국심 2006서2288 (2008.12.31)

법인

취소

2004.1.1 이전 채무의 출자전환시 발생한 주식발행액면초과액 중 시가초과분에 대하여는 채무면제익으로 과세할 수 없음

법인세법 제4조【실질과세】/ 법인세법시행령 제11조【수익의 범위】

조심2019중1863

OOO세무서장이 2006.4.10. 청구인에게 한 2002사업연도 법인세 14,931,180원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인(이하 “청구법인”이라 한다)은 OOO에서 ‘공연, 영화, 스포츠 관람을 위한 티켓 예매 및 판매대행업’을 영위하는 법인(대표이사 OOO, 1996.5.9. OOO 주식회사로 설립된 후 2003.4.9. 주식회사 OOO로 법인명칭을 변경함)으로, 1999.4.17. 청구법인과 청구법인의 대표이사 OOO, OOO 그룹의 대표회사인 OOO(주) 간에 청구법인에 대한 ‘지분참여 및 주주 간 계약’을 체결하고 OOO(주)가 1999.5.11.부터 구주양수 및 유상증자에 참여하여 청구법인의 발행주식 188,903주를 취득(지분율 74.8%, 대금 33억원상당)함에 따라 청구법인의 최대주주가 되었다.

나. 이후, OOO(주)는 2000.4.14. 청구법인의 무상신주 188,903주를 취득하였고, 청구법인이 운영하는 입장권 표준전산망 사업을 관장하는 OOO는 2000.8.28. 동 사업의 효율적 운영을 위한 독과점 또는 특혜의 시비를 없애기 위해 청구법인의 발행주식에 대한 분산 등의 조치를 요청하였으며, 이에 따라 OOO(주)는 2000.9.18. 공익기관인 OOO 등에게 청구법인의 발행주식 36,457주를 양도(양도후 주식수 341,349주, 지분율 50.3%)하거나 2000.12.28. OOO 그룹 내 특수관계자인 OOO 등에게 210,589주를, 2001.3.14. 그룹의 사주인 OOO에게 130,760주를 모두 매각하였다.

다. 청구법인은 2002.3.21.까지 OOO서비스(주)로부터 165억원상당의 운영자금을 차입하였지만 경영악화로 차입금 상환이 불가능한 상태였으며, 그 당시 위 1999.4.17.자 지분참여 및 주주 간 계약서에서 정한 바와 같이 OOO(주)가 청구법인의 대표이사 OOO의 동의없이 주식 341,349주를 계열사에게 임의로 처분할 수 없음에도 불구하고 이를 처분한 데 따른 1주당 35,000원의 손해배상책임에 대한 문제가 제기될 상황에서 청구법인, 청구법인의 대표이사 OOO, 청구법인의 채권자이자 최대주주(지분 50.3%)인 OOO 그룹은 2002.8.1. 청구법인에 대한 ‘구조조정 합의서’를 작성하였다.

라. 위 2002.8.1.자 구조조정 합의서에서는 청구법인이 OOO서비스(주)에 대한 차입금 165억원상당에 대한 유상증자(발행주식수 331,804주, 1주당 발행가액 50,000원, 대금 16,590,200,000원)를 실시하고, OOO서비스(주)는 청구법인이 발행한 주식 전부를 인수하기로 규정함에 따라 청구법인은 2002.8.5. OOO서비스(주)로부터 주식인수대금 전액을 납입받았고, 다음 날인 2002.8.6. OOO서비스(주)에 대한 차입금 165억원상당을 상환하였다. 그 후, 청구법인은 위 구조조정 합의서에서 규정한 바와 같이 2002.8.26. 무상감자(주식수를 1/3로 감소)를 실시함에 따라 OOO서비스(주)의 보유주식은 무상감자전 673,153주에서 224,385주로 변경되었으며, OOO서비스(주)는 2002.12.18. 청구법인의 대표이사 OOO에게 137,416주를 주당 5,000원에 양도하고 이에 따른 투자주식처분손실 113억원상당을 특별손실로 회계처리하였으며, 미처분주식 86,969주에 대한 76억원상당을 투자주식평가손실로 회계처리하였다.

마. 처분청은 청구법인의 2002.8.5.자 유상증자 및 2002.8.6.자 채무상환 거래를 청구법인의 OOO서비스(주)에 대한 차입금 상환을 위한 채무의 출자전환으로 봄에 따라 2002.8.5. 청구법인에게 발생한 주식발행초과금상당액이 ‘채무면제익’에 해당한다 하여 청구법인의 2002사업연도 법인세 계산시 주식발행초과금으로 회계처리한 발행가액(16,590,200,000원)과 액면가액(1,569,020,000)의 차액 14,931,180,000원을 익금산입함에 따라 청구법인의 2002사업연도말 현재 세무처리상 공제가능한 이월결손금 14,931,180,000원(1997년도 발생분 890,882,994원, 1998년도 발생분 1,635,438,319원, 1999년도 발생분 2,431,975,937원, 2000년도 발생분 2,895,694,498원, 2001년도 발생분 중 3,828,203,764원, 2002년도 결손금신고액 3,248,984,488원)을 감소시켰으며, 또한 처분청은 청구법인이 위 채무면제익상당액을 과세대상 소득에 포함시키지 아니하였다 하여 이를 부당과소신고금액으로 보아 2006.4.10. 청구법인에게 2002사업연도 법인세(부당과소신고불성실가산세) 14,931,180원을 고지하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2006.6.30. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 ‘2002.8.5.자 유상증자 및 2002.8.6.자 차입금 상환’에 대하여 보면,

(가) OOO 그룹은 청구법인의 입장권표준전산망 운영사업에 컨소시엄 방식으로 참여하여 OOO(주)가 1999년에 청구법인의 최대주주가 되었다. 티켓팅서비스 사업이 우리 사회에 본격적으로 정착될 수 있도록 하기 위해서는 동 사업의 기반이 되는 시설을 미리 갖추어야 하기 때문에 단기적으로 예상되는 매출액의 증가가 미미하더라도 상당규모의 투자를 지속적으로 하여야 할 필요가 있었고, 이러한 투자를 위한 재원조달은 상당부분 금융기관 및 OOO 그룹으로부터 차입을 통하여 이루어졌다.

