인천지방법원 2016구합52459 (2017. 12. 08.)

조합원을 모집하고 토지를 매입하여 재판매한 사업은 부동산업을 영위한 수익사업에 해당한다

조합원을 모집하고 토지를 매입하여 재판매한 사업은 부동산업을 영위한 수익사업에 해당하고 이 사건 처분에 세액산출에 관한 오류가 있는지 여부

법인세법 시행령 제2조 수익사업의 범위

서울고등법원 2018누30459 법인세부과처분취소

@@@@기업협동조합

00세무서장

인천지방법원 2017. 12. 8. 선고 2016구합52495 판결

2018. 6. 7.

2018. 7. 5.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2014. 9. 19. 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 법인세 부과처분(가산세

포함)을 모두 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위 및 기초사실

이 부분에 관하여는 제1심 판결문 4면 기재 표 아래 4행의 "2005. 10. 12."을 "2005.10. 12.부터 2009. 11. 27.까지"로, 5면 9행의 "이의신청을 거치고서"를 "이의신청을 제기하였으나 2015. 3. 27. 기각되었으며,"로 각 고치고, 5면 12행의 "[인정근거]"에 "을 제14, 15호증"을 추가하는 외에는 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 제1심 판결의 이유 중 해당 부분을 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 주위적 주장

원고는 정관에 정하여진 바에 따라 조합원들을 모집하여 이 사건 각 토지를 매수하고서 이를 조합원들에게 분배하는 역할만을 하였을 뿐이어서 그와 같은 사업은 그 자체로 수익을 목적으로 한 것으로 볼 수 없다. 원고가 이 사건 각 토지를 조합원들에게 분배하는 과정에서 조합원들로부터 실제 토지 가액보다 더 많은 대금을 받았으나,이는 도로개설 비용ㆍ등기 비용ㆍ취득세ㆍ등록세 등의 납부를 위한 것이었고, 설령 원고에게 남는 돈이 있다고 하더라도 이는 정관 제18조 제1항 등의 규정에 따라 조합원들에게 분배될 것으로 예정되어 있었으며, 이 사건 1차 토지를 매수하는 과정에서 모집된 '준조합원'은 '조합원'과 실질적으로 동일한 지위를 가지고 있을 뿐이어서 원고가'준조합원'을 모집한 것이 수익사업을 위한 것은 아니었다. 따라서 원고가 이 사건 각 토지를 매수하여 이를 분배한 사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다)은 이 사건 각 토지를 매수하여 '개발'하여 '판매'하였거나 소유할 의사로 구입한 토지를 '재판매'한 경우에 해당하지 않으므로, 구 법인세법 제3조 제3항 제1호, 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15.대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항, 구 한국표준산업분류(2015. 9. 24. 통계청고시 제2015-311호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의한 '수익사업'의 하나인 '부동산업'에 해당하지 않는다.

2) 예비적 주장

설령 이 사건 사업이 수익사업에 해당한다고 하더라도, 이 사건 처분은 다음과 같이 익금 및 손금 산입 부분에 관하여 그 세액 산출에 오류가 있으므로 위법하다.

가) 원고는 이 사건 1차 토지의 조합원들로부터 매립공사비 명목으로 평당 50,000원을 징수하였고, 이 사건 2차 토지의 조합원들로부터 업무추진비 명목으로 평당 250,000원을 징수하였으며, 이 사건 1차 토지에 관한 위 매립공사비는 원고의 총회에서 업무추진비로 사용하기로 결의되었는바, 결국 이 사건 1, 2차 토지에 관계되는 위 각 징수금들은 장기간의 사업 추진기간에 지출될 비용을 미리 받은 선수금에 해당하여 지출이 확정된 사업연도의 익금 및 손금으로 처리되어야 한다.

나) 원고가 주식회사 ****신탁이 이 사건 3차 토지 상에 폐기물을 무단 적치한 자들에 대하여 제기한 무단점유로 인한 부당이득반환청구 소송에 승계참가인으로 참가하여 승소판결을 받아 수령한 차임 상당액은 이 사건 사업과 관련된 소득으로 볼 수 없다고 할 것인데도 피고는 이를 원고의 익금으로 산입하였다.

다) 이 사건 2차 토지와 관련하여 원고는 다른 종전 소유자들(이@@, 이$$)과는 달리 이##으로부터 지가 상승 등을 이유로 비교적 고가(평당 120만 원)로 매수하 였음에도, 피고는 이를 반영하지 아니하고 이 사건 2차 토지를 일괄적으로 평당 50만 원의 비율로 계산한 금액으로 매수한 것으로 보아 원고가 지출한 취득원가를 과소하게 계산하여 손금으로 산입하였다.

