1. 피고가 2016. 7. 11. 원고에 대하여 한 취득세 279,322,440원의 부과처분을 취소한다.

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1. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 3. 17. 설립되어 무역업, 타일 및 도기판매업 등을 영위하고 있는 회사로서, 2012. 2. 27. 한국수자원공사와 사이에 인천 서구 오류동 1578-3 물류시설용지 7,660㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 분양대금을 3,729,293,980원으로 정한 토지분양계약을 체결한 뒤 2012. 4. 30. 분양대금을 모두 완납하여 이 사건 토지를 취득하였다.

원고는 2012. 4. 19. 및 같은 해

5. 18. 이 사건 토지를 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제71조 제2항에서 정한 ‘물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’으로 취득신고하여 피고로부터 취득세 등을 면제받았다.

나. 원고는 이 사건 토지를 분양받은 후 그 위에 사무실 및 기타 창고시설 2,647.26㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 신축하여 2013. 12. 3. 사용승인을 받았고, 2013. 12. 30. 이 사건 건물을 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제71조 제2항(이하 위 가.항 기재 조항과 구분 없이 ‘이 사건 조항’이라 한다)에서 정한 ‘물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’으로 취득신고하여 역시 피고로부터 취득세 등을 면제받았다.

다. 인천광역시는 2016. 1. 4.부터 같은 해

2. 23.까지 인천 서구 오류동 1578-1 일대 인천터미널물류단지에 관하여 2016년도 기획세무조사를 시행한 결과 ‘원고가 이 사건 토지 및 건물을 물류사업용이 아닌 원고의 자사 세라믹제품 보관창고 등으로 사용하고 있어 취득세 감면대상에 해당하지 않는다’는 판단을 내렸고, 피고는 위 조사결과에 따라 2016. 3. 28. 원고에 대하여 이 사건 토지에 관한 취득세 201,602,840원(가산세포함) 및 이...