 을제 2호증의 1,2, 을제 3호증의 1 내지 7의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 토목건축업등을 하는 법인으로서 별지 제1목록 제 1내지 7항 토지에 관하여는 1985. 5. 24. 같은 목록 제 8항 토지에 관하여는 같은해 10. 21. 원고명의로 각 소유권이전등기를 경료하였다가 1988. 1. 26. 위 제1목록기재 각 토지(이하 이 사건 토지라고 한다)를 원고소유의 별지 제 2목록기재 토지와 함께 소외 주식회사 보성주택에 국민주택건설용지로 양도한 후 1989. 3.경 1988사업년도 법인세등 신고시에 위 제 1,2,목록기재 토지의 양도에 관하여 조세감면규제법 제62조에 의한 법인세(특별부가세)의 감면신고를 한데 대하여, 피고는 위 각 토지는 양도일까지 1년이상 계속항 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하여 조세감면규제법 제 66조, 같은법시행령 제54조, 같은법 시행규칙 제20조의 2제1항제1호에 의하여 감면대상이 되지 않는 것으로 보아 이에 관하여 1990. 9. 1. 원고에 대하여 법인세(특별부가세) 287,620,870원을 산출, 부과하기로 결정고지하였다가 같은해 10. 29. 가산세계산의 착오를 정정하여 별지세액계산서 과세처분란 기재와같이 이를 금275,768,928원으로 감액경정하여 고지함으로써 이 사건 과세처분에 이른 사실을 인정할 수 있다.

원고는, 위에서 원고가 양도한 토지중 별지 제1목록기재 토지는 원고가 소외 ㅇㅇ지구제방축조위원회와 ㅇㅇ구 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ강 지선의 ㅇㅇ지구 하천개수 및 성토공사에 관한 도급계약을 체결하면서 그 시공후 환지예정지 지정시에 발생하는 폐천부지등을 대물변제받기로 하였으나 공사안료후에도 환지지구지정이 지연되어 공사대금채권의 확보책으로 앞서 본 바와 같이 원고명의로 소유권이전등기를 경료해 두었다가 1986. 7. 29. 위 위원회와 대물변제대상토지의 위치와 면적을 확정하는 최종적인 합의가 이루어졌으니 원고는 위 합의시에 위 토지를 대물변제받아 취득한 것으로 보아야 하고 그로부터 위 양도일까지는 2년이 경과되지 아니하였으니 이는 조세감면규제법시행규칙 제20조의2제2항제1호에 의하여 특별부가세가 면제되어야 한다고 주장함에 대하여, 피고는 원고가 위 토지를 원고명의로 소유권이전등기를 한 때에 이를 대물변제로 취득한 것으로 보아야 하고 그로부터 2년이 경과한 후 양도하였으니 위 토지의 양도가 특별부가세 감면대상에서 제외되는 것으로 본 이 사건 과세처분은 적법하다고 주장한다.

살피건대, 조세감면규제법 제66조는 법인의 업무와 직접 관련없는 부동산 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이 법 또는 다른 법률중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 이를 적용하지 아니한다고 규정하고, 같은법 시행령 제54조는 법 제66조에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 1981. 1. 1.이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 업는 부동산을 말한다고 규정하고 같은법 시행규칙 제20조의2제1항은 영제 54조에서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산 이라함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다고 규정하면서 그 제 1호에 양도일까지 1년이상 계속하여 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 것을 들고, 같은조 제2항은 다음 각호의 1에 규정하는 부동산은 제1항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정하면서 그 제 1호에 대물변제로 취득한 부동산으로서 취득일로부터 2년이 경과되지 아니한 것을 들고 있다.

