1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 ‘B'라는 상호로 의약품 수출입업을 영위하는 사업자로서, 2007. 9. 10. 주식회사 중외홀딩스(이하 ‘중외홀딩스’라 한다)와 사이에 의약품 수출대행계약을 체결하였다.

나. 원고는 중외홀딩스로부터 의약품을 공급받아 러시아, 우즈베키스탄, 카자흐스탄 등 해외 거래처에 의약품을 공급하고, 2008년 1기부터 2010년 2기까지의 부가가치세 과세기간(이하 ’이 사건 과세기간‘이라 한다) 동안 수출대금에서 중외홀딩스에게 지급할 물품대금, 해외중개인에게 지급할 해외중개수수료를 제하고 남은 금액을 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 부가가치세법‘이라 한다) 제11조 제1항 제1호에 따른 수출하는 재화의 공급대가로 보아 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였다.

다. 금천세무서장은 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 원고가 이 사건 과세기간 동안 해외 거래처에게 의약품을 공급한 거래(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)는 원고가 내국법인인 중외홀딩스에 수출대행용역을 제공한 것으로 국내용역거래였다는 사실을 확인하고, 관련 경정결의서를 피고에게 통보하였다. 라.

피고는 2013. 6. 14. 원고에게 이 사건 물품의 공급에 대하여 영세율 적용을 배제하여, 2008년 1기분 부가가치세 16,349,510원, 2008년 2기분 부가가치세 22,897,550원, 2009년 1기분 부가가치세 109,867,350원, 2009년 2기분 부가가치세 91,880,990원, 2010년 1기분 부가가치세 104,745,540원, 2010년 2기분 부가가치세 11,992,940원을 경정고지하였다.

마. 원고는 각 처분에 불복하여 중부지방국세청장에게 이의신청을 제기하였고, 중부지방국세청장은 2013. 10. 25. '원고가 중외홀딩스와의 거래에 대하여 영세율 적용 여부와...