국심2005구0953 (2006.12.12)

양도

취소

고용인이 소속 근로자에게 사원주택을 신축분양한 경우에도 조세특례제한법 제99조의3의 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있음

조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 / 조세특례제한법시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

OO세무서장이 2004.11.5. 청구인에게 한 2004년 귀속 양도소득세 1,293,090원의 부과처분은 이를 취소합니다.

1. 처분개요

청구인은 OO OOO OO OOO OOOOO번지외 6필지 OO빌라 OOOO OOO호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2001.12.5. OOOOOO주식회사로부터 분양받아 2004.7.26. 청구외 강OO에게 양도한 후 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의3의 규정에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면대상에 해당되는 것으로 보아 2004.8.12. 양도소득세 과세표준예정신고시 산출세액 1,679,820원을 전액 감면신고하였으나, 처분청은 쟁점주택이 위 규정에 의한 양도소득세 감면대상에 해당되지 아니한다고 보아 청구인이 감면신고시 납부한 농어촌특별세 335,960원을 기납부세액으로 공제하고, 2004.11.5. 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 1,293,090원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2004.12.27. 이의신청을 거쳐 2005.2.23. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

주택법(2003.5.29. 주택건설촉진법이 주택법으로 전문개정되었다)상 근로자를 고용하는 고용자와 주택조합은 동법 적용상 같은 지위에 있다 할 것이므로 주택법에 의한 주택조합을 통하여 취득하는 신축주택의 양도에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호의 규정에 따라 그 양도소득세를 감면하는 것과 동일하게 고용자가 소속 근로자에게 제공하는 신축주택의 양도소득의 경우에도 같은 법 규정을 적용하여 양도소득세를 감면하는 것이 법 적용상 합리적이며 형평성을 갖는다 할 것이므로 쟁점주택의 양도는 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호에 의거하여 양도소득세가 감면되어야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점주택은 OOOOOO주식회사가 사원용 아파트를 보급하기 위하여 OO건설주식회사를 수급인으로 하여 건설후 사원에게 분양한 것으로서 OOOOOO주식회사를 주택건설사업자 또는 주택법에 의한 주택조합으로 볼 수 없으므로 쟁점주택의 양도에 대하여 양도소득세를 부과한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

고용인이 소속 근로자에게 사원주택을 신축 분양한 경우에도 조세특례제한법 제99조의 3 제1항에 의거하여 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

<2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것 >

(1) 조세특례제한법 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 신축주택취득기간 이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

<2005.2.19. 대통령령 제18704호로 개정되기 전의 것 >

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 지역 이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정 고시된 분당 일산 평촌 산본 중동 신도시지역을 말한다.

④ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택" 이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 대통령령이 정하는 조합원 이라 함은 도시 및 주거환경정비법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

<2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 것 >

(3) 조세특례제한법 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (이하 생략)

<2002. 12. 11 법률 제6762호로 개정된 것 >

(4) 조세특례제한법 부칙 제1조 【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조의 2 제3항 제1호 단서, 제94조 제4항, 제145조 및 제146조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제106조의 3의 개정규정은 2003년 7월 1일부터 시행하며, 제126조의 2의 개정규정은 2002년 12월 1일부터 시행한다.

<2002. 12. 11 법률 제6762호로 개정된 것 >

(5) 조세특례제한법 부칙 제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

<2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것 >

(6) 조세특례제한법 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (이하 생략)

<2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것 >

(7) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

<2002. 10. 1. 대통령령 제17751호로 개정되기 전의 것 >

(8) 소득세법 시행령 제156조 【고급주택의 범위】법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

(9) 주택법 제2조 (용어의 정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

9. "주택조합"이라 함은 다수의 구성원이 주택을 마련하거나 리모델링하기 위하여 결성하는 다음 각목의 조합을 말한다.

