1. 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를...

기초사실

원고는 주식회사 B(이하 ‘B’라고 한다)의 대표이사로써 B의 발행주식 195,710주 중 94,640주(전체 발행주식의 48.3%)를 보유하고 있던 중, 2007. 12. 28. 국민연금 05-5 네오플럭스 벤처조합 등(이하 ‘창투사’라 한다)으로부터 B가 발행한 전환상환우선주 35,710주를 합계 4,999,400,000원에 취득하였다.

원고는 2008. 1. 25. C에게 전환상환우선주 5,884주, D에게 전환상환우선주 5,091주, 2008. 2. 25. 원고가 법인등기부상 이사로 등재되어 있던 주식회사 E(주식회사 F에서 상호가 변경되었다. 이하 ‘E’라 하고, C, D, E를 통틀어 ‘이 사건 주식 양수인들’이라 한다)에 보통주 44,060주를 각 양도(이하 ‘이 사건 주식양도’라 한다)하였다.

B는 2008. 2. 20. 이사회를 개최하여 원고가 창투사로부터 양수하였던 위 전환상환우선주 35,710주를 보통주 280,599주로 전환하기로 하는 내용의 결의를 하였고, 위 결의에 따라 원고가 C에게 양도한 전환상환우선주는 보통주 46,239주로, D에게 양도한 전환상환우선주는 보통주 40,000주로 전환되었다.

이로써 원고가 이 사건 주식 양수인들에게 양도한 주식의 전환 후 주식은 보통주 130,299주(= 46,239주 40,000주 44,060주, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)가 되었다.

원고는 이 사건 주식의 양도가액을 합계 5,536,707,400원(= C 823,760,000원 D 712,740,000원 E 4,000,207,400원)으로, 취득가액을 1,756,800,000원으로, 필요경비를 27,683,530원으로, 과세표준을 3,752,223,870원(= 5,536,707,400원 - 1,756,800,000원 - 27,683,530원)으로 하여 이 사건 주식의 양도소득세 379,303,318원을 신고납부하였다.

한편 원고와 E의 주주이자 실질적 대표인 G은 2008. 10. 8. E에 B 발행의 보통주식을 아래 표 ‘현물출자 대상 B 주식수’란 기재와 같이 현물출자하고 이하 '이 사건...