[청구번호]조심 2015구5335 (2016. 3. 31.)

[세목]법인[결정유형]기각

[결정요지]「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 준공 후 양도한 쟁점토지에 대해서는 「법인세법」 제55조의2 제2항 제4호 다목 및 같은 법 시행령 제92조의8 제1항에서 비사업용 토지에서 제외되는 토지로 규정하고 있지 아니한 점, 경영악화에 따라 양도되는 경우 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제3항에서 규정한 부득이한 사유로 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음

[관련법령] 법인세법 제55조의2 / 법인세법 시행령제92조의8 / 법인세법 시행령제92조의11

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1995.2.27.부터 조선기자재 제조업을 영위하는 법인으로, 2008.7.30. ㈜OOO로부터 OOO국가산업단지 내에 있는 OOO 외 19필지 토지 61,203㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 2009.2.13. OOO시장으로부터 공장부지를 조성하기 위한 산업단지개발사업시행자 지정을 받았으며, 2009.5.1. 산업단지개발사업 실시계획승인을 받고, 2010.6.24. 산업단지개발사업 준공인가를 받은 후, 2013.1.11. OOO㈜에 쟁점토지를 양도하였다.

나. 청구법인은 쟁점토지 양도를 비사업용 토지의 양도로 보아 「법인세법」제55조의2를 적용하여 토지등 양도소득에 대한 법인세OOO원을 신고·납부하였다가, 2015.5.8. 기납부한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나 처분청은 2015.7.1. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 2007년에는 전년대비 41.7%의 매출증가율을 실현하였고, 쟁점토지 취득 이후 공장부지 조성공사가 진행 중이던 2007～2009년에는 30%가 넘는 매출증가율을 지속한바, 청구법인은 공장규모를 확장하여 증가하는 수주물량에 선제적으로 대응하고, 조선업의 대형화 추세에 맞춰 늘어나는 제품 운반비 부담을 줄이는 등 생산원가를 절감하기 위하여 본점 및 공장 이전이 필요한 상황이었으며, 이는 약30km인청구법인의 본점 및 공장에서 주거래처인OOO과의 거리가 쟁점토지의 소재지를 기준으로했을 때에는 15km로 50% 이상 단축된다는 점에서 잘 나타난다. 청구법인은 쟁점토지의 취득비용 및 공사비 등으로 약 OOO원을 지급하며 2010.6.24. 준공일까지 3년 동안 쟁점토지에 개발사업을 진행하였으나 사상 최대 신규 수주량을 갱신하며 장기 호황을 누리던 국내 조선업이 금융위기 이후 글로벌 경기침체 및 선박금융 경색으로 신규 수주량이 큰 폭으로 감소하게 되어 청구법인의 매출액은 2009년을 정점으로 계속 하락하였고, 2012년에는 당기순이익이 적자로 전환하는 등 회사운영에 상당한 어려움이 있어 쟁점토지를 양도할 수밖에 없었다.

(2) 「법인세법」제55조의2 제2항 제4호에서 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지에 대해서는 사업용토지로 보고 있고, 제3항은 “제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는부득이한 사유에 해당되는 토지는 비사업용토지 판정시 제외하도록 하고 있고, 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호에서 당해 토지를 취득한 후 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지에 대해서는 당해 사유가 발생한 기간을 비사업용토지 판정시 제외하고 있는바, 쟁점토지는「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 시행자로 지정된 청구법인이 개발한 토지로 조선업 전반의장기불황으로 인한 기업구조조정의 방편으로 부득이하게 양도한 것이므로사업용토지에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 「법인세법」제55조의2 제2항 제4호 다목 및 같은 법 시행령 제92조의8 제1항에서 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지를 비사업용토지에서 제외하고 있으나, 쟁점토지는 비사업용토지에서 제외되는 토지에 해당하지 아니하고, 같은 법 시행령 제92조의8 제1항 제13호 및 제3호 “사회기반시설에 대한 민간투자법에 따라 지정된 사업시행자가 동법에서 규정하는 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지 및 그 밖의 법률에 의하여 사업시행자가 조성하는 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지. 다만, 토지의 조성이 완료된 날부터 2년이 경과한 토지를 제외한다.”에서 토지의 조성이 완료된 날부터 2년이 경과한 토지는 사업에 사용되는 토지에서 제외하고 있으므로 준공일(2010.6.24.)로부터 2년이 경과하여 양도한 쟁점토지는 사업용토지에 해당하지 아니한다.

(2) 또한, 청구법인은 조선업 불황으로 기업구조조정 차원에서 부득이하게 양도한 쟁점토지를 사업용토지로보아야 한다고 주장하나, 경영악화에 따른 토지의 양도는 「법인세법 시행규칙」제46조의2 제3항에서 규정하고 있는 부득이한 사유가 있어 비사업용토지로 보지 아니하는 토지에해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법(2014.1.1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것)

제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】 ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

②제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

다.토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

③제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 법인세법 시행령

제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

제92조의8【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

3.「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따라 지정된 사업시행자가 동법에서 규정하는 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지 및 그밖의 법률에 의하여 사업시행자가 조성하는 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지. 다만, 토지의 조성이 완료된 날부터 2년이 경과한 토지를 제외한다.

13.그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지

제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는토지의 판정기준 등】① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용토지(이하 이 조에서 "비사업용토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

3.그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용토지로 보지 아니한다.

