국심1999경0118 (1999.10.16)

법인

기각

토지의 양도관련 특별부가세 세액면제신청을 하지 아니한 경우 특별부가세를 면제받을 수 없는 것임

조세감면규제법 제57조【공공사업용 토지등에 대한 양도소득세등 감면】 / 조세감면규제법시행령 제56조의11【5년 이상 업무용으로 사용한 토지등에 대한 특별부가세면제】

심판청구를 기각합니다.

1. 사실 및 처분개요

청구법인은 농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 비영리공공법인으로 1979. 2.27～1980.8.27 취득하여 업무용으로 사용하다가 1993.1.4～11.29 토지개발공사 등에서 경기도 평택시 포승면 OO리 OOOOO외 236필지(도로, 구거) 129,601㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도한 뒤 그에 대한 법인세 특별부가세를 신고납부하지 아니하였다.

처분청은 구 조세감면규제법 제57조 제1항 제2호와 제88조의 2 및 같은 법 부칙 제19조 제2항의 개정규정을 각 적용하여 1993사업연도 특별부가세 산출세액 586,790,017원의 100분의 70에 해당되는 감면세액 410,753,012원을 제외한 세액 176,037,005원에 가산세(과소신고 및 미납부) 152,013,821원을 가산하여 1998.6.13 청구법인에게 1993.1.1～1993.12.31 사업연도 법인세(특별부가세) 328,050,820원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1998.7.7 이의신청, 같은 해 9.14 심사청구를 거쳐 1999.1.7 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 부과처분을 하면서 쟁점토지의 양도를 공공용지에 대한 감면은 인정하되 구 조세감면규제법 제57조의 공공용지의 수용에 따른 감면율인 70%를 적용하였으나, 쟁점토지의 경우 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제1호에 규정된 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시전 사업지역안에 있는 토지 등의 양도에 해당되어 구 조세감면규제법 제57조의 규정에 불구하고 세액전액이 면제되는 것이 타당하다.

(2) 청구법인이 5년 이상 계속하여 업무용으로 직접 사용하다가 공공사업용으로 수용된 쟁점토지는 그 수용보상금으로 농어민지원시설을 이전할 목적으로 양도한 것이므로, 쟁점토지의 경우 구 조세감면규제법 제67조의 13과 개정된 조세감면규제법 제75조 제2항 및 같은 법 부칙 제16조 제2항의 개정규정에 의하여 특별부가세 전액감면대상에 해당됨에도 불구하고 그러하지 아니한 이 건 부과처분은 잘못이 있다.

나. 국세청장 의견

(1) 1992.12.31 이전에 토지수용법 또는 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안의 토지의 양도로 인하여 발생한 소득으로 구 조세감면규제법 제57조의 규정에 의하여 특별부가세가 감면되면서 같은 법 부칙 제19조 제2항의 개정규정에 따라 면제되는 경우에도 같은 법 제88조의 3의 감면의 종합한도 규정이 적용되는 것이므로, 이 건의 경우 산출세액의 100분의 70에 상당하는 금액을 감면한 나머지 세액에 다시 가산세를 계산하여 이 건 특별부가세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

(2) 5년 이상 계속하여 업무용으로 직접 사용한 토지로서 농어민지원시설을 이전하기 위하여 양도하였다 하더라도 3년 이내에 대체취득자산을 새로이 취득하지 아니하는 경우에는 그 토지의 양도에 대한 특별부가세를 면제하지 아니하는 것이며, 또한 3년 이내에 대체취득자산을 취득하여 업무용으로 직접 사용하고 있다고 하더라도 법인세 과세표준과 세액의 신고기한까지 특별부가세 면제신청을 하는 경우에만 구 조세감면규제법 제67조의 13 제4항의 규정에 따라 그 특별부가세를 면제하는 것인바, 법인세 과세표준과 세액의 신고기한까지 특별부가세 면제신청을 하지 아니한 쟁점토지의 경우 위 규정의 적용대상에 해당되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점토지의 양도가 법인세 특별부가세 감면 종합한도 규정의 적용대상에 해당되는 것인지 여부

