합병을 목적으로 취득한 주식가액에 영업권이 포함된 것으로 볼 수 있는지 여부

주식대가 산정시 초과수익력이 있는 무형의 재산적 가치를 인정하였으며 그 외에 경상이익과 청산법인세를 영업권가액에 포함한 바 있으므로 이는 감가상각대상이 되는 영업권으로 보아야 함

법인세법 제23조감가상각비의 손금불산입

[대법원2007두12316 (2007.10.16)]

1. 상고를 기각한다.

2. 상고비용은 피고가 부담한다.

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

[서울고등법원2006누22370 (2007.05.17)]

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2004. 7. 20. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 법인세에 관한 경정거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 기초사실 및 처분의 경위

가. 원고(2006. 9. 1. 변경전 상호 : 주식회사 ○○, 2002. 2. 18. 변경전 상호 : 주식회사 ○○)는 화물운송업 및 폐수처리업 등을 영위하는 법인이다.

나. 원고는 2000. 6.경 폐기물처리(소각)사업에 진출하기 위하여 시장을 분석한 결과 2010. 이후 매립지 부지확보 곤란 등으로 소각폐기처리량이 증대되어 소각에 의한 폐기물처리사업의 시장전망이 밝다고 판단하였다.

다. 위 사업진출방안으로는 신규법인 설립의 방법과 기존업체 인수의 방법이 있는데, 전자의 방법에 의할 경우 170억 원가량의 신규투자비용이 소요되어 과도한 초기 감가상각비를 감안하면 4년 이후 이익이 발생할 것이나, 사업부지에 대한 도시계획시설결정을 받을 수 있을지 여부가 불확실하고 환경영향평가와 주민 의견수렴 및 동의절차에 1년 이상 소요되는 등 각종 인허가 절차를 밟는데 1년 6개월 이상이 소요되며, 필요한 기술인력 충원도 곤란을 격을 것으로 예상되었다. 반면 후자의 방법에 의할 경우 인수비용으로 약 150억 내지 200억 원이 소요되고, 투자비 회수기간의 단축이 가능하며, 기존 공장부지를 활용함으로써 인근 주민의 반발을 최소화할 수 있을 것으로 예상되었다.

라. 이에 따라 원고는 후자의 방법으로 폐기물처리사업에 진출하기도 하고 2000. 10. ○○시 ○○구 ○○동 742-3에서 폐기물처리(소각)업을 영위하는 ○○산업 주식회사(이하 '○○산업'이라 한다)을 인수하기도 하였다. 원고가 작성한 ○○산업 인수방안 보고서(갑 4호증)중 수와 관련하여 영업권을 산정한 내역을 보면, 「6. 신규법인 설립 대비 기존업체 인수 장단점 항목에서, 기존 업체를 인수하는 장점으로 폐기물처리 권리∙의무 자동승계(인∙허가사항 자동 승계), 기술인력 자동 승계, 영업경쟁력 유지가능」으로 기재하고 있으며, 「7. 인수가액 예상항목에서는 ① 상속세 및 증여세법에 의한 순자산가액, ② 1998년 ~ 2000년까지 발생한 경상이익의 합계액, ③ 청산법인세, ④ 인수가액 = ① + ② + ③, ⑤ 영업권 가액 ② + ③,⑥ 2000년 결산 완료 후 최종인수가액 결정」 으로 기재하고, 이어「8. 지분인수 후 처리방안 : 지분 100% 취득 후 당사외 합병」으로 기재하여 회사합병에 따른 영업권에 대한 가치를 일정 방식에 따라 평가하였다.

마. 그 후 원고는 2000. 11. 15. ○○산업과 ○○산입의 사업전부를 인수하기 위하여 다음과 같은 내용의 합의서(갑 5호증)을 작성하였다.

○○산업은 ○○산업의 주식 20만주 전부를 원고에게 양도하도록 주주 전원의 동의를 얻는다.

주식의 가액은 과거3년(1998. ~ 2000.)간 결산상의 경상이익 합계액의 법위 내에서 영업권을 인정하여 2000. 12. 31. 현재 장부상 순자산가액에 가산한 금액의 범위 내에서 결정하되 그 평가액은 상속세 및 증여세법에 규정한 순손익가치에 의한 평가액을 초과할 수 없다.

