1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 11. 27. 유류판매업 등을 목적으로 설립된 회사로서, 2008년 제1기부터 2012년 제1기까지의 부가가치세 과세기간동안 유류판매대리점인 대주페트로 주식회사 및 주식회사 승진상사(이하 ‘대주페트로 등’이라 한다)로부터 총 52,227,050,450원(공급가액) 상당의 육상경유 구입에 대한 매입세금계산서를 수취하였고, 위 세금계산서상 매입세액을 공제하여 해당 과세기간에 대한 부가가치세를 신고하였다.

나. 피고는 2012. 6.경 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 외국항행선박 급유과정에서 빼돌려진 해상면세유를 무자료로 취득한 후 해당 해상면세유의 매입자료를 확보하기 위하여 ‘B’이 알선해 준 대주페트로 등으로부터 위

가. 기재 세금계산서를 수취하였고, 실제 대주페트로 등으로부터 육상경유 대부분을 공급받은 자는 ‘B’이라고 판단하고, 위 세금계산서 중 원고가 실제 육상경유를 공급받은 것으로 확인된 부분(공급가액 4,258,734,090원 상당)을 제외한 나머지(합계 47,968,325,120원, 이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)는 ‘사실과 다른 세금계산서’로 보아 해당 매입세액을 불공제하여 2012. 7. 1. 원고에게 2008년 제1기부터 2012년 제1기까지의 부가가치세를 각 경정고지하였으며, 원고와 원고의 대표이사 C, 실질운영자 D 등을 조세범처벌법위반 등 혐의로 검찰에 고발하였다.

다. 이후 원고와 C, D 등은 조세범처벌법위반 등의 범죄사실로 기소[수원지방법원 2012고합525(분리), 2012고합597(병합)]되었는데, 위 법원은 2013. 2. 20. 아래와 같은 이유로 이 사건 세금계산서와 관련한 D, C의 각 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)의 점 및 부가가치세 포탈로 인한 각...