라) 이 사건 3차 토지와 관련하여 조합원들이 매매대금의 잔금을 완납한 시점은 2006년부터 2011년까지로 다양한데도 피고는 구 법인세법 제40조, 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호의 '그 대금을 청산한 날'을 일률적으로 2012. 12. 31.로 보아 조합원들로부터 수령한 매매대금 명목의 돈을 전부 2012년의 익금으로 산입하였다.

나. 관계 법령

별지2와 같다.

다. 판단

1) 주위적 주장에 관하여(이 사건 사업이 수익사업에 해당하는지 여부)

가) 구 법인세법 제3조 제3항 제1호, 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 본문은

비영리내국법인의 각 사업연도의 소득을 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품 수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 사업으로 한정하고 있고, 이와 관련하여 구 한국표 준산업분류는 '부동산업'을 '부동산의 임대, 구매, 판매에 관련되는 산업활동'이라고 정의하고 여기에는 '부동산의 개발, 분양, 임대 활동'도 포함된다고 규정하면서, 그 세부 분류로서 '기타 부동산 개발 및 공급업'을 '택지, 농지 및 농장, 공업용지 등 각종 용도의 토지 및 기타 부동산을 위탁 또는 자영 개발하여 분양ㆍ판매하는 산업활동'으로 정의하고, '구입한 토지를 재판매하는 경우'도 포함된다고 규정하고 있는데, 비영리내국법인이 영위하는 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어서는 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다(대법원2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결 등 참조).

나) 위와 같은 관계 법령의 규정 내용 및 관련 법리에 따라 원고의 주위적 주장에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실에다가 갑 제1, 3, 9, 12, 13호증, 을 제3, 5~7, 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래의 사정들을 종합하여보면, 이 사건 각 토지를 매수하여 이를 개발하여 분배하는 것을 목적으로 하는 이 사건 사업은 '토지를 개발하여 분양ㆍ판매하는 경우' 또는 '구입한 토지를 재판매하는 경우'에 해당되고, 그 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위된 것으로서 법인세법 제3조 제3항 제1호 소정의 수익사업 중 하나인 '부동산업'(기타 부동산 개발 및 공급업)에 해당한다고 봄이 타당하므로, 원고의 주위적 주장은 이유 없다.

(1) 원고는 아래 표에서 보는 바와 같이 이 사건 각 토지를 매수하여 이를 분배하는 과정에서 원고가 토지소유자들로부터 매수한 평당 단가보다 적게는 70,000원(이 사건 1차 토지의 조합원들 관련)에서 많게는 약 180,000원(이 사건 2차 토지의 조합원들 관련)이나 높은 평당 단가를 징수하였을 뿐만 아니라 이 사건 1차 토지와 관련하여서는 '조합원' 외에 '준조합원'을 모집하고서 그들로부터는 '조합원'보다 더 높은 평당 단가를 징수하였고(업무추진비 명목의 돈 역시 매매대금과 함께 징수되었다), 피고는 조합원들이나 준조합원들이 원고에게 지급한 매매대금 등 상당액을 그 지급 시점이 속하는 사업연도의 원고의 익금으로 산입하였다(이와 관련하여 원고는 실제 토지 가액보다 더 많은 대금을 받은 것은 도로개설 비용ㆍ등기 비용ㆍ취득세ㆍ등록세 등의 납부를 위한 것이라고 주장하나, 그 비용에 대한 개별지출내역은 물론 계좌이체내역, 영수증, 장부와 같은 객관적인 자료를 전혀 제출하지 못하고 있으므로, 원고의 위와 같은 주장은 받아들일 수 없다).

사업대상토지

원고가지출한

평당 단가

조합원들로부터

징수한 평당 단가

준조합원들로부터

징수한 평당 단가

이 사건 1차 토지

430,000원

500,000원

550,000원

이 사건 2차 토지

718,702원1)

900,000원

(업무추진비 250,000원포함)

해당없음

이 사건 3차 토지

360,000원 내지 450,000원

520,000원

(업무추진비 50,000원 별도)

