[청구번호]조심 2013전2881 (2015. 6. 29.)

[세목]법인[결정유형]경정

[결정요지]청구법인은 「증권거래법」에 따라 피합병법인의 가치를 평가하고, 그 결과 장차 초과수익을 올릴 수 있다고 보아 피합병법인에게 합병대가(신주)를 지급하고 그 대가에서 피합병법인으로부터 승계한 순자산의 공정가액을 공제한 금액을 쟁점영업권으로 인식한 것으로 나타나는 점,청구법인에게 납부의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없으나,20XX사업연도 법인세 미납부세액 중 20XX 및 20XX사업연도 법인세로 초과납부된 세액은 미납일수를 실제로 납부된 기간으로 계산하는 것이 합리적인 점 등에 비추어납부불성실가산세를 경정하는 것이 타당함

[관련법령] 법인세법 제16조 / 법인세법 제17조

[참조결정]국심2005서3477 / 조심2013서1650 / 조심2013부2198 / 조심2012서1285 / 국심2005서2974 / 조심2014중1979 / 조심2014서0336

[따른결정]조심2014서4132

OOO장이 2013.3.22. 청구법인에게 한 2007사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 과소납부한 2007사업연도 법인세 OOO원(본세)의 납부불성실가산세를 계산함에 있어 2009.3.31. 납부한 OOO원의 미납일수를 2008.4.1.부터 2009.3.31.까지로 하고, 2011.3.31. 납부한 OOO원의 미납일수를 2008.4.1.부터 2011.3.31.로 재계산하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 및 반도체 제조장비 제작, 태양전지용 잉곳 및 웨이퍼 생산 등을 주요사업으로 영위하는 상장법인으로서, 2007.10.26. 합병기일로 하여 비상장법인인 ㈜OOO(이하 “피합병법인”이라 한다)을 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다) 하였으며, 쟁점합병시 청구법인은 영업권 OOO원(이하 “쟁점영업권”이라 한다)을 계상하였으나, 세무상 감가상각 대상 영업권에 해당하지 않는 것으로 보아 세무조정하여 2007사업연도 법인세를 신고하였고, 2008～2012사업연도에는 영업권 상각액 및 감액손실액을 손금불산입(유보)하고 국제회계기준에 따른 영업권 증가액을 익금불산입(유보)하였다.

나. 처분청은 쟁점영업권이 2007사업연도 합병평가차익으로 법인세 과세대상이며, 「법인세법」상 상각대상 자산으로서 2007사업연도에 익금으로 과세 후 매년 감가상각비(한도범위액 내)로 손금산입하여야 하는 것으로 보아 아래 <표1>과 같이 청구법인이 합병 사업연도에 손급산입한 쟁점영업권을 손금불산입하고, 쟁점영업권 상각부인액 OOO원(2007∼2010사업연도)을 손금산입하여 2013.3.22. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

<표1> 처분청의 쟁점영업권 손금불산입에 따른 경정 현황

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.5.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 합병으로 인한 합병평가차익은 없으며, 쟁점영업권은 상각대상자산에 해당하지 아니한다.

(가) 「법인세법」 제17조는 자본거래로 인하여 발생하는 합병차익은 익금불산입하되 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분의 가액은 합병평가차익으로 보아 익금불산입대상에서 제외하고 있고, 「상법」상 합병차익은 회사합병의 경우에 소멸된 회사로부터 승계한 자산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병 후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하여 설립된 회사의 자본액을 초과한 때에는 그 초과금액으로 정의하고 있는바, 합병평가차익에 해당하려면 합병으로 승계한 자산을 평가하여 승계하여야 한다.

피합병법인의 2006사업연도 재무제표 감사보고서에는 영업권을 계상한 사실이 없고, 합병일까지도 계상한 사실이 없으며, 청구법인의 장부상 영업권은 청구법인이 발행한 지분가액이 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액을 초과하여 발생한 차대의 불일치를 해소하기 위하여 기업회계기준에 따라 계상한 계정에 불과한 것이고, 청구법인은 합병기일 현재 피합병법인의 자산과 부채를 장부가액 그대로 승계한 것으로 회계처리하였다.

