상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 가.

구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 두고 있는데, 구 조세특례제한법 제5조의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항은 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있고, 제2항은 중소기업이 그 매출액이 1,000억 원 이상인 경우와 같이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 유예기간에 대하여 규정하면서, 그 단서에서 그 유예기간을 적용하지 아니하는 제외사유 중 하나로 ‘제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우’(제3호)를 들고 있다.

한편 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령(이하 ‘개정 조세특례제한법 시행령’이라 한다)은 제2조 제1항 제3호 후문에 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제2호 다.

목의 ‘관계기업에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어, ‘관계기업에 속하는 기업’들의 매출액 등의 합산규모가 일정 요건을 충족하는 경우에 한하여 위 다.

목의 규정에 적합한 중소기업에 해당하는 것으로 보고 있다.

나. 중소기업 유예기간 제도는 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 조세정책적 고려에서 일정기간 세제혜택을 부여하는 것으로서, 이러한 제도의 취지와 연혁에 비추어 볼 때 이미 유예기간 중에 있는...