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[청구번호]
[청구번호]조심 2017구2603 (2017. 9. 20.)
[세목]
[세목]법인[결정유형]기각
[결정요지]
[결정요지]2010.12.31. 법인세법 시행령 제2조를 개정하여 노인복지법에 의한 노인전문병원을 비영리법인의 비수익사업에서 제외한 점, 비영리법인이 지방자치단체와 위ㆍ수탁 계약을 체결하여 운영하는 노인전문병원의 의료사업이 법인세 비과세대상이라는 관행이 일반적으로 성립하였다고 할 수 없는 점 등에 비추어 OOO도지사로부터 위탁받아 운영하는 청구법인의 의료사업을 수익사업으로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음
[관련법령]
[관련법령] 법인세법 시행령제2조
[참조결정]
[참조결정]조심2011지0839
[주 문]
심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 의료법인 OOO”이라 한다)이 기부채납한 부지에 경상북도가 건물을 신축하여 건립된 병원으로 OOO은 경상북도와 체결한 ‘청구법인 위탁운영에 관한 계약’(이하 “위탁운영 계약”이라 한다)에 의거 1999.5.10.부터 현재까지 청구법인을 위탁받아 운영하여 왔는바, 청구법인은 법인세 신고시 의료수입을 「법인세법」 제2조 제3항에 따른 비과세 대상으로 보아 고유목적사업준비금으로 산정(신고조정)하였다.
나. 처분청은 법인정기조사(2016.11.24.～2016.12.23.)를 실시한 결과, 청구법인의 의료사업을 「법인세법 시행령」 제2조 제1항의 수익사업으로 보아 고유목적사업준비금 설정 한도초과액을 손금불산입하여 2017.2.6. 청구법인에게 법인세 2014사업연도분 OOO원을 경정‧고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.5.2. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인의설치 및 관리‧운영 주체는 경상북도이므로 청구법인의 수입은 법인세 비과세 대상이다.
(가) 청구법인은 경상북도가 치매노인에 대한 치료와 요양이 사회적 문제로 대두되어 이를 체계적으로 해결하고 시민들의 경제적 부담을 경감시키고자 「노인복지법」 제35조 제1항에 따라 설치한 노인전문병원으로 보다 효율적이고 전문적인 운영을 위하여 안동유리의료재단에게 재산 및 장비를 위탁하여 청구법인을 운영하도록 하였다.
(나)청구법인의 부지와 건물은 모두 경상북도의 소유임이 부동산등기부등본에 의하여 확인되고, 경상북도 조례에 따라 의료장비 등의물품도 모두 경상북도의 재산으로 귀속되며, 위탁운영 계약에 따라계약기간이 만료되거나 계약이 해지되었을 때수탁자는 위탁재산을모두 반환할 의무를 진다.
(다) 또한, 청구법인은 운영 조례 및 위탁운영 계약에 따라 운영과정에 발생한이익을 모두 병원 운영 및 시설에 재투자하기 위하여 고유목적사업준비금으로 계상하여야 하고, 매 회계연도마다결산보고서를 경상북도지사에게 제출하여야 하며,경상북도지사로부터청구법인의운영과 관련한 지휘를 받을 수 있게 되어 있다.
(2)판례 및 예규에서도 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁받은 사업을 영위하면서 발생한손익이 국가 또는 지방자치단체에 귀속될 경우해당 사업에 대하여는 「법인세법」 제2조 제3항에 따라법인세가 과세되지 아니하는 것으로 해석하고 있다.
(가) 판례는 국민연금공단이 보건복지부장관으로부터 국민연금기금의 관리‧운용에 관한 업무를 위탁받아 국민연금기금에서 취득한 주권을 주식시장에서 양도한 것은 국가가 주권을 양도하는 경우에 해당하여 「증권거래세법」 제6조 제1항에 따른 비과세 대상에 해당한다고 판시(서울고등법원 2013.1.28. 선고 2011누43036 판결)하였다.
(나) 조세심판원은 공무원연금공단이 공무원은 후생복지사업, 주택의 건설‧공급‧임대 또는 택지의 취득사업에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우 공무원연금공단을 국가로 보아 취득세 등을 비과세하는 것이 타당하다고 결정(조심 2011지839, 2012.7.27.)하였다.
