조심2010서3642 (2010.12.28)

양도

기각

중소기업이 주체가 되어 중소기업으로 보는 기업을 흡수합병하는 경우는 물론, 중소기업으로 보는 기업이 주체가 되어 중소기업을 흡수합병하는 경우에도 중소기업 유예기간 적용이 배제됨을 분명히 하고 있는 것으로 보이므로 쟁점주식이 중소기업 주식에 해당됨을 이유로 양도소득세를 취소하여야 한다는 청구주장은 부당함

소득세법 제94조【양도소득의 범위】 / 중소기업기본법시행령 제9조【유예 제외】

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO OOO OOO OOO OOOOO OO OOOO OOOO(상장법인이며, 이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주주로 2007년에 쟁점법인 발행주식 64,687주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도하고, 쟁점법인을 중소기업으로 보아 「소득세법」 제104조 제1항 제4호 나목의 세율(10%)을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 감사원의 감사지적에 따라 쟁점법인이 2007년말까지 중소기업 유예기간중에 있었으나, 2006년에 다른 중소기업을 흡수합병하여 중소기업 유예기간 적용대상에서 제외된 것으로 보아 쟁점주식 양도분에 대하여 「소득세법」제104조 제1항 제4호 다목의 세율(20%)을 적용하여 2010.8.5. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 156,156,060원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점법인은 2004년도에 종업원 기준(300명 미만) 및 매출액 기준(300억원 이하)이 중소기업 기준을 초과하여 2007년말까지 중소기업 유예기간 중에 있었던 법인으로, 유예기간 중에 있는 중소기업이 합병주체가 되어 다른 중소기업을 합병한 경우 중소기업 유예가 실효된다는 아무런 규정이 없는데도, 처분청은 중소기업이 주체가 되어 유예기간 중에 있는 중소기업을 흡수합병하는 경우 중소기업으로 보지 않도록 한 「중소기업기본법」 제2조 제3항 단서 및 「조세특례제한법 시행령」 제2조 등을 확대해석하여 쟁점법인에 대하여 중소기업 유예기간 적용을 배제하고, 잼점주식 양도분에 대하여 중소기업에게 적용되는 세율(10%)을 적용하지 아니하고 일반법인에게 적용되는 세율(20%)을 적용한 것으로 부당하므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 처분청이 「중소기업기본법」 제2조 등을 확대해석하였다고 주장하나, 「중소기업기본법」 제2조 제3항 단서에서 중소기업 유예기간 중에 있는 법인이 “중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우”에는 유예 적용을 배제한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제9조 제1호에서 대통령령으로 정하는 사유의 하나로 “법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우”를 규정하였는바, 쟁점법인은 중소기업으로 보는 기간 중에 다른 중소기업을 흡수합병하여 이에 해당될 뿐만 아니라, 청구인은 제시한 OOOOOOO OO(OOOOOOOOO, 2007.2.8.)는 「중소기업기본법」이 2000.12.27. 전문개정되기 전의 사례에 관한 것으로 이 건과는 부합하지 아니한 판례이므로, 이 건 처분청이 ‘청구인이 중소기업 이외의 법인이 발행한 주식을 양도하였다’고 보아 20%의 양도소득세율을 적용한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점주식 양도당시 쟁점법인이 중소기업인지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 「증권거래법」에 의한 코스닥상장법인(이하 "코스닥상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식등

제104조 【양도소득세의 세율】 ① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

4. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 자산

가. 대통령령이 정하는 중소기업(이하 이 장 및 제160조제6항에서 "중소기업"이라 한다)외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등

양도소득과세표준의 100분의 30

나. 중소기업의 주식등

양도소득과세표준의 100분의 10

다. 가목 및 나목외의 주식등

양도소득과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21195호로 개정되기 전의 것) 제167조의8 【중소기업의 범위】법 제104조 제1항 제4호 가목에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「중소기업기본법」 제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

(3) 중소기업기본법(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제2조 【중소기업자의 범위】 ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

가. 업종의 특성

나. 상시 근로자 수

다. 자산규모

라. 매출액 등

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 중소기업기본법 시행령(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것) 제3조 【중소기업의 범위】 「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 맞는 기업

제9조 【유예 제외】 법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 제3조 제1호의 기준을 초과하게 되는 경우

3. 중소기업이 제3조 제2호에 해당되지 아니하는 경우

(5) 조세특례제한법 시행령(2007.12.31. 대통령령 제20516호로 개정되기 전의 것) 제2조 【중소기업의 범위】 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 법인과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 등 쟁점법인의 대주주들은 2007년도에 아래 <표>와 같이 양도소득세 신고를 하였다.

<표> 청구인 등 쟁점법인 대주주들의 양도소득세 신고내역

(2) 한편, 쟁점법인은 2004..1.1.자로 종업원 기준(300명 미만) 및 매출액 기준(300억원 이하)이 중소기업 기준을 초과하여 2007년말까지 3년간 중소기업 유예기간 중에 있었던 법인으로, 2006.12.27.자로 다른 중소기업인 주식회사 띵소프트를 흡수합병하였다.

(3) 이 건 과세요건 성립당시의 「소득세법」 제104조 제1항 제4호 나목·다목 및 같은 법 시행령 제167조의8에 의하면, 「중소기업기본법」 제2조에서 규정하는 중소기업의 주식을 양도하는 경우에는 10%의 양도소득세율을 적용하도록 하였으나, 중소기업의 주식이 아닌 주식을 양도하는 경우에는 20%의 양도소득세율을 적용하도록 하였고, 「중소기업기본법」 제2조 제3항에서 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 이를 중소기업으로 보도록 하면서, 다만 중소기업 외의 기업과의 합병 기타 대통령령이 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 유예적용을 배제하도록 하였으며, 같은 법 시행령 제9조 제1호에서 대통령령이 정하는 사유의 하나로 “법 제2조 제3항 본문의 규정에 의하여 중소기업으로 보는 기업과 중소기업이 합병하는 경우”를 규정하고 있다.

(4) 이 건의 경우, 쟁점법인은 2007년말까지 중소기업으로 보는 기업으로서의 유예기간을 적용받던 중 2006.12.27.자로 다른 중소기업을 흡수합병하였으므로 그 때부터 중소기업으로 보는 기업에 해당하지 아니하게 되었다고 볼 수 있다. 청구인은 이 건과 유사한 사안에 대한 OOOOOOO OOO(OOOOOOOOO, 2007.2.8.)를 근거로 처분청이 「중소기업기본법」 제2조 등을 확대해석하였다고 주장하나, 동 판례의 사안은 1998년도에 합병이 있었던 사안일 뿐만 아니라, 2001년말에 개정된 「중소기업기본법 시행령」 제9조 제1항(이 건에 적용됨)은 유예기간 적용 배제사유의 하나로 ‘중소기업으로 보는 기업과 중소기업이 합병하는 경우’를 규정하여 중소기업이 주체가 되어 중소기업으로 보는 기업을 흡수합병하는 경우는 물론, 중소기업으로 보는 기업이 주체가 되어 중소기업을 흡수합병하는 경우에도 중소기업 유예기간 적용이 배제됨을 분명히 하고 있는 것으로 보이므로 쟁점주식이 「소득세법」 제104조 제1항 제4호 나목의 중소기업 주식에 해당됨을 이유로 이 건 양도소득세를 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.