청구법인의 합병차익은 OOO원(피합병법인으로부터 승계한 재산가액 OOO원 - 승계채무액 OOO원 - 합병후 존속회사의 자본증가액 OOO원)으로 산정되고, 이를 한도로 하는 합병평가차익은 자산을 평가하여 승계하지 않았으므로 합병평가차익은 발생하지 아니한다.

(나) 「법인세법 시행령」 제24조 제4항은 합병 또는 분할의 경우 합병법인 또는 분할신설법인이 계상한 영업권은 합병법인 또는 분할신설법인이 피합병법인 또는 분할법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다고 규정하고 있는바, 자산을 평가하여 승계하고, 영업권이 사업상 가치가 있으며, 유상으로 취득한 것이어야 한다.

쟁점영업권은 청구법인이 사업상 가치에 대한 대가를 지급한 것이 아니라 단순히 피합병법인의 순자산가액과 신주교부가액의 차액을 회계처리 과정에서 영업권으로 계상한 것에 불과하고, 사업상 가치가 있는 영업권으로 평가받기 위해서는 동종의 사업을 경영하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 초과이익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치가 있어야 할 것이나, 피합병법인이 동종사업을 경영하는 기업보다 초과수익을 올릴 수 있는지에 대한 판단이 불분명하고, 피합병법인은 설립 후 합병일까지 4개 사업연도 동안 지속적으로 영업손실이 발생(누적결손 OOO원)하여 무형적가치가 존재하는지 의문이며, 청구법인은 합병계약서, 합병비율 평가의견서 등에서도 피합병법인의 사업상의 가치 등 초과수익력을 고려하여 영업권을 별도로 평가한 가액을 산정한 바 없다.

그리고, 영업권은 피합병법인의 상호, 거래관계 기타 영업상의 비밀 등 피합병법인의 고유가치임이 분명한데, 피합병법인의 고유가치인 영업권 가액이 합병비율을 산정하면서 이용한 상장사인 합병법인의 주가 그리고 피합병법인의 주식가치를 「증권거래법」 또는 「상속세 및 증여세법」 등 여타의 법률에 따라 평가할 때마다 달라지는 모순이 있다.

구 「증권거래법」 관계법령은 주권 상장법인간 합병의 경우 거래소에서의 주가를 기준으로 합병비율을 정하도록 강제하고, 당해 규정의 취지는 합병비율이 합병할 각 회사의 일방에게 불리하게 정해지는 경우 그 회사의 주주가 합병 전 회사의 재산에 대하여 가지고 있던 지분비율을 합병 후에 유지할 수 없게 되어 실질적으로 주식의 일부를 상실하게 되는 부당한 결과가 초래되므로, 시장가치가 반영된 거래소 주가를 기준으로 합병비율을 산정토록 함으로써 합병비율의 객관성, 적정성을 보장하여 불공정한 합병을 방지하기 위한 것이지, 피합병법인의 자산가치를 공정하게 평가한 후 이를 반영하여 합병가액을 정하기 위한 것은 아니라 할 것이다(서울고등법원 2015.4.3. 선고 2014누56545 판결, 같은 뜻임).

청구법인은 상장법인으로서 구 「증권거래법」에 따라 합병비율을 산정한 것일 뿐이며, 구 「증권거래법」에 따라 산정된 피합병법인의 주식가치가 피합병법인의 자산가치를 공정하게 평가한 것은 아니다.

청구법인이 합병 당시 상장법인이 아닌 비상장법인이었다면 합병비율 산정시 피합병법인의 주식가치는 「상속세 및 증여세법」에 따라 산정됐을 것이고, 「상속세 및 증여세법」에 따라 평가한 피합병법인의 영업권은 “OOO”이다.