(나) OOO(주)가 1999년에 취득하여 보유하던 주식은 OOO 그룹의 경영정책상 2000년 12월에 자회사인 OOO, 그룹의 사주인 OOO 회장에게 모두 분산 매각되었다. 하지만, OOO 그룹은 시간이 흐름에 따라 청구법인에 대한 효율적인 투자 및 관리를 위해 주주를 일원화하는 것이 바람직하다고 판단하여 OOO서비스(주)가 청구법인에 대한 투자 및 관리를 전담하게 되었다.

(다) OOO 그룹의 청구법인에 대한 투자방침이 이렇게 정해짐에 따라 청구법인은 OOO로부터 2002.1.26. 98억원상당을, 같은 해 3.21. 60억원상당을 차입하여 이 자금으로 금융기관 차입금 98억원상당과 OOO(주)에 대한 차입금 60억원상당을 각각 변제하였으며, 또한 2002.8.5. OOO가 OOO와 그룹의 사주인 OOO 회장이 보유하던 주식을 전량 인수하여 청구법인에 대한 투자(지분투자 및 자금대여)를 단일화하게 되었다.

(라) 2002.8.5.자 유상증자 및 2002.8.6.자 차입금 상환을 하게 된 사정은 2002년까지 청구법인의 사업성과가 기대치에 훨씬 미치지 못한데다 거액의 누적결손까지 발생하는 상황에서 경영정상화라는 목적을 달성하기 위해서는 대규모의 증자와 이를 재원으로 하여 차입금을 상환함으로써 재무구조를 획기적으로 개선하는 것 이외에는 별다른 방안이 없었는데, 그당시 최대주주였던 OOO서비스(주)(지분율 50.3%)가 청구법인의 유상증자에 단독으로 참여하기로 결정하여 OOO서비스(주)는 2002.8.5. 주식인수대금 16,590,200,000원을 납입하였고, 청구법인은 2002.8.6. OOO서비스(주)의 주식납입대금으로 OOO서비스(주)에 대한 차입금 16,590,200,000원을 상환하였다. 한편, 2002.8.5.자 유상증자로 인해 자본금 1,659,020,000원이 증가하였고, 주식발행초과금 14,931,180,000원이 발생하게 되었다.

(2) 처분청이 ‘이 건 유상증자 및 채무상환 거래’를 채무의 출자전환으로 보아 주식발행초과액을 채무면제익으로 본 것이 타당한지에 대하여 보면,

(가) 청구법인의 유상증자 및 채무상환은 금전출자에 의한 유상증자와 채무의 상환이라는 두 가지 법률행위가 순차적으로 발생한 것이므로, 주금납입이 없는 채무의 출자전환에 해당하지 아니한다.

(나) ‘출자전환’이란 일반적으로 기업에 채권을 가지고 있는 채권자가 금전에 의한 현실적 주금납입없이 회사에 대한 채권을 출자의 목적물로 삼아 출자에 갈음함으로써 자본금을 증가시키는 것을 말한다. 이러한 출자전환은 주식회사의 주주는 납입에 관하여 상계로써 회사에 대하여 대항하지 못한다는 상법 제334조의 규정의 예외에 해당한다. 한편, 회사정리계획에 의한 채무의 출자전환인 경우 구 회사정리법 제222조(현행 ‘채무자회생 및 파산에 관한 법률’ 제206조)는 주금납입에 갈음하지 못한다는 상법 제334조의 적용을 배제하므로 주금납입이 없는 회사에 대한 채권을 자본금으로 전환하는 것이 당연히 인정된다. 반면에, 회사정리절차를 밟지 않는 경우에는 주금납입이 없는 출자전환이 상법 제334조의 규정에 저촉됨이 없이 가능한지에 대하여 어느 법령에서도 명문으로 규정하고 있지 않다.

(다) 청구법인은 2002.8.3. 청구법인의 이사회 결의를 거쳐서 OOO서비스(주)에게 신주를 전부 배정하였고, OOO서비스(주)는 신주청약 납입기일인 2002.8.5. OOO에서 신주청약대금 16,590,200,000원을 납입하였다. 이처럼 채권자인 OOO서비스(주)가 직접 증자대금을 납입한 후, 이를 재원으로 하여 기존 채무를 상환한 이 건 거래는, 앞에서 살펴본 바와 같이 출자절차에 관한 상법 규정 즉, 금전에 의한 주금납입의 요건을 모두 갖춘 것으로서 채무가 직접 출자로 전환되었다거나 납입액 중 일부를 주금의 납입이 아닌 금전의 무상제공으로 볼 수 없으므로, 채무의 출자전환에 해당한다고 볼 수 없다.

(라) 한편, 청구법인이 유상증자를 실시할 당시(2002.8.5.)의 법인세법 규정을 보면, 법인세법 제17조(자본거래로 인한 수익의 익금불산입) 제1항 제1호에서 ‘주식발행액면초과액’을 익금불산입 대상으로 열거하고 있을 뿐, 다른 어느 조문에서도 금전출자에 의한 증자에 있어서 주식의 발행가액이 시가(액면가액)를 초과하는 경우 시가상당액(또는 액면가액) 초과액을 익금산입 대상으로 하여 법인세를 과세한다는 규정은 없다. 또한, 2003.12.30. 개정된 법인세법 시행령 제15조 제1항 및 이를 반영한 2005.12.31. 개정된 법인세법 제17조 제1항 제1호 단서에서도 채무의 출자전환의 경우에 한해 당해 주식의 시가를 초과하여 할증발행한 경우 그 시가초과부분을 주식발행초과액으로 보지 않는다고 규정하고 있을 뿐이며, 금전출자에 있어서 정상적으로 납입절차가 완료된 출자금에 대하여 출자의 이행이 없다고 본다는 규정은 찾아볼 수 없다. 덧붙이면, 출자의 이행은 상법상 요구되는 형식적 요건을 엄격하게 충족하여야 하는 법률행위이므로 이 건의 경우와 같이 소정의 절차를 모두 충족하여 적법하게 이루어진 출자에 대해서는 그 절차에 의하여 확정된 외관을 무시하고 그 자금흐름의 내용을 주관적으로 판단하여 사실상 주금납입이 이루어지지 않았다고 볼 수는 없는 것이다.

