조심2008서3682

일반과세 전환시 재고품 재고매입세액공제

'일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서'를 신고기한 경과 후에 신고한 자에 대하여도 재고매입세액공제를 인정하여야 함

2009구합4197 부가가치세환급거부처분취소

민□□

○○세무서장

2009. 4. 21.

2009. 5. 28.

1. 피고가 2008. 9. 29. 원고에 대하여 한 2008년 제1기분 부가가치세 17,382,017원의 환급거부처분 중 5,521,854원을 초과하는 부분 및 1,738,201원의 가산세 부과처분 중 552,185원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다{원고는 2008년 제1기분 부가가치세 13,046,179원의 환급거부처분의 취소를 구하고 있으나, 위 13,046,179원은 원고가 신고한 매입세액 17,382,017원 중 공제가 인정되지 아니한 11,860,163원 및 이에 대한 신고불성실 가산세 1,186,016원을 합산한 금액으로서 원고의 청구취지는 결국 17,382,017원의 환급거부처분 총 5,521,854원을 초과하는 부분(11,860,163원) 및 1,738,201원의 가산세 부과처분 중 552,185원을 초과하는 부분(1,186,016원)의 취소를 구하는 것으로 볼 것이다}

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제2호증(을제1호증과 같다), 갑제4, 5,7호증, 을제2호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다,

가. 원고는 2004. 2. 17.부터 사업장 소재지를 서울 00구 00동 000로 하여 '00타일'이란 상호로 간이과세자로 사업자등록을 하고 패션디자인업, 여성용 구 두・가방수입판매업 등을 영위하다, 2007. 12. 24. 피고에게 간이과세 포기신고를 하여 2008. 1. 1.부터 일반과세자로 전환되었다.

나. 원고는 2008. 4. 23. 2008년 제1기분 부가가치세 예정신고시 17,382,017원을 재고매입세액으로 신고하고, 2008. 7. 23. 2008년 제1기분 부가가치세 확정신고시 재고매입세액 17,382,017원을 포함한 23,454,128원의 부가가치세 환급을 신청하였다.

다. 피고는 2008. 9. 29. 원고에 대하여, 원고가 부가가치세법 시행령 제63조의3 제1항에 따른 일반과세 전환 당시 재고품 등에 대한 신고기한인 2008. 1. 25.(직전 과세기간에 대한 확정신고기한)까지 피고에게 '일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서'(이하 '신고서'라 한다)에 의한 신고를 하지 않았다는 이유로 17,382,017원을 매입세액으로 인정하지 아니하고 매출세액에서 449,685원을 감액하여 매출세액과 매입세액의 차액인 6,521,796원으로 환급세액율 경정결정하고(이하 17,382,017원을 매입세액으로 인정하지 아나하여 환급을 거부한 부분을 '이 사건 환급거부처분'이라 한다), 원고가 위와 같이 환급세액을 초과하여 신고하였다는 이유로 신고불성실가산세 1,738,201원을 부과(이하 '이 사건 가산세 부과처분'이라 하고, 위 환급거부처분과 함께 '이 사건 처분' 이라 한다)한 후, 이를 차감하여 원고에게 4,783,590원(= 6,521,796월 -1,738,201원,10원 미만은 버림)을 환급하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2008. 10. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2008. 12. 17. 기각되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

간이과세사업자가 일반과세사업자로 변경되는 경우 재고매입세액 공제에 관한 부가가치세법 제17조의3은 신고서 제출의무 미이행시 재고매입세액 공제를 배제하는 취지가 아니므로 부가가치세법 시행령 제63조의3 제1항, 제3항 등이 재고매입세액이 공제를 위하여 신고서 제출의무를 부과하고 있다 하더라도 신고서 제출에 관한 위 각 시행령 규정은 재고매입세액 공제를 위한 필요조건이 아나라 예시적 절차규정에 불과하다. 즉, 재고매입세액 공제는 사업자가 간이과세자 지위에서 부담한 매입부가가치세액 중 공제받지 못한 부분을 일반과세자 전환시 공제받도록 하는 절차이므로 일반과세자로의 전환시 신고서를 지연 제출하거나 신고누락한 경우라 할지라도 전환 당시 간이과세자 로서 보유하던 재고품 및 감가상각자산에 대하여는 당연히 재고매입세액이 공제되어야 한다.

따라서 원고가 법정신고기한 내에 신고서를 제출하지 않았다는 이유만으로 일반과세자로 변경되는 때에 원고가 보유하던 재고품 등에 관한 재고매입세액을 공제하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다[다만, 원고는 2008년 제1기분 부가가치세 예정신고시 공제되어야 할 재고매입세액을 17,382,017원으로 신고하였으나 실제 공제되어야 할 재고매입세액은 11,860,163원이라고 주장하면서, 17,382,017원의 환급거부처분 중 5,521,854원을 초과하는 부분(11,860,163원) 및 17,382,017원에 대한 10%의 신고불성실 가산세 1,738,201원의 가산세 부과처분 중 552,185원을 초과하는 부분{1,738,201원 -(11,860,163원 x 0.1)}의 취소를 구하고 있다].

나. 관계규정

부가가치세법 제17조

부가가치세법 시행령 제63조의3

다. 판단

(1) 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(납부세액)은 당해 과세기간 내에 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급 등에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 하되 이 경우 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(환급세액)으로 하는 것이므로, 납부세액의 계산시 매입세액은 실제의 거래시기와 과세기간을 달리하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없음이 원칙이다.