해당없음

(2) 원고 정관 제8조는 '가입을 희망하는 자의 경우 대의원 총회의 인준을 거쳐 원고의 조합원이 될 수 있다'고 규정하고 있고, 원고 역시 이 사건 사업을 하면서 조합원들에게 이 사건 1차 토지의 추가 분양 당시 '마감 후에는 일반분양'할 것을 안내하거나, 이 사건 3차 토지를 분양 당시 '관내업체에 우선분양 후 관계되는 협력업체에 분양할 계획'이라고 안내하는 등 조합원들이 아닌 자들에게 잔여 부분을 분양할 수도 있다는 점을 미리 고지하고 있었음을 감안하여 본다면, 원고가 설립 당시부터 '@@농장'에 사업장을 두고 있다가 사업장 이전이 필요하게 된 일부 특정된 인원들만을 조합원들으로 보아 폐쇄적으로 이 사건 사업을 추진하여 온 것으로 보이지는 않으며, 실제로 원고의 조합원 수는 이 사건 사업을 통하여 크게 증가하였다(이와 관련하여 원고는 이 사건 각 토지에 대한 사업이 진행될 때마다 조합원 수가 변동하고 있었기 때문에 이 사건 각 토지별로 별개의 조합이 성립되었다는 취지로 주장하나, 이는 구성원의 변경과 관계없이 독자적으로 존속한다는 사단의 성질에 반하는 주장인 데다가 이 사건 각 토지별로 별개의 설립행위가 이루어졌다고 볼만한 객관적인 증거도 전혀 없으므로 이와 같은 주장은 받아들일 수 없다).

(3) 원고와 같은 이른바 법인 아닌 사단이 청산을 하게 될 경우 그 잔여재산이 정관에 정하여진 자(이 사건의 경우 원고 정관 제18조 제1항에 따라 조합원들)에게 인도되어야 함은 법률상 당연한 것으로서(민법 제87조 제1항 제3호, 제80조 제1항의 유추적용), 원고가 청산과정에서 조합원들이나 준조합원들로부터 징수한 매매대금 등 각종 금원들 중 남은 것을 배분하게 된다고 하여 그것만으로 이 사건 사업이 수익사업이 아니라고 단정할 것은 아니며, 원고의 정관상 조합원의 탈퇴가 예정되어 있는 이상 원고의 청산 시 이 사건 각 토지별 매수ㆍ분배에 있어 조합원이 된 바 있던 자들 모두가 이 사건 각 토지별 사업에 따른 각 수익을 분배받을 수 있는 것이 아니라는 점에서 더욱 그러하다.

(4) 원고는 이 사건 1차 토지를 매수하고서 진입로를 확보하기 위하여 이 사건 2차 토지를 매수하였다고 주장하고 있으므로 이 사건 2차 토지는 이 사건 1차 토지와 일체로 조합원들에게 배분되는 것이 합리적이라고 할 것인데도, 원고는 이 사건 1차 토지와 별개로 이 사건 2차 토지의 조합원들을 모집하였다. 나아가 원고는 이 사건1, 2차 토지와는 특별한 관련성이 없어 보이는 이 사건 3차 토지를 매수하여 이를 조합원들에게 분배하게 된 경위에 관하여, 대체 부지를 마련하지 못한 기존 '@@농장' 내 업체들의 요청으로 인하여 분배하게 되었고 이는 기존 조합원들에게도 경제적인 이익이 된다는 점을 고려하였다고 주장하나, 이 사건 3차 토지에 대하여 토지대금 등을 납부하여 공유지분이전등기를 이전받은 것으로 확인되는 조합원의 수만 109명(대금을 납부하지 않은 34명 제외)에 이르는 점에 비추어 위 '@@농장'에 사업장을 두고 있다가 사업장 이전이 필요하게 된 기존 업체들에게만 위 3차 토지를 분배하였다고 보기는 어려우며, 오히려 이 사건 1, 2차 토지를 매수하였던 조합원들은 2013. 1. 10. 원고 해산총회에서 원고 집행부를 상대로 '기획부동산을 하는 거 아니냐'고 항의를 하기까지 하였다.

(5) 원고는 설립 이후 현재까지 조합원들에게는 물론 조합원이었던 자들에게도 이 사건 사업의 경과를 보고하거나 결산서 등 회계자료를 공개한 적이 전혀 없었고, 심지어 원고는 이 사건 각 토지의 분양 이후 원고의 대표자, 대의원 등 집행부 구성원들에게 급여로 총 16억 5,000만 원을 지급하고, 이후 일부 잔여 토지를 원고의 대의원들에게 증여하기까지 하였으며, 조합원들은 토지대금, 업무추진비 및 회비 등의 징수의무만을 부담하여 왔을 뿐 원고의 의사결정에 전혀 참여하지 못하였는바, 이처럼 원고는 조합원들을 배제한 채 집행부 구성원들의 의견만을 수렴하여 이 사건 사업에 관한 의사결정을 독단적으로 하여 오면서 필요에 따라 조합원들에게 귀속되어야 할 재산 등을 임의로 처분하는 등 수익을 목적으로 이 사건 사업을 영위하여 온 것으로 보인다.