(2) 법인세과세표준과 세액의 신고기한까지 법인세 특별부가세 면제신청을 하지 아니한 쟁점토지의 양도가 5년 이상 계속하여 업무용으로 직접 사용한 토지로서 농어민지원시설을 이전할 목적으로 양도한 경우에 해당되어 법인세 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 쟁점 1 관련

(가) 구 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 전면 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조【공공사업용 토지등에 대한 양도소득세등 감면】 제1항에 “다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 ‘토지 등’ 이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(생략)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의70(생략)에 상당하는 세액을 감면한다.”고 규정하면서 그 제2호에 “토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득”이라고 규정하고 있고,

같은 법 제88조의 3【특별부가세 감면의 종합한도】에 “법인이 (중략) 제 57조 내지 제60조 (중략)의 규정에 의하여 각 사업연도에 감면받을 특별부가세액의 합계액이 대통령령이 정하는 특별부가세산출세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)의 100분의 70에 상당하는 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 다만, 산출세액의 100분의 70에 상당하는 금액이 3억원이하인 경우에는 이를 3억원으로 한다.”고 규정되어 있다.

(나) 구 조세감면규제법(1992.12.8 법률 제4521호로 개정된 것) 부칙 제19조【양도소득세등 감면에 관한 특례】 제2항에 “제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 소득중 1992년 12월 31일 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 제57조 제1항 및 제66조의 3의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.”고 규정하면서, 제12조【양도소득세등의 감면에 관한 적용례】 제1항 내지 제2항에 “제57조…(중략)…제67조의 13…의 개정규정은 1992년 1월 1일부터 최초로 양도하거나 증여하는 것부터 적용한다.”, “제88조의 2 및 제88조의 3의 개정규정은 이 법 시행(1991.12.27)후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다. 고 각 규정하고 있다.

(2) 쟁점 2관련

(가) 구 조세감면규제법 제67조의 13【5년이상 업무용으로 사용한 토지등에 대한 특별부가세면제】 제1항 및 제4항에 “법인이 5년 이상 계속하여 당해 법인의 업무용(목장용·매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접 사용한 토지등으로서 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다.”, “제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.”고 각 규정되어 있으며,

(나) 구 조세감면규제법시행령(1993.12.31 대통령령 제14084호로 개정되기전의 것, 이하 같다) 제56조의 11【5년 이상 업무용으로 사용한 토지등에 대한 특별부가세면제】 제1항에 “법 제67조의 13 제1항의 규정에 의하여 특별부가세가 면제되는 토지등은 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다.”고 규정하면서 그 제3호에 “재무부령이 정하는 농어민지원시설을 이전할 목적으로 양도하는 경우의 당해토지등”이라고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에 “법 제67조의 13 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 토지등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일부터 3년 이내에 다음 각호의 1에 해당하는 고정자산(이하 이 조에서 ‘대체취득자산’ 이라 한다)을 취득하고 이를 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 경우에 한한다. 다만, 토지등을 양도하기 전에 업무용으로 직접 사용하는 대체취득자산을 취득한 경우에는 그 취득일부터 2년 이내에 토지등을 양도하여야 한다.”고 규정하면서 그 제3호에 “제1항 제3호의 경우에는 재무부령이 정하는 농어민지원시설”이라고 규정되어 있으며,

같은 조 제4항에 “법 제67조의 13 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 토지등의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서에 재무부령이 정하는 양도명세서 및 취득명세(계획)서를 첨부하여 제출하여야 하며, 새로운 대체취득자산의 취득일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 취득명세서 및 양도명세(계획)서를 제출하여야 한다.”고 규정하고 있다.