(다) 또한, 기획재정부 및 국세청도 관련 예규들도 국가로부터 위탁받은 사업에서 발생한 손익이 위‧수탁협약 등에 따라 실질적으로 국가나 지방자치단체에게 귀속되는 경우 해당사업에 대하여는 「법인세법」 제2조 제3항을 적용하여 법인세를 과세하지 아니하여야 한다고 해석하였다.
(3) 처분청은 OOO이 청구법인을 위탁받아 운영한 때인 1999.5.10. 이래 법인세를 납부하지 않았음에도 아무런 문제를 삼지 않았고, 국세청장은 2011.5.20. 동일한 쟁점에 대한 청구법인의 과세전적부심사청구를 채택 결정(적부2011-84, 2011.5.20.)하였으며, 「법인세법 시행령」 제2조 제1항이 2010.12.30. 개정되었다 하더라도 이것은 수익사업의 범위에 대하여 규정한 것일 뿐, 청구법인의 운영수익의 귀속주체를 달리 볼 수 있는 근거가 될 수는 없어 기존의 해석을 변경할 만한 사정이 발생한 사실 또한 없는바, 이는 신뢰보호 원칙에 반하는 처분이라 할 것이다.
나. 처분청 의견
(1) 기획재정부와 국세청은 의료법인이 노인전문병원을 수탁경영한경우 수익사업에 해당한다고 해석하였고, 이를 반영하여 2010.12.30. 「법인세법 시행령」 제2조를 개정하여 노인전문병원을 비영리법인의 수익사업으로 보지 않는 사회복지사업에서 제외하여 과세 대상임을 법령으로 명확히 하였다.
(2) 위탁운영 계약에 의하면, OOO은 경상북도지사가 병원운영을 위탁한 도유재산을 사용할 수 있고, 제5조 제2항에 제1항의 도유재산사용에 따른 사용료는 「경상북도 공유재산 관리조례」에 의거 징수한다고 되어 있는데, OOO은 실제 경상북도에 사용료를 납부하고 법인세 신고시 비용으로 처리하였는바, 위탁운영 계약에는수탁의 대가가 존재함을 알 수 있는 것으로, 만일 청구법인의 결산 결과가 청구법인의 운영수익으로 처리되지 않는다면 경상북도지사가 청구법인에게 사용료를 징수할 이유가 없다 할 것이다.
(3) 「경상북도 사무위탁 조례」 제2조에서 ‘민간위탁’이란 각종 법령 및 조례 규칙에 규정된 경상북도지사의 사무 중 일부를 지방자치단체가 아닌 법인‧단체 또는 그 기관이나 개인에 맡겨 그의 명의와 책임 하에 행사하도록 하는 것을 말하고 ‘수탁기관’이란 도지사의 사무를 위탁받은 지방자치단체가 아닌 법인‧단체 또는 그 기관이나 개인을 말한다고 규정하고 있고, 같은 조례 제10조 및 제11조에서 수탁사무의 처리에 과한 책임은 수탁기관에 있고 도지사는 그에 따른 감독책임을 진다고 규정하고 있는바,청구법인의 관리 운영 및 운영에 대한 책임은 청구법인에게 있고 경상북도는 지휘‧감독을 하는 것임을 알 수 있다.
(4) 「노인복지법」 제35조 제1항에서 국가 또는 지방자치단체는 노인 의료복지시설을 설치할 수 있다고 규정되어 있고, 같은 조 제2항에서 국가 또는 지방자치단체 외의 자가 노인의료복지시설을 설치하고자 하는 경우에는 시장‧군수‧구청장에게 신고하여야 하되, 노인전문병원은 「의료법」에 의한 의료기관을 개설할 수 있는 자에 한하여 시‧도지사의 허가를 받아 설치할 수 있다고 규정되어 있는바,
동항에 따라 설치된 노인전문병원의 운영수입은 당연히 수익사업에 해당하는 것이고, 같은 조 제1항에 따라 설치된 노인전문병원을국가 또는 지방자치단체가 직접 운영하는 경우에는 비과세하는 것이다.