(3) 설령, 처분청과 같이 이 건 유상증자를 채무의 출자전환으로 보아 주식발행초과액상당액을 채무면제익으로 보아 법인세를 과세하는 것은 ‘소급과세금지원칙’ 또는 ‘신의성실원칙’에 위배된다는 점에 대하여 보면,

(가) 먼저, 채무의 출자전환시 발생한 주식발행액면초과액을 채무면제익으로 보아 익금산입한다는 법령의 적용시기를 보면, 채무의 출자전환시 신주의 발행가액이 당해 주식의 시가를 초과하는 경우 그 초과액을 익금불산입 대상인 ‘주식발행초과금’으로 볼 것인지 아니면, 익금산입 대상인 ‘채무면제익’으로 볼 것인지에 대하여는 그 동안 많은 논란이 있어 관련 예규도 여러 번 바뀌어 오다가 과세당국이 2003.12.30. 법인세법 시행령을 개정하여 채무의 출자전환시 신주의 발행가액이 당해 주식의 시가를 초과하는 경우, 그 초과액을 채무면제익으로 보아 익금산입한다고 규정하였다가 2005.12.31. 법인세법 개정시 이를 익금산입한다고 명확하게 규정하였다.

(나) 채무의 출자전환과 관련하여 과세당국의 ‘2003.3.5. 이전의 해석’을 보면, 과세당국은 상법에서 주식발행초과금을 자본준비금으로 규정한 점을 중시하여 채무법인의 출자전환시 주식발행가액(출자전환가액)이 주식의 시가보다 큰 경우에도 주식발행가액과 주식의 시가와의 차액을 익금불산입 대상인 주식발행액면초과액으로 해석OOO해 오다가, 2002.3.5. 재정경제부는 기존의 예규를 변경하여 채무의 출자전환시 발생하는 시가초과액을 채무면제익으로 간주하여 법인세를 과세한다고 유권해석OOO을 변경하면서 그 적용시기를 ‘2003.3.5. 이후 최초로 개시하는 사업연도에 출자전환하는 분부터 적용한다’고 하였고, 채무의 출자전환시 발생하는 시가초과액이 법인세 과세대상이라는 점을 명문화 하기 위해 2003.12.30. 개정한 법인세법 시행령 제15조 제1항에서도 ‘2004.1.1. 이후 출자전환분부터 적용한다’고 명확히 규정하였는바, 어떠한 경우에도 2003.3.5. 이전에 발생한 채무의 출자전환에 대해서는 법인세를 과세할 수 없는 것이다.

(다) 그럼에도 불구하고, 처분청은 2003.12.30. 개정된 법인세법 시행령 제15조 제1항 및 기존의 예규를 위반하면서까지 청구법인에게 채무면제익에 대한 법인세를 과세한 것은 신뢰보호원칙에 반함은 물론, 소급과세금지원칙에도 위배되는 위법한 처분이다.

(4) 처분청이 2002.8.5. 청구법인에게 발생한 주식발행초과금을 채무면제익으로 보아 ‘부당과소신고불성실가산세’를 부과한 처분이 부당하다는 점에 대하여 보면,

(가) 설령, 처분청과 같이 청구법인의 2002.8.5.자 유상증자를 채무의 출자전환으로 보아 주식발행초과금을 익금산입 대상인 채무면제익으로 본다 하더라도 이에 대해서는 법인세법 제76조 및 동법 시행령 제 118조 제4항에서 규정한 ‘부당과소신고신고불성실가산세’를 부과하여서는 안된다.

(나) 법인세법 제76조 및 동법 시행령 제118조 제4항에서는 과소신고금액 중 부당과소신고금액으로 구분되는 유형을 한정적으로 열거하고 있는바, 이 건 채무면제익이 부당과소신고금액으로 구분되기 위해서는 제4항 제6호의 기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 경우일 것이며, 다른 사항의 경우에는 이에 해당될 여지가 없고, 익금의 고의누락 또는 손금의 허위계상이라 함은 법인이 매출액을 실제보다 축소하여 기장하거나 가공의 인건비를 계상하는 것과 같은 비정상적인 방법으로 회계처리를 하여 소득금액이 감소된 경우를 의미한다.

(다) 청구법인의 경우, 이 건 유상증자 대금을 상법 및 기업회계기준에 따라 자본금과 주식발행초과금으로 적정하게 회계처리하였는데도 처분청이 주식발행초과금을 채무면제익으로 처리하지 않았다는 이유만으로 청구법인이 주식발행초과금에 상당하는 익금을 고의로 누락한 것으로 보아서는 안된다. 이와 같이, 청구법인이 주식발행초과금을 익금에 산입하지 아니한 데 대한 합리적인 이유가 있음에도 처분청이 부당과소신고불성실가산세를 부과하였음은 가산세 적용에 대한 법리로 비추어 보건대 부당하며, OOO 판례OOO에서도 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다고 판결하고 있다.

(라) 앞서 본 바와 같이, 실무적으로 인정되는 채무의 출자전환과 청구법인의 유상증자 행위는 분명한 차이가 있으며 설령, 청구법인의 2002.8.5.자 유상증자를 세무상 출자전환으로 볼 수 있다고 가정한다 하더라도 2002년 당시 관련 법인세법이나 예규에 의할 경우 채무의 출자전환을 채무면제익으로 보아 익금산입한다는 명문의 규정이나 해석이 전무하였던 것이 사실이고, 2003년에 이르러서야 비로소 예규OOO를 변경하여 법인세 과세가 가능하도록 하면서 그 적용시기를 ‘2004.1.1. 이후 출자분부터 적용한다’고 분명히 하였던 점 등을 감안하면, 청구법인이 2002.8.5. 발생한 주식발행초과금을 채무의 출자전환시 발생한 채무면제익으로 보아 익금산입할 것으로 기대하는 것은 무리라 할 것이므로, 부당과소신고불성실가산세 면제사유가 존재한다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 ‘2002.8.5. 유상증자 및 2002.8.6. 채무상환, 그리고 OOO서비스(주)의 2002.12.18. 주식양도’에 대하여 보면,

