기술개발준비금 계산 적정 여부

구 조세감면규제법상 기술개발준비금 손금으로 계상하는 때에는 열거된 업종의 다른 사업을 겸영하고 있는 경우, 기준이 되는 법인의 소득금액이란 그 총수입금액을 의미한는 것임

결정 내용은 붙임과 같습니다.

피고가 원고에 대하여, 1992. 8.7 .자로 한 법인세 금99,539,910원 및 방위세 금24,884,970원의 부과처분 및 같은 해 9.에 한 가산세 금35,534,550원의 부과처분을 취소한다. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

원고는 제조, 판매업 등을 영위하는 법인으로서, 1990사업년도의 법인세신고를 함에 있어 구조세감면규제법 제16조제1항제1호(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것: 이하 같다) 에 의하여 원고법인의 총소득금액 금1,725,357,288원(제조업의 소득금액은 금54,401,838원, 판매업 등의 소득금액은 금1,725,357,288원)의 20퍼센트에 상당한 금350,071,458원을 기술개발준비금으로 계상하여 손금처리하였으나, 피고는 원고의 총소득금액 중에서 제조업만의 총 소득금액 금54,401,838원의 20퍼센트에 해당하는 금10,880,368원만을 기술개발준비금으로서 손금에 산입할 수 있다 하여 이를 넘는 금339,191,090원에 관하여는 손금산입을 부인하고, 익금가산하여 이에 따라 법인세 등을 산출하고, 1992. 8. 7.자로 원고에 대하여 법인세 금99,539,910원 및 방위세 금24,884,970원의 부과처분을 한 후, 원고가 위와 같이 법인세 등을 미신고, 미납부하였다는 이유로 같은 해 9. 가산세 금35,534,550원의 추징부과처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

구조세감면규제법 제16조제1항제1호 에 의하면, 제조업, 광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국법인이 기술의 개발 또는 혁신에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 기술개발준비금을 손금으로 계상하는 때에는 당해 과세년도수입금액에 1000분의 15를 곱하여 산출한 금액과 당해 과세년도 소득금액의 100분의 20에 상당하는 금액 중 많은 금액을 손금에 산입한다고 규정되어 있는바, 이와 같은 규정은 과세특례를 부여하는 예외규정으로서 과세형평의 원리에 따라 엄격하게 해석되어야 할 것이지만, 위 규정의 취지는 제조업을 영위하는 내국법인의 기술혁신과 개발을 위한 투자를 가능한 한 많이 늘리기 위하여 그에 대하여 세제상의 혜택을 주는 특례를 인정한 것이라 보이고, 위 규정의 문언상으로도 제조업 이외의 사업을 겸업하는 법인의 경우에 특히 손금에 산입되는 기술개발준비금액의 산출기준이 되는 당해 과세년도의 소득금액은 제조업에 의한 소득금액만을 의미한다는 제한이 없고 특히 소득금액의 계산에 관한 구분경리의 규정도 없는 만큼, 그 입법취지나 규정문언에 비추어 손금산입의 대상이 되는 기술개발준비금의 액수를 정하는 기준이 되는 법인의 소득금액이란 그 총 소득금액을 의미하는 것이고, 그 중에서 제조업만의 소득금액이라고 볼 수는 없으므로(재무부 법인 1264.21-3962, 1982. 11. 25. ; 법인 1264.21-1042, 1983. 3. 30. ; 법인 22601-2576 1987. 9. 22. 참조 : 다만 조세감면규제법의 개정 후의 신법에 의하면, 기술개발준비금의 손금산입범위에 관하여 수입금액기준만 남고 소득금액기준은 삭제되었는데, 그에 따라 재무부 법인 22631-313, 1991. 3. 7.에 의하여 제조업만의 수입금액을 기준으로 하는 것으로 변경되었다), 이와는 반대의 취지에서 제조업만의 소득금액의 20퍼센트에 해당하는 금액을 기술개발준비금으로서 손금에 산입할 수 있다 하여 이를 넘는 금액에 관하여는 손금산입을 부인하고 익금가산하여 이에 따라 법인세 등을 산출한 피고의 조치는 위법하고, 이에 부합하는 원고의 주장은 이유있다.

그렇다면, 피고가 원고에 대하여 한 위 법인세 등 부과처분이 위법하다 하여 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 가산세부분에 대한 신의칙위반에 관한 나머지 주장에 관하여 더 나아가 판단할 필요도 없이 정당하므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.