그런데 부가가치세법(이하 '법'이라 한다) 제17조의3은 이러한 예외의 하나로서, '재고매입세액공제'라는 표제하에 제1항은 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령이 정하는 바에 따라 계산 한 금액을 매입세액(재고매입세액)으로서 공제할 수 있고, 제2항은 제1항의 재고매입세액의 공제에 관하여 재고품의 범위, 그 적용시기 기타 필요한 사항을 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 법 시행령 제63조의3 제1항은 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 상품, 제품, 재료, 감가상각자산율 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하도록 하고, 제3항용 제1항의 규정에 의하여 신고한 자에 대하여는 각 호 방법에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제한다고 규정하며, 제6항은 제1항의 규정에 의한 신고를 받은 관할세무서장은 재고 매입세액으로서 공제할 수 있는 재고금액을 조사・승인하고 제1항에 규정하는 기한 경 과 후 1월 이내에 당해 사업자에게 공제될 재고매입세액을 통지하여야 하며 이 경우 그 기한 내에 통지하지 아니하는 때에는 당해 사업자가 신고한 재고금액을 승인한 것으로 보고, 제7항은 채6항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 그 승인을 얻은 날 이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제한다고 각 규정하고 있다.

(2) 살피건대, 법 제17조의3 제1항이 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우 변경 당시의 재고품 등에 대하여 매입세액공제를 인정하는 취지는, 법 제17조 제1항의 규정에 의하여 그 성질상 당연히 매입세액 공제대상이 되는 것이지만 간이과세자에 대한 부가가치세 납부세액의 산정에 관한 특례규정에 따라 공제받지 못하는 매입세액에 대하여 그가 일반과세자로 전환되었을 때 이를 공제받도록 함으로써 중복과세를 배제하여 조세의 형평을 기하기 위한 것이라 할 것이고, 한편 법 17조는 제1항에서 사업자 가 납부하여야할 부가가치세액을 규정하면서 제2항에서 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액의 내용을 구체적으로 규정하고 있고 이는 제한적・열거적으로 규정하고 있는 것으로 보아야 할 것인데(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체판결 참조), 재고매입세액의 공제와 관련하여서는 그 공제를 부인하는 규정이 없는 점, 법 제17조 의3 제1항은 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우의 매입세액 공제를 규정하고, 제2항은 재고매입세액의 공제에 관한 재고품의 범위, 그 적용시기 등을 대통령령에 위임하고 있을 뿐 신고기한을 한정하는 등으로 재고매입세액공제 자체를 제한할 수 있도록 위임하고 있다고 보기 어렵고 법 시행령 제63조의3의 규정의 형식에 비추어 보더라도 신고기한 내에 신고하는 경우에 한하여 재고매입세액공제를 인정하는 취지로 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 법 시행령 제63조의3 제1항이 재고품 및 감가상각자산에 대한 신고기한을 규정하고 있는 것은 법 제17조의3의 규정이 실체의 거래시기와 과세기간을 달리하여 매출세액에서 재고매입세액을 공제하도록 예외를 인정하고 있다 는 점에서 그 세액을 조속히 확정시키려는 조세행정의 편의를 위한 규정에 불과하고 그 신고기한 내에 신고한 자에 한하여 재고매입세액공제를 인정한다는 취지는 아니라 할 것이다.

피고는 일반적으로 사업자가 사업을 영위하면서 보유하는 재고품 등의 종류 및 그 수량은 계속해서 변화・증감하는 것이어서 일반과세 전환 즉시 조사가 이루어지지 않는다면 조사 당시 사업자가 보유하고 있는 재고품 등이 위 장부, 세금계산서상 물품인지 여부에 대한 확인이 사실상 불가능하고 따라서 일반과세 전환 사업자가 재고매입세액을 공제받기 위해서는 전환 시점부터 일정 기한 이내에 재고품 등에 대하여 과세관청에 신고하도록 하고, 그 경우에만 재고매입세액 공제를 인정하여야 한다는 것이나, 법 시행령 제63조의3 제6항에 따라 관할세무서장이 재고금액을 조사・승인함에 있어서 그 신고가 지연됨에 따른 자료의 산입 등으로 이를 확인할 수 없는 경우가 생길 수 있으나 그 부담은 이를 신고자가 지는 것이므로 그러한 사정만으로 신고기한 내에 신고하지 아니한 재고매입세액의 공제 자체를 부인할 수는 없다. 피고의 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 앞서 본 바와 갈이 원고는 2008. 4. 23. 2008년 제1기분 부가가치세 예정신고시 17,382,017원을 재고매입세액으로 신고하고, 2008. 7. 23. 2008년 제1기분 부가가치세 확정신고시 재고매입세액 17,382,017원을 포함한 23,454,128원의 부가가치세 환급을 신청하였다는 것이므로, 피고로서는 이를 법 시행령 제1항에 따른 신고로 보아 재고금액을 조사・승인하고 1개월 이내(법 시행령 제63조의3 제6항은 신고기한 경과 후 1월 이내로 되어 있으나 그 기한 경과 후 신고가 있는 경우에는 그 신고 후 1월 이내로 봄이 상당하다)에 공제될 재고매입세액을 통지하여야 하는 것임에도 이러한 절차를 취한 바가 없다는 것이므로, 법 시행령 제63조의3 제6항 후단 규정에 따라 원고가 신고한 재고매입세액을 승인한 것으로 볼 것이다.

(4) 소결론

따라서 원고에 대하여 2008년 제1기분 부가가치세액울 산정함에 있어 원고가 신고한 재고매입세액(앞서 본 바와 같이 원고는 이를 정정하였다)을 인정하지 아니하고 한 이 사건 환급거부처분 충 5,521,854원을 초과하는 부분(11,860,163원) 및 이 사건 가산 세 부과처분 중 552,185원을 초과한 부분(1,186,016원)은 위법하다할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이률 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.