주택건설업자가 취득‧등기한 주택건설사업계획승인조건상 기부채납조건의 도로개설예정부지를 관할관청의 도로계획의 변경으로 매각한 경우 및 관련법령상 취득‧조성하여야 할 학교용지를 조성후 관할교육감에게 매각한 경우 등

처분청이 청구인에게 2007.6.18. 각각 부과고지한이 사건 제1토지일부에 대한등록세 41,025,840원, 지방교육세 7,549,740원, 합계 48,575,580원을, 이 사건 제2토지에 대한 등록세 109,162,470원, 지방교육세 20,204,050원, 합계 129,366,520원을 각각 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지

처분청은 주택건설사업자로 등록된 청구인이2003.8.27. 등 5차에 걸쳐 취득한 경기도 수원시 권선구○○○동○-○번지외 17필지 5,398㎡(이하 “이 사건 제1토지”라고 한다) 및2004.9월부터 12월사이에 취득한 같은 동○-○번지외 11필지 11,189㎡(이하 “이 사건 제2토지”라고 한다)를 취득한 후 3년내에 주택건설용도로 사용하지 않고, 이 사건 제1토지중 같은 동○-○번지외 2필지 1,025㎡(이하 “이 사건 제1토지일부”라고 한다)를 2006.11.17.에, 이 사건 제2토지는 2006.1.25.에 각각 매각하므로 등록세 중과세대상으로 보아 이 사건 제1토지일부의 취득가액(546,181,172원)을 과세표준으로 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 등록세 41,025,840원, 지방교육세 7,549,740원, 합계 48,575,580원(가산세 포함)을, 이 사건 제2토지의 취득가액(4,071,100,000원)을 과세표준으로 지방세법 위 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부세액을 차감한 등록세 109,162,470원, 지방교육세 20,204,050원, 합계 129,366,520원(가산세 포함)을 2007.6.18. 각각 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 제1,2토지는 허가관청에서 주택건설사업계획 승인시 그 승인조건상 도로개설예정부지로 조성 후 기부채납하는 조건(이 사건 제1토지) 및 학교용지확보등에관한특례법상 학교용지를 조성후 관할교육청에게 이전하는 조건(이 사건 제2토지)에 따라 부득이 취득등기하였으나, 위 토지를 취득등기후 3년내 이 사건 제1토지일부는 관할관청의 도로개설예정부지가 인근 주택건설사업자(○○주택)의 도로개설예정구간으로 변경됨에 따라○○주택에게, 이 사건 제2토지는 당연히 조성후 그 승인조건에 따라 관할 교육청에게 실제 취득가액보다 적은 감정평가금액으로 매각할 수밖에 없었는데도, 처분청에서 이를 주택건설용도에 사용하지 않았다고 등록세 중과세로 추징하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 주택건설업자가 취득·등기한 주택건설사업계획승인조건상 기부채납조건의 도로개설예정부지를 관할관청의 도로계획의 변경으로 매각한 경우 및 관련법령상 취득·조성하여야 할 학교용지를 조성후 관할교육감에게 매각한 경우 등록세 중과세예외대상으로서 주택건설용 토지로 볼 수 있는 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제138조제1항에서 그 제3호의 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 하나, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다고 하고 있고, 같은 법시행령 제101조제1항에서 법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 그 제5호의 주택법 제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)에 해당하는 업종을 말한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제102조제2항에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하고, 