(가) 2002.8.1. OOO 그룹과 청구법인 및 청구법인의 대표 OOO 간에 체결한 ‘구조조정 합의서’(OOO 그룹의 채권을 전액 출자전환하고 주식 수를 1/3로 무상감자한 후 OOO 그룹의 지배권을 포기하여 일정지분 이하가 되도록 주식을 주당 5,000원에 OOO에게 양도하고, 1999.4.17.에 체결한 지분참여 및 주주 간 계약을 폐지하여 OOO의 OOO 그룹에 대한 동 계약상의 일체의 청구권을 포기한다)는 채권자인 OOO 그룹에게 일방적으로 불리하게 작성한 것으로 보이며, 이에 따라 청구법인이 2002.8.5. 차입금 등 채무액 16,590,200,000원에 해당하는 유상증자(발행주식수 331,804주, 1주당 발행가액 50,000원, 액면가액 5,000원)를 실시하여 OOO서비스(주)가 청구법인의 발행주식 전부를 단독으로 인수하기로 하여 당일 주금대금 전액을 납입하였고, 다음 날인 2002.8.6. 청구법인이 주금납입액 전액을 인출하여 OOO서비스(주)에 대한 차입금 전액을 상환하였으며, 2002.8.26. 무상감자를 실시하여 주식수를 1/3로 감소시킨 후, OOO서비스(주)는 2002.12.18. 청구법인의 대표이사 OOO에게 감자후 주식수 224,385주 중 137,416주를 주당 5,000원에 양도하면서 거액의 투자주식처분손실 11,345,652천원로 회계처리하였으며, 미처분주식 86,969주에 대하여도 취득가액 7,615,290천원 전액을 투자주식평가손실로 회계처리하였다.

(나) 이 건 거래가 이루어질 당시 OOO서비스(주)는 청구법인에게 자금지원 명목으로 165억원상당을 대여하였지만 청구법인의 경영악화로 파산위기에 이르러 대여금 회수가 불가능한 상태였고, 또한 1999.4.17.자 지분참여 및 주주 간 계약서 제9조에서 정한 손해배상 책임(OOO주식회사가 청구법인의 대표이사 OOO의 동의없이 주식 341,349주를 계열사에게 전량 처분함에 따른 주당 35,000원의 손해배상) 문제가 제기될 상황에서 청구법인에 대한 부실채권 정리와 손해배상 책임을 원만히 해결하기 위하여 2002.8.1. 채권자와 채무자 간에 ‘구조조정 합의’라는 채권자에게 일방적으로 불리한 계약을 체결하게 됨에 따라 청구법인의 유상증자 및 채무상환 그리고, OOO서비스(주)의 주식양도 거래가 이루어졌던 것으로 보인다.

(다) 결국, 청구법인의 채권자이면서 최대주주인 OOO서비스(주)는 부실채권의 정리 및 손해배상 책임을 원만하게 해결하기 위해 비정상적인 유상증자와 채무상환이라는 형식을 빌려 무가치한 주식(이 건 유상증자당시 매매사례가액 등 시가가 없으므로 보충적 평가액인 ‘0원’으로 봄)을 고액(1주당 50,000원)으로 대체 취득하여 주식을 양도함으로써 투자주식처분손실로 회계처리하였으며, 채무자인 청구법인은 채권자와 합의하여 손해배상청구권 대신에 채무를 면제받았다고 할 것이다.

(2) 청구법인의 2002.8.5.자 유상증자와 2002.8.6.자 채무상환 거래를 별개의 독립된 거래로 볼 것인지 아니면, 일련의 거래로서 채무의 출자전환으로 볼 것인지, 나아가 2002.8.1.자 ‘구조조정 합의’에 대한 거래의 실질이 무엇인지에 대하여 보면,

(가) 청구법인의 2002.8.5.자 유상증자는 주식발행가액이 현실성없이 고가(1주당 50,000원)로 결정된 것으로서 액면가액 5,000원짜리의 주식가격을 결정하면서 주식발행회사인 청구법인의 자산가치 등이 반영됨이 없이 채권자인 OOO서비스(주)의 대여금 채권 165억원상당으로 꿰어 맞춘 경제적 합리성이 결여된 유상증자에 해당한다.

(나) 일반적으로 유상증자의 경우 먼저 주식발행가액 중 일부만을 청약증거금으로 납입시킨 후 일정기간 경과후 주식발행 및 잔금납입, 등 주식인수절차를 취하기 마련인데, 이 건 거래는 주식발행대금 165억원상당 전부를 일시에 납입하고, 그 다음날 전액이 대여금 채무 상환 명목으로 즉시 회수된 점으로 보아 일반적인 유상증자와는 차이가 있다.

(다) 또한, 일반적으로 채권자는 채무자가 영업을 계속하고 있는 경우에 장래 채권행사가 조금이라도 가능하다면 채권형태로 계속 유지하고 있을 터인데, 굳이 일시적인 거액의 자금이 필요하고 복잡한 유상증자와 채권회수의 형식을 빌어 거래가 이루어짐으로써 결국, 채권을 포기하게 되는 경제적인 합리성이 결여된 유상증자 및 채무상환으로 보인다. 특히, 청구법인은 OOO가 지정한 입장권표준전상망 사업주체로서 2002사업년도까지는 자본잠식상태(2001사업년도말 장부상 이월결손금은 21,509백만원임)가 심하였지만 향후 사업전망이 있어 OOO서비스(주)로서는 부실채권에 대한 회수가능성이 높았다고 보인다.

(라) 그리하여, OOO서비스(주)는 2002.8.5. 청구법인의 주식을 고액(발행가액 50,000원)으로 인수한 후, 20일 내인 2002.8.26. 무상감자(주식수를 1/3로 감소)를 하여 결국 1주당 15만원에 취득한 주식을 4개월 내인 2002.12.18.에 1주당 5,000원에 처분하였고, 그 주식의 취득자가 청구법인의 대표자인 OOO로서 OOO서비스(주)와 OOO의 출자지분이 유상증자전 50.3%와 17.8%에서 25.8%와 52.7%로 각각 변경되었으며, 채권자이자 최대주주인 OOO서비스(주)는 사실상 청구법인의 지배권을 포기한 것으로 보이는 점 등 이 건 일련의 거래는 채권자인 OOO서비스(주)에게 일방적으로 불리하게 이루어진 것으로 볼 수 있다.

