[청구번호]조심 2016부2206 (2016. 10. 21.)

[세목]법인[결정유형]기각

[결정요지] 조특법 시행령 제2조 제2항 본문 단서 및 제3호에서 중소기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하도록 규정하고 있는바, 청구법인과 ○○○은 「중소기업기본법 시행령」제2조 제3호에 의한 ‘관계기업’이면서 당해 매출액의 합계액이 1,000억원을 초과하여 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못한 경우에 해당한다 할 것이므로청구법인에 대하여 중소기업 유예기업을 적용하지 아니한 것으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면액 및 연구인력개발비에 대한 세액공제액을 부인하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음

[관련법령] 조세특례제한법 제5조

[참조결정]조심2014중0588 / 조심2015부0012

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015년 10월 OOO세무서에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구법인이 농업회사법인 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 발행주식 100%를 소유하여 청구법인과 OOO는「중소기업기본법」상관계기업에 해당하고, 관계기업의 2012사업연도매출액이 OOO원을초과하므로 중소기업에 해당하지 않는다고 보았다.

조사청은 이에 따라 당초 청구법인이 법인세 신고시 적용한「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 규정 및 제10조의 연구인력개발비에 대한 세액공제 규정의 적용을 배제하여 법인세를 경정·결정하도록 처분청에 자료통보하였다.

나. 처분청은 이에 따라 청구법인의 2012사업연도 법인세 신고내용 중 중소기업에 대한 특별세액감면액 및 연구인력개발비에 대한 세액공제액을 부인하여 2016.3.17. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.6.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인에 대하여 관계기업 제도를 적용하여 중소기업의 범위 판정을 할 경우 조특법 시행령 제2조 제5항(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것)에 따라 중소기업에 대한 유예기간을 적용하여야 한다.

위 조특법 시행령 제2조 제5항에서“제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.”고 규정하고 있고, 청구법인은 관계기업 제도 적용으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으므로 중소기업 유예기간이 적용되어야 한다.

그리고, 동 조항은 위 조특법 시행령 개정 부칙에서 “제2조 제1항 제3호 전단( 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.”고 규정하고 있으므로 2012.1.1. 개시 사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용하여야 한다.

(2) 이 건은 기획재정부의 ‘간추린 개정세법’에서 위 조특법 시행령 제2조 제5항의 개정 취지와 관련하여 중소기업 유예기간 적용이 가능한 것으로 해설하고 있는 사례와 내용이 동일하다.

위 조특법 시행령 제2조 제5항 개정에 대한 기획재정부 개정세법 해설에서도 “관계회사 제도 기준 변경으로 중소기업에서 제외되는 경우 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없어, 규모기준 변경, 상호출자제한 기준 변경, 자산총액 OOO원 이상 법인의 직·간접 소유기준 변경 등과 비교하여 형평에 맞지 않으므로 유예기간을 동일하게 적용할 필요”가 있어 동 조항을 개정한다고 해설하고 있다.

따라서, 개정취지의 해설 사례와 내용이 동일한 이 건도 중소기업 유예기간이 적용되어야 하므로 이 건 법인세 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2012.1.1.부터 조특법상 중소기업 및 중소기업 유예기업에 해당하지 않는다.

청구법인은 2005년부터 OOO 발행주식의 100% 소유자이고, 2012.1.1. 개시하는 사업연도부터 관계기업 매출액이 OOO원을 초과함에도 중소기업의 유예기간 규정을 적용하여 중소기업에 대한 특별세액감면액 OOO원 및 연구인력개발비에 대한 세액공제액 OOO원(중소기업 공제율 25% 적용) 합계 OOO원을 신고하였다.

그러나, 조특법 시행령 제2조 제2항 본문 단서에 따라 중소기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 위배되어 실질적 독립성이 없는 기업으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 않는 것인바OOO,

청구법인과 OOO의 2012사업연도 매출액 합계가 중소기업기준인 OOO원을 초과하므로 2012.1.1.부터는 조특법상 중소기업 및 중소기업 유예기업에 해당되지 않는 것이다.