○○산업의 주주전원이 매도의사가 결정되는 대로 '주식 양수도 계약'을 체결한다.

바. 원고와 ○○산업은 2000년 결산 완료후 최종 인수가액을 결정하기로 하였는데, ○○산업은 1998년 매출액 20,569,562,000원, 경상이익 3,116,837,000원, 1999년 매출액 18,873,129,000원, 경상이익 5,123,969,000원, 2000년 매출액 5,498,599,000원, 경상이익 410,720,000원이었고, 2000. 12. 31. 당시 순자산가액 7,446,974,000원과 3년간 경상이익 8,651,526,000원의 합계액 16,098,500,000원이 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목 및 동법 시행령 제54조(비상장주식의 평가)에 의한 평가에서 순손익가치에 의한 평가액을 초과하였으므로, 결국 ○○산업의 주식 전부의 가액은 위 상속세 및 증여세법 시행령에서 규정한 순손익가치에 의한 평가액인 158억 원으로 결정되었다.

사. 원고는 2001. 6. 20. ○○산업의 주주들과 ○○산업의 주식 전부(200,000주)를 대금 158억 원에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하였고, 2002. 2. 20. 대금을 전부 지불하고 주식을 인수한 후, 2002. 4. 3. 원고와 ○○산업의 합병등기를 경료하였고, 위 주식 200,000주를 소각하였다.

아. 합병일인 2002. 4. 3. ○○산업의 순 자산가액은 8,734,976,120원이었다.

자. 원고는 합병으로 인하여 ○○산업에 부과된 청산소득에 대한 법인세 3,069,788,828원(법인세 2,790,717,117원 + 주민세 279,071,711원)을 부담하였다.

차. 원고는 합병 이후 2002년 재무제표를 작성하면서 위 주식대금과 청산법인세의 합계액에서 위 순자산 가액을 뺀 10,134,812,700원(15,800,000,000원 + 3,069,788,828원 - 8,734,976,120원)을 영업권 가액으로 보아 무형자산으로 계상한 후 전액 비용으로 상각하였는데, 2003. 3. 31. 법인세 신고를 하면서 세무조정을 하여 10,134,812,700원을 손금불산입하는 것으로 법인세 과세표준 및 세액신고를 하였다.

카. 원고는 2004. 5. 12. 피고에게 위 합병대가의 차액 10,134,812,700원은 영업권에 해당하여 이를 손금에 산입할 수 있음에도 불구하고 착오로 손금불산입하였다고 주장하면서, 당해 과세기간의 감가상각비 상당액 1,520,221,905원(10,134,812,700원/5 X 9/12)을 손금산입하여 법인세 389,936,919원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2004. 7. 20. 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 이 사건 처분이라 한다).

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5호증, 갑 6호증의 1, 2, 3, 갑 7호증, 갑 8호증, 갑 9호증의 1 내지 4, 갑 10호증의 1 내지 4, 갑 11호증, 갑 12호증의 1 내지 11, 갑 13호증, 을 1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

원고가 ○○산업을 합병할 목적으로 먼저 주식을 취득하면서 ○○산업의 순자산가액을 초과하여 지급한 합병대가 및 ○○산업의 청산법인세는 이를 영업권 가액으로 보아 감가상각자산으로 계상할 수 있음에도, 원고는 착오로 이를 전액 손금불산입 하였으므로, 원고의 경정청구는 적법하고, 이를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고

(가) 원고가 지급하였다고 주장하는 합병대가는 단순히 ○○산업의 주주들에게 지급한 주식매수대금에 불과하고, ○○산업에게 영업권을 별도로 평가하여 유상으로 지급한 사실이 없으므로 이를 영업권으로 보기 어려우며, ○○산업의 영업권이 양도∙양도자산과는 별도로 적절하게 평가되지 아니하였으므로 이 사건 처분은 적법하다.