(마) 이와 같이, 채권자인 OOO서비스(주)와 채무자인 청구버인 간의 계약내용이 채권자에게 일방적으로 불리하게 된 사정은 2002.8.1.자 ‘구조조정 합의서’ 제2조에서 청구법인의 대표이사 OOO가 OOO 그룹에 대한 일체의 청구권을 포기하기로 한 것은 1999.4.17.자 지분참여 및 주주 간 계약의 제9조에서 OOO(주)가 청구법인의 대표이사 OOO의 동의없이 계열사에게 주식 341,349주를 전량 처분한 데 따른 주당 35,000원상당의 손해배상 책임 즉, 119억원상당의 손해배상 책임을 원만하게 해결하기 위하여 이와 같이 채권자인 OOO서비스(주)에게 불리한 구조조정 합의를 하였던 것으로 보인다.

(바) 그러므로, 청구법인의 2002.8.5.자 유상증자와 2002.8.6.자 채무상환 거래는 채권자인 OOO서비(주)가 경제적 합리성이 결여된 유상증자에 참여하여 주식인수대금 전액을 일시에 납입하였고 채무자인 청구법인은 경제적 합리성이 결여된 채무상환을 한 것으로서 이는 처음부터 채권자와 채무자 간에 비정상적인 거래를 합의한 것으로 보이므로, 독립된 의사결정에 의해 이루어진 별개의 거래로 인정하기 어렵다.

(사) 한편, 일반적인 채무의 출자전환은 회사정리절차․화의절차 등과 같이 엄격한 법적 요건하에서 이루어지는 것으로서 피투자회사의 재무상태를 개선하거나 구조조정 및 경영합리화를 통하여 차후 회사를 회생하여 장래에 출자주식의 가치를 증대시켜 채권자로 하여금 채권회수가 가능하도록 하는 것이며, 이 때의 절차는 정리개시결정, 원리금의 감면후 출자전환 등이 이루어지고 기존주식의 감자후에 출자전환이 이루어짐에 따라 기존주주의 출자지분은 감소하고 채권자의 출자지분이 증가하는 등 경제적 합리성에 따라 이루어진다고 할 것인데, 이 건 유상증자 및 채무상환은 화의절차나 회사정리절차 등과 같은 엄격한 요건하에서 이루어지는 주금납입 절차가 필요없는 채권․채무 재조정에 의한 출자전환이라고 할 수 없다.

(아) 결론적으로, 이 건 유자증자와 채무상환 거래의 실질은 청구법인과 청구법인의 출자자들 간에 체결한 1999.4.17.자 지분참여 및 주주 간 계약내용에 따른 손해배상 책임을 원만히 해결하기 위하여 2002.8.1.자 구조조정 합의 내용에 따라 이루어진 비정상적인 것으로서 일반적으로 이루어지는 채권정리 절차를 취하지 아니하고 비정상적인 유상증자와 채무상환의 형식을 빌려 무가치한 주식을 대체취득함으로써 채권의 대손처리 대신 투자주식처분손실을 인식할 의도가 있었다고 보이고, 이에 따라 OOO서비스(주)의 채권이 투자주식으로 전환한 시점에 청구법인에 대한 대여금의 채권은 소멸되었다 할 것이므로 채권자는 채권행사를 포기하였다고 할 것이고, 마찬가지로 채무자는 채무의 변제의무를 면제받았다고 할 것이다.

(자) 따라서, 이 건 유상증자 및 채무상환 거래는 그 실질에 따라 채권자에게는 부실채권 정리 및 손해배상 책임의 원만한 해결을 위해 부실채권을 무가치한 투자주식으로 전환함에 따른 채권포기 행위 및 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금 채권의 대손처리에 대한 법인세 부담을 부당하게 감소시켰다고 할 수 있으므로, 부당행위계산 부인규정을 적용함이 타당하고, 채무자에게는 채권자와의 합의내용에 따라 손해배상청구권 대신에 채무를 면제받았다고 할 것이므로, 이 건 유상증자시 발생한 주식발행초과금을 채무면제익으로 보아 익금산입한 것은 정당하다.

(3) 청구법인의 2002.8.5. 유상증자시 발생한 주식발행초과금을 채무면제익으로 보아 익금산입하고 이에 대한 부당과소신고불성실가산세를 적용한 데 대하여 보면,

(가) 기업회계기준 제67조(채권채무 재조정)에 관한 해석 55-67(1999.9.14.)에서는 회사정리절차의 개시, 화의절차의 개시 및 거래당사자 간의 합의 등으로 인하여 채무의 변제를 목적으로 지분증권을 발행하는 경우에는 채무자의 경우 공정가액을 기준으로 한 변제대가가 변제된 채무액보다 적은 경우에는 재조정시점에 채무면제익으로 처리하여야 한다고 해석하고 있다.

(나) 그런데, 청구법인은 ‘주식회사의 외부감사에 관한 법률’ 제2조의 규정에 의한 외부감사 대상법인으로서 위와 같은 기업회계기준에 의하여 기장하지 않았고, 회계감사보고서에도 이에 대한 언급이 없으며 위에서 본 바와 같이, 이 건 유상증자 및 채무상환 거래의 실질은 부실채권 정리 및 손해배상 책임을 원만히 해결하기 위하여 구조조정 합의라는 채권자에게 일방적으로 불리한 계약내용에 따라 이루어진 것으로서 결국, 채권자는 정상적인 채권정리절차를 취하지 아니하고 비정상적인 유상증자와 채무상환이라는 형식을 빌려 무가치한 주식으로 대체 취득함으로써 손해배상 책임이나 채권의 대손처리 대신 투자주식의 처분손실로 인식하여 업무무관 가지급금 등의 대손처리와 관련된 법인세법상의 손금불산입 규정을 회피할 의도가 있었다고 할 것이므로, 채권자에게는 채권포기에 의한 부당행위계산 부인규정을 적용함이 타당하고, 채무자에게는 채권자와의 합의한 내용에 따라 손해배상청구권 대신에 채무를 면제받았다고 할 것이다.