(2) 기획재정부 질의회신에 의하더라도 청구법인에 대해서는 중소기업 유예기간 관련 규정을 적용할 수 없다.

청구법인은 조특법 시행령 제2조 제5항을 들면서 관계기업 제도 적용으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에 해당되므로 중소기업 유예기간이 적용되어야 한다고 주장하고 있다.

그러나,기획재정부 질의회신OOO에 의하면,「중소기업기본법 시행령」(2011.1.28. 대통령령 제22652호로 일부 개정된 것) 별표 2 및 「조세특례제한법 시행령」(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부개정된 것) 제2조 제1항 제3호의 개정은 「조세특례제한법 시행령」(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 제2조 제5항에서 규정한 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 등에 해당하지 않아 유예기간을 적용할 수 없다.

따라서, 중소기업에 대한 특별세액감면액 OOO원을 제외하고, 중소기업에 적용되는 공제율(25%)에 의한 연구인력개발비에 대한 세액공제액 OOO원을 중견기업에 적용되는 공제율(8%)에 따라 계산한 OOO원으로 경정하여 법인세 OOO원을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」상 중소기업의 범위 판정시 관계기업 관련 기준을 도입함에 따라 청구법인이 중소기업에서 제외되는 경우 중소기업 유예규정을 적용하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것)

제5조(중소기업 투자 세액공제) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2015년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.

부칙(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것)

제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

(2)조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것)

제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 중소기업이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, (중략), 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 중소기업 이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 OOO원 이상, 매출액이 OOO원 이상 또는 자산총액이 OOO원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수 자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는”은 “ 「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1.「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

부칙(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것)

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략)

제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제11133호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

(3)조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것)

제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 중소기업이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, (중략), 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 중소기업 이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 OOO원 이상, 매출액이 OOO원 이상 또는 자산총액이 OOO원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호다목을 적용할 때 “제1호에 따른 기준을 초과하는”은 “ 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

부칙(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것)

제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, (중략) 제2조 제1항 제3호 전단( 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 다목의부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

(4) 중소기업기본법

제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1.다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

2. 「사회적기업 육성법」 제2조 제1호에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업

② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다.

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

(5)중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "관계기업"이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.

제3조(중소기업의 범위) ① 「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액이 OOO원 이상인 기업

다. 자기자본이 OOO원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천 5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식 등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다.

1) 주식 등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원

2) 주식 등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

제7조의4(관계기업의 상시근로자수 등의 산정) ① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등의 산정은 별표 2에 따른다.

제9조(유예 제외) 법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

3.중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

부칙(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것)

제1조(시행일) 이 영은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제3조 제2항, 제10조의2 및 제15조부터 제18조까지의 개정규정은 2012년 1월 26일부터 시행한다.

제3조(중소기업의 범위에 관한 경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2012년 12월 31까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제3조 제1항 제1호 다목 및 라목의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

(6)중소기업기본법 시행령(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 것)

제3조(중소기업의 범위) 「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. (중략)

2.소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것

제7조의2(관계회사의 상시근로자수 등의 산정) ① 관계회사에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등의 산정은 별표 2에 따른다.

부칙(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 것)

제1조(시행일) 이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정 : 2011년 1월 1일

2.제3조 제1호 다목·라목 및 제9조 제3호의 개정규정 : 2012년 1월 1일

제2조(경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2 및 제7조의2의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 사료의 제조 및 판매를 목적으로 하여 2004.3.17. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따라 설립된 농업회사법인이고, OOO는 1997.10.20. 육가공업(주로 돈육가공)을 주된 사업목적으로 설립되었으며, 2005년 중 청구법인이 OOO 지분을 100% 인수하여, OOO는 2005사업연도부터 청구법인이 100% 지배주주로 있는 자회사다.

(2) 청구법인과 OOO의 최근 매출액은 아래와 같다.

