국심1998경2214 (1998.11.23)

법인

기각

조세지원의 대상이 되는 연구개발전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제2항의 규정에 의해 과학기술부장관에게 신고하고 확인받은 연구개발전담부서만을 의미한다고 할 것이므로 처분청이 기술·인력개발비에 대한 세액공제를 배제하여 법인세를 과세한 처분에 잘못이 없음

조세감면규제법 제9조【기술개발준비금의 손금산입】 / 조세감면규제법시행규칙 제7조【기술·인력개발비 및 연구시험용 시설의 범위】

국심1998부1920

심판청구를 기각합니다.

1. 사실 및 처분개요

청구법인은 일반 목적용 기계 제조업을 영위하는 법인으로서 연구개발실에 지출한 기술 및 인력개발비(94.1.1～94.12.31 사업년도 94,618,400원, 95.1.1～95.12.31 사업년도 139,689,340원, 96.1.1～96.12.31 사업년도 211,692,875원, 이하 “쟁점기술·인력개발비”라 한다)에 대한 세액공제(94사업년도 13,014,288원, 95사업년도 22,131,873원, 96사업년도 44,895,270원)를 적용하여 법인세를 신고하였다.

처분청은 청구법인의 연구개발실이 과학기술부장관 등에게 신고되지 아니한 연구개발부서라 하여 쟁점기술·인력개발비에 대한 세액공제를 배제하여 98.5.16 청구법인에게 법인세 99,605,500원(94사업년도 18,423,020원, 95사업년도 28,906,430원, 96사업년도 52,276,050원)을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 98.6.22 심사청구를 거쳐 98.8.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 연구개발실은 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제1항에 규정한 요건을 충족하는 연구개발전담부서임에도 동 시행규칙 제5조 제2항에 규정한 신고를 하지 아니하였다는 사유로 쟁점기술·인력개발비에 대한 세액공제를 배제하였으나, 제1항의 요건을 충족함으로써 총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서로 인정되는 경우에는 제2항에 의한 신고가 없었다는 사유로 이를 총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서에서 제외한다는 근거가 없으므로 처분청의 이 건 과세처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

과학기술부장관(위임받은 한국산업기술진흥협회장 포함)에게 연구개발전담부서로 신고되지 아니한 경우에는 조세감면규제법 시행령 별표6의 연구개발전담부서에 해당되지 아니하는 것이므로 처분청이 과학기술부장관 등에게 신고되지 아니한 연구개발실의 쟁점기술·인력개발비에 대한 세액공제를 배제하여 과세한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

과학기술부장관 등에게 신고되지 아니한 연구개발실에 지출한 쟁점기술·인력개발비에 대한 세액공제를 배제하고 과세한 처분의 당부에 있다.

나. 관련법령

조세감면규제법 제9조 제1항에는 『제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출하는 비용중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술·인력개발비”라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술·인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다』 고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에는『제1항의 규정의 적용을 받는 내국인에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 당해 과세연도에 지출한 기술·인력개발비의 100분의 5(중소기업의 경우에는 100분의 15)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제할 수 있으며, 이 경우 제1항의 규정은 이를 적용하지 아니한다』고 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제9조 제2항에는 『법 제9조 제1항에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 별표 4의 비용을 말한다』 고 규정하고 있으며,

같은 법 시행규칙 제7조 제1항에는『영 별표 3의1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조에 규정된 기업의 연구개발 전담부서를 말한다』고 규정하고 있다.

한편, 기술개발촉진법 제5조 제1항에는『영 별표 1 기술개발준비금의 사용기준 제1호 가목의 규정에서 “총리령에서 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 영 제14조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소와 다음 각호의 요건을 갖춘 기업내의 연구개발전담부서를 말한다

1. 과학기술분야의 연구개발업무를 담당하는 부서임을 알 수 있는 명칭으로 되어 있는 것

2. 과학기술분야의 연구개발업무가 주요업무로 되어 있을 것

3. 자연계분야의 학사이상의 학위를 가졌거나 국가기술자격법에 의한 기술계의 기사 1급이상의 기술자격을 가진 자( 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자의 경우에는 전문대학에서 자연계분야에 관한 학과의 소정의 과정을 이수하고 졸업한 자 또는 이와 동등이상의 학력이 있다고 인정되거나 국가기술자격법에 의한 기술계의 기사 2급이상의 기술자격을 가진 자) 1인이상이 연구전담요원으로 늘 확보되어 있을 것. 다만, 정보처리분야 또는 산업디자인분야의 연구전담요원의 경우에는 자연계분야의 여부를 불문한다』 고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 『과학기술처장관은 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시한다』고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 인천광역시 중구 OOO가 OOOO에서 “(주)OO기계”라는 상호로 일반 목적용 기계제조업을 영위하는 법인으로서 청구법인이 운영하는 연구개발실에 지출한 쟁점기술·인력개발비에 대하여 세액공제를 적용하고 94～96사업연도 법인세를 신고한 데 대하여 처분청은 청구법인의 연구개발실이 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제2항의 규정에 의해 과학기술부장관(위임받은 한국산업기술진흥협회장 포함)에게 신고하지 아니한 연구개발전담부서라 하여 쟁점기술·인력개발비에 대한 세액공제를 배제하여 이 건 법인세를 결정고지하였음이 법인세 과세표준금액 및 세액경정결의서 등에 의하여 확인된다.

기술 및 인력개발비 세액공제는 조세감면규제법 시행규칙 제7조 및 기술개발촉진법 시행규칙 제5조에 규정한 연구개발전담부서에 지출한 경비 중 제한된 부분에 한하여 적용되는 것이며, 기술개발촉진법 제5조 제2항에서는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자로서 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 자에게는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 사실을 신고하도록 규정하고 있으므로 연구개발전담부서의 신고의무를 강제하지는 아니하였으나 조세의 지원이 필요한 경우에는 신고하도록 규정하고 있고, 연구개발전담부서 신고 요령(과학기술부 고시 제1994-16호, 94.11.30)에 의하면, 과학기술부장관(한국산업기술진흥협회장)은 요건충족여부를 확인한 후 매년 신고사항의 변경, 전년도 실적 및 당년도 사업계획을 보고받으며 요건에 미달하거나 연구실적이 없는 경우 확인을 취소하고 있으며, 기술개발촉진법의 소관부처인 과학기술부도 연구개발전담부서가 조세지원을 받기위해서는 과학기술부 장관의 확인을 받아야 하는 것으로 해석하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 조세지원의 대상이 되는 연구개발전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제2항의 규정에 의해 과학기술부장관에게 신고하고 확인받은 연구개발전담부서만을 의미한다고 할 것이므로 처분청이 쟁점기술·인력개발비에 대한 세액공제를 배제하여 이 건 법인세를 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.