2010.12.31. 「법인세법 시행령」 제2조의 개정으로 이를 명확히 한 것이며, 국세청장의 과세전적부심사결정(적부2011-84, 2011.5.20.)은 명백한 해석의 오류가 있었고, 이 건 처분은 법 적용의 착오를 바로 잡은 것이라 신뢰보호원칙에 위배된다는 청구주장은 타당하지 않다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
지방자치단체로부터 위탁받아 운영하는 노인전문병원의 의료사업이 「법인세법」상 수익사업에 해당하는지 여부
나. 관련 법령 등 : <별지> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 나타난다.
(가) 처분청의 조사종결보고서에 의하면, 처분청은 지자체로부터 위탁받은 노인전문병원의 의료사업은 「법인세법 시행령」 제2조 제1항의 수익사업에 해당하는 것으로 보아 청구법인이 2014‧2015사업연도 신고시 비과세 소득으로 계상한 금액을 과세 소득으로 전환하여 경정하였다.
(나) 경상북도와 OOO이 체결한 위탁운영 계약서를 보면, 경상북도는 치매 및 노인성질환자의 요양과 진료를 위하여 설립한 청구법인의 효율적이고 전문적인 운영을 위하여 OOO에게 경상북도 소유의 재산 및 장비를 위탁하여 운영하고(제3조 제1항), OOO은 경상북도가 병원운영을 위하여 위탁한 도유재산인 대지 및 건물 등 시설물과 장비를 사용할 수 있으며(제5조 제1항), 병원 운영은 독립회계로서 별도 회계처리하여야 하고 병원 운영 이익금은 병원 운영 및 시설 재투자에 사용하여야 하며(제13조 제2항), OOO은 「경상북도립노인전문요양병원 설치 및 운영 조례」(이하 “병원운영조례”라 한다) 제12조 제2항의 규정에 의한 결산보고서를 경상북도에 제출하여야 하고(제13조 제3항), 경상북도는 병원의 설립목적을 달성하기 위하여 병원운영조례 제13조의 규정에 의거 OOO에게 병원운영 관계서류를 제출하게 할 수 있으며, 관계공무원으로 하여금 병원운영의 전반에 관하여 장부, 기타 관계서류를 조사‧검사하게 할 수 있고(제15조 제1항), 위‧수탁 계약기간이 만료되거나 제16조의 규정에 의하여 계약이 해지된 때에는 그 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 OOO은 경상북도에 시설과 장비 및 관리운영권을 반환하여야 하는 것으로 되어 있다.
(2) 「법인세법」 제2조 제3항에서 내국법인 중 국가와 지방자치단체에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제3조 제3항에서 비영리 내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입에서 생기는 소득으로 한다고 규정하면서 제1호에서 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제2조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말하되, 다음 각 호의 사업을 제외하도록 규정하면서 제4호에서 보건 및 사회복지사업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업을 규정하였고 라목에서 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설(노인전문병원은 제외한다)을 규정하고 있다.
(3) 기획재정부에서 발간한 2010 간추린 개정세법에 의하면, 「법인세법 시행령」 제2조를 개정하여 노인전문병원을 비영리법인의 수익사업으로 보지 않는 사회복지사업에서 제외한(수익사업으로 보도록 한) 이유는 유권해석(재법인-188, 2009.3.6.)에 따라 과세되던 것을 법령으로 명확화한 것으로 나타나고 있다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2010.12.30. 「법인세법 시행령」 제2조를 개정하여 「노인복지법」에 의한 노인전문병원을 비영리법인의 비수익사업에서 제외한 점, 같은 법은 노인의 보건복지 증진에의 기여를 목적으로 하는 것으로 국가 및 지방자치단체에게 노인의 보건 및 복지증진의 책임과 이를 위한 시책을 강구하여 추진하여야 하는 책임을 부여하면서 제35조에서 노인의료복지시설을 설치할 수 있도록 규정하였고 제34조에서 2011.6.7. 개정되기 전까지 노인의료복지시설로 ‘노인요양시설’, ‘노인요양공동생활가정’ 및 ‘노인전문병원’을 규정하다가 개정시 ‘노인전문병원’을 삭제한 점, 신고납부방식의 조세에 있어서 과세관청이 납세의무자의 신고를 접수하는 것은 단지 사실행위에 불과할 뿐이라 이를 확인적 부과처분으로 볼 수는 없어 비영리법인이 지방자치단체와 위‧수탁 계약을 체결하여 운영하는 노인전문병원의 의료사업이 법인세 비과세 대상이라는 관행이 일반적으로 성립하였다고 할 수는 없는 점, 과세관청이 당초 비과세 또는 감면 결정을 하였다 하더라도 추후 신고내용에 탈루 또는 오류가 있음을 발견한 경우에는 이를 번복하고 다시 과세할 수 있는 권한과 의무가 있으므로 종전에 있었던 다른 사업연도의 동일한 쟁점에 대한 과세전적부심사결정과 다르게 이 건 처분을 하였다 하더라도 신뢰보호원칙을 위배하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 경상북도지사로부터 위탁받아 운영하는 청구법인의 의료사업을 수익사업으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지>
<별지> 관련 법령 등
(1) 법인세법
제2조(납세의무) ③ 내국법인 중국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다.