피합병법인의 상호, 거래관계 기타 영업상의 비밀 등에 따른 영업권 가치가 상장법인인 합병법인의 주가 또는 피합병법인의 주식가치 평가방법에 의해서 좌지우지된다는 것은 명백하게 영업권 가치가 잘못 산정됐음을 반증하는 것이다.

국세청 유권해석(OOO, 2010.4.21. 등)에서도 사업상 초과수익을 창출할 수 있는 가치를 별도로 평가하여 대가를 지급한 경우에 한정하여 감가상각자산인 영업권으로 보고 있는바, 청구법인은 영업권을 별도로 평가한 사실이 없고 그 금액이 얼마인지도 알 수 없으므로 쟁점영업권은 감가상각대상 영업권에 해당하지 아니하다.

(2) 쟁점영업권 익금산입 불이행에 대하여 정당한 사유가 있어 가산세 부과는 부당하다.

쟁점영업권이 익금산입대상이라 하더라도 과세관청은 당초 영업권의 성격에 관계없이 기업회계기준에 따라 계상한 영업권은 감가상각자산이 아니며, 합병평가차익에 해당하지 않는다는 유권해석(OOO, 2005.11.15. 등)을 하였다가 그 이후에는 일반적으로 「증권거래법」에 따른 평가로 계상된 영업권은 동일한 입장을 유지하되, 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상의 가치가 있어 동 가치를 별도로 평가하여 대가를 지급한 금액에 한해서 「법인세법」상 영업권으로 인정(OOO, 2006.4.5. 등)하였으며, 심판례(국심 2005서3477, 2005.12.30. 등)에서도 과세관청은 영업권을 별도로 평가하지 않는 경우 「법인세법」상 영업권으로 인정할 수 없다고 주장하였고 그 결정도 과세관청의 의견과 동일하였으나, 최근에는 구체적인 사실관계에 따라 다른 결정을 하였다.

청구법인은 합병 당시에는 회계상 영업권이 「법인세법」상 영업권에 해당하지 않는다고 판단하는 것에 의심하지 아니하였고, 과세관청도 일관되게 지속적으로 의견을 표명하였는바, 세법 해석상 견해의 대립이 생기는 등 특별한 사정이 있는 경우에도 납세자가 정부의 견해와 다른 견해를 취하였다 하여 가산세 부과요건에 해당된다고 본다면 납세자에게 가혹하다 할 것이므로 정당한 사유가 인정될 수 있다(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결, 같은 뜻임) 할 것인데 청구법인의 경우 법인세 신고 당시에는 견해 대립조차 없는 사안으로 정당한 사유에 해당한다.

(3) 쟁점영업권의 합병시점 납부불성실가산세는 손금산입 시점을 고려하여 재계산되어야 한다.

「국세기본법」 제47조의4 제1항 제1호의 규정에 의한 납부불성실가산세의 산정방식이 납부하지 아니한 세액 또는 미달하게 납부한 세액에 납부하지 아니하고 경과된 일수(즉 당초 납부하였어야 할 날부터 자진납부일 또는 납세고지일)를 곱하는 기간개념 방식을 취하고 있어 사실상 “자진납부하는날”의 의미를 납부 사실 그 자체로 보는 것이 타당하다.

관련 심판례(조심 2013서1650, 조심 2013부2198, 조심 2012서1285, 국심 2005서2974)도 사실상 “자진납부하는날”의 의미를 납부 사실 그 자체로 보는 것이 타당하므로, 해당 사업연도에 신고납부하여야 할 것을 미리 납부하거나 다음 사업연도에 납부한 것으로 보아 납부불성실가산세 미납부 일수를 계산하도록 일관되게 판단하고 있다.

따라서, 처분청의 경정·고지에 따라 동일한 항목에 대하여 손익귀속시기만 달라지고 납부할 세액(가산세 제외)과 환급세액이 동일하여 납세자 입장에서 사실상 미납된 세액이 없음에도 불구하고 여전히 미납된 것으로 보아 계산하는 것은 조세공평에도 어긋난다.