(다) 구 조세감면규제법시행규칙(1994.4.13 재무부령 제1970호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조의 9【5년 이상 업무용으로 사용한 토지등에 대한 특별부가세면제등】제2항에 “영 제55조의 11 제1항 제3호 및 제3항 제3호에서 ‘재무부령이 정하는 농어민지원시설’ 이라 함은 법 별표 제34호 내지 제36호 및 제40호의 법인과 농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 농지개량조합 및 동조합연합회가 소유하는 토지등으로서 법령이나 정관 또는 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 사업용토지등을 말한다.(단서생략)”고 규정되어 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 1에 대하여

(가) 1993.1.1～1993.12.31 사업연도 쟁점토지의 필지별 양도내역을 살펴보면 경기도 평택시(시·군 통합으로 평택군이 평택시로 행정구역 변경, 이하 같다) 포승면 OO리 OOOOO외 55필지(지목 : 도로, 이하 “가 필지”라 한다)를 1. 4 해군본부, 같은 면 OO리 OOOOO외 95필지(지목 : 구거, 이하 “나 필지”라 한다)는 7. 24(OO리 O OOOO은 7.23) 토지개발공사, 현덕면 OO리 OOOO외 76필지(지목 : 도로, 일부 필지는 구거, 이하 “다 필지”라 한다)는 11. 29 서울지방국토청장, 장안면 OO리 OOOOO(지목 : 구거)는 9.11 화성군수, 포승면 OO리 OOOO(지목 : 도로)는 9.25 해군본부, 같은 면 OO리 OOOOO (지목 : 구거)는 10.14 토지개발공사 등에게 각 매도한 사실을 알 수 있고,

그 중 “가”필지는 건설부고시 제OOOOOOO호(사업시행자는 해군본부, 건설부장관, 대한민국정부관보 제OOOOO호)로 산업입지 및 개발에 관한 법률 제17조의 규정에 의거 1992.3.4, “나”필지는 건설부고시 제OOOOOOOO호 〔사업시행자는 토지개발공사, 건설부장관, 대한민국관보 제OOOOO호(그5)〕로 산업입지 및 개발에 관한 법률 제17조의 규정에 의거 1992.12.31, “라”필지는 서울지방국토관리청장고시 제OOOOOOOO호(1999.7.13 공공용지 편입 확인원)로 도로구역결정(변경)고시에 의거 1992.11.17, 기타 필지 중 장안면 OO리 OOOOO는 화성군고시 제OOOOOOO호(사업시행자는 화성군수, 대한민국정부관보 제OOOOO호)로 도로법 제25조의 규정에 의거 1992.5.8 각 사업인정고시된 내역이 나타나는 반면 나머지 필지들의 사업인정고시일은 인정할 수 있는 증빙자료의 제시가 달리 없는 점 및 청구법인은 토지개발공사에 공공용지로 편입된 “나”필지에 대한 양도대금은 토지수용법 제45조 제5항에 규정된 유가증권인 토지개발채권으로 받은 반면 다른 필지는 금원으로 수령한 사실 등이 각 확인된다.

(나) 청구법인은 구 조세감면규제법 부칙 제19조 제2항의 규정에 의하여 1992년 12월 31일 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지에 해당되는 사실이 확인되는 “가”필지, “나”필지, “라”필지 및 장안면 OO리 OOOOO 등 158필지의 경우 같은 법 제57조 제1항의 개정규정에 불구하고 특별부가세를 전액 면제하는 것이므로 같은 법 제88조의 3의 특별부가세 감면의 종합한도 규정에 불구하고 같은 법 제57조 제1항 단서에 규정된 감면(100분의 70) 규정이 아니라 전액 감면 규정이 적용되어야 한다고 주장하고 있으나,

(다) 구 조세감면규제법 제57조 제1항과 같은 법 부칙 제19조는 공공사업용 토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대한 특별부가세의 감면비율에 관한 규정들이고 같은 법 제88조의 3은 특별부가세 감면의 종합한도액을 설정한 규정으로서 각기 입법목적과 규율하는 사항을 달리하는 것이므로 양자는 일반법과 특별법의 관계 또는 우선 적용관계가 있는 것이 아니라 각기 별도로 적용되는 것이고, 한편 같은 법 부칙 제19조는 그 내용이나 규정방식 및 체제 등으로 보아 같은 법 제57조 제1항에 의하여 감면되는 경우 중 일정한 요건에 해당하는 경우에 있어서의 감면비율에 관한 적용례를 규정한 것으로서 근본적으로는 공공사업용 토지 등에 대한 특별부가세 등의 감면을 규정한 같은 법 제57조 제1항에 의한 감면의 한 모습에 불과하고 같은 법 제57조 제1항 등과는 별도의 특별부가세의 면제에 관한 근거규정이 되는 것은 아니라고 할 것이어서, 같은 법 제88조의 2 소정의 특별부가세 감면 종합한도의 적용대상으로 같은 제57조에 의한 감면의 경우가 포함되어 있는 이상 같은 법 부칙 제19조에 의한 면제의 경우도 특별부가세 감면 종합한도의 적용대상이 된다(대법 94누 6741, 1995.9.26 / 국심 95부 2810, 1996.4.15외 다수 같은 뜻임) 할 것이다.