(다) 결국, 이 건 채무면제익은 부당행위계산 부인금액에 해당하므로, 부당과소신고금액에 해당하고, 또한 청구법인은 외부회계감사대상법인으로서 먼저 기업회계기준에 의하여 채무면제익으로 계상한 후 세무조정 과정에서 익금의 해당여부를 검토하였어야 함에도 이에 대한 내용이 전혀 없다는 점에서 그 의무의 이행을 게을리 한 데 대한 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. 따라서, 이 건 채무면제익에 대해 부당과소신고불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1)처분청이 청구법인의 2002.8.5.자 유상증자와 2002.8.6.자 채무상환 거래의 실질을 ‘채무의 출자전환’으로 봄에 따라 2002.8.5. 청구법인에게 발생한 주식발행초과금상당액을 채무의 출자전환에 따른 ‘채무면제익’이라 하여 법인세를 부과한 처분의 당부

(2) 청구법인이 채무의 출자전환에 따른 주식발행초과금을 채무면제익으로 익금산입하지 아니한 데에는 ‘정당한 사유’가 있으므로 부당과소신고불성실가산세를 적용할 수 없다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제4조【실질과세】① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

(2) 법인세법 제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

(2-1) 법인세법 시행령(2006.2.9. 개정되기 전의 것) 제11조【수익의 범위】법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액

(2-1)′법인세법 시행령(2006.2.9. 개정된 것) 제11조【수익의 범위】법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액(법 제17조 제1항 제1호 단서의 규정에 따른 금액을 포함한다) ☞ 2006.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용

(3) 법인세법(2005.12.31. 개정되기 전의 것) 제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】다음 각호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

1. 주식발행액면초과액

(3)′법인세법(2005.12.31. 개정된 것) 법인세법 제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】① 다음 각호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

1. 주식발행액면초과액. 다만, 채무의 출자전환으로 주식 등을 발행하는 경우에는 당해 주식 등의 시가를 초과하여 발행된 금액을 제외한다. (2005.12.31. 단서신설) ☞ 2006.1.1 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용

(3-1) 법인세법 시행령(2003.12.30. 개정되기 전의 것) 제15조【주식발행액면초과액 등】① 법 제17조 각 호의 규정에 의한 수익은 상법제459조&public_ilja=&public_no=&dem_no=2006서2288&dem_ilja=20081201&chk2=1" target="_blank">각각 상법 제459조 제1항 제1호 내지 제3호 및 제3호의 2에 해당하는 금액으로 한다.

(3-1)′법인세법 시행령(2003.12.30. 개정된 것) 제15조【주식발행액면초과액 등】① 법 제17조 각 호의 규정에 의한 수익은 상법 제459조 제1항 제1호 내지 제3호 및 제3호의 2에 해당하는 금액으로 한다. 이 경우 법 제17조 제1호의 주식발행액면초과액에 있어서 채무의 출자전환으로 주식을 발행한 경우로서 당해 주식의 시가가 액면가액 이상이고 발행가액 이하에 해당하는 경우에는 시가에서 액면가액을 차감한 금액을 말한다. ☞ 2004.1.1. 이후 채무를 출자전환하는 분부터 적용

(4) 법인세법 제76조【가산세】① 납세지관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. (단서생략)

2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액

가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 “부당과소신고금액”이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다.

나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

(4-1) 법인세법 시행령 제118조【과소신고금액의 계산 등】④ 법 제76조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 부당과소신고금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다.

1. 법 제52조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

6. 기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계산하여 익금에 산입한 금액

(5) 국세기본법 제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

(6) 국세기본법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】② 국세를 납부할 의무(괄호생략)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

(7) 상법 제416조【발행사항의 결정】회사가 그 성립후에 주식을 발행하는 경우에는 다음의 사항으로서 정관에 규정이 없는 것은 이사회가 이를 결정한다. 그러나 본 법에 다른 규정이 있거나 정관으로 주주총회에서 결정하기로 정한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 신주의 종류와 수

2. 신주의 발행가액과 납입기일

3. 신주의 인수방법

(7-1) 상법 제421조【주식에 대한 납입】이사는 신주의 인수인으로 하여금 그 배정한 주수에 따라 납입기일에 그 인수한 각 주에 대한 인수가액의 전액을 납입시켜야 한다.

(7-2) 상법 제459조【자본준비금】① 회사는 다음의 금액을 자본준비금으로 적립하여야 한다.

1. 액면 이상의 주식을 발행한 때에는 그 액면을 초과한 금액

2. 자본감소의 경우에 그 감소액이 주식의 소각, 주금의 반환에 요한 금액과 결손의 보전에 충당한 금액을 초과한 때에는 그 초과금액

4. 기타 자본거래에서 발생한 잉여금

다. 사실관계 및 판단

(1) 1999.4.17. 청구법인, 청구법인의 대표이사 OOO, OOO 그룹의 대표회사 OOO(주) 간에 체결한 입장권표준전산망 운영사업에 관한 ‘지분참여 및 주주 간 계약서’에 기재된 주요내용은 다음과 같다.

(가) 제1조(계약의 목적부분)에서는 OOO는 국․공영문화기관, 영화관, 체육경기장 등에 대한 입장권표준전산망의 운영과 관련하여 그 운영시스템으로 OOO가 보유하고 있는 “OOO” 시스템을 지정하고 그 운영주체인 청구법인이 주도하여 OOO(주) 등 동 사업에 참가하기를 희망하였던 경쟁사들을 구성원으로 하여 컨소시엄을 지정한다.

(나) 제3조(지분참여)에서는 청구법인에 대한 지분참여는 신주발행에 따른 주식인수, 구주매매, 추가 신주발행에 의한 신주인수 및 제3투자자에 대한 신주발행으로 이루어지며, 이에 따른 청구법인에 대한 지분구조는 OOO 20%, OOO(주) 70.83%, 기타 투자자 7.3%, ACT 1.87%로 구성하며, OOO(주)는 신주인수 등을 통해 33억원상당을 투자한다.

(다) 제4조(자금의 대여 및 보증채무의 인수)에서는 OOO(주)는 청구법인에게 1999.4.30.까지 18억원, 1999.5.31.까지 8억원, 합계 26억원상당의 자금을 대여하고 보증채무를 인수하기로 약정한다.

