비영리내국법인인 원고에게 자경농지감면 규정을 적용할 수 없음

비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세표준 신고에 대하여 소득세법 92조를 준용하여 계산하도록 한 것은, 납세절차를 간소화하고 조기성실신고를 유도하기 위한 것으로 양도소득세와 산출세액이 동일하다는 것 뿐이고, 그로인하여 위 법인세가 개인에게 부과되는 양도소득세에 해당하게 되는 것이 아니며, 개인에게 한정하여 규정된 자경농지감면이 적용될 수 없음

조세특례제한법 제69조, 법인세법 제62조의2

2015구합71458 법인세등부과처분취소

AAA씨 AAAA종중

BB세무서장

2016. 9. 6.

2016. 12. 6.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 2. 2. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 644,231,067원의 부과처분 중 549,803,067원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 20,984,000원의 부과처분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 9. 11. CC세무서장으로부터 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로서 승인을 받았다.

나. 원고는 2009. 9. 15. 한국토지주택공사에게 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 정한 협의절차에 따라 DD시 DD면 D리 495-2 전 4,960㎡, 같은 리 648 전 522㎡, 같은 리 649 전 334㎡, 같은 리 651 전 509㎡(이하 '이 사건 농지'라고 한다)와 같은 리 518-9 임야 7,813㎡, 같은 리 519-10 묘지 232㎡, 같은 리 산44 임야 9,223㎡(이하 '이 사건 임야'라고 한다) 등 11필지의 토지를 매도하였다.

다. 원고는 2009. 11. 30. 피고에게 한국토지주택공사에게 매도한 위 11필지 토지에 관하여 양도소득세를 신고・납부하였다. 당시 원고는 이 사건 농지에 대하여는 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조에 규정된 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하였다.

라. 피고는 2015. 2. 2. 원고가 비영리내국법인에 해당하므로 거주자에 대해 적용되는 구 조세특례제한법 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정이 적용될 수 없다고 보아 위 규정에 따른 세액 감면을 부인하고, 같은 법 제77조의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여 2009 사업연도 법인세액을 549,803,067원에서 644,231,067원(가산세 포함)으로 증액 경정하고 농어촌특별세 20,984,000원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 이를 합하여 '이 사건 각 처분'이라 한다).

마. 원고는 2015. 4. 29. 이 사건 각 처분에 대하여 심사청구를 하였고, 국세청장은 2015. 9. 11. 원고의 심사청구를 기각하는 결정을 내렸다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4호증(가지번호 붙은 호증 모두 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고 주장의 요지

구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제62조의2 제5항은 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례를 규정함에 있어서 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조를 준용하여 자산양도소득에 대한 세액을 계산하도록 규정하고 있고, 구 소득세법 제93조 제2호는 같은 법 제90조에 의하여 감면되는 세액이 있는 때에는 이를 공제하여 결정세액을 계산하도록 규정하고 있다. 구 소득세법 제90조 제1항은 그 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 양도소득세액을 감면하도록 규정하고 있으므로 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 규정하고 있는 구 조세특례제한법 제69조 제1항은 비영리내국법인에 해당하는 원고에 대한 법인세액 산정 시에도 준용될 수 있다고 보아야 한다.

이 사건 농지는 농지법상 농지로서 원고의 대표자인 FFF이 1970년경부터 직접 경작해 왔으므로 구 조세특례제한법 제69조 제1항을 준용하여 원고에 대한 법인세를 감면하였어야 함에도 위 세액 감면을 적용하지 않은 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).

2) 구 법인세법 제62조의2는 비영리내국법인이 토지 등 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있고, 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니하고(제1항), 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제 92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 하며(제2항), 제2항의 규정을 적용함에 있어 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 '양도가액'이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 '양도차익'이라 한다)에서 소득세법 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산하고(제3항), 소득세법 제96조, 제97조, 제98조, 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액・필요경비 및 양도차익의 계산에 준용하며(제4항), 소득세법 제101조, 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 구 소득세법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다(제5항)고 규정하고 있다.