이 건의 경우 납부불성실가산세 재계산 금액OOO과 처분청이 고지한 납부불성실가산세 금액OOO의 차액OOO은 과다고지된 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 자산은 취득가액을 기초로 장부가액으로 존재하다가 재평가 또는 합병 등의 평가과정을 거쳐 시가로 평가될 수 있는 것이며, 세법상 또는 회계상 모두 자가창설영업권의 계상은 인정하고 있지 않으므로 피합병법인이 영업권을 매입해 오지 않은 이상 영업권 계상이 당연히 되어 있지 않을 것이고, 자가창설영업권은 실제적으로는 존재하지만 장부에는 계상되어 있지 않다가 합병의 절차로 평가되어 승계되는 것인바, 이를 두고 영업권이 승계되지 않았다고 주장함은 타당하지 아니하다.

자산을 평가하여 승계하겠다는 것은 현재의 장부가액으로 존재하는 자산을 현재의 시가로 평가하여 승계하겠다는 것인데, 이 경우 시가에 따라 장부가액보다 크거나 같을 수도 있고 또는 오히려 작을 수도 있는 것이고, 이 건의 경우는 거의 장부가액과 시가가 동일하여 장부가액으로 승계하여 왔다는 주장이므로 이는 시가로 평가한 것이며, 그 시가의 금액이 장부가액인 것뿐이지 이를 두고 평가를 하지 않았다고 할 수 없다.

또한, 피합병법인의 가치를 「증권거래법」에 따라 적정하게 평가하여 영업권가액만큼 대가를 더 지급하고 그 금액을 영업권으로 계상한 이상 영업권이라는 자산을 평가하여 승계한 것이므로 자산을 평가하여 승계하여야 하는 합병시 영업권 계상요건을 충족한 것이다.

과세처분 취소소송에서의 과세요건 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방에게 입증책임이 전환되는바(대법원 1998.3.24. 선고 97누9895 판결, 같은 뜻임), 회계법인의 합병비율 평가보고서를 보면, 피합병법인의 순자산가액보다 피합병법인의 가치를 더 높게 평가하여 합병비율을 계산하는데, 그 이유는 편광판 시장이 연평균 OOO%로 고성장을 이룰 것으로 예상됨에 따라 이러한 제품이 요구하는 광학용 특수필름시장과 보호필름 시장이 함께 성장할 수 있어 당사가 브랜드파워를 갖추어 매출을 높일 수 있을 것으로 전망되는 점, 2007년 하반기부터 매출액 및 이익이 크게 늘어날 것으로 보이는 점, 그리고 청구법인 스스로 자산이라는 영업권으로 계상한 것이므로 계상된 영업권은 자산성이 있는 영업권으로 추정되는 것이며,

처분청에 의하여 노무비 중 일부가 이중계상되었음이 밝혀졌다면, 그 이중계상은 추정되므로 비용지출의 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 반증할 필요가 있다(대법원1996.4.26. 선고 96누1627 판결, 같은 뜻임) 라는 판례와 같이 영업권의 자산성 여부의 입증책임은 납세의무자에게 전환되었다 할 것이다.

(2) 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자의 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2009.10.29. 선고 2007두7741 판결, 같은 뜻임)

처분청이 공적견해를 표명하였는지에 대하여 국세청장의 질의회신은 해당 납세자가 직접 질의한 것이 아니어서 이는 해당 법인에 대한 직접적인 견해표명이 아니고, 질의회신 예규로 대외적으로 공표되었다 하더라도 이는 불특정 납세자를 상대로 일반적으로 공표한 세법 해석에 관한 견해 표명에 불과하며, 공식적인 세법해석 제도를 이용하지 않고 비공식적으로 세무상 조언을 얻어 납세의무를 이행하지 않았다면 정당한 사유에 해당하지 아니하다.