(나) 원고가 ○○산업으로부터 인수받은 순자산가액과 ○○산업에게 교부한 주식가액과의 차액은 세무상으로는 합병차손이고 영업권 가액으로 계상할 수 없다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 영업권 취득

영업권이라 함은 그 기업의 전통, 사회적 신용, 입지조건, 특수한 제조기술 또는 거래관계의 존재 등 영업상의 기능 내지 특성으로 인하여 동종의 사업을 영위하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 수익을 올릴 수 있는 초과 수익력이라는 무형의 재산적 가치이며(대법원 1997. 5. 28. 선고 95누18697 판결 등 참조), 기업인수∙합병 등에 관한 회계처리준칙 제9조에 의하면, 재무회계상 영업권은 유상취득의 경우에 한하여 취득가액을 무형자산으로 기장하되, 취득후 20년 내에 매결산기에 균등액을 상각하도록 규정하고 있다.

위에서 인정한 사실에 의하면, 원고가 ○○산업의 주주들로부터 ○○산업의 주식을 매수한 것은 주식취득에 의하여 회사를 지배하기 위한 것이 아니라 회사합병을 위한 것이며, 또한 원고가 ○○산업의 흡수합병을 위하여 그 주식을 인수하면서 ○○이 기존에 가지고 있던 폐기물처리에 관한 권리∙의무와 기술인력의 자동 승계 등의 장점을 장치 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정항였으며, 그 외에 일정한 경상이익과 청산법인세를 영업권 가액에 포함한 바 있으므로, 원고가 주식인수지 ○○산업에게 순자산가액을 초과하여 지급한 금액은 감가상각의 대상이 되는 영업권의 대기라고 봄이 상당하고, 따라서 원고는 유상으로 영업권을 취득한 것으로 보아야 할 것이다(대법원 1993. 12. 14. 선고 93누11395 판결 참조).

(2) 영업권이 양수자산과는 별도로 적절한 평가방법에 의한 것인지 여부

(가) 법인세 시행령 제24조 제4항ㅇ은 기업합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승게한 경우로서 피합병법인의 상호∙거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 손금처리하도록 하고 있다. 또한 동법 시행규칙 제12조 제1항은 사업의 양도∙양수과정에서 양도∙양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가∙인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용∙명성∙거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 유상으로 취득한 금액이 적절한 평가방법에 따라 평가된 경우에만 이를 영업권으로 인정하고 있다.

이 사건에서 보건대, 앞에서 본 바와 같이, ① 원고가 신규법인 설립의 방법으로 폐기불처리(소각)업을 하려고 할 경우 막대한 비용이 소요될 뿐만 아니라 각종 인허가 절차를 마칠 수 있을지 여부조차 불분명하였기 때문에 폐기물처리사업에 진출하여 영업을 하기 위하여는 ○○산업을 인수하는 것이 사실상 불가피하였던 점, ② ○○산업이 폐기물처리사업에 대한 각종 인허가 및 기술인력을 보유하면서 장기간 계속하여 경상이익을 실현하는 등 무형의 가치가 높은 회사였던 점, ③ 합병회사가 회사합병에 따라 피합병회사에게 지급하여야 할 영업권의 대가는 피합병회사의 허가권이나 영업망, 신용도, 고용승계 등의 구체적인 항목에 따라 평가한 후 이를 산정함이 바람직할 것이나, 이러한 무형적 가치에 대한 평가방법이 확립되어 있는 것이 아니어서 자산의 각 항목에 따라 사업성 가치를 평가하여 그 결과를 영업권 가액으로 산정하는 것은 사실상 쉽지 아니할 뿐만 아니라 이 사건과 같이 피합병회사인 ○○산업이 가지는 여러 장점들을 전체로서 영업권으로 파악∙평가를 하여도 기업거래 관행이나 회계원칙상 부당한 것으로 보이지 아니하는 점, ④ 원고가 비록 ○○산업에게 그 주식 전부를 인수하면서 그 대가로서 위와 같이 158억 원을 지급하고, 그 외에 3개년도의 경상이익 합계액(당시 추정액 90억 원)과 청산 법인세(당시 추정액 20억 원)을 더 지급하기로 하면서 이를 영업권으로 평가하기로 약정한 것은 당사자 사이의 제반 경제적 효과를 감안한 사적자치에 의한 결과로서 양 당사자 사이에 조세 회피 등의 불법적인 목적이 있다는 점이 드러나지 아니한 이상 원칙적으로 보호되어야 할 것인 점, ⑤ 원고와 ○○산업은 상호 출자를 하거나 그 운영자가 친인척 등으로 구성된 이른바 특수관계에 있는 기업이 아닌 점에서 원고가 회사합병을 통해 ○○산업의 주주 등에게 지급하거나 부담한 18,869,788,828원에서 ○○산업의 순자산가액 8,734,976,120원을 공제한 10,134,812,700원 모두를 영업권으로 인정한다 하더라도, 영업권에 대한 감가상각액을 과다하게 산정하여 조세를 회피하고자 하는 행위를 방지하려는 법인세법 시행규칙 제12조의 규정 취지에 반하는 것으로 보이지 않는 점 등을 종합적으로 고려하면, 원고가 지급한 위 10,134,812,700원은 법 시행규칙 제12조 제1항 소정의 방식에 의하여 원고가 ○○산업으로부터 양수한 영업권에 대한 적절한 평가방법에 의하여 유상으로 취득한 금액으로 봄이 상당하다.

