조심2012전4341(2013.09.09)

쟁점 추가공사비 부분을 토지에 대한 자본적 지출 부분으로 볼 수 있는지 여부

이 사건 쟁점공사비의 성격과 필요경비의 입증책임원리 등을 고려할 때, 이 사건 쟁점 공사비를 원고의 양도소득세 산정시 필요경비로 할 수 있는지 여부는 입증되지 아니하였음

구소득세법 제97조, 동법 시행령 제163조

2014구합125 양도소득세부과처분취소

김KK

◇◇세무서장

2014. 7. 10.

2014. 8. 14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2012. 5. 1. 원고에게 한 2009년 귀속 양도소득세 112,261,900원(가산세 포함)

의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 10. 15. AA시 BB면 CC리 482 전 653㎡, 같은 리 495-2 공장용지 1,323㎡, 같은 리 495-5 공장용지 989㎡, 같은 리 495-6 공장용지 162㎡, 같은 리 495-9 공장용지 480㎡, 같은 리 495-12 공장용지 808㎡ 등 총 6필지 토지 합계 4,415㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다) 및 그 지상 공장건물 2동을 취득하였다. 나. 원고는 2004. 8. 28. 이 사건 토지 상에 지하 1층, 지상 4층의 의료시설(이하 '이 사건 건물'이라 한다)의 신축허가를 받은 다음, 2004. 10.경 JJ종합건설 주식회사 (이하 'JJ종합건설'이라 한다)와 도급금액 51억 원에 이 사건 건물의 신축공사계약을 체결하여 공사를 진행하였으나, 2005. 2.경 기성중도금 지급과 관련된 분쟁이 발생하여 공사를 중단하였다.

다. JJ종합건설은 2005. 3. 4. 이 사건 토지에 관하여 채무자를 원고, 채권최고액을 9억 9,000만 원으로 하여 근저당권설정등기를 경료하였는데, 원고는 2006. 4. 24. TT상호저축은행으로부터 이 사건 토지를 담보로 25억 원을 대출받은 다음 토마토 상호저축은행에게 채무자를 원고, 채권최고액을 37억 5,000만 원으로 하는 근저당권설정등기를 경료하여 주었으며, JJ종합건설은 2006. 4. 27. 위 근저당권설정등기를 말소하였다.

라. 이후 원고는 JJ종합건설과 체결한 이 사건 건물의 신축공사계약을 해지한 다음, 2006. 4. 17. HH토건 주식회사(이하 'HH토건'이라 한다)와 도급금액 50억 1,120만 원에 이 사건 건물의 신축공사계약을 새로 체결하였고, 2006. 5. 29.경 건축주 명의를 HH토건으로 변경하였으며, HH토건에게 공사비를 담보하기 위하여 이 사건 토지 날짜 지출내역 금액(원) 지급처 04-11-18 현장컨테이너BOX 이송료 300,000 고승복에 관한 소유권이전청구권가등기를 설정하여 주었다. HH토건은 이 사건 건물을 완공한 다음 2007. 2. 9. 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 경료하였다.

마. 한편 이 사건 토지 및 건물에 관하여 각 강제경매절차가 개시되어 주식회사 토마토상호저축은행이 2009. 1. 28. 이 사건 토지의 소유권을 취득하였고, 최호덕이 2009. 4. 2. 이 사건 건물의 소유권을 취득하였는데, 원고는 이 사건 토지의 양도와 관련하여 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

바. 피고는 2012. 5. 1. 원고에게 이 사건 토지의 취득가액을 환산가액인 8억 736만 원으로, 양도가액을 경락가액인 23억 2,533만 원으로 보아 2009년 귀속 양도소득세 629,263,760원을 결정・고지하였다가, 원고의 2012. 7. 3.자 이의신청을 일부 받아들여 2012. 8. 6. 이 사건 토지의 취득가액을 환산가액이 아닌 실거래가액인 14억 9,000만 원으로 보고, 취득세 등 기타 필요경비로 3,948만 원을 인정하여 원고에게 고지된 2009년 귀속 양도소득세 중 304,743,700원을 감액・경정하여 324,520,067원을 부과하였다.

사. 원고는 피고의 위 양도소득세 부과처분에 불복하여 2012. 9. 28. 조세심판원장에게 심판청구를 제기하였고, 조세심판원장은 2013. 9. 9. 재조사결정을 하였으며, 피고는 2012. 11. 30. 아래 <표 1> 기재와 같이 이 사건 토지에 대한 자본적 지출에 따른 필요경비를 추가로 인정하여 원고에게 고지된 2009년 귀속 양도소득세 중 233,546,106원을 감액・경정하여 90,973,961원을 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

<표 1> 04-12-07 안전지도수수료 1,780,000 OO안전기술단 04-12-10 구건물철거공사비 28,000,000 OOOO(주) 04-12-24 토공사대금 437,000,000 OO건설(주) 04-12-30 고용보험료 1,649,530 근로복지공단 04-12-30 산재보험료 4,776,540 근로복지공단 05-02-20 현장직원식비, 회식비 2,750,000 OO식당 외 05-02-28 각종 공과금 1,880,320 임시전력, 전기안전검사 포함05-02-28 직원급여(8명) 46,761,200 05-02-28 지하수개발비용 1,827,800 OO공영(주) 05-02-28 잡철물대금 2,707,530 공신사, 만석, 송추건재 외 05-02-28 안전용품구입비 522,500 OO안전 05-02-28 기타경비 7,567,900