2) 예비적 주장에 관하여(이 사건 처분에 세액 산출에 관한 오류가 있는지 여부)

가) 이 사건 1, 2차 토지와 관련된 업무추진비의 익금 및 손금 산입 부분

(1) 살피건대, 원고가 이 사건 1차 토지의 매매대금 평당 단가 500,000원(준조합원의 경우 550,000원) 중 매립공사비 명목으로 징수한 돈이 존재하는지, 존재한다면 그 돈이 원고의 총회 결의에 따라 업무추진비로 전용되었는지 알 수 있는 자료가 전혀 없는 이상 위 평당 500,000원 혹은 550,000원의 비율로 계산한 돈 전액은 조합원들로 부터 징수한 명목과 같이 매매대금이라고 여겨질 뿐이므로, 이는 원고에게 지급된 시점이 속하는 사업연도의 익금으로 산입되어야 한다. 뿐만 아니라 갑 제15호증(인천지방법원 2013. 7. 12. 선고 2012가합16663판결문)의 기재에 의하면, 원고가 지가 상승 등의 원인으로 비교적 높은 가격에 이 사건 2차 토지를 매수하게 된 결과 조합원들이 원고에게 지급하여야 할 매매대금도 평당 900,000원으로 책정할 수밖에 없었으나 이 사건 2차 토지를 고가에 매수한 사실이 발각될 경우 원고와 조합원들 사이에서 법적 문제가 발생할 것을 염려하여 대외적으로 조합원들이 지급하여야 할 매매대금을 평당 650,000원으로 정하면서 그 차액인 250,000원을 업무추진비로 정하였던 사실이 인정되며, 갑 제10호증의 기재에 의하면 원고 대표자 @@@ 역시 인천지방검찰청의 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령) 피의사건에서 '이 사건 2차 토지의 매매대금은 평당 900,000원이었다'고 진술한 사실이 인정된다. 이러한 사실을 종합하여 보면 이 사건 2차 토지와 관련된 업무추진비는 조합원들이 원고에게 지급하여야 할 매매대금의 실질을 갖는다고 볼 것이므로, 이 역시 원고에게 지급된 시점이 속하는 사업연도의 익금으로 산입되어야 한다.

(2) 한편 ① 업무추진비의 경우 징수 및 지출결의가 이루어지는 시점이 대부분 동일할 것이므로 익금과 손금의 귀속 사업연도도 동일한 연도로 됨이 통상적이라고 할 것이지만, 원고가 토지를 조합원들이나 준조합원들에게 매도하기 전에 미리 토지를 매수하여 손금으로 귀속되는 필요비용을 지출할 수도 있고 그 반대로 먼저 매매대금을 징수하여 자금을 확보한 이후 적당한 부지를 물색하고 조성공사를 하는 데에 상당한 시일이 소요될 수 있다는 점에서 매매대금과 관계되는 손금은 매매대금이 원고의 익금 으로 귀속되는 사업연도와 일치하지 않을 수도 있는 점, ② 피고가 원고로부터 제출받은 자료(을 제10호증)에 포함되어 있는 지출내역을 토대로 원고가 손금 인정 요구한 지출내역 대부분을 해당 사업연도의 손금으로 인정하여 준 것으로 보이고, 원고도 아래 다)항에서 보는 이 사건 2차 토지의 취득원가를 제외하고는 손금에 해당하는 개별지출내역은 물론 손금 불인정 지출내역을 구체적으로 특정하거나 그 지출에 관한 계좌이체내역, 영수증, 장부 등과 같은 객관적인 자료도 전혀 제출하지 않고 있을 뿐만 아니라, 2017. 11. 16.자 준비서면을 통하여 '손금에 대하여는 피고가 인정한 금액 범위내에서 정리하겠다'고까지 진술한 점 등을 종합하여 보았을 때, 조합원들로부터 지급받은 매매대금의 지출에 관한 피고의 손금처리에 위법이 있다고 보기도 어렵다.

(3) 따라서 원고의 이 부분 예비적 주장은 이유 없다.