(나) 이에 대하여 피고는, 합병법인이 지급한 합병대가 중 감가상각이 가능한 영업권으로 인식되기 위하여는 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치에 대한 평가로 산정되어야 하고, 그러하지 않은 것은 세법상의 합병차손으로 보아야 한다는 전제 하에서, 원고의 이 사건 합병 전후 10년간의 매출액과 당기순손익의 추이를 비교한 자료에 의하면, 합병 전4년간의 당기순손익 평균액이 44억 원 가량으로서 순이익이 발생하였으니, 합병 전 4년간의 당기순손익 평균액은 12억 원가량으로서 오히려 합병 후 당기순손익이 감소한 사실을 인정할 수 있으므로, 위 합병당시 인정한 영업권이 초과수익력을 가지고 있었다고 평가하기에 부족한 것으로 보아야 한다고 주장한다.

그러나 원고가 비록 합병 후 4년간 단기순손익 평균액이 합병 전 같은 기간의 그것에 비하여 감소하였다고 하더라도 그 원인이 반드시 이 사건 영업권이 합병 당시 초과수익력을 가지고 있지 않은 것에 기인하는 것이라고 단정하기 부족하고, 오히려 합병후 기업경영 상황의 악화 내지 재무제표상의 기재 방식의 차이{원고에 대한 2002년도 재무제표에 대한 감사보고서(갑 제7호증)의 기재에 의하면, 원고는 합병 당해 연도인 2002년에 위 영업권으로 평가한 금액 상당인 105억 원을 무형자산상각비로서 계상하였고, 그로 인하여 당기순이익이 62억 원 정도가 감소한 것으로 분식된다}에서 초래하는 경우가 있을 수 있다. 또한 피고의 주장과 같이 합병시 지급한 대가가 승계 순자산가치를 초과하여 그 초과금액을 영업권이 아닌 합병차손으로 본다고 하더라도 이 사건과 같이 영업권 평가액을 계상년도에 일시에 상각하여 손금으로 계산한 경우에는 당기순손익에 반영되는 손실액이 초과금액을 합병차손으로 계상하는 경우나 영업권으로 계상하여 일시에 상각하는 경우에 있어서 차이가 없게 되므로(즉, 합병차손으로 계상하는 경우에는 합병기준일에 초과금액 전체가 비용으로 계상되고, 자산인 영업권으로 계상한는 경우에는 이 사건과 같이 당해 사업연도말의 감가상각을 통하여 자산금액 전체가 일시에 비용으로 계상되기 때문이다), 결국 원고의 법인세 부담액은 서로 같아지게 된다. 그러므로 피고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 소결

따라서 원고가 영업권을 유상으로 취득한 사실이 없다거나 영업권이 적절하게 평가되지 아니하였다는 전제 하에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[서울행정법원2006구합11705 (2006. 8. 22.)]

1. 피고가 2004. 7. 20. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 법인세에 관한 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1.기초사실 및 처분의 경위

가. 원고(2002. 2. 18. 변경전 상호: 주식회사 ○○)는 화물운송업 및 폐수처리업 등을 영위하는 법인이다.

