[청구번호]조심 2011서1923 (2012. 6. 8.)

[세목]법인[결정유형]경정

[결정요지]수탁자가 다른 업체에게 재위탁한 연구개발용역비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보아 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당함

[관련법령] 조세특례제한법 제10조 / 국세기본법 제48조

[참조결정]국심2005서4161 / 조심2009서3678 / 조심2007중5316 / 조심2010서0891

[따른결정]조심2011서1754 / 조심2012서0774 / 조심2012서0627 / 조심2010서3181 / 조심2011서3464 / 조심2011서3503 / 조심2012서0758 / 조심2011서3593 / 조심2010서1139 / 조심2012서0695 / 조심2012서0197 / 조심2011서3494 / 조심2011서3756 / 조심2012서1613 / 조심2011서1234 / 조심2011서2107 / 조심2011서1740 / 조심2011서2480 / 조심2011서3200 / 조심2011서1793 / 조심2011서1358 / 조심2011서0872 / 조심2010서2509 / 조심2011서3504 / 조심2012서0855 / 조심2012서1708 / 조심2012서1277 / 조심2012중1433 / 조심2011서2367

OOO세무서장이 2011.2.11. 청구법인에게 한2007.4.1.～2008.3.31.사업연도 법인세 OOO원 및 2009.4.1.～2010.3.31.사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은

1. 처분청이 청구법인의 차세대 IT시스템 구축과 관련된 연구개발용역비에 대하여 「조세특례제한법」제10조 제1항의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 금액 OOO원(공급가액)에서 OOO주식회사로부터 재위탁 받은 기업 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비(<별지> 참조)는 세액공제 대상으로 하여 해당 사업연도 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 금융업(증권업)을 영위하는 법인으로, 차세대 IT시스템 구축과 관련하여 소프프웨어 개발을 하고자 2007.12.1. OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)와 “OOO(청구법인) 차세대 IT 개발 계약서”를 체결하였으며, 2009.3.31. 동 개발을 완료한 후, 위 소프트웨어 개발용역비를 「조세특례제한법」제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는 것으로 보아 당해 세액공제를 적용하여 2006.4.1.～2007.3.31.사업연도 및 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도에 대한 법인세 OOO원을 환급해 달라는 경정청구를 하였고처분청이 2009.2.20. 동 세액을 환급결정하자, 청구법인은 2008.4.1.～2009.3.31.사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제 OOO원을 이월공제 처리하여 2009.4.1.～2010.3.31.사업연도 법인세 신고시 동 세액을 납부할 세액에서 공제하여 처분청에 신고·납부하였다.

나. 서울지방국세청장은 처분청에 대한 정기감사시 재위탁분에 대한 연구개발용역비는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않으므로 세액공제를 부인하여 현지시정하도록 조치함에 따라 처분청은 재위탁분에 대한 연구개발용역비를 제외하고 세액공제를 재계산하고2009.4.1～2010.3.31.사업연도 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여2011.2.11. 청구법인에게 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도 법인세 OOO원 및 2009.4.1.～2010.3.31.사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.5.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 OOO에 개발을 위탁하고 받은 세액공제는 청구법인만 공제받고 수탁회사는 공제받지 아니하여 이중 공제에 해당하지 아니하고, 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 대하여 「조세특례제한법」제10조 제1항 제2호에서 “해당 과세연도 발생한 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·용역개발비”로 하고 있고, 같은 법 시행령 제9조 제3항에서 “별표6 제1호 나목 및 제2호 가목에 따른 연구개발비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학 등의 기술개발·교육훈련 및 연구개발지원을 위탁함에 따른 비용을 말한다”고 하고 있으며, 청구법인의 경우 별표6의 “1. 기술개발 나. 위탁 및 공동기술개발 ①. ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서”에 해당되어 청구법인은 위 법 조문에 부합하게 개발을 위탁하고 적법하게 세액공제를 받았다.

금융보험업을 영위하는 법인이 연구개발 전담부서를 보유한 법인에게 전산시스템 개발을 위탁하고 당해 개발비용을 지출하는 경우 연구 및 인력개발비에 해당하는 것이고(국세청 예규 서면2팀-1480, 2007.8.9. 등 참조), 연구개발투자는 빠른 증가세를 보이고 있으나 절대 규모 및 연구성과 축적이 선진국에 비해 미흡한 상황이므로 연구개발 투자 촉진을 위해 일몰을 3년 연장하고, 대·중소기업의 연구개발 상생협력을 유도하고 기업이 대학의 연구개발 능력을 활용하여 연구개발수준을 향상시킬 수 있도록 위탁개발비용에 대한 세액공제율을 상향 조정한다는 법률 개정이유 등에 비추어 청구법인으로부터 차세대 IT시스템 개발을 위탁받은 OOO가 그 중 일부를 재위탁하였다 하더라도 재위탁을 받은 회사가 중소기업으로서 그에 상응하는 개발비 지출액은 중소기업에 귀속되었고, 대·중소기업의 연구개발 상생협력을 유도한다는 개정취지에 부합되는 지출이다.