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후의 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다고 하고 있으며, 구주택건설촉진법 제3조제6호에서 부대시설이라 함은 주차장·관리사무소·담장· 건축법 제2조제3호의 규정에 의한 건축설비 기타 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 시설 또는 설비를 말한다고 하고, 그 제7호에서 복리시설이라 함은 어린이놀이터·구매시설·의료시설·주민운동시설·일반목욕장·입주자집회소 기타 거주자의 생활복리를 위하여 필요한 공동시설로서 대통령령이 정하는 것을 말한다고 하고 있으며, 구주택건설기준등에관한규정(일부개정 2003.4.22 대통령령 17972호로 개정되기 이전의 것) 제4조에서 법 제3조제6호에서 기타 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 시설 또는 설비라 함은 그 제1호의 보안등·대문·경비실·자전거보관소 등의 시설 또는 설비를 말한다고 하고, 같은 규정 제5조에서 법 제3조제7호에서 기타 거주자의 생활복리를 위하여 필요한 공동시설로서 대통령령이 정하는 것이라 함은 그 제1호의 건축법시행령 별표 1의 규정에 의한 제1종 근린생활시설 및 제2종 근린생활시설 등의 시설 및 그 부속용도로 이용하는 시설을 말한다고 하고 있으며, 같은 규정 제6조제1항에서 주택단지에는 관계법령에 의한 지역 또는 지구에 불구하고 부대시설 및 복리시설 등의 시설에 한하여 이를 건설하거나 설치할 수 있다고 하고, 같은 규정 제25조(진입도로) 내지 같은 규정 제55조(노인정 등)에서 부대시설 및 복리시설 등의 시설에 대하여 그 설치기준 등을 구체적으로 정한 다음 이를 필수적 또는 임의적으로 주택단지내 설치하도록 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 2000.1.11. 청구인은 본점을 경기도 부천시 원미구○동○-○번지로, 목적사업을 주택및상가건설사업, 택지조성사업 등으로 하는 법인을 설립하였고, 2003.6.30. 공동주택 지상14～18층 5개동 374세대 44,788.06㎡인○○개발 1단지에 대하여 경기도 수원시장은 사업부지를 경기도 수원시 권선구○○○동○번지외 57필지 16,230㎡로, 공동주택 지상14～18층 4개동 497세대 49,748.3370㎡인○○개발 2단지에 대하여 사업부지를 같은 동○번지외 33필지 17,909㎡로 하는 주택건설사업계획승인을 통보하면서 그 승인조건에서 주택사업과 관련한 사업지구내의 개설예정도로(4,424㎡)에 대하여는 실시계획인가내용과 같이 개설하여 수원시에 기부채납하여야 하는 사항 및 학교용지에 대하여는 학교용지확보에관한특례법에 의거 경기도수원시교육청과 협의한 토지를 학교용지로 조성·공급하여야 하는 사항을 부가하였으며, 2003.6.26.부터 2005.10.18.까지 청구인은 이 사건 제1토지를○○○등으로부터 5차에 걸쳐 취득하였는데, 이 사건 제1토지는 당초 같은 동○-○번지 답 995㎡중 5㎡ 및 같은 동○-○번지 답 671㎡중 449㎡ 및 같은 동○-○번지 답 1,666㎡중 525㎡ 및 같은 동○-○번지 답 536㎡중 248㎡ 및 같은 동○-○번지 답 1,197㎡ 중 538㎡ 및 같은 동○-○번지 답 1,590㎡중 297㎡ 및 같은 동○-○번지 전 1,699㎡중 17㎡ 및 같은 동○번지 전 813㎡중 173㎡ 총 2,252㎡를○○○로부터 2003.8.27. 매입하는 것처럼 다수 필지를 지분으로 매입하였으나 그 후 지적 분할하여 같은 동○-○번지 14㎡ 및 같은 동○-○번지 243㎡ 및 같은 동○-○번지 557㎡ 및 같은 동○-○번지 325㎡ 및 같은 동○-○번지 16㎡ 및 같은 동○-○번지 175㎡ 및 같은 동○-○번지 274㎡ 및 같은 동○-○번지 298㎡ 및 같은 동○-○번지 255㎡ 및 같은 동○-○번지 508㎡ 및 같은 동○-○번지 68㎡ 및 같은 동○-○번지 602㎡ 및 같은 동○-○번지 220㎡ 및 같은 동○-○번지 408㎡ 및 같은 동○-○번지 410㎡ 및 같은 동○-○번지 13㎡ 및 같은 동○-○번지 464㎡ 및 같은 동○-○번지 548㎡ 총 5,398㎡로 되어 있고, 2004.8.17. 