(3) 처분청이 고지한 2007사업연도 법인세 OOO원은 청구법인이 쟁점영업권에 대한 합병평가차익으로 계상하지 아니함에 따라 과소신고한 소득금액에 대한 과세이며, 청구법인이 이미 납부했다고 주장하는 법인세는 당초 2008 및 2010사업연도 법인세 정기신고시 영업권 상각비 손금부인에 따른 것으로 손익의 귀속시기 차이로 납부불성실가산세 조정을 위해서는 익금 또는 손금의 귀속차이로 인한 것이어야 하나, 처분청이 과세한 2007사업연도 합병평가차익은 청구법인이 2007사업연도 이전 또는 이후 어떤 사업연도에도 합병평가차익의 명목으로 과세된 적이 없어 손익의 귀속시기 차이로 볼 수 없으며, 2008 및 2010사업연도 법인세 정기신고시 영업권 상각비 손금부인액은 청구법인이 합병평가차익에 상당하는 영업권을 「법인세법」상 영업권으로 보지 않은 원인에 의한바, 합평평가차익의 과세와는 성격이 명확하게 다른 별건이므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인이 합병시 계상한 쟁점영업권 상당액을 합병평가차익으로 보아 익금산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부

② 쟁점영업권의 익금산입 불이행에 대하여 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

③ 쟁점영업권의 익금산입 시점(2007년)의 납부불성실가산세를 이미 익금산입한 영업권의 손금산입 시점(2008년부터 2010년까지)을 고려하여 재계산하여야 하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제16조 [배당금 또는 분배금의 의제] ① 다음 각 호의 1에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

2. 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본 또는 출자에 전입함으로써 취득하는 주식등의 가액. 다만, 다음 각 목의 1에 해당하는 금액을 자본에 전입하는 경우를 제외한다.

가. 「상법」 제459조 제1항 제1호·제1호의2·제1호의3·제2호·제3호 및 제3호의2의 규정에 의한 자본준비금(제17조 제1항 제1호 단서의 규정에 따른 초과금액과 대통령령이 정하는 합병평가차익등 및 분할평가차익등을 제외하며, 자기주식 또는 자기출자지분의 소각익의 경우에는 소각 당시 제52조 제2항의 규정에 의한 시가가 취득가액을 초과하지 아니하는 경우로서 소각일부터 2년이 경과한 후 자본에 전입하는 것에 한한다)

제17조 [자본거래로 인한 수익의 익금불산입] ① 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

3. 합병차익. 다만, 대통령령이 정하는 합병평가차익(이하 "합병평가차익"이라 한다)을 제외한다.

(2) 법인세법 시행령

제12조 [합병평가차익등의 계산] ① 법 제16조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 합병평가차익등"이라 함은 「상법」 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 "합병차익"이라 한다)에 달할 때까지 다음 각 호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호·제3호(법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금에 한한다) 및 제4호의 금액(주식회사외의 법인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 제1호의 금액으로 한다.

1. 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액(제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 가액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액

제15조 [주식발행액면초과액 등] ② 법 제17조 제1항 제3호 단서에서 "대통령령이 정하는 합병평가차익"이라 함은 제12조 제1항 제1호 및 동 조 제3항의 규정에 의하여 계산한 금액을 말한다.

제24조 [감가상각자산의 범위] ① 법 제23조 제2항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각 호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 1에 해당하는 무형고정자산

가. 영업권, 디자인권, 실용신안권, 상표권

④ 제1항 제2호 가목의 영업권 중 합병 또는 분할의 경우 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 계상한 영업권은 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 경우에 한한다)이 피합병법인 또는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다.