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 5호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 병원을 신축・운영하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였는바, 이 사건 토지 상에 있던 공장을 철거하고 이 사건 건물을 신축하기 위하여 JJ종합건설과 이 사건 건물의 신축공사계약을 체결한 다음, 공장 철거 및 부지조성공사를 진행하던 중 기성중도금 지급과 관련된 분쟁이 발생하여 공사가 중단되었고, JJ종합건설에게 공사가 진행된 부분에 대한 공사비 9억 9,000만 원을 담보하기 위하여 이 사건 토지에 관한 근저당권을 설정하여 주었으며, 이후 JJ종합건설과의 계약을 해지한 다음 혜성 토건과 새로 이 사건 건물의 신축공사계약을 체결하여 건물신축공사를 진행하였는바, 원고가 JJ종합건설에게 지급한 공사비 9억 9,000만 원은 전액 이 사건 건물이 아닌 날짜 지출내역 금액(원) 지급처 05-02-28 차용금 3억 원-이자(원고가 토지매입대금 중 일부 OOOO건설로부터 차용한 데 대한 이자) 7,560,000 05-01-05 목공사가지급금 70,000,000 OO건설 05-01-05 철근콘크리트공사가지급금 50,000,000 OO개발 05-01-05 판넬임대료계약금 40,000,000 OOOO 05-01-10 설비공사가지급금 100,000,000 OOENG 05-01-10 전기공사가지급금 70,000,000 OOENG 05-01-15 콘크리트대금 5,447,380 OO레미콘(주) 05-01-20 철근대금가지급금 30,000,000 OOOO(주) 05-01-25 미장방수공사가지급금 40,000,000 OOO미장 05-02-20 경량철골공사 가지급금 35,000,000 OO종합건재 05-02-28 전기안전관리 수수료 140,000 OOOO안전(주) 05-03-03 근저당권설정비용(원고가 JJ종합건설에 설정해 준 근저당권 관련 비용) 4,329,300 OOO법무사 이 사건 토지에 대한 자본적 지출로서 필요경비로 인정되어야 한다. 그런데 피고는 그 중 위 <표 1> 기재 부분만을 이 사건 토지에 대한 자본적 지출로 인정하고, 아래 <표 2> 기재 부분은 이 사건 건물에 대한 자본적 지출로 보아 이 사건 처분을 하였는바, 이는 처분의 전제가 되는 사실관계를 잘못 적용한 것으로서 위법하다.

<표 2>

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1 항 제2호, 구 소득세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것) 제163조 제3항에 따르면, 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 자본적 지출액 등으로서 양도자산의 용도변경・개량 또는 이용편의를 위하여 지출된 비용 등과 이에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것이고, 위 시행령의 위임을 받은 구 소득세법 시행규칙(2009. 4. 14. 기획재정부령 제71호로 개정되기 전의 것) 제79조 제1항은 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용(제2호), 토지이용의 편의를 위하여 당해 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비(제3호), 이와 유사한 비용(제6호) 등을 필요경비로 규정하고 있다.

한편 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담한다. 그러나 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 할 것이다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참조). 2) 이 사건에 관하여 보건대, 우선 원고가 이 사건 토지에 대한 자본적 지출로서 지출하였다고 주장하는 위 <표 2>의 지출내역 중 원고가 이 사건 토지를 매입하기 위하여 JJ종합건설로부터 차용한 금원에 대한 이자나 JJ종합건설에 대한 공사비를 담보하기 위하여 설정한 근저당권의 설정비용은 이 사건 토지의 용도변경・개량 또는 이용편의를 위하여 지출된 비용 내지 이에 준하는 비용이라고 볼 수 없으므로 이 사건 토지에 대한 자본적 지출이라고 볼 수 없다.

또한 앞서 본 바와 같이 이 사건 건물은 지하 1층, 지상 4층으로 구성되어 있고, 원고가 JJ종합건설에게 공사비로 지급한 9억 9,000만 원 중 이 사건 토지에 대한 자본적 지출로 인정될 수 있는 기존 공장 철거 공사비, 토공사대금 등은 이미 피고가 위 <표 1> 기재와 같이 이 사건 토지에 대한 자본적 지출로 인정하였는바, 그 외 <표 2>의 나머지 지출내역인 목공사 가지급금, 판넬임대료 계약금, 설비공사 가지급금, 전기공사 가지급금, 미장방수공사 가지급금, 경량철골공사 가지급금, 전기안전관리 수수료는 모두 이 사건 건물의 부지 조성만을 위하여 지출된 것이 아니라 이 사건 건물 지하층의 신축공사 비용의 일환으로 지출된 것으로 보이고, 원고가 제출한 증거만으로는 위 각 공사의 구체적인 내용이 그 내역에 불구하고 이 사건 건물의 부지 조성만을 위하여 지출된 것으로서 토지의 용도변경・개량 또는 이용편의를 위하여 지출된 비용 내지 이에 준하는 비용으로 지출된 것이라고 보기 어렵다.

따라서 피고가 위 <표 2> 기재 각 지출내역이 이 사건 토지에 대한 자본적 지출에 해당하지 아니한다고 보아 이 사건 처분을 한 것은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.