(라) 제9조(주식의 양도 및 담보의 제공)에서는 OOO(주)와 OOO 간에는 OOO가 청구법인의 대표이사직을 수행하고 있는 동안 상대방의 서면동의 없이는 각자가 소유한 주식 중 어느 부분에 대하여도 교환, 현물출자, 양도, 담보제공 기타 일체의 처분행위를 할 수 없고, OOO(주) 또는 OOO가 위 규정에 위반하는 경우 그 위반행위에 관련된 주식수에 주당 35,000원의 가격을 곱한 금액을 상대방에게 손해배상금으로 지급하여야 한다.

(2) 2002.8.1. 청구법인, 청구법인의 대표이사 OOO, OOO 그룹 간에 체결한 청구법인에 대한 ‘구조조정 합의서’의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 제1조(구조조정 계획 및 진행순서)에서는 OOO(주) 및 그 특수관계인들의 회사(이하 OOO(주) 및 그 특수관계인들을 합하여 “OOO”이라 한다)에 대한 채권 전액(16,590,200,000원)을 출자전환(액면가 5,000원인 회사의 보통주를 50,000원에 발행)하며, 출자전환 방식은 OOO의 신주대금납입 및 회사의 증자등기 즉시 회사가 그 자금을 인출하여 OOO에 대한 채무 전액을 변제하고, 회사의 주당 순자산가치 상승을 통한 신규투자 유치를 위한 기반조성 목적으로 회사 주식을 3:1 균등감자하며, OOO의 회사에 대한 지분이 19.9%가 될 수 있도록 소유지분 일부를 OOO에게 액면가액 5,000원에 양도한다.

(나) 제2조(회사, OOO, OOO 사이의 계약조건)에서는 향후 회사에 대한 경영권은 OOO가 전적으로 행사(OOO이 선임한 이사 전원 사임)하고, OOO은 OOO가 회사에 대하여 25% 이상의 지분을 유지하는 한 OOO이 보유하는 주식의 전부 또는 일부를 제3자에게 매각하여 그 제3자의 회사에 대한 지분이 당시 OOO가 보유하는 지분의 80%를 초과하여서는 아니되며, OOO 및 OOO 사이에 체결한 1999.4.17.자 “지분참여 및 주주 간 계약”을 폐기하고, OOO가 OOO에 가진 동 계약상의 일체의 청구권을 포기한다.

(3) 이 건 2002.8.5.자 주식발행관련 청구법인의 2002.8.3.자 ‘이사회 회의록’에는 회사가 신주 331,804주를 발행(1주당 발행가액 ; 50,000원, 신주의 배정방법 ; 정관 제10조 제2항 제5호에 의거 신주 전부를 OOO서비스(주)에 배정한다고 기재함)하여 회사의 납입자본금을 3,396,360,000원에서 금 5,055,380,000원으로 증액할 것을 상정하여 가결받은 것으로 나타나고, 또한 OOO서비스(주)의 2002.8.1.자 ‘이사회 회의록’에는 회사가 청구법인에게 갖고 있던 ‘대여금 출자전환’(신주의 발행방법 : 유상증자로, 주금의 총액 : 16,590,200,000원, 비고 : 대여금 출자전환 후 대여금 총액을 상환받는다고 기재함)할 것을 상정하여 가결받은 것으로 나타난다.

(4) ‘청구법인의 등기부등본’에는 2002.8.6.자에 청구법인의 자본금이 당초 금 3,396,360,000원에서 금 5,055,380,000원으로 증액된 것으로 나타난다.

(5) 청구법인의 2002.8.5.자 주식발행 관련 ‘청약증거금 납입영수증’(2002.8.5.) 및 ‘주금납입금 보관증명서’(2002.8.5.) 및 청구법인의 OOO에는 OOO서비스(주)의 신주청약증거금 16,590,200,000원이 2002.8.5. OOO 지점에 납입되어 보관되었음이 나타나고, 동 금액이 2002.8.6. 청구법인의 OOO 통장에 입금처리된 후, 같은 날 청구법인이 이를 출금하여 OOO서비스(주)에 대한 차입금을 상환한 것으로 나타난다.

(6) 이 건 유상증자에 대한 회계처리 내용을 보면, 신주발행가액 16,590,200,000원(=1주당 발행가액×주식수=50,000원×331,804주) 중 1,659,020,000원(=1주당 액면가액×주식수=5,000원×331,804주)은 ‘자본금’으로, 나머지 14,931,180,000원(16,590,200,000원-1,659,020,000원)은 상법상 자본준비금인 ‘주식발행초과금’으로 회계처리한 것으로 나타난다.