(3) 국세기본법

제47조의4 [납부불성실ㆍ환급불성실가산세] ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 「인지세법」 제8조 제1항에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

⑥ 국세(소득세, 법인세 및 부가가치세만 해당한다)를 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우에는 제1항을 적용할 때 실제 신고납부한 날에 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고납부하였어야 할 과세기간에 대한 국세를 자진납부한 것으로 본다. 다만, 해당 국세의 신고가 제47조의2 제2항 또는 제47조의3 제2항에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①·②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2007.10.26. 합병기일로 하여 피합병법인을 흡수합병하였으며, 아래 <표2>와 같이 합병회계처리로 인하여 발생한 영업권은 「법인세법」상 영업권에 해당하지 아니한 것으로 보아 2007사업연도 세무조정시 양편조정[주식발행초과금은 익금산입(기타), 영업권은 손금산입(유보)]으로 세무조정한 것으로 나타난다.

<표2> 합병시 회계처리 현황

(나) 피합병법인의 임시주주총회(2007.9.21.) 의사록에 의하면, 청구법인과 피합병법인의 합병계약 승인 건에 대하여 아래와 같이 상정한 것으로 나타난다.

(다) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 아래와 같이 나타난다.

1) 피합병법인은 LCD용 평관필름 및 보호필름의 제조와 임가공 및 판매업을 주 사업으로 영위하는 회사로서, 청구법인이 제출한 회사소개 등의 자료에 따르면 일본 등 외국에 의존하던 P보호필름의 국산화에 성공하여 P보호필름의 출시로 2006년부터 국내와 대만 등으로 시장을 확대해 나아가고 있던 회사였으며, 특히, P보호필름은 그 품질 및 제품가격 등의 경쟁력 우위를 가지고 있는 업체였고, 또한, 제품 생산에 있어 클린도 유지에 최선을 다함으로써 국내 어떤 업체보다도 우수한 클린룸 상태를 유지한 업체였으며, 우수인력과 최신 설비로 타사의 제품에 비교하여 품질과 가격면에서 장점을 가지고 있는 법인으로서 동 법인에 순자산가액 OOO원을 현저히 초과하는 OOO원의 합병대가를 지급한 것은 피합병법인의 제품 경쟁력 우위 등 초과수익력에 대한 대가를 지급한 것으로 볼 수밖에 없다.

2) 청구법인이 제출한 합병비율평가의견서 중 이익의 추정부분(추정손익계산서)을 살펴보면, 2007년 하반기 추정실적을 포함한 2007년 매출액은 OOO원이나 2008년 추정매출액은 이보다 OOO원 증가한 OOO원으로 추정하였으며, 당기순이익 또한 OOO원에서 OOO원으로 증가할 것으로 추정하였으므로 이 또한 피합병법인의 미래 성장가능성에 기인한 초과수익력에 대한 대가를 지급한 것으로 보인다.

3) 청구법인의 합병계약서, 주주총회 의사록에 적시된 합병목적을 보면, 공히 “본 계약의 목적은 청구법인이 성장잠재력이 있는 부품소재사업을 추가하는데 있으며, 피합병법인은 합병을 통하여 영업망 확충의 시너지 효과를 달성하고 안정적으로 매출을 확대하는데 있다” 라고 되어 있는바, 이는 미래의 수익창출력을 전제로 한 영업권의 존재가 포함되어 있는 합병임을 알 수 있다.

(라) 청구법인은 합병계약서, 재정회계법인의 합병비율 평가의견서, 피합병법인의 합병 전·후 손익 현황 등 관련 증빙자료를 아래와 같이 제시하였다.

1) 청구법인과 피합병법인이 2007.7.30. 작성한 합병계약서 주요내용은 아래와 같다.

2) 재정회계법인이 2007.7.28. 청구법인과 피합병법인 간에 합병시 합병비율 적정성에 대하여 합병비율 평가의견서를 작성한 것으로 나타난다.

3) 피합병법인의 합병 전·후 손익 현황은 아래 <표3>과 같이 나타난다.