경기도 수원시장은 청구인에게 이 사건 토지일원 11,194㎡에 대하여 수원도시관리계획(가칭○○○초등학교) 결정 및 지형도면 고시(제2004-153호) 공문을 통보하였으며, 2004.9.3.부터 2005.11.3.까지 청구인은 이 사건 제2토지를 5차에 걸쳐 취득하였는데, 이 사건 제2토지는 같은 동○번지 학교 89㎡ 및 같은 동○-○번지 답 3,844㎡ 및 같은 동○-○번지 답 2,503㎡ 및 같은 동○-○번지 답 987㎡ 및 같은 동○번지 학교 228㎡ 및 같은 동○번지 답 1,369㎡ 및 같은 동○-○번지 답 293㎡ 및 같은 동○번지 1,643㎡ 및 같은 동○-○번지 답 223㎡ 및 같은 동○번지 답 7㎡ 및 같은 동○-○번지 답 3㎡, 총 11,189㎡로 되어 있고, 2005.6.24. 경기도수원교육청은 이 사건 제2토지 등을 공사현장으로 하여○○초등학교 신축공사 입찰공고(제2005-57호)하였으며, 2006.1.23. 수원시장은 청구인에게○○개발 1,2단지 주택건설사업에 대하여 사용검사필증을 교부하면서 승인조건상 조성한 도로를 기부채납할 것을 통보하였고, 2006.1.25. 청구인과 경기도 교육감 위재산관리관 경기도수원교육청교육장은 이 사건 제2토지를 계약재산으로 하여 학교시설(○○초등학교)사업용지매수협의계약서를 작성하였으며, 위 계약서상 주요내용은 매매대금(보상금액)이 5,531,095,560원 및 위 계약체결과 동시에 위 교육장이 사용한 조항 및 위 계약재산의 일부가 공공사업에 제외시 즉시 변경한다는 조항 및 학교시설사업에 방해가 되는 지장물 등의 철거와 공사진입도로 제공 등의 의무이행조항 등이 기재되어 있고, 2006.7.3. 경기도 수원시장은 (주)○○주택에게 수원도시계획시설(도로 : 대 3-18호선)에 대하여 사업시행자 지정변경 및 실시계획 변경인가 통보하면서 위 예정도로사업시행자를 청구인에서 (주)○○주택으로 변경하면서 실시계획인가조건을 일부 변경하도록 하고 있으며, 한편, (주)○○주택과○○건설(주)은 실질은 동일한 회사로서 주택건설사업계획승인서상 공동사업자이고,○○주택사업부지와 청구인의 사업부지가 연접되어 있는 관계로 위 사업계획승인시 승인조건에서 주택사업과 관련한 사업지구내의 개설예정도로(2,727㎡)에 대하여는○○1,2단지와 협의하여 실시계획인가를 받도록 한 다음 개설 후 수원시에 기부채납하도록 되어 있으며, 2006.11.17. 청구인은 (주)○○주택(○○건설주식회사)에게 매매금액 976,866,995원으로 같은 동○-○번지 13㎡ 및 같은 동○-○번지 464㎡ 및 같은 동○-○번지 548㎡ 총 1,025㎡(이 사건 제1토지 일부)를 매각하였고,2007.6.18. 처분청은 청구인에게 이 사건 제1토지 일부 및 이 사건 제2토지에 대하여 등록세 등을 중과세율로 추징한 사실을제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여청구인은이 사건 제1,2토지는 허가관청에서 주택건설사업계획 승인시 그 승인조건상 도로개설예정부지로 조성 후 기부채납하는 조건(이 사건 제1토지) 및 학교용지확보등에관한특례법(이하 “학교용지법”이라 한다)상 학교용지를 조성후 관할교육청에게 이전하는 조건(이 사건 제2토지)에 따라서 당연히 이전이 되어야 할 사정에 있는데도 처분청에서 이를 매각하였다고 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하여 이를 보면, 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제101조제1항제5호에서 대도시내에서의 법인의 설립 이후의 5년내 취득하는 부동산등기에 대하여는 중과세하지만 주택법 제9조에 의하여 관할관청에 등록된 주택건설사업에 대하여는 취득 후 3년이내에 주택건설에 착공한 다음 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하여 중과세제외업종으로 규정하고 있는 바, 청구인의 경우, 2000.1월 청구인은 본점을 경기도 부천시 원미구○동○-○번지로, 목적사업을 주택및상가건설사업 등으로 하는 법인을 설립한 다음 2003.6.30. 