나. 원고는 2000. 6.경 폐기물처리(소각)사업에 진출하기 위하여 시장을 분석한 결과 2010. 이후 매립지 부지확보 곤란 등으로 소각폐기처리량이 증대되어 소각에 의한 폐기물처리사업의 시장전망이 밝다고 판단하였다. 사업방안으로는 신규법인 설립의 방법과 기존업체 인수의 방법이 있을 수 있는데, 전자의 방법에 의할 경우 170억 원가량의 신규투자비용이 소요되어 과도한 초기 감가상각비를 감안하면 4년 이후 이익이 발생할 것이나, 사업부지에 대한 도시계획시설결정을 받을 수 있을지 여부가 불확실하고 환경영향평가와 주민 의견수렴 및 동의절차에 1년 이상 소요되는 등 각종 인허가 절차를 밟는데 1년 6월 이상이 소요되며, 기술인력 7명이 필요한데 그 충원도 곤란을 겪을 것으로 예상되는 반면, 후자의 방법에 의할 경우 인수비용으로 약 150억 내지 200억 원이 소요되고, 투자비회수기간의 단축이 가능하며, 기존 공장부지를 활용함으로써 인근 주민의 반발을 최소화할 수 있을 것으로 예상되었다.

다. 이에 따라 원고는 후자의 방법으로 폐기물처리사업에 진출하기로 하고 2000. 11. 15. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 폐기물처리(소각)업을 영위하는 ○○산업 주식회사(이하 '○○산업'이라 한다)와 다음과 같은 합의를 하였다.

○○산업은 ○○산업의 주식 20만주 전부를 원고에게 양도하도록 주주 전원의 동의를 얻는다.

주식의 가액은 과거3년(1998. ~ 2000.)간 결산상의 경상이익 합계액의 범위 내에서 영업권을 인정하여 2000. 12. 31. 현재 장부상 순자산가액에 가산한 금액의 범위 내에서 결정하되 그 평가액은 상속세 및 증여세법에 규정한 순손익가치에 의한 평가액을 초과할 수 없다.

○○산업의 주주전원이 매도의사가 결정되는 대로 '주식 양수도 계약'을 체결한다.

라. 원고와 ○○산업은 2000년 결산 완료후 최종 인수가액을 결정하기로 하였는데, ○○산업은 1998년 매출액 20,569,562,000원, 경상이익 3,116,837,000원, 1999년 매출액 18,873,129,000원, 경상이익 5,123,969,000원, 2000년 매출액 5,498,599,000원, 경상이익 410,720,000원이었고, 2000. 12. 31. 당시 순자산가액 7,446,974,000원과 3년간 경상이익 8,651,526,000원의 합계액 16,098,500,000원이 상속세 및 증여세법 시행령에서 규정한 순손익가치에 의한 평가액을 초과하였으므로, 결국 ○○산업의 주식전부의 가액은 위 상속세 및 증여세법 시행령에서 규정한 순손익가치에 의한 평가액인 158억 원으로 결정되었다.

마. 원고는 2001. 6. 20. ○○산업의 주주들과 ○○산업의 주식 전부(200,000주)를 대금 158억 원에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하였고, 2002. 2. 20. 대금을 전부 지불하고 주식을 인수한 후, 2002. 4. 3. 원고와 ○○산업의 합병등기를 경료하였고, 위 주식 200,000주를 소각하였다.

바. 합병일인 2002. 4. 3. ○○산업의 순 자산가액은 8,734,976,120원이었다.

사. 원고는 합병으로 인하여 ○○산업에 부과된 청산소득에 대한 법인세 3,069,788,828원(법인세 2,790,717,117원 + 주민세 279,071,711원)을 부담하였다.

아. 원고는 합병 이후 2002년 재무제표를 작성하면서 위 주식대금과 청산법인세의 합계액에서 위 순자산가액을 뺀 10,134,812,700원(15,800,000,000원 + 3,069,788,828원 - 8,734,976,120원)을 영업권으로 보아 무형자산으로 계상한 후 전액 비용으로 상각하였는데, 2003. 3. 31. 법인세 신고를 하면서 세무조정을 하여 10,134,812,700원을 손금불산입하는 것으로 법인세 과세표준 및 세액신고를 하였다.