1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 2년 이전인 토지

3. 법 제55조의2 제2항 제1호 나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

4.「사립학교법」에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

5.그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

(3) 법인세법 시행규칙

제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

13.당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간

③ 영 제92조의11 제3항 제5호에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 「기업구조조정 촉진법」에 따른 부실징후기업과 채권금융기관협의회가 같은 법 제10조에 따라 해당 부실징후기업의 경영정상화계획 이행을 위한 약정을 체결하고 그 부실징후기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지(2008년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한정한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 채권은행 간 거래기업의 신용위험평가 및 기업구조조정방안 등에 대한 협의와 거래기업에 대한 채권은행 공동관리절차를 규정한 「채권은행협의회 운영협약」에 따른 관리대상기업과 채권은행자율협의회가 같은 협약 제19조에 따라 해당 관리대상기업의 경영정상화계획 이행을 위한 특별약정을 체결하고 그 관리대상기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지

3.「금융산업의 구조개선에 관한 법률」에 따른 금융기관이 같은 법 제10조제1항에따라 금융위원회로부터 적기시정조치를 받고 그 이행계획 등에 따라 양도하는 토지

11.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제39조에 따라 산업시설구역의 산업용지를 소유하고 있는 입주기업체가 산업용지를 같은 법 제2조에 따른관리기관(같은 법 제39조제2항 각 호의 유관기관을 포함한다)에 양도하는 토지

12.「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 한국원자력연구원이 소유한 시험농장용 토지

13. 공장의 가동에 따른 소음·분진·악취 등으로 생활환경의 오염피해가 발생되는 지역의 토지로서 해당 토지소유자의 요구에 따라 취득한 공장용 부속토지의 인접토지

14. 「채무자의 회생 및 파산에 관한 법률」 제242조에 따른 회생계획인가 결정에 따라 회생계획의 수행을 위하여 양도하는 토지

(4) 산업입지 및 개발에 관한 법률

제16조【산업단지개발사업의 시행자】① 산업단지개발사업은 다음 각 호의 자 중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자가 이를 시행한다.

3. 해당 산업단지개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하려는 자 또는 해당 산업단지개발계획에서 적합하게 산업단지를 개발할 능력이 있다고 인정되는 자로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자

제38조【개발한 토지·시설 등의 처분】① 사업시행자가 개발한 토지·시설 등 중 산업단지관리기본계획이 수립된 지역 안의 토지·시설 등을 분양·임대·양도(이하 이 조에서 "처분"이라 한다)하려는 경우에는 처분계획을 작성하여「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제30조에 따른 관리기관(이하 이 조에서 "관리기관"이라 한다)과 협의하여야 하며, 관리기관은 협의 요청일부터 20일 이내에 의견을 통지하여야 한다.

⑨ 제16조 제1항 제3호의 사업시행자 중 해당 산업단지개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하고자 하는 자는 직접 개발하여 사용하는 토지·시설 등을 처분하려면 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제15조 제1항에 따른 공장설립 등의 완료신고전 또는 신고 후 5년 및 같은 조 제2항에 따른 사업개시 신고 전 또는 신고 후 5년이 지나야 한다.

⑩ 제9항에도 불구하고 공장설립 등의 완료신고 전 또는 신고 후 5년 및 사업개시 신고 전 또는 신고 후 5년 이내에 처분하려면 관리기관에 양도하여야 한다. 다만, 관리기관이 토지·시설 등을 매입할 수 없는 경우에는 사업시행자가 산업단지지정권자의 승인을 받아 직접 처분할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인 및 처분청에서 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실관계가 나타난다.

(가) 청구법인은 1995.2.27. 설립되어OOO 본점 및 공장을, OOO공장을 두고 조선기자재 제조업을 영위하고 있다.

(나) 2008.7.30. 청구법인과 ㈜OOO 간에 체결된 매매계약서 등에의하면, 청구법인은 OOO국가산업단지 내에 있는 쟁점토지, 산업단지 개발사업 시행자 지정 및 실시계획 승인에 의거한 사업일체를 양수한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인이 2010.4.21. OOO시장에게 제출한 산업단지 개발사업 실시계획(변경) 승인신청서 등에 의하면, 청구법인은 사업부지의 개발을 통하여 현재까지 선진국에 뒤쳐져 있는 대체에너지기술개발에 박차를 가하고, 이를 통한 기술력의 습득과 병행하여 원자재의 수급방안 해결 및 현재 상용화가 활발히 이루어지고 있는 국가로의 수출을 중점적으로 추진하며, 향후 국내의 대체에너지 시장의 활성화에 기여하고자 한다고 기재되어 있다.

(라) 청구법인은 쟁점토지의 취득을 위해 ㈜OOO에 매매대금으로 OOO원을 지급하였고, 이와 별도로 공사비 등으로 약 OOO원을 지출한바, 쟁점토지 취득자금 및 이자비용 충당을 위해 OOO원을 신규로 대출받았으며, 2012년에는 영업이익이 적자로 전환되어 이자비용을 지급할 여력조차 되지 않아 기업구조조정 차원에서 부득이하게 쟁점토지를 양도한 것으로 주장하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법」제55조의2 제2항 제4호 다목 및 같은 법 시행령 제92조의8 제1항에서 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지를 비사업용 토지에서 제외하고 있으나,「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 준공후 양도한 쟁점토지에 대해서는 비사업용토지에서 제외되는 토지로 규정하고 있지 아니한 점, 경영악화에 따라 양도되는 토지는 「법인세법 시행규칙」제46조의2 제3항에서 규정하고있는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지로 보기어려운 점 등에 비추어청구법인이 조선업 불황으로기업구조조정 차원에서 부득이하게 양도한 쟁점토지를 사업용 토지로 보아야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.