청구법인은 차세대 IT시스템 구축을 위한 정보전략 계획을 수립하고, 사전 PMO를 수행하였으며, 프로젝트를 준비하는 분석단계를 진행하는 등 실질적으로 청구법인이 프로젝트를 주도하였는바, 이는 청구법인으로부터 개발을 위탁받은 OOO와 동 수탁회사로부터 개발을 재위탁받은 제3자 모두 청구법인을 위해 개발 활동을 수행한 것으로 실질과세 원칙의 관점에서 보더라도 「조세특례제한법」에서 규정하는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 봄이 타당하므로 수탁회사가 재위탁한 부분에 대하여 세액공제를 부인하고 법인세 및 가산세를 부과함은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 차세대 IT 시스템개발을 위하여 지출한 연구개발비 금액은 OOO가 직접 용역을 제공한 부분과 재위탁한 제3자의 용역제공분 모두 이중 공제가 아니어서 세법에 부합되는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상이라고 주장하나, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세·감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것이며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합되는 것이다.

조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고 그 범위를 확대하는 것도 바람직하지 못하므로 정책목표 달성에 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 한다.

「조세특례제한법」제10조에서 규정하는 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어서 세액공제를 적용받는 비용은 같은 법 시행령 제9조에서 구체적으로 규정하고 있는바, 같은 법 시행령 제9조 제2항에서 위탁비용의 경우에는 “국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용”으로 규정하고 있다.

따라서, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용이 아니므로 연구 및 인력개발비 세액공제시 제3자에게 위탁한 비용을 제외하고 세액공제를 재계산하여 과세한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자(OOO)가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁한 경우, 이에 상당하는 금액이 「조세특례제한법」제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는지 여부

② 재위탁이 위탁에 포함된다고 볼 경우, 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업에게 재위탁한 비용을 세액공제 대상으로 볼 것인지, 각 연구기관 또는 전담부서에서 직접 수행한 비용을 세액공제 대상으로 볼 것인지 여부

③ 청구법인에게 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 것인지 여부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정된 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1.중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인 : 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

(2) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】②법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

〔별표6〕

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조【기업부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원등”이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다.

(5) 국세기본법 제15조【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

제47조【가산세의 부과】① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법 또는 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다.

제47조의5【납부ㆍ환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 「인지세법」 제8조 제1항의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다.

납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인(갑)과 OOO(을) 간에 체결한 2007.12.1.자 청구법인의 차세대 IT개발 계약서 주요내용에 의하면, 계약금액 OOO원(부가가치세 포함, 제3조), 개발(제5조), 개발산출물의 작성, 납품, 설치(제7조), 검수(제8조), 무상하자 보수(제11조), 계약 및 하자이행(제13조), 손해배상(제14조) 등에 대하여 OOO의 책임으로 약정되어 있고, 수탁자인 OOO가 재위탁할 것인지 여부에 대한 언급은 없다.

(나) 위 (가)의 연구개발용역 계약서에 첨부된 2007.12.1.자 견적서 내용은 <별지>의 가격 제안서 및 금액산출 내역서를 포함하고 있고, 금액산출내역서 상 연구개발용역비 합계 공급가액 OOO원 중 OOO가 직접 연구개발용역을 수행한 부분은 공급가액 OOO원이며, OOO가 중소기업에게 재위탁한 부분은 공급가액 OOO원으로 나타나고, 재위탁받은 기업 중 연구개발 전담부서를 인가받은 기업이 수행한 부분은 공급가액 OOO원이며, 연구개발 전담부서를 두고 있지 아니한 기업이 수행한 부분은 공급가액 OOO원으로 되어 있다.

(다) 처분청이 조사한 청구법인의 연구 및 인력개발비 세액공제 내역은 아래와 같다.

OOO

(2) 처분청 및 청구법인이 우리 원 조세심판관합동회의에 출석하여 추가로 진술한 내용을 요약하면 다음과 같다.