자. 원고는 2004. 5. 12. 피고에게 위 합병대가의 차액 10,134,812,700원은 영업권에 해당하여 이를 손금에 산입할 수 있음에도 불구하고 착오로 손금불산입하였다고 주장 하면서,당해 과세기간의 감가상각비 상당액 1,520,221,905원(10,134,812,700원⁄5 X 9/12)을 손금산입하여 법인세 389,936,919원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2004. 7. 20. 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5호증, 갑 6호증의 1, 2, 3, 갑 7호증, 갑 8호증, 갑 9호증의 1 내지 4, 갑 10호증의 1 내지 4, 갑 11호증, 갑 12호증의 1 내지 11,갑 13호증, 을 1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 거부처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

원고가 ○○산업을 합병할 목적으로 먼저 주식을 취득하면서 ○○산업의 순자산가액을 초과하여 지급한 합병대가 및 ○○산업의 청산법인세는 이를 영업권으로 보아 감가상가자산으로 계상할 수 있음에도, 원고는 착오로 이를 전액 손금불산입하였으므로, 원고의 경정청구는 적법하고, 이를 거부한 피고의 이사건 처분은 위법하다.

(2) 피고

원고가 지급하였다고 주장하는 합병대가는 단순히 ○○산업의 주주들에게 지급한 주식매수대금에 불과하고, ○○산업에게 영업권을 별도로 평가하여 지급한 사실이 없으므로 이를 영업권으로 볼 수 없거나, 영업권이 적절하게 평가되지 아니하였으므로 이사건 처분은 적법하다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 판단

(1) 원고가 영업권을 취득하였는지 여부

앞서 본 바와 같이 원고가 ○○산업의 주주들로부터 ○○산업의 주식을 매수한 것은 주식취득에 의하여 회사를 지배하기 위한 것이 아니라 회사합병을 위한 것이라 할 것이고, 또한 원고가 ○○산업을 흡수합병함에 있어 장차 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치를 인정하여 순자산가액을 초과하는 차액을 대가로 지급하였다고 할 것이므로, 원고는 유상으로 영업권을 취득한 것으로 보아야 할 것이다(대법원 1993. 12. 14. 선고 93누11395 판결 참조).

(2) 영업권이 적절하게 평가된 것인지 여부

(가) 법인세법 시행규칙 제12조는 사업의 양도・양수과정에서 양도・양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가・인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용・명성・거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 유상으로 취득한 금액이 있는 모든 경우 이를 영업권으로 인정하는 것이 아니라, 그 금액이 적절한 평가방법에 따라 평가된 경우에만 이를 영업권으로 인정하고 있다.

(나) 살피건대 앞서 본 바와 같이, 원고가 신규법인 설립의 방법으로 폐기물처리(소각)업을 하려고 할 경우 막대한 비용이 소요될 뿐만 아니라 각종 인허가 절차를 마칠 수 있을지 여부조차 불분명하였기 때문에 폐기물처리사업에 진출하여 영업을 하기 위하여는 ○○산업을 인수하는 것이 사실상 불가피하였던 점, ○○산업이 폐기물처리사업에 대한 각종 인허가 및 기술인력을 보유하면서 장기간 계속하여 경상이익을 실현하는 등 무형의 가치가 높은 회사였던 점에 비추어 보면, 원고가 회사합병을 통해 ○○산업의 주주 등에게 지급하거나 부담한 18,869,788,828원에서 ○○산업의 순자산가액 8,734,976,120원을 공제한 10,134,812,700원 모두를 영업권으로 인정한다 하더라도, 영업권에 대한 감가상각액을 과다하게 산정하여 조세를 회피하고자 하는 행위를 방지하려는 법인세법 시행규칙 제12조의 규정 취지에 반하지 않는다고 할 것이다. 따라서 위10,134,812,700원은 원고가 ○○산업으로부터 양수한 영업권에 대한 적절한 평가금액이라고 보아야 할 것이다.

(3) 소결

따라서 원고가 영업권을 취득한 사실이 없다거나 영업권이 적절하게 평가되지 아니하였다는 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.