제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1.제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
(이하 생략)
제2조(수익사업의 범위) ① 「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만,다음 각 호의 사업을 제외한다.
(1～3호 생략)
4.보건 및 사회복지사업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업
(가～다목 생략)
라. 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설(노인전문병원은 제외한다)
(이하 생략)
제2조(수익사업의 범위) ① 「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.
(1～3호 생략)
4.보건 및 사회복지사업 중 「사회복지사업법」에 의한 사회복지사업
(이하 생략)
제31조(노인복지시설의 종류) 노인복지시설의 종류는 다음 각 호와 같다.
1. 노인주거복지시설
2. 노인의료복지시설
3. 노인여가복지시설
4. 재가노인복지시설
5. 노인보호전문기관
제34조(노인의료복지시설) ① 노인의료복지시설은 다음 각 호의 시설로 한다.
1.노인요양시설 : 치매·중풍 등 노인성질환 등으로 심신에 상당한장애가 발생하여 도움을 필요로 하는 노인을 입소시켜 급식·요양과그 밖에 일상생활에 필요한 편의를 제공함을 목적으로 하는 시설
2.노인요양공동생활가정 : 치매·중풍 등 노인성질환 등으로 심신에 상당한 장애가 발생하여 도움을 필요로 하는 노인에게 가정과 같은 주거여건과 급식·요양, 그 밖에 일상생활에 필요한 편의를 제공함을 목적으로 하는 시설
3.노인전문병원 : 주로 노인을 대상으로 의료를 행하는 시설노인전문병원 : 주로 노인을 대상으로 의료를 행하는 시설(2011.6.7. 삭제)
제35조(노인의료복지시설의 설치) ① 국가 또는 지방자치단체는 노인의료복지시설을 설치할 수 있다.
② 국가 또는 지방자치단체외의 자가 노인의료복지시설을 설치하고자 하는 경우에는 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 노인전문병원은 의료법에 의한 의료기관을 개설할 수 있는 자(치과의사 및조산사를 제외한다)에 한하여 시·도지사의 허가를 받아 설치할 수 있다.
(4) 사회복지사업법
제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1."사회복지사업"이란 다음 각 목의 법률에 따른 보호·선도(善導) 또는 복지에 관한 사업과 사회복지상담, 직업지원, 무료 숙박, 지역사회복지,의료복지, 재가복지(在家福祉), 사회복지관 운영, 정신질환자 및 한센병력자의 사회복귀에 관한 사업 등 각종 복지사업과 이와 관련된 자원봉사활동 및 복지시설의 운영 또는 지원을 목적으로 하는 사업을 말한다.
(가～나목 생략)
다.「노인복지법」
(이하 생략)
(4) 의료법
제33조(개설 등) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설할 수 없다. 이 경우 의사는 종합병원·병원·요양병원 또는 의원을, 치과의사는 치과병원 또는 치과의원을, 한의사는한방병원·요양병원 또는 한의원을, 조산사는 조산원만을 개설할 수 있다.
1.의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사
2.국가나 지방자치단체
3.의료업을 목적으로 설립된 법인(이하 "의료법인"이라 한다)
4.「민법」이나 특별법에 따라 설립된 비영리법인
5.「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 준정부기관, 「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 지방의료원, 「한국보훈복지의료공단법」에 따른 한국보훈복지의료공단
③ 제2항에 따라 의원·치과의원·한의원 또는 조산원을 개설하려는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다.