(가) 2012.1.13. 합동회의에서 처분청(국세청 법인세과장)은 「조세특례제한법」상 위탁연구개발비에 대해서만 공제대상으로 규정하고 있을 뿐 재위탁에 따른 연구개발비는 세액공제대상으로 규정하고 있지 아니하고, 기획재정부도 재위탁 비용에 대하여는 세액공제를 적용할 수 없는 것으로 해석하고 있으므로(재조예-844, 2009.9.25. 참조) 재위탁 비용은 세액공제대상이 될 수 없다고 하면서, 설령 재위탁을 위탁에 포함시키더라도「조세특례제한법 시행령」별표6에서 자체연구개발비와 동일하게 위탁연구개발비도 세액공제대상은 연구기관 또는 전담부서로 그 범위를 한정하고 있고, 감사원의 조세정책 및 법규운영실태 특정감사(2011.5.30-6.27.)에서도 위탁 연구개발비용의 경우 수탁기업의 전담부서에서 발생된 비용만 연구개발비 세액공제가 가능하다는 지적이 있었으며 기획재정부도 동일한 의견이고, 감사원의 지적과 관련하여 표본조사를 한 결과 수탁받은 기업의 전담부서에서 용역을 수행한 비용은 총 위탁비용 중 2%에 불과한 것으로 확인되므로, 재위탁 비용이 전담부서에서 발생하였는지, 아니면 비전담부서에서 발생하였는지를 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 과세하여야 한다고 진술하였다.

(나) 2012.3.23. 합동회의시 청구법인(대리인 OOO회계법인 공인회계사 박OOO 등)과 처분청(국세청 법인세과장 등)이 추가 진술한 의견은 다음과 같다.

청구법인은 과세관청이 “연구개발 전담부서를 보유한 기업”에게 기술개발용역을 위탁함에 따라 지급한 비용이 기술 및 인력개발에 대한 세액공제를 적용받을 수 있다고 1992년부터 2011년까지 20년 동안 일관된 유권해석을 하였고(법인22601-1189, 1992.5.30,; 서이46012 -10652, 2001.11.30,; 기획재정부 조예-36, 2005.1.13,; 서면2팀-232, 2005.2.1,; 서면2팀-1779, 2005.11.4,; 서면2팀-2006, 2006.10.4,; 법규-2998, 2007.6.15,; 서면2팀-1480, 2007.8.9,; 서면2팀-1964, 2007.10.31,; 서면2팀-724, 2008.4.17,; 법인-675, 2010.7.14 등 참고), 청구법인을 비롯한 금융기관들은 기존 예규를 신뢰하여 연구개발 전담부서를 보유한 법인에게만(OOO) 용역제안서를 의뢰하였으며, OOO은행의 2001사업연도 연구인력개발비 세액공제 경정청구(환급)와 관련된 2003년 감사원의 서울지방국세청에 대한 감사시에 기획재정부 세제실 담당자가 ‘전담부서를 보유한’으로 해석하는 것이 취지상 맞다는 의견을 제시하여 과세되지 않고 감사가 종결되었다고 하면서, 위의 유권해석에 반하여 전담부서가 직접 위탁용역을 수행하여야 한다는 새로운 해석을 하는 것은 이를 믿은 국민의 신뢰를 침해하게 되며,「국세기본법」상 신의칙 또는 비과세관행에 반하는 위법한 행위(조심2010서891, 2011.01.25,; 국심2005서4161, 2006.06.08,; 감심2011-108, 2011.06.16 등 참고)라고 진술하였고, 또한「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제17조 제1항에서 기업의 전담부서 연구원은 해당기업의 연구업무에만 전념해야 하는 것으로 다른 기업으로부터 위탁받은 업무에 종사하는 것에 대해서는 일부 제약을 두고 있고, 한국산업기술진흥협회 자료에 의하면 기업연구소는 기업의 이익 및 매출을 지원하기 위해 시제품 직전 단계까지의 연구개발활동을 해야 하며, 직접적으로 영리를 추구할 수는 없으므로 수익창출 목적으로 위탁연구를 수행하는 경우는 인정받을 수 없으며, 만약 전담부서가 위탁업무를 수행할 경우 이는 “허위 또는 그 밖에 부정한 방법으로 인정받거나 변경신고한 경우”에 해당되어 전담부서 신고가 취소될 수 있다고 진술하였다.

