1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1, 2, 3호증, 을 제2 내지 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

가. 원고는 조선업 등을 영위하는 회사로서 2008. 4. 28. 마산지방해양항만청으로부터 공사기간은 착공일로부터 33개월간으로, 총사업비는 112,900,000,000원으로 정하여 진해시 행암동 88-7 주변 육지 및 전면 해상에 해상화물의 야적 및 하역을 위한 철재 전용부두를 축조하는 내용의 비관리청항만공사(공사명:진해항 철재전용부두축조공사, 이하이 사건 항만공사라 한다)시행허가를 받았다.

그 공사내용은 안벽 630m(2만 DWT급 3선석), 호안 363m로 된 부두를 건설하고, 이를 위하여 145,892.6㎡의 부지를 조성(매립)하며, 박지 및 기초준설(317,359㎡), 항로 및 선회장준설(122,000㎡)을 하고, 운영건물 1동, 부대시설 1식을 축조하는 것이며, 허가조건에는 무역항의 항만시설 사용 및 사용료에 관한 규정 제8조 제1항 [별표1]에 의한 수역점용료를 항만공사 실시계획 승인일부터 납부하는 것 등이 포함되어 있다.

이후 원고는 2010. 6. 22. 피고로부터 이 사건 항만공사의 실시계획승인을 받았다.

나. 원고는 피고에게 진해시 행암동 88-7 지선 면적 145,892.6㎡에 대하여 이 사건 항만공사시행을 목적으로 한 항만시설전용사용허가를 신청하였고, 피고는 2010. 11. 18. 허가기간을 2010. 6. 22.부터 2011. 6. 21.까지로, 수역점용료를 865,941,960원(3회 분납)으로 정하여 원고의 항만시설사용을 허가하였으며, 2011. 8. 26. 원고의 항만시설전용사용허가 연장신청을 받아들여 허가기간을 2011. 8. 26.부터 2014. 4. 20.까지 연장하고, 수역점용료로 1,021,571,210원(4회 분납)이 부과됨을 통보하였다.

다. 피고는 2012. 8. 27. 원고에게 위...