주거지역 편입후 3년 경과후 양도하여 8년자경으로 인정하지 않는 사례

검단종합개발계획에 의한 각 사업지구별로 해당면적을 특정하여 일괄고시한 점, 각 사업지구별로 사업계획을 수립한 점 등으로 보아 위 7개의 사업지구는 별도의 사업지구로서 100만㎡를 초과하지 않으므로 대규모 개발사업지구에 해당하지 않으며, 이 사건 토지는 주거지역으로 편입 후 3년이 경과하여 양도하였으므로 8년 자경농지에 해당하지 아니하므로 기각함

국세기본법 제45조의 2 (경정 등의 청구)

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2005. 3. 21. 원고에 대하여 한 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. ○○○, XXX은 1979. 12. 26. ○○ ○구 ○○동 000-0 답 4,407㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)의 각 1/2 지분에 관하여 소유권이전등기를 경료받았다가 2002. 8. 13. △△△에게 위 각 지분을 매도하고 같은 해 9. 3. 소유권이전등기를 마쳤다.

나. ○○○, XXX은 2002. 9. 30. 양도소득세 예정신고를 거쳐 2003. 5. 31. 이 사건 토지에 대한 양도소득세를 신고, 납부하였다.

다. 원고는 2005. 3. 5. 피고에게, 이 사건 토지가 원고의 소유이고 8년 이상 자경한 농지에 해당하므로 조세특례제한법상 감면대상에 해당한다는 이유로 양도소득세경정청구를 하였으나, 피고는 2005. 3. 21. 이를 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑2호증의 1, 2,, 갑4호증의 1, 2, 갑5호증의 1, 갑7호증, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

국세기본법 제45조의 2에 의하면 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자에 한하여 경정청구의 자격이 있는데, 원고는 양도소득세에 대한 과세표준신고서를 법정 신고기한 내에 제출하지 않아 경정청구의 자격이 없으므로 원고적격이 없을 뿐만 아니라, 경정청구권이 인정되지 않는 경우에는 과세관청이 이에 대하여 거부하는 회신을 하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없으므로 원고는 이 사건 처분의 취소를 구할 소의 이익이 없다.

나. 관련법령

○ 국세기본법

제45조의 2 (경정 등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

다. 판단

갑8호증 내지 갑13호증의 각 기재, 증인 XXX의 증언을 종합하면 이 사건 토지는 실질적으로 원고의 소유이나 편의상 종중원인 ○○○, XXX의 명의로 등기되어 있었던 사실을 인정할 수 있는 바, ○○○, XXX이 이 사건 토지에 대한 양도소득세 과세표준신고서를 제출한 것은 그 명의에도 불구하고 실제로는 원고를 대표하여 한 것으로 보아야 하므로, 원고는 법정신고기한 내 과세표준 신고서를 제출한 자로서 국세기본법상 경정청구권을 가진다고 할 것이고, 원고의 경정청구에 대하여 피고가 한 이 사건 처분은 항고소송의 대상이 되는 거부처분에 해당한다고 할 것이다. 따라서 이 사건 소는 원고적격 및 소의 이익을 구비하였으므로, 이 사건 소가 각하되어야 한다는 피고의 주장은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 토지는 □□□, XXX 등 원고의 종중원들이 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 대규모 개발사업인 ○○토지구획정리사업의 사업지역 내(○○2지구)에 속하고, 사업시행자의 단계적 사업시행으로 인하여 대규모 사업지역에 편입된 날로부터 3년이 지났더라도 환지예정지 지정일로부터 3년이 경과하기 전까지는 조세특례제한법 시행령 및 시행규칙에 의하여 양도소득세 감면대상에 해당함에도 불구하고 피고가 대규모 개발사업지역 내에 해당한다고 보지 않고 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고를 포함한 과세관청은 ○○토지구획정리사업을 대규모 개발사업으로 보아 여러 차례 양도소득세 감면결정을 하여 오다가 2004. 10. 8.에 이르러서야 비로소 감면 대상지역이 아니라고 보기 시작하였으므로, 2004. 10. 8. 이전에 이 사건 토지를 양도한 원고는 이 사건 토지에 대한 양도소득세가 감면될 것으로 신뢰하였음에도 불구하고 피고가 감면을 거부한 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에 위배되어 위법하다.

