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대구고등법원 2018.11.09 2018누3357
양도소득세부과처분취소 등
주문

1. 제1심판결 중 피고들에 대한 부분을 취소한다.

2. 피고 서부산세무서장이 2016. 8. 1. 원고에...

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 2. 19.부터 2009. 5. 18.까지 영천시 B리(이하 ‘B리’라고만 한다) C에서 ‘D’이라는 상호로 식용유지 제조업에 종사하던 개인사업자이다.

나. 원고는 2004. 3. 3. 부동산 임의경매절차에서 별지1 목록 기재 부동산(C 공장용지 4,894㎡ 및 그 지상 공장건물, 이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)과 부속 기계설비(DHA, EPA, 밀배아유, 오타코사놀 정제 플랜트)를 대금 7억 2,000만 원에 매수ㆍ취득하였다.

다. 원고는 2009. 4. 23. E에게 이 사건 부동산과 부속 기계설비를 양도한 후, 피고 서부산세무서장에게 그 양도가액을 8억 5,000만 원으로 산정하여 2009년 귀속 양도소득세 26,965,719원을 신고ㆍ납부하였다.

또한 원고는 E에게 이 사건 부동산의 공급에 따른 공급가액 660,280,953원(=공장용지 243,090,481원 공장건물 417,190,472원)의 세금계산서와 부속 기계설비의 공급에 따른 공급가액 134,545,455원의 세금계산서를 각 발급하고, 이를 근거로 피고 경주세무서장에게 2009년 제1기 부가가치세 56,550,687원을 신고ㆍ납부하였다. 라.

E는 2013. 8. 14. F조합에 이 사건 부동산을 매매대금 13억 8,000만 원에 양도하였다.

그런데 E는 피고 서부산세무서장에게 원고의 양도소득세 신고와 달리 이 사건 부동산의 취득가액을 1,166,125,569원[=(매입가액 12억 원 취득세 22,457,320원 등록세 24,498,900원) - 감가상각비 80,830,651원]으로 산정하여 양도소득세 50,098,325원을 신고ㆍ납부하였다.

마. 피고 서부산세무서장은 2016. 5. 23.부터 그해

6. 10.까지 이 사건 부동산에 대한 양도소득세 실지조사를 하였다.

그 결과 원고가 E에게 아래 [표1]과 같이 이 사건 부동산을 1,131,591,000원에 양도하였음에도 그 양도가액을 660,280,953원으로 산정하여 471,311,000원 ≒1,131,591,000원 - 660,280...

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