주문
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 보험업법에 의한 생명보험업과 자산운용업 등을 영위하는 내국법인으로 2008. 12. 31.까지 삼성증권 주식회사, 삼성화재해상보험 주식회사, 삼성카드 주식회사, 삼성자산운용 주식회사(이하 통틀어 ‘배당법인들’이라 하고, 개별 회사의 명칭에서 ‘주식회사’는 생략한다)가 발행한 주식 중 각 100분의 50 이하를 보유하고 있었으나 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘독점규제법’이라 한다)에 따른 지주회사 또는 금융지주회사법에 따른 금융지주회사, 산업교육진흥 및 산합협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력기술지주회사에는 해당하지 아니하였다.
나. 삼성증권은 증권거래법에 따라 허가를 받은 증권금융회사이고, 삼성화재해상보험은 보험업법에 의한 보험사업자이며, 삼성카드는 여신전문금융업법에 의한 여신전문금융회사이고, 삼성자산운용은 간접투자자산운용업법에 따른 자산운용회사로서, 이들 배당법인들은 모두 독점규제법에 따른 계열회사에 출자하고 있었다.
다. 원고는 2007∼2009 사업연도(2006. 4. 1.∼2008. 12. 31.)에 다음과 같이 배당법인들로부터 합계 114,875,463,600원의 수입배당금(이하 ‘이 사건 수입배당금’이라 한다)을 지급받고 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 하고 그 시행령을 ‘시행령’이라 한다) 제18조의3 제1항 제4호에 따라 제18조의2 제1항 제4호 단서 다목을 준용하여 계열회사 재출자에 따른 차감액(법인세법 제18조의2 제1항 제4호 본문, 시행령 제17조의3 제6항이 정한 방법에 의하여 산출한다. 이하 ‘재출자차감액’이라 한다)도 수입배당금액의 익금불산입액에 포함하여 각 사업연도의 법인세를 신고하였다....