나) 이 사건 3차 토지와 관련된 부당이득금의 익금 산입 부분

앞서 설시한 증거들에 의하면, 원고가 부동산의 임대, 구매, 판매에 관련되는 산업활동으로서 법인세법 제3조 제1항 제1호 소정의 부동산업에 해당하는 이 사건 사업을 영위하고 있던 중 주식회사 $$$$, 주식회사 @@@@@@, 주식회사 **자원, 주식회사 %%%%%를 피고로 한 인천지방법원 2009가합15813호 사건에서 원고였던 주식회사 ****신탁의 승계참가인으로 참가하여 이 사건 3차 토지 위에 폐기물이 적치되어 있음을 이유로 위 업체들로 하여금 원고에게 차임 상당의 부당이득금의 지급을 명하는 판결을 선고받아 그 확정판결에 기하여 위 업체들로부터 부당이득금을 수령한 사실을 인정할 수 있다. 이처럼 원고가 위 확정판결을 통하여 얻은 부당이득금은 원고가 구 법인세법 제3조 제3항 제1호 소정의 수익사업 중 '부동산업'에 해당하는 이 사건 사업을 수행함에 있어서 이 사건 3차 토지상의 폐기물을 처리하고 기반조성공사 등을 함에 따라 발생한 부수적인 소득으로서 이 역시 결국 '부동산업'에 따라 얻은 소득으로 봄이 타당하다(뿐만 아니라 '부동산업'은 '부동산의 임대, 구매, 판매에 관련되는 산업활동'으로 정의되는데 위 차임 상당의 부당이득금은 이 사건 3차 토지가 임대되었을 경우를 상정하여 산정된 금액으로서 결국 포괄적인 의미에서 부동산업에 따라 얻은 소득으로 볼 여지도 있다).따라서 원고의 이 부분 예비적 주장도 이유 없다.

다) 이 사건 2차 토지와 관련하여 지출한 취득원가의 손금산입 부분

을 제1, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서 이 사건 2차 토지의 취득원가와 관련하여 원고가 세무조사 당시 직접 제출한 계산내역서(을 제10호증)에 근거하여 11,146,385,997원을 손금으로 산입한 사실은 인정된다.

그러나 앞서 든 각 증거에 갑 제10, 12~15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 원고가 실제 이 사건 2차 토지를 매입하기 위하여 지출한 취득원가는 15,701,500,000원이었다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 예비적 주장은 이유 있다.

(1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에 있다고 할 것이다. 그런데도 피고는 앞서 본 바와 같이 원고가 제출한 계산내역서(을 제10호증)의 기재만을 근거로 이 사건 2차 토지의 취득원가를 손금으로 산입하였다고 주장할 뿐 이를 증명할만한 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있다.

(2) 한편, 원고는 이##과 이 사건 2차 토지 중 일부를 8,191,000,000원(평당120만 원)에 매수하기로 하는 계약서(갑 제12호증)를 작성하였고, 이##은 원고로부터 위 매매대금을 모두 지급받았다는 영수증(갑 제13호증)을 작성하여 주었으며, 이 사건 2차 토지의 나머지 부분에 관하여는 이@@으로부터 3,780,500,000원, 이$$으로부터 3,730,000,000원(각 평당 50만 원)에 각 매수하였다. 원고가 이## 등 3인으로부터 이사건 2차 토지를 매수한 면적과 평당 단가 및 매매대금은 아래 표의 기재와 같다.

매도인

부동산 매매면적

평당 단가

총 매매대금

이@@

7,561평

500,000원

3,780,500,000원

이$$

7,460평

500,000원

3,730,000,000원

이##

6,826평

1,200,000원

8,191,000,000원

합계

21,847평

718,702원

15,701,500,000원

(3) 또한 앞서 본 바와 같이 인천지방법원은 원고가 지가 상승 등의 원인으로 비교적 높은 가격에 이 사건 2차 토지를 매수하게 된 결과 조합원들이 원고에게 지급하여야 할 매매대금도 평당 900,000원으로 책정할 수밖에 없었으나 이 사건 2차 토지를 고가에 매수한 사실이 발각될 경우 원고와 조합원들 사이에서 법적 문제가 발생할것을 염려하여 대외적으로 조합원들이 지급하여야 할 매매대금을 평당 650,000원으로 정하면서 그 차액인 250,000원을 업무추진비로 정하였던 사실을 인정한 바 있고(갑 제15호증, 인천지방법원 2012가합16663 부당이득금반환 사건), 원고 대표자 @@@ 역시 인천지방검찰청의 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령) 피의사건에서 '처음 토지를 매입할 당시 평당 65만 원으로 계약을 체결하였으나, 매도인이 추가 매도하면서 토지대금이 상승하여 평당 120만 원을 요구하므로 협의를 통해 평당 90만 원에 매입하기로 합의'가 되었다고 진술한 바 있다.