인허가 관청은 청구인에게 같은 동○번지외 91필지 34,139㎡상의○○개발 1,2단지 주택건설사업계획승인하면서 주택사업과 관련한 사업지구내의 개설예정도로를 기부채납하여야 할 뿐만 아니라 학교용지를 조성·공급하여야 관할교육청에게 이전하여야 하는 조건을 부가하자 2003.6월부터 2005.11월까지 청구인은 이 사건 제1,2토지를 5차에 걸쳐 취득한 다음 도로 및 학교용지를 포함한 주택건설사업이 조성완료되므로 2006.1.23.○○개발 1,2단지 주택건설사업을 사용검사를 받은 후 2006.1.25. 청구인은 관할 교육장에게 기히 조성된 이 사건 제2토지를 매각하였으며, 한편, 2006.7.3. 관할 관청은 (주)○○주택에게 수원도시계획시설에 대하여 사업시행자 지정변경 등을 통보하므로 2006.11.17. 청구인은 (주)○○주택에게 기히 조성된 이 사건 제1토지 일부를 매각한 것을 볼 때, 비록, 관련 지방세법령상 주택건설용 부동산의 외연을 넓힌 위 대법원 판례 취지상 주택단지에 필수적으로 조성하여야 할 부대복리시설이 아닌 한 조세법률주의의 엄격해석의 원칙상 이 사건 제1,2토지를 주택건설용 토지로 보기는 무리가 있다고 하더라도, 이 사건 제1토지 일부는 주택건설사업계획승인시 관할관청 관리도로개설예정부지를 조성하여 기부채납하도록 조건을 부가하므로 부득이 취득등기할 수 밖에 없었으며, 특히 관할관청에서 도로계획변경으로 이를 연접된 사업구간의 사업시행자에게 도로가 조성된 후 매각한 점이나 이 사건 제2토지도, 학교용지법 제정목적이 공립학교용지의 확보 또는 학교용지의 확보가 불가능한 경우 인근의 기존 학교 증축을 용이하게 함을 목적으로 하고 있고, 같은 법 제2조·제3조 등에서 주택법 등 관련법령에서 300세대 규모 이상의 공동주택을 건설하는 사업을 시행하는 자는 그 주택건설사업계획에 학교용지의 조성·개발에 관한 사항을 포함하여야 한다고 하면서 그 적정한 용지확보를 위하여 관할 교육감의 의견을 듣거나 용지가 부족시는 인근 토지를 확보하여야 한다고 규정에서 보는 바와 같이 학교용지법에 따라 의무적으로 조성후 관할교육감에게 매각하여야 하는 사정에 비추어, 이 사건 제1,2토지도 청구인이 주택단지와 함께 주택건설사업계획에 부수조건으로 시행하여 조성완료한 것이 분명한 이상 주택건설용 토지로 보아야 함이 등록세 중과세 취지 및 실질과세의 원칙상 합목적성이 있다고 할 것이며, 설령, 이 사건 제1,2토지를 주택건설용 토지도 볼 수 없다고 하더라도, 지방세법 제138조제1항제3호는 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기를 등록세 중과세 대상의 하나로 규정하고, 지방세법 시행령 제102조제2항은 법 제138조제1항제3호에서 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있는바, 여기서 말하는 일체의 부동산등기라 함은 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻하므로, 반드시 그 부동산의 전부가 법인 또는 지점 등의 업무에 사용되어야 하는 것은 아니라 하더라도 그 설립ㆍ설치ㆍ전입과 아무런 관련 없이 취득한 부동산의 등기는 포함되지 않는다 할 것(대법원 1995.4.28. 선고 94누11804 판결, 2001.4.10. 선고 99두1618 판결 등 참조)이라고 하므로, 이 사건 제1토지는 관할관청 관리도로개설 예정부지를 조성하여 기부채납하도록 되어 있고, 이 사건 제2토지도 학교용지법에 따라 의무적으로 조성후 관할교육감에게 매각하여야 하는 사정에서 위 대법원 판례 취지상 이 사건 제1,2토지는 법인의 본점 설립과 관련이 있다고 보는 것은 합리적인 타당성이 없다고 봄이 상당하다고 할 것이어서 처분청이 이 사건 등록세 등을 중과세한 처분은 잘못이 있다고 하겠다.