<표3> 피합병법인의 합병 전·후 손익 현황

(마) 청구법인은 쟁점영업권은 평가하여 승계한 자산이 아니라 합병시 기업회계기준에 따라 대차차이를 계상한 것에 불과하여 「법인세법 시행령」 제24조 제4항의 감가상각대상 자산이 아니며, 감가상각자산으로 계상하지 아니한 것에 대하여 정당한 사유가 있다고 아래와 같이 주장하였다.

1) 「법인세법」상 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우를 신설한 입법취지는 시가 합병하는 경우만 영업권을 인정한다는 것이라고 하면서 1998년 개정시 취지를 이월결손금이 있는 피합병법인의 자산과 부채를 장부가액으로 승계하여 합병대가를 시가로 주식을 교부할 경우 대차평균의 원리에 따라 단순하게 영업권으로 계상되는데 이를 영업권으로 인정하지 않겠다고 설명한데 대하여, 청구법인은 이월결손금OOO이 있는 피합병법인의 순자산을 장부가액으로 승계한 경우로서 개정취지에서 예로 든 사례와 일치하므로 쟁점영업권은 「법인세법」상 인정되지 아니하는 것이다.

처분청은 「증권거래법」에 따라 평가하였고 그에 기초한 합병대가와 취득한 자산·부채의 공정가액의 차액을 영업권으로 계상한 것이므로 세법상 인정되는 영업권이라는 의견이나, 세법에서 영업권 평가에 대한 별도의 규정을 갖고 있는데 「증권거래법」상 평가가 적정하다는 것은 이해할 수 없으며, 청구법인의 쟁점영업권은 합병대가와 자산·부채의 장부가액과의 차이로 공정가액과의 차이가 아니다.

처분청은 매수하는 자산의 공정가액을 초과하여 대가를 지급한 것이 무형의 재산적가치가 존재하므로 청구법인의 영업권이 사업상의 가치가 있다는 의견이나, 이는 추정에 불과하고 매수하는 순자산과 지급하는 금액의 차이가 당연 「법인세법」상 영업권에 해당하는 것이라면, “사업상의 가치가 있어 대가를 지급하는 것에 한한다”라는 「법인세법 시행령」상 문구는 존재의 의미가 없는 것이다.

2) 처분청은 청구법인이 직접 질의하지 아니하여 납세자의 노력이 부족하여 정당한 사유에 해당하지 아니한다는 의견이나, 청구법인이 직접 질의했더라도 「법인세법」상 영업권이 아니라고 하거나 법문상 요건을 그대로 회시될 것이 합리적 기대였으므로 당시 모든 예규가 그러하여 직접 질의하지 아니한 것만으로 정당한 사유가 없다는 것은 부당하며, 청구법인은 「법인세법」상 영업권의 인정 요건이 엄격하여 리스크가 적은 방향으로 판단할 수밖에 없었던 것으로 청구법인에게 가산세 부과는 가혹한 것이다.

(바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점영업권은 평가하여 승계한 자산이 아니므로 법인세 과세대상이 되는 합병평가차익으로 볼 수 없다고 주장하나, 자산의 각 항목에 따라 사업성 가치를 평가하여 그 결과를 영업권 가액으로 산정하는 것은 사실상 쉽지 아니할 뿐만 아니라 피합병법인이 가지는 여러 장점들은 전체로서 영업권으로 파악·평가하여도 기업거래 관행이나 회계원칙상 부당한 것으로 보이지 아니하므로 회사합병을 통하여 피합병법인 주주에게 지급한 금액에서 피합병법인의 순자산가액을 공제한 금액을 모두 영업권으로 보더라도 영업권에 대한 적절한 평가방법으로 볼 수 있는 것이다(대법원 2007.10.16. 선고 2007두12316 판결, 같은 뜻임).