가. 지역주택조합 : 동일한 특별시·광역시·시 또는 군(광역시의 관할구역에 있는 군을 제외한다. 이하 같다)에 거주하는 주민이 주택을 마련하기 위하여 설립한 조합

나. 직장주택조합 : 동일한 직장의 근로자가 주택을 마련하기 위하여 설립한 조합

다. 임대주택조합 : 주택을 임대하고자 하는 자가 임대주택을 건설 또는 매입하기 위하여 설립한 조합

라. 리모델링주택조합 : 공동주택의 소유자가 당해 주택을 리모델링하기 위하여 설립한 조합

(10) 주택법 제10조 (공동사업주체) ②제32조의 규정에 의하여 설립된 주택조합(리모델링주택조합을 제외한다)이 그 구성원의 주택을 건설하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 등록사업자(지방자치단체·대한주택공사 및 지방공사를 포함한다)와 공동으로 사업을 시행할 수 있다. 이 경우 주택조합과 등록사업자를 공동사업주체로 본다.

③고용자가 그 근로자의 주택을 건설하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 등록사업자와 공동으로 사업을 시행하여야 한다. 이 경우 고용자와 등록사업자를 공동사업주체로 본다.

④제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공동사업주체간의 구체적인 업무·비용 및 책임의 분담 등에 관하여는 대통령령이 정하는 범위안에서 당사자간의 협약에 따른다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 공사도급계약서(2000.12.29.)·OO빌라 2차 분양계약서(2001.11.9.)·쟁점주택 매매계약서(2004.7.26.)·등기부등본 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, OOOOOO주식회사가 OOOO주식회사에 도급을 주어 건설한 쟁점주택(면적 84.986㎡)에 대하여 청구인이 2001.11.9. OOOOOO주식회사와 분양계약을 체결하였고, 2001.12.5. OOOOOO주식회사로부터 쟁점주택을 분양받았으며, 2004.7.26. 강OO에게 이를 53백만원에 양도한 사실이 확인되고, OOOO주식회사가 발급한 재직증명서(2005.1.7.)에 의하면 청구인은 1978.1.6. 입사하여 2004.3.12. 현재 같은 회사의 상무대우 직위에 있는 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 이의신청 및 심판청구를 통하여 청구인이 양도한 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 따라 과세특례가 적용되는 주택신축사업자 또는 주택조합으로부터 취득한 신축주택에 해당한다고 주장하고 있고, 처분청은 이에 대하여 OOOO주식회사를 주택건설사업자 또는 주택법에 의한 주택조합으로 볼 수 없으므로 쟁점주택은 과세특례 적용대상이 아니라고 주장하고 있다.

(3) 살피건대, 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제1호 및 제2호는 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있는 신축주택의 범위를 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(제1호) 또는 자기가 건설한 신축주택(제2호)으로 규정하면서 주택법에 의한 주택조합을 통하여 취득한 신축주택을 포함하도록 규정하고 있고, 주택법 제2조 제9호는 다수의 구성원이 주택을 마련하거나 리모델링하기 위하여 결성하는 조합을 주택조합으로 규정하고 있으며, 같은 법 제10조 제3항은 고용자가 그 근로자의 주택을 건설하는 경우에는 등록사업자와 공동으로 사업을 시행하여야 하고 이 경우 고용자와 등록사업자를 공동사업주체로 보도록 규정하고 있음에 비추어 OOOOOO주식회사를 주택조합으로 볼 수는 없겠으나 소속 근로자의 주택을 건설하는 등록사업자와 공동으로 사업을 시행하는 공동사업주체로서 이 범위내에서는 OOOOOO주식회사를 주택건설사업자로 보아도 무리가 없는 것으로 보인다.

(4) 또한, 조세특례제한법 제99조의 3은 그 밖에 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용조건으로서 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.) 및 고급주택(전용면적 165㎡ 이상이고 양도당시 실지거래가액이 6억원 초과일 것) 여부 등을 규정하고 있으나 청구인은 2001.11.9. 쟁점주택에 대한 분양계약을 체결하여 2001.12.5. 쟁점주택을 분양받았고, 쟁점주택의 면적은 84.986㎡, 매매대금은 53백만원으로서 쟁점주택은 과세특례를 위한 다른 조건을 충족하고 있으며, 같은 조 제1항은 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득세의 100분의 100을 감면하도록 규정하고 있는 바, 쟁점주택의 양도일은 2004.7.26.이므로 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 조세특례제한법 제99조의 3 규정에 따른 양도소득세 감면을 배제하고 청구인에게 과세한 당초 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.