④제2항에 따라 종합병원·병원·치과병원·한방병원 또는 요양병원을 개설하려면 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 시·도지사의 허가를 받아야 한다. 이 경우 시·도지사는 개설하려는 의료기관이 제36조에 따른 시설기준에 맞지 아니하는 경우에는 개설허가를 할 수 없다.
(5) 경상북도 사무위탁 조례
제2조(정의) 이 조례에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1."민간위탁”이란 각종 법령 및 조례, 규칙에 규정된 경상북도지사(이하 “도지사” 라 한다)의 사무 중 일부를 지방자치단체가 아닌법인·단체 또는 그 기관이나 개인에 맡겨 그의 명의와 책임하에 행사하도록 하는 것을 말한다.
2."수탁기관”이란 도지사의 사무를 위탁받은 지방자치단체가 아닌 법인·단체 또는 그 기관이나 개인을 말한다.
제10조(수탁사무의 처리) ① 수탁기관은 수탁사무의 처리에 있어 관련 법령과 조례를 준수하고 수탁사무를 성실히 수행하여야 한다.
②수탁사무의 처리에 관한 책임은 수탁기관에 있으며, 도지사는 그에 대한 감독책임을 진다.
③ 도지사는 수탁기관의 사무처리의 지연, 불필요한 서류의 요구, 처리기준의 공정성, 수수료의 부당징수 등 문제점을 종합적으로 검토하여 이를 방지할 보완조치를 강구하여야 한다.
제11조(지휘·감독) ①도지사는 민간위탁사무의 처리에 대하여 수탁기관을 지휘·감독하며, 필요하다고 인정하는 때에는 위탁한 사무에 관하여 지시를 하거나 조치를 명할 수 있다.
② 도지사는 수탁기관에 대하여 필요한 사항을 보고하게 할 수 있다.
③ 도지사는 수탁기관의 위탁사무 처리가 위법 또는 부당하다고 인정되는 때에는 그 처분을 취소하거나 정지 또는 시정시킬 수 있다.
(6) 경상북도립노인전문요양병원 설치 및 운영 조례
제1조(목적) 이 조례는 치매 및 노인성질환자의 요양과 진료를 위하여 경상북도 노인전문요양병원의 설치 및 운영에 관한 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.
제4조(설치 및 운영) ① 경상북도지사(이하 "도지사"라 한다)는 요양병원을 설치·운영한다. 다만, 도지사가 필요하다고 인정할 때에는 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 위탁 운영하게 할 수 있다.
(각 호 생략)
③ 요양병원의 운영은독립 채산제에 의하여 운영함을 원칙으로 한다. 다만, 도지사는 필요하다고 인정할 때에는 수탁자에 대하여 운영비의 일부와 의료장비 등을 예산의 범위 안에서 지원할 수 있다.
④ 도지사는 효과적인 사업추진을 위하여 필요하다고 인정될 때에는 수탁자에게 요양병원의 시설공사 및 의료장비구입 등의 업무를 대행하게 할 수 있다.
⑤ 제4항에 의한 업무대행의 경우 수탁자는 시설공사의 설계서 및 의료장비구입 등의 계획서를 작성하여 도지사의 사전 승인을 얻어야 하며, 사업 시행에 있어서 도지사의 지도 감독을 받아야 한다. 이 경우 시설공사와 의료장비 등의 구입업무 대행으로 완공된부동산이나 구입한 물품은 도지사의 명의로 등기 또는 등재하여야 한다.
제8조(관리규정) 요양병원의 운영 및 입원자 등의 요양치료를 효율적으로 하기 위하여수탁자는 다음 각 호의 사항을 내용으로 하는 관리규정을 정하여 도지사의 승인을 받아야 한다.
1.목적 및 운영방침
2.직원의 정원, 직종 및 직무내용
3.입원자의 정원
4.입원자에 대한 요양치료와 그 밖의 서비스 내용
제12조(회계 및 결산) ① 수탁자는 요양병원 운영에 따른 제세공과금을 부담하여야 하며, 병원운영으로 생긴 이익금은 병원운영 및 시설에 재투자하여야 한다.