1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 주식회사 고합의 유화사업부문을 분할하여 2001. 12. 28. 설립된 회사로서 석유화학 및 화학공업제품의 제조가공업 및 판매업 등을 영위하고 있는 법인인바, 2002 사업연도 법인세 과세표준을 13,792,272,317원, 세액을 2,649,499,491원으로, 2003 사업연도 법인세 과세표준을 17,625,322,875원, 세액을 3,981,470,934원으로, 2004 사업연도 법인세 과세표준을 131,501,467,049원, 세액을 34,402,958,929원으로 각 신고하고 위 각 세액을 납부하였다.

나. 부산지방국세청장은 원고에 대한 2002 내지 2005 사업연도 법인세 정기조사를 실시한 후, 특수관계자에 대한 업무무관가지급금 관련 인정이자 계산, 지급이자 손금불산입, 접대비한도초과액 손금불산입, 임시투자세액 부당공제 사실 등을 확인하여 피고에게 과세자료로 통보하였고, 이에 따라 피고는 2006. 12. 5. 원고에게 2002 사업연도 법인세 4,019,324,090원을, 2003 사업연도 법인세 357,344,570원을, 2004 사업연도 법인세 83,562,320원을 각 증액하여 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 각 증액경정처분’이라 한다). 다.

원고는 이 사건 각 증액경정처분에 대해 2007. 3. 2. ‘주식회사 고합은 진부화된 유형자산에 대해 장부가액과 회수가능가액의 차액을 유형자산감액손실로 기록하여 세무상 유보로 관리하여 왔고, 원고는 분할과정에서 위 유형자산감액손실 중 151,246,262,765원(이하 ’이 사건 감액손실액‘이라 한다)을 세무상 유보사항으로 승계받았으나 이에 대하여 2002 사업연도 이후 별도로 세무조정을 하지 않았으므로 이 사건 감액손실액을 감가상각부인액으로 보아 감가상각범위액을 재계산하여야 하고 2002 내지 2004 사업연도별 감가상각시인부족액 범위 내에서 이를 손금으로 추인하여야 한다’고...