주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 1983. 1. 15. 개업하여 서울 강남구 B빌딩(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에서 비주거용건물 임대업을 주업으로 영위한 법인으로, 2008~2012 사업연도 법인세 과세표준을 신고하였다.
나. 피고는 ① 원고 법인의 임직원 중 일부가 원고 법인, 특수관계자인 C 주식회사(이하 ‘C’이라 한다) 및 원고 법인의 대표이사 D이 운영하는 개인사업장의 업무를 공동으로 수행한 것으로 보아, 공동업무수행자의 인건비 1,147,792,087원을 해당 사업연도의 각 사업자별 매출액을 기준으로 안분계산할 때 원고 몫의 분담금액을 초과하게 되는 489,153,485원을 손금불산입(기타사외유출처분)하고(이하 ‘이 사건 인건비 부분’이라 한다), ② 이 사건 건물의 화장실 인테리어공사, 화장실 설비배관교체공사, 수배전설비교체 설계감리비, 전력간선교체, 로비 리모델링공사 등에 지출한 공사비 합계 1,792,000,000원을 자본적 지출로 보아 즉시상각 의제한 후, 내용연수 40년을 기준으로 계산한 감가상각비 한도초과액 1,713,950,000원을 손금불산입(유보처분)하였으며(이하 ‘이 사건 공사비 부분’이라 한다), ③ 대표이사 D에게 지급한 이 사건 건물 부속토지에 대한 임차료 16,656,665원을 특수관계자에게 과다 지급한 것으로 보아 부당행위계산 부인하여 손금불산입(기타사외유출처분)하고(이하 ‘이 사건 임차료 부분’이라 한다), ④ 대표이사 D의 해외 여비 17,241,700원을 사적경비로 보아 손금불산입(상여처분)하여(이하 ‘이 사건 여비 부분’이라 한다), 2013. 11. 11. 원고에게 2008 사업연도 법인세 28,898,340원, 2009 사업연도 법인세 33,632,260원, 2011 사업연도 법인세 169,892,510원, 2012 사업연도 법인세 116,341,920원을 각 경정고지하였다
이하 '이 사건...