나. 관련법령

○ 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)

제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업 소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역 등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

○ 구 조세특례제한법 시행령 (2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것)

제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

② 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산상에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도 · 농복합형태의 시의 읍 · 면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지정일부터 3년이 지난 농지

다. 인정사실

(1) ○○시장은 폐지된 구 도시계획법령에 의하여 1995. 11. 17. ○○시 고시 제0000-000호로 '○○도시계획결정'을 고시하였는데, 이에 의하면 ○○ ○구의 X○동, XX동 일원 382,050㎡, XX, △△동 일원 637,630㎡ 및 XX동 일원 63,020㎡가 각 ○○1, 2, 3지구로서 토지획정리사업이 실시될 도시계획지구로 결정되었다.

(2) ○○시장은 다시 구 도시계획법령에 의하여 1998. 6. 12. ○○시 고시 제0000-000호로 '○○지역도시계획결정(변경)'을 고시하였는데, 이에 의하여 위 ○○3지구가 폐지되고, 새로이 XX지구(623,000㎡), X○지구(697,000㎡), □□지구(387,000㎡), △○지구(815,000㎡), □○지구(951,000㎡)에 관한 토지구획정리사업지구가 도시계획지구로 신설되었으며, 이 사건 토지 등 위 각 지구에 속한 토지가 일반주거지역으로 편입되었다.

(3) ○○시장은 구 토지구획정리사업법령 규정에 의한 건설교통부장관의 위임에 따라 2000. 3. 31. ○○시 공고 제0000-000호로 ○○1지구에 대하여, 제0000-000호로 ○○2지구에 대하여 2001. 1. 29. ○○시 공고 제0000-00호로 △○, □○, □□, XX지구에 대하여 각 토지구획정리사업 시행인가를 하였는데, 위 각 지구별 토지구획정리사업의 구체적인 내용은 아래 <표>와 같다.

<표>

지구

사업기간

사업시행자

사업비(백만원)

방식

○○1

2000. 3. - 2003. 3.

○○시

(도시개발본부)

39,704

(평가식)환지

○○2

2000. 3. - 2004. 3.

77,820

△○

2001. 1. - 2005. 1.

71,306

□○

2001. 1. - 2005. 1.

73,426

□□

2001. 1. - 2004. 1.

37,956

XX

2001. 1. - 2005. 1.

59,401

(4) ○X지구에 대해서는 현재까지 사업시행이 인가되지 않았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을3호증의 1, 2, 을4호증의 1, 2, 을7호증 내지 을9호증, 을11호증, 을12호증의 1 내지 4, 을18호증, 을21호증의 1, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 대규모 개발사업으로서 감면 대상에 해당하는지 여부

관련 법령의 규정을 종합하면, 대규모 개발사업지역과 관련한 예외적 감면 대상이 되는 농지는 ① 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모(100만㎡) 이상 등인 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에 소재하여야 하고, ② 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 인하여 편입된 날부터 3년이 지나야 한다는 요건을 충족하여야 하는데, 위와 같이 양도소득세 감면을 인정하는 취지는 국토의 계획 및 이용에 관한 법에 의해 주거지역 등에 편입된 농지 중에 대규모 개발사업지역 내에 편입되어 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 인하여 토지 소유자의 귀책사유 없이 감면기간(3년)이 경과하게 되어 납세자가 불이익을 받게 될 뿐만 아니라 동일한 개발사업지구 내에서도 보상금 수령시기에 따라 감면이 달리 적용되는 문제점을 해결하기 위한 것이다.