(4) 이 사건 2차 토지 중 이##이 소유했던 부분은 도로와 인접한 부분이었으며, 위 2차 토지와 인접한 이 사건 1차 토지의 일부가 훨씬 고가(평당 약 203만 원)에 거래되었던 사정이 있었던 점 등에 비추어 이##이 당초 합의 내용과는 달리 원고에게 지가 상승 등을 이유로 매매대금을 평당 120만 원으로 올려줄 것을 요구하였고, 도로에 인접한 이 사건 2차 토지를 매수하여야만 했던 원고가 이를 받아들여 실제로는 이##으로부터 높은 가격에 매수하였음에도 다른 매도인들이나 조합원들과의 법적 분쟁 등을 우려하여 이를 은폐하고 있었다고 봄이 타당하다.

라) 이 사건 3차 토지와 관련된 익금산입시기 부분

(1) 이 사건 각 토지와 같이 '상품 등 외의 자산'의 양도와 관련한 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로서 원칙적으로 그 대금을 청산한 날이 될 것이나, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 정하여 진다(구법인세법 제40조, 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호).

(2) 이 사건 3차 토지에 관하여 보건대, 갑 제3, 7~9호증, 을 제10~13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 이 사건 3차 토지를 분배받은 조합원들이 원고에게 평당 52만 원의 비율로 계산한 매매대금을 완납한 날이 위 3차 토지의 매매와 관련된 '대금을 청산한 날'이라고 할 것이며, 비록 위 조합원들이 공유지분이전등기를 받기 전인 2012년까지 재산세나 종합부동산세와 같은 비용을 원고에게 지급하였다고 하더라도 위와 같은 비용이 이 사건 3차 토지의 매매대금 중 일부를 구성한다고 보기는 어렵다.

원고는 이 사건 3차 토지를 매입한 조합원들과 가입신청서, 약정서 등을 작성하면서 매입할 토지의 면적과 그에 따른 매입대금 총액(평당 52만 원의 비율로 계산한 금액)과 그 지급기한을 명시적으로 약정하였으며, 한편 위 매입대금과는 별도로 업무추진비와 제세공과금 및 조합원 회비 등을 원고에게 지급하는 내용의 약정을 하였다.

원고가 실제로 2013. 1. 13.까지 이 사건 3차 토지의 소유권을 보유하여 오면서, 2012년까지 원고에게 부과되었던 재산세나 종합부동산세 등과 같은 비용 상당액을 조합원들로부터 별도로 징수하여 오기는 하였으나, 이는 조합원들이 매입대금을 완납한 토지매수인으로서의 지위에서 공유물 분할 및 그에 따른 공유지분이전등기를 받을 때까지 당연히 부담하여야 할 제세공과금 등을 위와 같은 약정에 따라 원고에게 지급한 것으로서 매입대금과는 구별되는 별도의 비용으로 보아야 할 것이다.

원고가 위와 같이 조합원들을 상대로 재산세나 종합부동산세를 별도로 징수하는 과정에서 '재산세나 종합부동산세 및 기타 소유권이전비용(등기비용, 취득세, 등록세 등)'을 완납한 조합원들부터 공유지분이전등기를 우선적으로 해주겠다고 안내한 사실은 인정되나, 이는 원고가 조합원들과의 위 약정에 따라 토지매수인의 지위에 있는 조합원들로부터 매입대금 이외에 별도로 부담해야 할 비용의 지급을 확보하기 위한수단으로 활용하였다고 봄이 타당하다.

(3) 따라서 이 사건 3차 토지의 매매대금이 익금으로 귀속되는 사업연도는 위 3차 토지를 매입한 조합원들이 매입대금의 잔금을 완납한 날이라고 봄이 타당하므로, 피고가 이러한 매입대금의 잔금 완납일을 구체적으로 가려 이를 각 해당 사업연도의 익금으로 산입하지 않고 2012 사업연도의 익금으로 전부 산입한 것은 위법하다. 따라서 원고의 이 부분 예비적 주장은 이유 있다.

3) 소결론

이 사건 사업이 수익사업에 해당하기는 하나, 이 사건 처분에는 익금 및 손금산입과 관련된 세액 산출에 관한 오류가 있으므로, 결국 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.