이와 같은 구 법인세법 제62조의2의 입법취지는, 부동산의 양도로 인한 법인의 소득에 대하여는 원칙적으로 구 법인세법 제14조에 의한 법인세를 납부하여야 하지만, 종중과 같이 사업소득이 없는 비영리내국법인의 경우에는 회계장부 등을 제대로 갖추고 있지 아니하는 등 세법에서 규정하는 제반 절차를 이행할 수 있는 능력이 미약하므로 납세절차를 간소화하고 조기성실신고를 유도하기 위하여, 그 선택에 따라 양도소득세 산정에 관한 규정인 구 소득세법 제92조, 제104조 제1항에 의하여 산정된 금액을 법인세로 납부할 수 있는 길을 열어둔 것이라고 할 것이다.

그러나 원고와 같은 비영리내국법인의 토지 등의 양도로 인한 소득에 대한 법인세는 그 세액의 산정방법이 양도소득세액의 산정에 관한 구 소득세법의 관련 규정을 준용하여 같은 방법으로 산정함에 따라 원칙적으로 그 산출세액이 구 소득세법의 관련 규정에 의하여 산정된 양도소득세의 산출세액과 동일하다는 것일 뿐이고 그로 인하여 위 법인세가 거주자나 비거주자로서 국내원천소득이 있는 개인에게 부과되는 양도소득세에 해당하게 되는 것은 아니다.

3) 구 법인세법의 위 각 규정이 과세표준에 관해서는 구 소득세법 제92조, 세율에대해서는 같은 법 제104조 제1항, 소득공제에 대해서는 같은 법 제95조 제2항과 제103조, 양도가액에 대해서는 제96조, 필요경비에 대해서는 제97조, 양도차익의 계산에 대해서는 제100조를 각 준용하도록 개별적인 규정을 두고 있으나, 세액의 감면에 관하여 양도소득세액의 감면을 규정한 구 소득세법 제90조 또는 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 규정한 구 조세특례제한법 제69조 제1항을 준용한다는 명시적인 규정을 두고 있지 않으므로, 구 소득세법 제90조 또는 구 조세특례제한법 제69조 제1항이 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 법인세액의 계산에 준용된다고 볼 수는 없다.

구 법인세법 제62조의2 제5항에 의하여 준용되는 구 소득세법 제93조는 그 후문에서 '이 경우 제90조의 규정에 의하여 감면되는 세액이 있는 때에는 이를 공제하여결정세액을 계산한다'고 규정하고 있으나, 구 법인세법 제62조의2 제5항은 구 소득세법 제93조가 정한 세액계산의 순서를 준용하려는 취지라고 보아야 하므로 위 후문 규정을 통하여 세액의 감면에 관한 구 소득세법 제90조가 다시 준용된다고 볼 수는 없다.

4) 설령 구 소득세법 제90조가 다시 준용된다고 하더라도, 원고의 이 사건 농지 양도에 따른 법인세에 대하여 구 조세특례제한법 제69조 제1항의 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정에 의하여 법인세액이 감면된다고 볼 수도 없다. 왜냐하면 구 조세특례제한법 제69조 제1항은 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있는데, 구 조세특례제한법 제2조 제1항 제1호는 '내국인'이라 함은 소득세법에 의한 거주자 및 법인세법에 의한 내국법인을 말한다고 규정하고 있고, 구 소득세법 제1조 제1항 제1호는 거주자를 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인으로 규정하고 있어, 비영리내국법인인 원고는 구 조세특례제한법 제69조 제1항이 정한 거주자에 해당하지 않고, 그에 따라 거주자가 아닌 원고의 이 사건 농지 양도에 대하여 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 따라 세액이 감면될 여지는 없으므로, 결과적으로 구 조세특례제한법 제69조 제1항을 들어 구 소득세법 제90조의 규정에 의하여 '감면되는 세액이 있는 때'에 해당한다고 할 수도 없기 때문이다.

5) 따라서 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.