이 사건 토지가 속한 ○○2지구 토지구획정리사업이 대규모 개발사업지역에 해당하는지 살피건대, ○○시가 ○구 ○○지역을 ○○종합개발계획에 따라 7개 지구(○○1지구, ○○2지구, △○지구, □○지구, XX지구, □□지구, ○X지구. 면적 합계 4,798,680㎡)로 구분하여 토지구획정리사업을 시행하고 있고, 사업시행자와 사업시행방식(평가식 환지방식)이 동일한 사실은 앞서 인정한 바와 같으나, ○○시장이 1998. 6. 12. 위 7개 사업지구에 대하여 토지구획정리사업지구로 지정 · 고시하면서 각 사업 지구별로 해당 면적을 특정하여 일괄고시한 점, 위 7개 사업지구 중 ○X지구는 같은 날 사업결정고시 되었으나 환경영향 평가 등의 문제로 현재까지 사업시행이 인가되지 않고 있는 점, 위 각 지구 토지구획정리사업 시행인가는 ○○1, 2지구에 대하여 각 2000. 3. 25., △○, □○, □□, XX지구에 대하여 각 2001. 1. 29.에 각 지구별로 시행되었고, ○○1지구는 2000. 8. 11., ○○2지구는 2000. 8. 22., □○지구는 2001. 5. 1., XX지구는 2001. 4. 23., □□지구는 2002. 10. 16. 각 환지계획에 대한 인가를 받아 각 사업지구 내의 각 토지에 대한 환지예정지를 지정하는 등 위 각 사업지구는 지구별로 독립된 사업계획을 수립하여 사업지구별로 인·허가, 자금조달, 수익평가를 실시하고 있는 점, 위 각 사업지구의 위치를 보면 ○○1·2지구만 서로 연접하고 있고, 다른 사업지구는 연접하고 있지 아니한 점, 대규모 개발사업지역에 관한 관련법령인 수도권정비계획법상 택지 · 공업용지 및 관광지 등의 조성을 목적으로 하는 사업으로서 대통령이 정하는 종류(택지조성사업) 및 규모(100만㎡ 이상) 이상인 대규모 개발사업을 시행하고자 하는 경우 그 개발계획에 대하여 수도권정비위원회의 심의를 거쳐 건설교통부장관과 협의하거나 승인을 얻어야 함에도 위 ○○종합개발계획사업에 대하여 위 심의나 협의 등을 거치지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 토지가 속한 ○○2지구를 포함한 위 7개 지구 토지구획정리사업이 동일한 하나의 사업시행지역이라고 볼 수 없고, 사업지구별로 별개의 사업시행지역이라고 할 것이므로 조세특례제한법 시행령 제66조 제3항 제1호 단서의 대규모 개발사업지역에 해당한다고 보기 어렵고, 또한 이 사건 토지가 속한 ○○2지구의 사업시행면적은 시행규칙에서 정한 100만㎡에 미치지 못하는 637,630㎡인 사실은 앞서 인정한 바와 같으므로, 이 사건 토지가 속한 ○○2지구 토지구획정리사업 역시 양도소득세 감면규정 적용대상인 대규모 개발사업에 해당한다고 보기 어렵다.

따라서 이 사건 토지가 대규모 개발사업지역에 속해 있음을 이유로 양도소득세 감면대상에 해당한다는 원고의 주장은 이유 없다.

(2)신뢰보호원칙 위배 여부

원고가 주장하는 바와 같이 피고나 다른 과세관청이 이 사건 토지 외의 다른 토지에 대하여 대규모 개발사업지역에 해당한다는 이유로 양도소득세 감면을 인정한 바 있다 하더라도 그것만으로는 피고가 이 사건 토지에 대한 양도소득세를 감면하겠다는 공적인 견해표명을 한 것으로 보기는 어려우므로, 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배되어 위법하다는 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.