1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 지방공기업법 제49조와 대전광역시 대전도시공사 설치조례에 의하여 1993. 2. 20. 설립된 지방공사로서 지역 내 택지/단지 조성, 주택건설 및 매입 임대 사업 등을 영위하고 있다.

대전지방국세청장은 2013. 11. 26.부터 2014. 1. 13.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 원고가 도안신도시 9블록 소재 트리풀시티 아파트 신축ㆍ분양사업(이하 ‘9블록건설사업’이라 한다), 남대전종합물류단지조성ㆍ분양사업(이하 ‘남대전물류단지사업’이라 하고, 위 각 사업을 통틀어 ’이 사건 각 사업‘이라 한다)과 관련하여 ① 총공사예정원가 중 간접비를 사업초기에 과다 추정하고 이후 이를 수정ㆍ반영하지 않음으로써 작업진행률이 초기에 낮게 계산되도록 하여 수입금액을 지연인식하였다고 보고, 원고가 실제 투입한 간접비를 적용하여 작업진행률을 재계산한 후 이를 적용하여 각 사업연도 별 과소계상된 수입금액을 산정하여 이를 익금에 산입하고(이하 ’① 쟁점‘이라 한다), ② 원고가 공공임대주택의 시설교체비로서 2008, 2009 사업연도에 수선비로 계상한 금액은 자본적 지출에 해당하므로 손금불산입하여야 한다

(이하 ’② 쟁점‘이라 한다)는 등의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

피고는 이에 따라 2014. 4. 3. 원고에게 2009 사업연도 법인세를 10,033,000,213원(가산세 포함)으로, 2010 사업연도 법인세를 13,326,605,251원(가산세 포함), 2011 사업연도 법인세를 7,992,614,861원, 2012 사업연도 법인세를 3,077,309,014원으로 각 경정한 다음 그 차액인 2009 사업연도 법인세 5,540,941,644원을, 2010 사업연도 법인세 3,230,408,360원을, 2011년 사업연도 2,973,914,407원(환급)을, 2012 사업연도 1,889,898,893원(환급)을 각 경정ㆍ환급 고지하였다

이하 '당초...