이에 대하여 처분청은 「조세특례제한법 시행령」별표6에 따르면 자체연구개발비와 동일하게 연구위탁개발비도 세액공제 대상은 연구기관 또는 전담부서로 그 범위를 한정하고 있으므로, 재수탁받은 기업의 전담부서가 아닌 다른 부서에서 용역을 수행하였다면 재위탁 비용은 공제대상 연구개발비에 해당하지 않고,위탁연구개발비의 경우 전담부서에 위탁한 경우에만 세액공제 대상으로 인정하는 해석사례가 다수 존재하고 있으므로쟁점사항에 대해 비과세 관행이 성립되었다고 볼 수 없으며(재조세 46070-310, 1996.10.14,; 서이46012-10196, 2003.01.27,; 서이 46012-11145, 2003.06.13,; 상담2팀-111, 2004.01.30,; 상담2팀-2283, 2006.11.09 등),「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제17조 제1항에서연구전담요원 등은해당 기업의 연구업무 외에 다른업무를 겸할 수 없다고 규정한 것은기업부설연구소가 기업 조직도상 기업의 하부조직으로서기업의 생산, 유통 또는 서비스 등에 필요한 연구개발활동만을 전담하여야 한다는 의미이고, 청구법인이 제출한 한국산업기술진흥협회의 “기업부설연구소 및 연구개발전담부서 신고에 관한 업무편람”도직접적으로 영리를 추구할 수 없다는 의미이지 자체연구활동을 하면서 공동연구나 국책과제 등을 수행하기 위한 위탁과제를 수행할 수 없다는 의미는 아니며(교육과학기술부 기초과학정책과-1316, 2012.3.21.),최근 국세청에서 IT개발에 대한 위탁개발비 세액공제적정여부를 표본 점검한 결과 금융회사의 경우 위탁개발용역을 전담부서에서 수행한 것은 전체비용의 2%에 불과하여 전담부서 외의 부서에서 수행한 연구개발 위탁용역비에 대해 세액공제를 인정할 경우 국세행정 운영상 문제가 있다는 의견이다.

(다) 2012.5.11. 합동회의시 청구법인(대리인 OOO회계법인 공인회계사 박OOO 등)과 처분청(국세청 법인세과장 등)이 추가 진술한 의견은 다음과 같다.

청구법인은 이 건 추가 쟁점(세액공제 대상을 전담부서에서 수행한 비용 만으로 한정하자는 처분청의 추가 의견)의 근거가 된 2011년 감사지적과 관련하여 감사원이 국세청장에게 보낸 공문(재정경제감사국 제4과-776호)에서 “감사원의 처분요구가 있기 전에 자체적으로 신속한 징수결정 고지 등을 할 필요가 있다고 검토되어 미리 알려준다는 감사결과 사실통보”를 하였다가, 2012.4.12. 개최된 감사위원회의에서 위 사실통보 사항이 포함된 “위탁연구인력개발비 세액공제 인정범위에 관한 사항(질문서 발부번호 16, 2011.10.11.)이 불문의결되었다는 불문통지(재정경제감사국 제4과-945호)”를 하였고, 위탁법인과 수탁법인의 기술력 차이 및 전담부서를 보유할 경우 발생하는 법인 비용문제로 인해 위탁법인은 자체연구개발방식 보다 위탁연구개발용역을 선택하고 있는 것이며, 만약 위탁법인이 전담부서를 보유하였다면 자신이 보유한 기술로 연구개발업무를 수행할 수 있고 인력이 부족하다면 신규 채용 또는 부서 이동 등을 통해 자체연구개발 세액공제를 받을 수 있기 때문에 위탁으로 인한 형평성 문제는 발생하지 않고, 수탁법인의 전담부서는 위탁연구개발용역을 수행할 수 없기에 전담부서와 개발부서를 하나로 보아 판단하여야 하며, 그 간의 과세관청의 예규 등도 문언상 ‘연구개발전담부서를 보유한 기업’으로 해석하고 있는 점 등으로 볼 때, 전담부서를 보유한 기업에게 재위탁하여 수행한 용역비는 세액공제대상으로 보아야 한다고 진술하였다.

