주식회사 선엔지니어링 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 전완규)

인천광역시 부평구청장 (소송대리인 변호사 고정길)

2009. 6. 17.

인천지방법원 2008. 6. 26. 선고 2007구합3705 판결

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 원고에 대하여 한 2006. 11. 10.자 등록세 101,942,460원, 지방교육세 20,388,480원의 부과처분, 2006. 12. 12.자 취득세 101,942,460원, 농어촌특별세 10,194,240원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결문 중 아래와 같이 변경하는 부분 외에는 제1심 판결 이유의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 4쪽 6행부터 5쪽 하 5행까지 부분을 다음과 같이 변경

『 구 조세특례제한법(2006. 12. 30 법률 제8138호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라고 한다.) 제6조 제2항 에서는 창업 후 2년 이내에 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조 의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업을 ‘창업벤처중소기업’으로 규정하고, 동법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 에서는 창업벤처중소기업의 경우 벤처기업으로 확인받은 날로부터 2년 이내에 당해 사업을 영위하기 위하여 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대하여는 취득세, 등록세를 면제한다고 규정하고 있으며, 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2006. 3. 3. 법률 제7868호로 개정되기 전의 것) 제25조 제3항 , 동법 시행규칙 제8조 제4항 의 위임에 따라 제정된 중소기업청 고시 제2003-12호 벤처기업 확인요령 제2조, 제9조에 의하면, 법인설립 또는 사업자등록을 준비 중인 자 및 창업 후 6개월 이내의 자로서 예비적으로 벤처기업임을 확인받은 자를 ‘예비벤처기업’이라고 정의하고, 창업 전에 예비벤처확인을 받은 기업이 창업을 완료하였거나 창업 후 예비벤처확인을 받은 기업이 확인일로부터 6개월이 경과한 경우 지방중소기업청장에게 확인서의 재발급을 신청하여야 하는 것으로 규정하고 있다.

이러한 각 규정 및 그 입법취지에 비추어 살피건대, ① 창업 이전에는 예비벤처기업 확인만 신청할 수 있지만, 창업 후 6개월이 경과하기 전에는 일반벤처기업 확인과 예비벤처기업 확인을 모두 신청할 수 있는바, 이는 창업 직후에는 통상 일반벤처기업의 평가항목을 충족하기 어렵기 때문에 6개월의 기간을 부여하여 일반벤처기업 확인이 용이하도록 하는 데 그 취지가 있는 점, ② 일반벤처기업 중 벤처투자기업은 중소기업진흥공단에, 연구개발기업은 기술신용보증기금에 그 평가를 의뢰하고, 일반벤처기업 중 신기술기업 및 예비벤처기업은 신청기업이 희망하는 평가기관에 평가를 의뢰하는 등 일반벤처기업과 예비벤처기업은 그 평가주체에 차이가 있는 점, ③ 예비벤처기업은 일반벤처기업에 비해서 창업능력 평가항목 비중이 높게 산정되고, 재무능력과 기술성 평가항목이 낮게 산정되는 등 그 평가방법에 차이가 있는 점에 비추어 보면(이 법원의 인천지방중소기업청, 중소기업진흥공단 인천지역본부, 중소기업청에 대한 각 사실조회 회보), 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 소정의 창업중소벤처기업에 대한 조세감면규정을 적용함에 있어 예비벤처기업 확인을 받은 경우와 일반벤처기업 확인을 받은 경우를 원칙적으로는 동일하게 취급할 수 없다고 할 것이지만, 예비벤처기업 확인만을 받은 경우와 달리 예비벤처기업 확인 후 일반벤처기업 확인까지 받은 경우는 처음부터 일반벤처기업 확인을 받은 경우와 실질적으로 다르게 취급할 이유가 없다고 할 것이고, 여기에 앞서 본 각 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 2005. 8. 3. 예비벤처기업확인을 받을 당시 기술성 및 사업성에 관하여 중소기업진흥공단의 현장 실사 등을 거쳐 적격 요건을 갖추었다는 판정을 받았으나, 창업 후 6개월이 경과하지 아니하여 예비벤처기업으로서 확인을 받게 된 점, ② 원고는 예비벤처기업으로 확인받고 6개월이 경과한 후 인천지방중소기업청장에게 확인서의 재발급을 요청하여 실질적인 조사 내지 평가없이 서류상의 심사만을 거쳐서 2006. 3. 3. 일반벤처기업확인서를 발급받았으며, 일반벤처기업확인서상의 유효기간이 예비벤처기업확인서의 유효기간과 동일한 2005. 8. 3.부터 2007. 8. 2.까지로 기재되어 있는 점 등 제반 사정을 더하여 보면, 위와 같은 경위로 예비벤처기업으로 확인받은 다음 일반벤처기업으로 확인까지 받은 원고의 경우에는 조세특례제한법상의 창업중소벤처기업에 대한 조세감면규정을 적용함에 있어서 ‘벤처기업으로 확인받은 날’은 예비벤처기업으로 확인받은 날인 2005. 8. 3.로 봄이 합당하고, 원고는 그날 이후로서 창업일로부터 2년 이내인 2005. 9. 29.에 사업용 재산으로서 이 사건 부동산을 취득하였으므로, 이 사건 부동산에 관한 취득세 및 등록세는 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 에 의한 감면대상에 해당한다고 보아야 할 것이다. 따라서 피고가 이와 다른 전제에서 원고에 대하여 취득세, 등록세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.』

2. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.