(7) 이를 바탕으로 하여, 처분청이 청구법인의 2002.8.5.자 유상증자와 2002.8.6.자 채무상환 거래의 실질을 ‘채무의 출자전환’으로 봄에 따라 2002.8.5. 청구법인에게 발생한 주식발행초과금상당액을 채무의 출자전환에 따른 ‘채무면제익’으로 본 데 대하여 이 건 유상증자 및 채무상환이 이루어질 당시에는 채무의 출자전환에 따른 주식발행초과금상당액을 채무면제익으로 본다는 법인세법 규정이 없다가 2003.12.30. 이후에서야 비로소 이에 대한 규정이 신설되었으므로, 이 건 법인세 부과처분은 국세기본법 제18조에서 규정한 ‘소급과세금지원칙’ 또는 국세기본법 제15조에서 규정한 ‘신의성실원칙’에 위배된다는 청구주장에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 2002.8.5. 이 건 유상증자를 실시할 당시 법인세법 제15조 제1항에서는 법인세 과세대상 소득인 익금에 대하여 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동법 시행령 제11조 제6호에서는 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액을 수익의 하나로 규정하고 있으며, 동법 제17조 제1호에서는 자본거래로 인하여 발생하는 ‘주식발행액면초과액’에 대해서는 익금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 청구법인의 2002.8.5.자 유상증자 및 2002.8.6.자 채무상환 거래의 실질을 채무의 출자전환으로 봄에 따라 2002.8.5. 청구법인에게 발생한 주식발행초과금상당액을 채무면제익으로서 익금산입한 경우인데, 그동안 과세당국은 법인세법 제17조 제1호에서 규정한 바와 같이 비록 채무의 출자전환으로 주식을 발행한 경우에도 주식발행액면초과액을 자본거래에서 발생한 자본준비금이라는 특성을 중시하여 익금불산입 대상으로 규정하거나 해석OOO하여 오다가, 2003.3.5.에 이르러서야 비로소 법인이 법정관리계획에 따라 출자전환하여 주식을 발행하는 경우에 출자전환으로 발행한 주식의 발행가액과 액면가액과의 차이 중 주식의 시가를 초과하는 부분은 실제 주식을 발행한 채무법인에게 주금이 납입된 것이 아니라 경제적 실질상 채무가 면제된 것이나 다름없으므로 채무법인이 종전에 주식발행액면초과액으로 보았던 금액 중 주식의 시가를 초과하는 발행가액상당액에 대해서는 ‘채무면제익’으로 보아 익금산입하고, 시가와 액면가액의 차액에 대해서는 여전히 ‘자본준비금’(주식발행액면초과액)으로 보아 익금불산입한다고 유권해석을 변경OOO하면서 그 시행시기를 ‘2003.3.5. 이후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다’고 하였다가, 동 시행시기와 관련하여 변경된 예규의 시행일 전에 이루어진 거래에 대해 변경된 예규를 적용할 경우 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 위배될 우려가 있다고 보아 그 시행시기를 ‘변경된 예규 시행일 이후 최초로 개시하는 사업연도에 출자전환하는 분부터 적용한다’고 재차 예규를 변경OOO하였다.

(다) 청구법인의 2002.8.5.자 유상증자가 이루어진 후, 2003.12.30. 개정한 법인세법 시행령 제15조 제1항에서는 법 제17조 제1호에서 규정한 ‘주식발행액면초과액’에 대하여 채무의 출자전환으로 주식을 발행한 경우로서 당해 주식의 시가가 액면가액 이상이고 발행가액 이하인 경우에는 주식발행액면초과액 중 시가에서 액면가액을 차감한 금액에 대해서만 익금불산입한다고 규정하면서 그 부칙에서 ‘2004.1.1. 이후 채무를 출자전환하는 분부터 적용한다’고 하고 있는 점에 비추어, 2004.1.1. 이후 채무의 출자전환으로 주식을 발행한 경우 주식발행법인에게 발생한 주식발행액면초과액 중 당해 주식의 시가를 초과한 부분에 대해서는 채무면제익으로서 법인세를 과세할 수 있도록 과세근거를 마련하였다.

(라) 한편, 청구법인이 이 건 법인세 부과처분이 위법하다고 주장하면서 들고 있는 국세기본법 제18조 제2항의 ‘부진정 소급과세금지의 원칙’은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있은 경우 그 효력발생 전에 종결한 과세요건 사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 그 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건 사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니라 할 것이고, 또 국세기본법 제18조 제3항의 ‘행정해석에 의한 소급과세금지의 원칙’은 납세자가 과세관청의 세법에 대한 해석 또는 비과세에 대한 국세행정을 신뢰한 데 대하여 과세관청의 새로운 해석에 의해 납세자에게 부당한 과세처분이 이루어지지 않도록 하기 위해 마련한 규정이라 할 것이다.

(마) 위에서 본 채무의 출자전환과 관련된 법인세법 규정의 입법경과 및 국세기본법 제18조에서 규정한 소급과세금지원칙에 대한 법령해석을 바탕으로 하여 처분청의 이 건 법인세 부과처분이 타당한지를 살펴본다. OOO서비스(주)의 2002.8.1.자 이사회 회의록 및 청구법인의 2002.8.3.자 이사회 회의록에는 OOO서비스(주)가 청구법인이 발행한 신주 331,804주를 단독으로 인수하기로 하면서 기존에 갖고 있던 대여금 165억원상당액으로 이를 인수한다고 기재되어 있고, 청구법인은 위 유상증자 대금 165억원상당액으로 OOO서비스(주)에 대한 기존채무 전부를 변제한다고 기재되어 있는바, 이 건 유상증자 및 채무상환 거래의 실질은 OOO서비스(주)의 대여금 채권 또는 청구법인의 채무를 출자전환한 경우로 인정되므로, 2002.8.5. 청구법인에게 발생한 주식발행초과금상당액을 채무의 출자전환에 따른 채무면제익으로 본다 하더라도 이 건 유상증자(2002.8.5.) 및 채무상환(2002.8.6.)이 이루어질 당시에는 과세당국이 채무의 출자전환시 발생한 주식발행액면초과액에 대하여 자본준비금으로서 익금불산입한다고 규정하거나 익금불산입한다고 관련 규정을 해석하여 오다가 2003.3.5. 이후에서야 비로소 채무의 출자전환에 따른 주식발행액면초과액 중 시가초과분에 대하여 채무면제익으로서 익금산입한다고 해석OOO을 변경하면서 그 시행시기에 대하여 2004.1.1. 이후 채무를 출자전환하는 분부터 적용한다고 하였고, 또한 2003.12.30. 개정된 법인세법 시행령 제15조 제1항에서도 채무의 출자전환시 발생한 주식발행액면초과액 중 시가초과분에 대해 채무면제익으로서 익금산입한다고 규정하면서 그 시행시기에 대하여 2004.1.1. 이후 채무를 출자전환하는 분부터 적용한다고 하였으므로, 2003.12.30. 개정된 법인세법 시행령 제15조 제1항이 이 건 과세근거가 될 수 없다. 따라서, 처분청이 2002.8.5. 청구법인에게 발생한 주식발행초과금상당액을 채무의 출자전환에 따른 채무면제익이라 하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 세법의 해석이 일반적으로 납세자에게 받아들여 진 후 새로운 해석에 의하여 소급하여 과세한 것으로서 국세기본법 제18조 제3항의 소급과세금지원칙에 위배되므로, 이를 취소함이 타당하다.

(8) 한편, 청구법인이 주장하는 부당과소신고불성실가산세 적용여부에 대한 심리는 이 건 법인세 부과처분이 위법하다고 하였으므로, 이에 대한 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.