◯◯◯

(3) 「조세특례제한법」상 중소기업의 범위 판정과 관련하여 청구법인이 신고한 내용 및 이에 대한 처분청의 과세경위는 아래와 같다.

(가)조특법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조 제1항 제3호는 동 개정 부칙 제1조 후단에서 “제2조 제1항 제3호 전단( 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.”고 규정하여, 「중소기업기본법」상 중소기업 판정시 적용되는 관계기업 규정은 조특법상 2012.1.1.부터 적용되었다.

(나) 청구법인은 2005사업연도부터 100% OOO를 지배하고 있으므로, 2012.1.1. 개시하는 사업연도부터 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호다목 적용 시, 청구법인을 포함한 관계기업의 2012사업연도 매출액이 OOO원을 초과한다.

(다) 그러나, 청구법인은 조특법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제2조 제5항을 적용하면서 관계기업 적용으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 중소기업 유예기간 규정을 적용할 수 있다고 보았다.

(라) 또한, 청구법인은 조특법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제2조 제5항 개정에 대하여 기획재정부 개정세법 해설서에 “관계회사제도 기준 변경으로 인해 중소기업에서 제외되는 경우 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없어, 규모기준 변경, 상호출자제한 기준 변경, 자산총액 OOO원 이상 법인의 직·간접 소유기준 변경 등과 비교하여 형평에 맞지 않으므로 유예기간을 동일하게 적용할 필요”가 있다고 하여 중소기업 유예기간 적용이 되는 것으로 해설하고 있다고 보았다.

(마) 청구법인은 이에 따라 2012사업연도 법인세 신고시, 조특법상 중소기업에 해당하는 것으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면액 OOO원 및 연구인력개발비에 대한 세액공제액 OOO원 합계 OOO원을 신고하였다.

(바) 한편, 기획재정부는 질의회신OOO에서 “「중소기업기본법 시행령」(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 일부개정된 것) 제3조 제2호 다목의 신설 및 「조세특례제한법 시행령」(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부개정된 것) 제2조 제1항 제3호의 개정에 따라 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우

「조세특례제한법 시행령」(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 제2조 제5항에 따른 ‘ 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때’에 해당하지 아니하는 것임”이라고 해석하였다.

(사) 위 기획재정부 질의해석 등에 따라, 처분청은 청구법인이 2012사업연도 법인세 신고시 적용한 중소기업특별세액감면액 OOO원을 제외하고, 중소기업에 적용되는 공제율(25%)에 의한 연구인력개발비세액공제액 OOO원을 중견기업에 적용되는 공제율(8%)에 따라 계산한 OOO원으로 경정하여 2016.3.17. 청구법인에게 2012사언연도 법인세 OOO원을 부과처분하였다.

(아)청구법인의 2012사업연도 법인세 신고내용 및 처분청의 경정내역은 아래와 같다.

◯◯◯

(4)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은조특법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제2조 제5항에서「중소기업기본법 시행령」의 규모 기준, 상호출자제한 기준, 관계기업 등과 관련된 규정의개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 중소기업 유예기간을 적용하고 있으므로

관계기업제도 적용으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 된 청구법인에 대해서도 중소기업 유예기간이 적용되어야 한다고 주장하고 있다.

그러나, 조특법 시행령 제2조 제2항 본문 단서 및 제3호에서 중소기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하도록 규정하고 있고,

「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호다목 및 조특법 시행령 제2조 제1항제3호 등에 의하면 관계기업에 속하는 기업의 경우 상시 근로자수, 자본금, 매출액 등을 각각 합산한 규모가 각 중소기업 기준에 해당하는지 여부에 따라 실질적인 독립성 요건 충족 여부를 판단하도록 되어 있다.

따라서, 청구법인과 OOO는 「중소기업기본법 시행령」제2조 제3호에 의한 ‘관계기업’이면서 2012사업연도 매출액의 합계액이 OOO원을 초과하여 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못한 경우에 해당한다 할 것이므로

2012사업연도부터 청구법인에 대하여 중소기업 유예기간을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다OOO.

4. 결론

이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.