이에 대하여 처분청은조세법규의 해석은 특별한 사유가 없는 한 법문대로 해석할것이고, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고볼 수있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의원칙에도부합한바(대법원 2003.1.24.선고 2002두9537 판결 외),「조세특례제한법 시행령」별표6 1호 나목에 의하면 위탁 및공동연구개발의 경우 기업의연구기관또는 전담부서에위탁하는연구개발비를 세액공제 대상으로 한다고 명확히 규정하고 있고,자체 연구개발비의 경우 전담부서에서 발생한 비용만 R&D세액공제를 할 수 있는바, 마찬가지로 위탁개발의 경우에도수탁기업의전담부서에서 수행한 것만 세액공제 대상이 되어야 하며,수탁받은 기업의 비전담부서에서 용역을 수행하였다면자체연구개발과 같이 그 비용은 R&D 세액공제 대상이 아니고, 감사원의 불문사항 통지 공문을 보면 불문처리 사유를 명시하지 아니한 것으로 이는 과세관청이 알아서 판단하도록 한 것이며, 연구 및 인력개발비 세액공제는 창의적·창조적 기술개발을 지원하기 위한 것이지 이 건과 같이 단순히 영업활동을 지원하는 것이 아니라는 의견과 이 건의 경우는연구개발 용역을 재위탁받은 기업이 전담부서 외의 부서에서 용역을 전부 수행하였으므로 전담부서를 보유한 기업에 재위탁한 비용 전부를 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외하여야 한다는 의견을 진술하였다.

(3) 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 OOO가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 별지의 금액산출내역서와 같이 재위탁한 경우, 이에 해당하는 비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 볼 것인지, 아니면 세액공제 대상에서 제외하여야 하는지 이에 대하여 본다.

(가) 「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항에서 세액공제 대상을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있다.

(나) 처분청은 위와 같은 조세감면 우대조치는 조세정책상 특혜를 주는 규정이므로 해당 요건을 엄격하게 해석하여야 하고, 이를 문언대로 해석하면 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없다는 의견이다(기획재정부 예규 조세특례제도과-844, 2009.9.25. 참조).

(다) 이 건 연구개발용역과 관련된 2007.12.1.자 청구법인의 차세대 IT개발 계약서에 의하면 개발(제5조), 개발산출물의 작성, 납품, 설치(제7조), 검수(제8조), 무상하자 보수(제11조), 계약 및 하자이행(제13조), 손해배상(제14조) 등에 대하여 수탁자인 OOO의 책임으로 약정되어 있는바,

OOO가 이 건 용역의 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대하여 청구법인이 관여하기는 어렵다고 보이는 점, 금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 「조세특례제한법」제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점,

위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 재위탁의 경우에도 위탁에 포함된다고 보아 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(4) 다음, 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업에게 재위탁한 비용을 세액공제 대상으로 볼 것인지, 각 연구기관 또는 전담부서에서 직접 수행한 비용을 세액공제 대상으로 볼 것인지 이에 대하여 본다.

(가) 처분청은「조세특례제한법 시행령」별표6 1호 나목에 의하면 위탁 및공동연구개발의 경우 기업의연구기관또는 전담부서에위탁하는연구개발비를 세액공제 대상으로 한다고 명확히 규정하고 있으므로 전담부서를 보유한 기업에게 재위탁하였다 하더라도 전담부서에서 수행한 비용에 한하여 세액공제 대상으로 보아야 한다는 의견이다.

(나)1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된「조세감면규제법 시행령」별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세 이전에는 그 간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여 과세하지 아니한 점, 국세청 도 세액공제 대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조),

전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당 기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-1673, 2012.3.12.)하였고,「기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발 비용을 세액공제 대상으로 해석하였던 점(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참조),

동일 건에 대하여 감사원의 2003년 서울지방국세청에 대한 감사(2001사업연도 신한은행 연구인력개발비 세액공제 관련 환급 경정청구)시도 과세되지 않았고, 쟁점②의 근거가 된 감사원의 2011년 조세정책 및 법규실태 특정감사(2011.5.30-6.27.)시 문제 제기된 것에 대하여 2012.4.12. 감사위원회의에서 불문의결 되었다는 통지를 한 점(재정경제감사국 제4과-945) 등을 감안할 때, OOO가 다른 업체에게 재위탁한 연구개발용역비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용(<별지> 참조)은연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보아 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

(4) 마지막, 청구법인에게 가산세를 적용하여 과세한 처분에 대하여 본다.

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없다 할 것이다.

(나) 이 건은 재위탁분에 대하여 세액공제를 적용하여 납부세액을 과소하게 신고한 경우로 당초 납부한 세액을 환급받음과 동시에 환급가산금(OOO원)을 수령하였고, 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 그 납부의무의 이행을 확보하고자 하는 목적 외에도 세법상의 신고기한까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로 청구법인이 미달납부(초과 환급)한 세액에 대하여납부(환급)불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2007중5316, 2008.5.29. 같은 뜻).

4. 결 론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.