(라) 그렇다면 쟁점토지의 양도에 대하여 특별부가세 산출세액의 100분의 70에 상당하는 금액만을 감면하고 또한 특별부가세과세표준 및 세액을 신고하지 아니한 청구법인에게 과소신고 및 미납부가산세를 가산하여 이 건 법인세 특별부가세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점 2에 대하여

(가) 청구법인은 5년 이상 계속하여 직접 사용하다가 공공사업용으로 수용되어 그 보상금으로 농어민지원시설을 이전할 목적으로 양도하고 3년 이내에 대체취득자산을 취득한 쟁점토지의 경우 그에 대한 세액감면신청서를 제출하지 아니하였으나 그 신청서의 제출은 단순히 과세관청의 특별부가세과세표준과 세액결정에 대한 협력의무를 규정한 것에 불과하므로 구 조세감면규제법 제67조의 13과 개정된 조세감면규제법 제75조 제2항 및 같은 법 부칙 제16조 제2항의 개정규정에 의하여 특별부가세 전액감면대상이라 주장하면서, 대체자산의 취득과 관련하여 그 증빙으로 1993 및 1994사업연도 신규농어민 지원시설 대체현황, 취득자산현황자료 및 부속서류로 신규 농어민 지원시설 투자내역서(1993사업연도～1995사업연도), 농업용양수장 지원시설 투자내역(1993사업연도～1994사업연도), 농업생산기반시설(건축물, 전기기계) 취득현황 및 농업생산기반시설부지 용지매수대장과 쟁점토지 양도대금(보상금)의 구체적인 사용내역이 나타나는 일반회계 제4회 추가경정(자체)예산 수입지출예산서(1994.12.27)를 제출하고 있으나,

(나) 구 조세감면규제법 제67조의 13 제1항 및 제4항과 같은 법 시행령 제56조의 11 제1항 제3호 및 제3항 제3호 그리고 제4항 등의 관련규정에 의하면 법인이 5년 이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지등으로서 농어민 지원시설을 이전할 목적으로 당해 토지등을 양도하고 그 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일부터 3년 이내에 농어민지원시설을 위한 대체취득자산을 취득하고 이를 당해 법인의 업무에 직접 사용한 경우에 한하여 특별부가세를 면제하되, 이 경우에도 특별부가세를 면제받고자 하는 당해 법인이 토지등의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서에 재무부령이 정하는 양도명세서 및 취득명세(계획)서를 주소지 관할세무서장에게 제출한 경우에 한하여 특별부가세 면제규정을 적용한다고 규정되어 있는바, 그렇다면 주소지 관할세무서장에게 쟁점토지의 양도관련 특별부가세 세액면제신청을 하지 아니한 이 건의 경우 특별부가세를 면제받을 수 없다(대법 93누 11777, 1994.1.25 / 국심 96서 2388, 1996.12.31외 다수 같은 뜻임)고 할 것이고 따라서 청구법인이 쟁점토지를 양도한 후 3년 이내에 농어민지원시설용 대체취득자산을 취득한 내역에 관하여 별도로 심리할 필요없이 위 법규정이 특별부가세 면제를 받기 위한 절차적 요건을 규정한 것이 아니라 조세행정의 편의를 위한 절차규정으로 납세의무자의 관세관청의 과세표준과 세액의 결정을 위한 단순한 협력의무를 부과한 것에 불과하다는 청구주장은 이를 받아들일 수 없다.

라. 결 론

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 모두 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.