청구법인은 재정회계법인에 의뢰하여 합병대가(주식가치평가 포함)를 평가·계상한 바 있고, 「증권거래법」에 따라 피합병법인의 가치를 평가하여 장차 초과수익을 올릴 수 있다고 보아 피합병법인에게 합병대가(신주)를 지급하고 그 대가에서 피합병법인으로부터 승계한 순자산의 공정가액을 공제한 금액을 쟁점영업권으로 인식한 점, 청구법인이 공정가액을 초과하여 지급하게 된 사유에 관하여 사업상 가치가 없다는 점을 구체적으로 반증하지 못하는 이상 그러한 초과지급액은 「법인세법 시행령」 제24조 제4항의 합병평가차익에 해당한다고 보이는 점(조심 2014중1979, 2014.9.16., 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 2007사업연도 쟁점영업권을 익금산입하고 각 사업연도 상각부인액을 손금산입하는 등 세무조정을 통하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 가산세의 부과는 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지나 오인 등은 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는 것(대법원 2011.5.13. 선고 2008두12986 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인이 쟁점영업권을 세무상 상각대상 자산에 해당하지 않는 것으로 보아 법인세를 신고·납부하였으므로 그 신고내용에 대한 책임은 원칙적으로 청구법인에게 있는 것이고, 처분청이 청구법인에게 쟁점영업권이 세무상 상각대상 자산에 해당하지 아니한다는 공적의견을 표명한 사실도 없어 청구법인에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 가산세를 가산하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 쟁점합병시 쟁점영업권을 계상하였으나, 세무상 상각대상 영업권에 해당하지 않는 것으로 보아 2007사업연도는 아래 <표4>와 같이 세무조정하여 법인세를 신고하였고, 2008～2012사업연도에는 영업권 상각액 및 감액손실액을 손금불산입(유보)하고 국제회계기준에 따른 영업권 증가액을 익금불산입(유보)한 것으로 나타난다.

<표4> 청구법인의 세무조정 내역

(나) 처분청은 합병평가차익(영업권) OOO원을 손금불산입하고 이에 대한 2007사업연도 법인세 OOO원(본세)을 과세하면서 납부불성실가산세의 미납일수를 2008.4.1.부터 2013.3.18.(고지일)까지 기간(1,813일)으로 하여 납부불성실가산세 OOO원을 부과한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 합병시점(2007년)에 쟁점영업권에 대한 미납세액이 발생하였으나 2008 및 2010사업연도에 쟁점영업권 상각비에 대한 추가 납부세액이 존재하는바, 2007사업연도 납부불성실가산세 산정시 2008 및 2010사업연도에 추가 납부한 금액분에 대해서는 2007사업연도에 납부하였어야 할 것을 다음 사업연도에 납부한 것으로 보아 납부불성실가산세 미납부 일수를 계산하여야 한다고 주장한다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「국세기본법」제47조의5 제1항에서 규정하고 있는 납부불성실가산세는 납부하지 아니한 세액 또는 미달하게 납부한 세액에 납부하지 아니한 상태에서 경과된 일수(즉 납부하였어야 할 날의 다음 날부터 자진납부하는 날 또는 자진납부하지 아니하는 경우에는 고지일)를 곱하는 기간계산방식을 채택하고 있어 “자진납부”의 의미를 납부사실 그 자체로 보는 것이 타당한바(조심 2014서336, 2014.7.17. 같은 뜻임),

위 <표4>에서와 같이 청구법인이 2007사업연도 쟁점영업권을 상각대상 자산으로 보지 아니하고 손금산입하면서 다음 사업연도인 2008 및 2010사업연도에 회계상 계상한 영업권 OOO원을 각 손금부인하는 세무조정을 하고 2008 및 2010사업연도 법인세를 납부한 것으로 나타나므로 2007사업연도 법인세 미납부세액 OOO원 중 2008사업연도 법인세로 초과 납부된 OOO원은 미납일수를 실제로 납부된 2009.3.31.까지 기간을 계산하고, 2010사업연도 법인세로 초과 납부된 OOO원은 미납일수를 실제로 납부된 2011.3.31.까지 기간을 계산하여 납부불성실가산세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.