그런데 갑제 4 내지 7호증, 갑제 11호증의 1,2, 갑제 12호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1982. 1. 21. 소외ㅇㅇ지구제방축조위원회와 사이에ㅇㅇ구 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 선(ㅇㅇ강) 신암지구 하천개수(제방축조) 및 성토공사를 공사대금 1,588,000,000원에 도급받기로 하는 계약을 체결하면서 위 공사대금은 위 공사완료후 환지예정지 지정시에 공사로 인하여 발생되는 국유의 폐천부지 약 7,588평과 지구내의 개인소유토지 약 3,416평으로 대물변제받기로 하고 그 구체적인 지번, 지적은 ㅇㅇ시의 도시계획에 따른 환지예정지지정처분등이 된 후에 확정, 정산하되 위 공사에 계획된 배수로시설 북쪽의 ㅇㅇ강하류측(원래 원고소유인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지가 소재하고 있는 곳임)에 한단지로 모아 환지처리하기로 약정하고 1984. 7.경 그 공사를 완료하였으나 도시계획의 확정과 그에 따른 환지지구지정이 조속히 이루어지지 아니함으로써 지적분할이 불가능하여 대물변제대상토지를 확정할 수 없게 되자 채권확보책으로 우선 국유인 폐천부지중 원고가 대물변제받을 것이 확실시되는 별지 제 1목록 제 1 내지 7항 토지 6536평에 관하여 1985. 5. 24. 소유권이전등기를 받아야 할 채권보전을 위한 지적분할을 신청하여 국가로부터 직접 소유권이전등기를 경료받고 같은해 10. 21.에는 위 지구내의 개인소유토지중 위 목록 제 8항 토지에 관하여도 원고명의로 소유권이전등기를 경료받았다가 그후 도시계획이 사실상 확정됨에 따라 1986. 7. 29. 위 제방축조위원회의 지위를 승계한 ㅇㅇ지구구획정리사업조합과 사이에 대물변제대상토지를 확정 정산함에 있어서 위지구내에 원래 원고가 소유하고 있던 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지의 환지후 평수 670.3평과 워노가 대물변제받기로 약정한 토지 11,004평을 합친 11674.3평 중에서 원고가 929.5평을 위 조합측에 양보하기로 하여 그 구체적인 내용으로 원고가 대물변제받기로 한 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지(제 1목록 제3항)중 도로계획선에 편입된 토지를 제외한 잔여토지 140평을 원고소유의 위 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지와 접하도록 환지하고, 위 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지중 ㅇㅇ중학교 진입도로등으로 편입된 부분은 위같은토지와 접한 다른 토지로 환지하며 그 박에 폐천부지중 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지토지등을 추가로 이전받기로 하는 등으로 합의가 이루어진 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면 원고가 위 공사도급계약에 다라 대물변제받기로 한 토지는 공사가 완료되고 환지예정지지정처분이 되어 그지번, 지적이 확정된 후 원고가 원래 소유하고 있던 신암동 67토지와 접하여 일단의 토지를 이룰 수 있도록 제공받기로 한 것이니 위와같이 환지예정지지정이전에 원고가 권리확보책으로우선 그일부인 이 사건 토지에 관하여 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였다고 하여도 위에서 본 바와 같이 그후 그 토지중 일부가 도로예정지에 편입되는 등으로 대물변제대상토지를 조정하여 최종확정하기에 이른 사정에 비추어 볼 때 위 각 소유권이전등기일에 원고가 이 사건 토지를 확정적으로대물변제받은 것이라고는 보기 어렵고 도급인측과 사이에 일단의 대물변제대상토지를 전체적으로 확정한 1986. 7. 29. 위 대물변제가 완료되었다고봄이 상당하다 할 것이고 그로부터 이 사건 양도일인 1988. 1. 26.까지는 2년이 경과되지 아니하였으니 이 사건 토지는 위 조세감면규제법 시행규칙 제 20조의2제2항 제1호에 의하여 비업무용부동산에서 제외되는 특별부가세 면제대상토지라 할 것이고, 이 사건 토지를 과세대상에서 제외한 정당한 특별부가세액은 별지 세액계산서 인정금액란 기재와 같이 금62,820,756원이 되므로 이 사건 과세처분 중 위 금액을 초과한 부분은 위법하다 할 것이다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 정당한 세액을 초과하는 부분의 취소를 구하는 범위내에서 이유있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유없어 이를 기각한다.

[별지] 제 1 목록

1. ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 1107의 115 하천 2978평

2. 1107의 80 전 2334평

3. 같은시 ㅇㅇ동 1313의 1 하천 977평

4. 1313의 15 전 219평

5. 1313의 16 25평

6. 1313의 20 2평

7. 1313의 21 1평

8. 1313의 3 1830평

제2목록

1. ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 1107의 78 전 560평

2. 1107의 79 전 715평

3. 67 전

4. 67의1 구거 670.3평

5. 67의 2 전

6. 같은시 ㅇㅇ동 74의 1 전

7. 75의 1 전

8. 70 전 409.5평

9. 69의 1 전

10. 69의 2 전

11. 68 전

세액계산서

(단위 : 원)

과세처분 인정금액

양도가액 2,683,123,000 588,700,000

취득가액 1,736,681,440 380,615,379

특별공제 32,996,947 0

양도차익 913,444,613 208,084,621

세율 25퍼센트 25퍼센트

산출세액 228,361,153 52,021,155

가산세 47,407,775 10,799,591

결정세액 275,768,928 62,820,746